Construction d'indicateurs synthétiques à partir des données de surveillance épidémiologique des TMS

Introduction : Un programme de surveillance épidémiologique, mis en oeuvre depuis 2002 dans la région des Pays de la Loire, a parmi ses objectifs d\u27estimer l\u27incidence et la prévalence des TMS dans la population générale et celle des travailleurs, d\u27évaluer les niveaux d\u27exposition aux facteurs de risque professionnels et la proportion de cas attribuables au travail, selon le sexe, l\u27âge et les caractéristiques professionnelles. Ce programme a largement contribué à mieux décrire la morbidité liée aux TMS, description jusqu\u27alors essentiellement basée sur les statistiques de reconnaissance en maladie professionnelle. Des travaux sont engagés pour construire des indicateurs synthétiques, couvrant les aspects suivants : impact sur la santé (fréquence des TMS, fractions de risque attribuables au travail) ; exposition aux facteurs de risque ; réparation (reconnaissance en maladie professionnelle, indemnisation). Ces indicateurs se placent au coeur d\u27une réfl exion sur la manière dont on peut synthétiser de façon compréhensible et fi able les résultats issus de l\u27épidémiologie afin que les acteurs de la prévention des risques professionnels (pouvoirs publics, partenaires sociaux, professionnels de la santé au travail, entreprises et employeurs, caisses d\u27assurance maladie...) puissent se les approprier. Méthode : Les fractions de risque de syndrome du canal carpien (SCC) attribuables au travail pour une catégorie professionnelle représentent la proportion des cas observés dans l\u27ensemble de la population qui serait évitée si cette catégorie professionnelle ne présentait pas un excès de risque par rapport aux autres. Leurs fourchettes ont été estimées pour la France métropolitaine en utilisant les intervalles de confiance des risques relatifs observés dans l\u27étude conduite dans le Maine-et-Loire portant sur 1 168 patients pour lesquels un diagnostic électromyographique de SCC a été porté entre 2002 et 2004. Les indicateurs d\u27exposition au risque de TMS sont issus, quant à eux, des données d\u27un échantillon de 3 710 salariés tirés au sort par les 83 médecins du travail des Pays de la Loire participant au programme de surveillance. Des scores ont été construits pour décrire la fréquence des expositions à plusieurs facteurs de risque, biomécaniques et psychosociaux, de TMS. Résultats : À titre d\u27exemple, quelques résultats sont présentés dans ce résumé. Les fractions de risque attribuable au travail en France sont pour le SCC comprises entre 16 % et 33 % pour les femmes employées, entre 8 % et 16 % pour les ouvrières, entre 30 % et 56 % pour les ouvriers. Parmi les salariés de la région des Pays de la Loire, 24 % des femmes et 19 % des hommes sont exposés à la fois à au moins une posture extrême plus de 2 heures par jour et à une répétitivité élevée plus de 4 heures par jour, et 20 % des femmes et 17 % des hommes sont exposés à la fois à ces deux facteurs et à un travail en force plus de 2 heures par jour. Discussion : Ces indicateurs peuvent aider les entreprises à prioriser, mettre en oeuvre et évaluer les actions de prévention. Pour améliorer leur fiabilité et les rendre plus utiles, il est nécessaire de vérifi er avec d\u27autres données la validité des estimations utilisées, de produire ces indicateurs à un niveau plus détaillé des secteurs économiques et des professions, de les produire périodiquement, d\u27en produire pour d\u27autres TMS tels que le syndrome de la coiffe des rotateurs et la hernie discale lombaire qui, comme le SCC, peuvent être considérés comme des traceurs épidémiologiques des TMS du membre supérieur et des lombalgies

Surveillance nationale de troubles musculo-squelettiques traceurs en population générale à partir du PMSI. Exemple du syndrome du canal carpien, 2004–2012, France

