The Guinea-Bissau Family of Mycobacterium tuberculosis Complex Revisited

The Guinea-Bissau family of strains is a unique group of the Mycobacterium tuberculosis complex that, although genotypically closely related, phenotypically demonstrates considerable heterogeneity. We have investigated 414 M. tuberculosis complex strains collected in Guinea-Bissau between 1989 and 2008 in order to further characterize the Guinea-Bissau family of strains. To determine the strain lineages present in the study sample, binary outcomes of spoligotyping were compared with spoligotypes existing in the international database SITVIT2. The major circulating M. tuberculosis clades ranked in the following order: AFRI (n = 195, 47.10%), Latin-American-Mediterranean (LAM) (n = 75, 18.12%), ill-defined T clade (n = 53, 12.8%), Haarlem (n = 37, 8.85%), East-African-Indian (EAI) (n = 25, 6.04%), Unknown (n = 12, 2.87%), Beijing (n = 7, 1.68%), X clade (n = 4, 0.96%), Manu (n = 4, 0.97%), CAS (n = 2, 0.48%). Two strains of the LAM clade isolated in 2007 belonged to the Cameroon family (SIT61). All AFRI isolates except one belonged to the Guinea-Bissau family, i.e. they have an AFRI_1 spoligotype pattern, they have a distinct RFLP pattern with low numbers of IS6110 insertions, and they lack the regions of difference RD7, RD8, RD9 and RD10, RD701 and RD702. This profile classifies the Guinea-Bissau family, irrespective of phenotypic biovar, as part of the M. africanum West African 2 lineage, or the AFRI_1 sublineage according to the spoligtyping nomenclature. Guinea-Bissau family strains display a variation of biochemical traits classically used to differentiate M. tuberculosis from M. bovis. Yet, the differential expression of these biochemical traits was not related to any genes so far investigated (narGHJI and pncA). Guinea-Bissau has the highest prevalence of M. africanum recorded in the African continent, and the Guinea-Bissau family shows a high phylogeographical specificity for Western Africa, with Guinea-Bissau being the epicenter. Trends over time however indicate that this family of strains is waning in most parts of Western Africa, including Guinea-Bissau (p = 0.048)

Mikromekaanisen resonaattorirakenteen ohjaus ohjelmoitavaan logiikkapiiriin perustuvalla järjestelmällä

Tämä diplomityö käsittelee mikromekaanisen kulmanopeusanturielementin liikkeen ohjaukseen käytettävän ohjelmoitavaan logiikkapiiriin perustuvan testausjärjestelmän kehittämistä ja toteuttamista. Järjestelmä on kehitetty VTI Technologies:lla toteuttaen uuden tyyppinen testausjärjestelmä ja sen tarkoitus on korvata nykyisin käytössä oleva monilta osin rajoittunut testausjärjestelmä. Teoriaosuudessa esitellään kaksiakselisen kulmanopeusanturielementin rakenne, toimintaperiaate ja elementin toimintaan vaikuttavat epäideaalisuudet. Lisäksi tarkastellaan erilaisia vaihtoehtoisia resonaattorirakenteen ohjausmenetelmiä. Testausjärjestelmän rakenne ja ohjelmiston toiminta käydään läpi. Ohjelmiston oleellisimmat rakennelohkot ja toteutus esitellään yksityiskohtaisesti. Lisäksi esitellään ohjelmointiin käytetyn ohjelmointikielen perusteet. Toteutetun testausjärjestelmän toimintaa on verrattu käytössä olevaan testausjärjestelmään. Järjestelmän ohjelmallista muokattavuutta on havainnollistettu karakterisoimalla korkeampien taajuusalueiden liikemoodeja sekä mittaamalla epälineaarisia jousivakioita. Järjestelmän mittauskyvykkyys on todettu riittäväksi, jotta sillä voidaan tulevaisuudessa korvata nykyinen nykyinen testausjärjestelmä