Machine learned-based visualization of the diversity of grapevine genomes worldwide and in Armenia using SOMmelier

In the proposed study three major issues have been addressed: Firstly, the diversity of grapevine accessions worldwide and particularly in Armenia, a small country located in the largely volcanic Armenian Highlands, is incredibly rich in cultivated and especially wild grapes; secondly, the information hidden in their (whole) genomes, e.g., about the domestication history of grapevine over the last 11,000 years and phenotypic traits such as cultivar utilization and a putative resistance against powdery mildew, and, thirdly machine learning methods to extract and to visualize this information in an easy to percept way. We shortly describe the Self Origanizing Maps (SOM) portrayal method called “SOMmelier” (as the vine-genome “waiter”) and illustrate its power by applying it to whole genome data of hundreds of grapevine accessions. We also give a short outlook on possible future directions of machine learning in grapevine transcriptomics and ampelogaphy

Wpływ metody rozwijania umiejętności komunikacyjnych na aktywność fizyczną dzieci z niepełnosprawnością intelektualną

Background. The purpose of the study is to evaluate the effectiveness of a selected special education method on the level of physical activity in schoolchildren with intellectual disability. Material and methods. The study was conducted on 32 children with rather similar backgrounds: all participants were Armenians with no medical history of any registered disorders and the same moderate degree of intellectual disability (IQ score = 35-49). A physical education program based on two games using the Picture Exchange Communication System (PECS) was conducted for three months by a physical educator trained in PECS. The level of habitual physical activity before and after the study period was assessed by the Physical Activity Questionnaire for children (PAIC-A) and pedometry (Omron HJ-112, Illinois, USA). Twoway ANOVA (intellectual disability × intervention) with a post hoc Bonferroni test was used to examine the differences between the pre- and post-intervention physical activity and pedometry assessment results. Results. The use of PECS resulted in an overall increase in the levels of physical activity. The results showed a significant group-by-time interaction effect for unstructured physical activity, structured exercise, organized sports, commuting to and from school, and total sedentary activities (all measured in min/week; p<0.05). Post hoc comparisons revealed a remarkable improvement in PAIC-A and pedometry scores in the intervention group (p<0.05). Conclusions. Technologies for developing communication skills are an option to increase the physical activity of children with intellectual disability. Enhanced working memory facilitates improved executive motor functions.Wprowadzenie. Celem pracy jest ocena skuteczności wybranej metody kształcenia specjalnego na poziom aktywności fizycznej u dzieci w wieku szkolnym z niepełnosprawnością intelektualną. Materiał i metody. Badaniem objęto 32 dzieci o dość podobnym pochodzeniu: wszystkie były Ormianami, bez historii medycznej jakichkolwiek zarejestrowanych zaburzeń i z takim samym umiarkowanym stopniem niepełnosprawności intelektualnej (wynik ilorazu inteligencji, IQ = 35-49). Program wychowania fizycznego oparty na dwóch grach wykorzystujących Picture Exchange Communication System (PECS) był prowadzony przez trzy miesiące przez pedagoga wychowania fizycznego przeszkolonego w zakresie PECS. Poziom nawykowej aktywności fizycznej przed i po okresie badania oceniano za pomocą kwestionariusza aktywności fizycznej dla dzieci (PAIC-A) oraz pomiaru liczby kroków (Omron HJ-112, Illinois, USA). Dwukierunkowa analiza wariancji ANOVA (niepełnosprawność intelektualna × interwencja) z testem post hoc Bonferroniego została wykorzystana do zbadania różnic między aktywnością fizyczną przed i po interwencji oraz wynikami oceny liczby kroków. Wyniki. Zastosowanie PECS spowodowało ogólny wzrost poziomu aktywności fizycznej. Wyniki wykazały istotny efekt interakcji między grupą a czasem dla nieustrukturyzowanej aktywności fizycznej, ustrukturyzowanych ćwiczeń, zorganizowanego sportu, dojazdów do i ze szkoły oraz całkowitej aktywności sedenteryjnej (wszystkie mierzone w min/tydzień; p<0,05). Porównania post hoc wykazały znaczną poprawę wyników PAIC-A i pomiaru liczby kroków w grupie interwencji (p<0,05). Wnioski. Technologie rozwijające umiejętności komunikacyjne stanowią opcję zwiększenia aktywności fizycznej dzieci z niepełnosprawnością intelektualną. Poprawiona pamięć robocza ułatwia poprawę wykonawczych funkcji motorycznych