Introduction Les troubles musculo-squelettiques (TMS) représentent aujourd’hui l’une des questions les plus préoccupantes en santé au travail. Ils représentaient neuf millions de journées de travail perdues en France en 2011. Les données nationales sur les TMS en France sont plus rares en population générale. Le syndrome du canal carpien (SCC), compression du nerf médian au poignet, est un bon traceur des TMS du membre supérieur, son traitement étant bien codifié. C’est également le TMS le plus fréquemment reconnu en maladie professionnelle. L’objectif de ce travail est de décrire l’incidence temporo-spatiale des cas de SCC opéré en population générale en France. Méthodes À partir de la base de données nationale du PMSI, quatre codes d’actes chirurgicaux de libération du nerf médian (CdAM : F581 et F586 avant 2005, CCAM : AHPA009 et AHPC001 depuis 2004) ont été retenus pour recenser tous les résumés standardisés anonymes de sortie relatifs aux séjours hospitaliers (publics/privés), pour traitement du SCC. Le chaînage des différents séjours d’un même patient a été réalisé pour obtenir les cas incidents. Les taux d’incidence annuels ont été estimés, par âge et par sexe, avec pour numérateur les cas incidents de SCC opérés et pour dénominateur les estimations du nombre de personnes-années du recensement de l’Insee. Les variations régionales et départementales du taux d’incidence standardisé sur l’âge ont été étudiées pour l’année 2012, ainsi que la tendance évolutive du taux d’incidence national annuel entre 2004 et 2012. Résultats En utilisant les données non chaînées actuellement disponibles, le taux d’incidence des séjours pour intervention du SCC est plus important chez les femmes que chez les hommes (en 2012, 2,9‰ versus 1,5‰). Ce taux augmente avec l’âge, quel que soit le sexe avec un pic observé chez les femmes âgées de 50–54 ans (7,7‰ en 2012). Des disparités territoriales sont également observées. Les résultats issus des données chaînées, actuellement non consolidés, seront présentés lors du congrès afin d’éviter une surestimation, même minime, de ces taux. Discussion/conclusion Ceci est un exemple d’utilisation des données du PMSI à des fins de surveillance épidémiologique des TMS. Ces données produites de façon standardisée permettront de fournir des indicateurs nationaux annuels en population générale. Cette étude sera étendue à d’autres TMS, notamment ceux de l’épaule

Analisis Hidrolika Bangunan Krib Permeabel pada Saluran Tanah (Uji Model Laboratorium)

One of the structures to protect river bank erosion is groyne. Groyne can serve and control water flow, reducing flow velocity and scour of river bank. The purposes of this study is to analyze the changes in the river bed elevation (morphology) and the depth of scour in the upstream groyne caused by the permeable groyne installed at the river meanders. The experiment was conducted at Fluid Mechanics and Hydraulics Laboratory, Sriwijaya University. The study tested the hydraulics models, a trapezoidal channel, meanders angle of 90˚, five permeable groynes at meanders, and the water flowing in the channels was clear water. The observations were carried out with a flow rate was 63,32 Lt / min, three variations of permeable groynes angle were 45˚, 90˚ and 135˚ to the upstream within 1 hour, 2,5 hours and 4 hours for each angle variations . The results of this study showed that the flow velocity of meanders was decreasing to the end of the meanders, and the changes of channel only occurred at the riverbed. Maximum riverbed changes (Bt / Bo) for permeable groyne angle of 45˚, 90˚ and 135 ˚ were 1,376 cm, 1,346 cm dan 1,452 cm. The maximum depth of scour (ds/y) for permeable groyne angle of 45˚, 90˚ and 135˚ were 1,05 cm, 0,95 cm dan 1,17 cm. Thus, permeable groyne with angle of 90 proved to be the best with the smallest riverbed changes (Bt /Bo) was 1,346 cm and the coefficient of determination (R2) was 0,9384, and also the smallest scour depth (ds/y) was 0,95 cm and the coefficient of determination (R2) was 0,8317 compared to other groyne permeable angles

Recognition and blocking of innate immunity cells by Candida albicans chitin

Peer reviewedPublisher PD

Hsp90 orchestrates transcriptional regulation by Hsf1 and cell wall remodelling by MAPK signalling during thermal adaptation in a pathogenic yeast

Acknowledgments We thank Rebecca Shapiro for creating CaLC1819, CaLC1855 and CaLC1875, Gillian Milne for help with EM, Aaron Mitchell for generously providing the transposon insertion mutant library, Jesus Pla for generously providing the hog1 hst7 mutant, and Cathy Collins for technical assistance.Peer reviewedPublisher PD

FungalRV: adhesin prediction and immunoinformatics portal for human fungal pathogens

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The availability of sequence data of human pathogenic fungi generates opportunities to develop Bioinformatics tools and resources for vaccine development towards benefitting at-risk patients.</p> <p>Description</p> <p>We have developed a fungal adhesin predictor and an immunoinformatics database with predicted adhesins. Based on literature search and domain analysis, we prepared a positive dataset comprising adhesin protein sequences from human fungal pathogens <it>Candida albicans, Candida glabrata, Aspergillus fumigatus, Coccidioides immitis, Coccidioides posadasii, Histoplasma capsulatum, Blastomyces dermatitidis, Pneumocystis carinii, Pneumocystis jirovecii and Paracoccidioides brasiliensis</it>. The negative dataset consisted of proteins with high probability to function intracellularly. We have used 3945 compositional properties including frequencies of mono, doublet, triplet, and multiplets of amino acids and hydrophobic properties as input features of protein sequences to Support Vector Machine. Best classifiers were identified through an exhaustive search of 588 parameters and meeting the criteria of best Mathews Correlation Coefficient and lowest coefficient of variation among the 3 fold cross validation datasets. The "FungalRV adhesin predictor" was built on three models whose average Mathews Correlation Coefficient was in the range 0.89-0.90 and its coefficient of variation across three fold cross validation datasets in the range 1.2% - 2.74% at threshold score of 0. We obtained an overall MCC value of 0.8702 considering all 8 pathogens, namely, <it>C. albicans, C. glabrata, A. fumigatus, B. dermatitidis, C. immitis, C. posadasii, H. capsulatum </it>and <it>P. brasiliensis </it>thus showing high sensitivity and specificity at a threshold of 0.511. In case of <it>P. brasiliensis </it>the algorithm achieved a sensitivity of 66.67%. A total of 307 fungal adhesins and adhesin like proteins were predicted from the entire proteomes of eight human pathogenic fungal species. The immunoinformatics analysis data on these proteins were organized for easy user interface analysis. A Web interface was developed for analysis by users. The predicted adhesin sequences were processed through 18 immunoinformatics algorithms and these data have been organized into MySQL backend. A user friendly interface has been developed for experimental researchers for retrieving information from the database.</p> <p>Conclusion</p> <p>FungalRV webserver facilitating the discovery process for novel human pathogenic fungal adhesin vaccine has been developed.</p

SREB, a GATA Transcription Factor That Directs Disparate Fates in Blastomyces dermatitidis Including Morphogenesis and Siderophore Biosynthesis

Blastomyces dermatitidis belongs to a group of human pathogenic fungi that exhibit thermal dimorphism. At 22°C, these fungi grow as mold that produce conidia or infectious particles, whereas at 37°C they convert to budding yeast. The ability to switch between these forms is essential for virulence in mammals and may enable these organisms to survive in the soil. To identify genes that regulate this phase transition, we used Agrobacterium tumefaciens to mutagenize B. dermatitidis conidia and screened transformants for defects in morphogenesis. We found that the GATA transcription factor SREB governs multiple fates in B. dermatitidis: phase transition from yeast to mold, cell growth at 22°C, and biosynthesis of siderophores under iron-replete conditions. Insertional and null mutants fail to convert to mold, do not accumulate significant biomass at 22°C, and are unable to suppress siderophore biosynthesis under iron-replete conditions. The defect in morphogenesis in the SREB mutant was independent of exogenous iron concentration, suggesting that SREB promotes the phase transition by altering the expression of genes that are unrelated to siderophore biosynthesis. Using bioinformatic and gene expression analyses, we identified candidate genes with upstream GATA sites whose expression is altered in the null mutant that may be direct or indirect targets of SREB and promote the phase transition. We conclude that SREB functions as a transcription factor that promotes morphogenesis and regulates siderophore biosynthesis. To our knowledge, this is the first gene identified that promotes the conversion from yeast to mold in the dimorphic fungi, and may shed light on environmental persistence of these pathogens

Paléoflore et spores du Tournaisien à Saint-Pierre-Le-Potier (Formation de l'huisserie, Synclinorium de Laval)

peer reviewe