EFFECT OF A METHOD FOR DEVELOPING COMMUNICATION SKILLS ON PHYSICAL ACTIVITY IN CHILDREN WITH INTELLECTUAL DISABILITIES

Background. The purpose of the study is to evaluate the effectiveness of a selected special education method on the level of physical activity in schoolchildren with intellectual disability. Material and methods. The study was conducted on 32 children with rather similar backgrounds: all participants were Armenians with no medical history of any registered disorders and the same moderate degree of intellectual disability (IQ score = 35-49). A physical education program based on two games using the Picture Exchange Communication System (PECS) was conducted for three months by a physical educator trained in PECS. The level of habitual physical activity before and after the study period was assessed by the Physical Activity Questionnaire for children (PAIC-A) and pedometry (Omron HJ-112, Illinois, USA). Twoway ANOVA (intellectual disability × intervention) with a post hoc Bonferroni test was used to examine the differences between the pre- and post-intervention physical activity and pedometry assessment results. Results. The use of PECS resulted in an overall increase in the levels of physical activity. The results showed a significant group-by-time interaction effect for unstructured physical activity, structured exercise, organized sports, commuting to and from school, and total sedentary activities (all measured in min/week; p<0.05). Post hoc comparisons revealed a remarkable improvement in PAIC-A and pedometry scores in the intervention group (p<0.05). Conclusions. Technologies for developing communication skills are an option to increase the physical activity of children with intellectual disability. Enhanced working memory facilitates improved executive motor functions.Wprowadzenie. Celem pracy jest ocena skuteczności wybranej metody kształcenia specjalnego na poziom aktywności fizycznej u dzieci w wieku szkolnym z niepełnosprawnością intelektualną. Materiał i metody. Badaniem objęto 32 dzieci o dość podobnym pochodzeniu: wszystkie były Ormianami, bez historii medycznej jakichkolwiek zarejestrowanych zaburzeń i z takim samym umiarkowanym stopniem niepełnosprawności intelektualnej (wynik ilorazu inteligencji, IQ = 35-49). Program wychowania fizycznego oparty na dwóch grach wykorzystujących Picture Exchange Communication System (PECS) był prowadzony przez trzy miesiące przez pedagoga wychowania fizycznego przeszkolonego w zakresie PECS. Poziom nawykowej aktywności fizycznej przed i po okresie badania oceniano za pomocą kwestionariusza aktywności fizycznej dla dzieci (PAIC-A) oraz pomiaru liczby kroków (Omron HJ-112, Illinois, USA). Dwukierunkowa analiza wariancji ANOVA (niepełnosprawność intelektualna × interwencja) z testem post hoc Bonferroniego została wykorzystana do zbadania różnic między aktywnością fizyczną przed i po interwencji oraz wynikami oceny liczby kroków. Wyniki. Zastosowanie PECS spowodowało ogólny wzrost poziomu aktywności fizycznej. Wyniki wykazały istotny efekt interakcji między grupą a czasem dla nieustrukturyzowanej aktywności fizycznej, ustrukturyzowanych ćwiczeń, zorganizowanego sportu, dojazdów do i ze szkoły oraz całkowitej aktywności sedenteryjnej (wszystkie mierzone w min/tydzień; p<0,05). Porównania post hoc wykazały znaczną poprawę wyników PAIC-A i pomiaru liczby kroków w grupie interwencji (p<0,05). Wnioski. Technologie rozwijające umiejętności komunikacyjne stanowią opcję zwiększenia aktywności fizycznej dzieci z niepełnosprawnością intelektualną. Poprawiona pamięć robocza ułatwia poprawę wykonawczych funkcji motorycznych

Evaluating the burden of brucellosis in hospitalized patients in Armenia, 2016

ObjectiveTo understand the disease burden, we studied the epidemiological and clinical characteristics and associated costs for brucellosis patients hospitalized in Nork hospital in 2016.IntroductionBrucellosis, endemic in Armenia, is recognized as a significant public health challenge with a major economic burden. To address the regional threat of brucellosis for both animal health and public health, the “One Health Surveillance of Brucellosis in Armenia” was initiated in December 2016. The project aims to develop scientifically sound strategies and policies for sustainable control of the disease.MethodsIn 2016, 265 patients diagnosed with brucellosis were hospitalized at “Nork” hospital, of whom 16 were 0-14 years old and 94% were males. Diagnosis was confirmed using agglutination test and ELISA. The SPSS program was used to analyze the data.ResultsDistribution of the disease by marz revealed that the most cases came from Ararat (53), followed by Kotayk (49), Armavir (38), Aragatsotn (36), Yerevan (28), Gegharkunik (26), Vayots Dzor (24), Syunik (8), and Lori (3). Clinical data indicated that 71% of patients had acute brucellosis with fever, arthralgia and night sweating while 29% suffered chronic brucellosis with damage of organ systems. The primary complaints included arthralgia (80%), sweating (60%) and fever (40%). Joint pain was mainly located in knee, elbow, and sacroiliac regions. Average grade of fever was 37,9±0,95oC. Total days spent in hospital were 1798, economic losses for the hospital were estimated at AMD 36 million per year.ConclusionsThose at the highest risk for brucellosis were males living in Ararat and Kotayk marzes who work with livestock.

Machine learned-based visualization of the diversity of grapevine genomes worldwide and in Armenia using SOMmelier

In the proposed study three major issues have been addressed: Firstly, the diversity of grapevine accessions worldwide and particularly in Armenia, a small country located in the largely volcanic Armenian Highlands, is incredibly rich in cultivated and especially wild grapes; secondly, the information hidden in their (whole) genomes, e.g., about the domestication history of grapevine over the last 11,000 years and phenotypic traits such as cultivar utilization and a putative resistance against powdery mildew, and, thirdly machine learning methods to extract and to visualize this information in an easy to percept way. We shortly describe the Self Origanizing Maps (SOM) portrayal method called “SOMmelier” (as the vine-genome “waiter”) and illustrate its power by applying it to whole genome data of hundreds of grapevine accessions. We also give a short outlook on possible future directions of machine learning in grapevine transcriptomics and ampelogaphy