Regular order reductions of ordinary and delay-differential equations

We present a C program to compute by successive approximations the regular order reduction of a large class of ordinary differential equations, which includes evolution equations in electrodynamics and gravitation. The code may also find the regular order reduction of delay-differential equations.Comment: 4 figure

Chronic lymphocytic leukemia patients with IGH translocations are characterized by a distinct genetic landscape with prognostic implications

Chromosome 14q32 rearrangements/translocations involving the immunoglobulin heavy chain (IGH) are rarely detected in chronic lymphocytic leukemia (CLL). The prognostic significance of the IGH translocation is controversial and its mutational profile remains unknown. Here, we present for the first time a comprehensive next-generation sequencing (NGS) analysis of 46 CLL patients with IGH rearrangement (IGHR-CLLs) and we demonstrate that IGHR-CLLs have a distinct mutational profile with recurrent mutations in NOTCH1, IGLL5, POT1, BCL2, FBXW7, ZMYM3, MGA, BRAF and HIST1H1E genes. Interestingly, BCL2 and FBXW7 mutations were significantly associated with this subgroup and almost half of BCL2, IGLL5 and HISTH1E mutations reported were previously identified in non-Hodgkin lymphomas. Notably, IGH/BCL2 rearrangements were associated with a lower mutation frequency and carried BCL2 and IGLL5 mutations, while the other IGHR-CLLs had mutations in genes related to poor prognosis (NOTCH1, SF3B1 and TP53) and shorter time to first treatment (TFT). Moreover, IGHR-CLLs patients showed a shorter TFT than CLL patients carrying 13q-, normal fluorescence in situ hybridization (FISH) and +12 CLL, being this prognosis particularly poor when NOTCH1, SF3B1, TP53, BIRC3 and BRAF were also mutated. The presence of these mutations not only was an independent risk factor within IGHR-CLLs, but also refined the prognosis of low-risk cytogenetic patients (13q-/normal FISH). Hence, our study demonstrates that IGHR-CLLs have a distinct mutational profile from the majority of CLLs and highlights the relevance of incorporating NGS and the status of IGH by FISH analysis to refine the risk-stratification CLL model

Transformación genética de olivo con el gen OeHPL para el análisis funcional del papel de la enzima 13-hidroperóxido liasa (13-HPL) en la producción de compuestos volátiles.

La 13-hidroperóxido liasa es una enzima implicada en la biosíntesis de compues- tos volátiles y tiene un papel fundamental sobre la composición y propiedades del aceite de oliva virgen. La expresión del gen OeHPL muestra una regulación temporal durante la maduración y desarrollo del fruto; además, la expresión es alta en hojas y tejido de mesocarpo y baja en semillas. En este trabajo se aborda el análisis funcional de este gen mediante su sobreexpresión y silenciamiento en plantas transgénicas de olivo. La transformación se llevó a cabo vía Agrobac- terium. Se utilizó la cepa AGL-1 con tres construcciones distintas: pHPLs para sobreexpresión (orientación sentido), pHPLas (orientación antisentido) y pHPLi (ARN-interferente) para silenciamiento. Se recuperaron plantas procedentes de 27 líneas transgénicas independientes, 6 HPLs, 10 HPLas y 11 HPLi. El análisis de la expresión del gen OeHPL en hojas de estas líneas mostró los siguientes resultados, a) líneas sentido: en una de ellas aumentó la expresión 24 veces mien- tras que en otras tres, aumentó en el rango 4-7X; b) líneas antisentido: sólo en dos de ellas disminuyó su expresión un 20% y c) líneas RNAi: en tres de ellas, se redujo la expresión entre 25-35% mientras que en otras dos, disminuyó un 50%. Estas líneas RNAi muestran un crecimiento ralentizado y, en general, presen- tan menor vigor que las controles. Próximamente, se iniciarán los trabajos para cuantificar la actividad enzimática 13-HPL y el contenido de volátiles en hojas con diferentes perfiles de expresión del gen. Asimismo, dado el papel que los vo- látiles de hoja verde, formados vía HPL, juegan en la resistencia a estrés también se evaluará la tolerancia a verticilosis en las plantas de las líneas seleccionadas.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucia Tech

Treatment patterns and outcomes among nontransplant newly diagnosed multiple myeloma patients in Spain

Aim: To describe treatment patterns and outcomes in nontransplant newly diagnosed multiple myeloma (NDMM) patients in Spain. Methods: This retrospective study included two cohorts of NDMM patients diagnosed between 1 January 2012 to 31 December 2013 and 1 April 2016 to 31 March 2017. Results: Among 113 patients, proteasome inhibitor (PI) + alkylator combinations (49%) and PI-based regimens without an alkylator (30%) were the most common first-line (1L) therapies. Use of PI + immunomodulatory drug-based regimens increased between the cohorts; PI-based regimens without an alkylator/immunomodulatory drug decreased. Use of 1L oral regimens was low but increased over time; use of maintenance therapy was low across both periods. Median 1L duration of treatment was 6.9 months. Conclusion: Short 1L duration of treatment and low use of 1L oral regimens and maintenance therapy highlight unmet needs in NDMM. © 2021 The Authors

La secuenciación masiva dirigida revela que los pacientes con leucemia linfática crónica y reordenamiento de igh presentan mutaciones en los genes POT1, EGR2, BRAF, IGLL5 Y MGA

Abstract [CO-081] Introducción: La traslocación de la región 14q32, que contiene el gen de la cadena pesada de las inmunoglobulinas (IGH), aparece en el 4-9% de pacientes de leucemia linfática crónica(LLC). Aunque algunos estudios le atribuyen a este subgrupo un pronóstico desfavorable, sus características clínicas y biológicas no se conocen en profundidad. La secuenciación masiva (NGS) ha mejorado notablemente el conocimiento de la heterogeneidad genética y clínica de la LLC, por lo que nos planteamos el análisis del perfil mutacional de estos pacientes para definir mejor su pronóstico. Métodos: Se analizaron 231 pacientes de LLC, de los cuales 42 presentaban traslocación de 14q32. En todos los casos se disponía de datos clínicos y FISH. Se diseñó un panel personalizado de 54 genes, seleccionados por su frecuencia e implicación en la patogenia de la enfermedad. La secuenciación se realizó en la plataforma NextSeq(Illumina). El panel cubre el 97% de las regiones (>100X) con una profundidad de 606 lecturas/base, permitiendo la detección de variantes presentes en >3% de las células..

Building a Healthcare Alliance for Resourceful Medicine Offensive Against Neoplasms in hematologY added value framework for hematologic malignancies: a comparative analysis of existing tools

OBJECTIVES: The Innovative Medicines Initiative-funded, multistakeholders project Healthcare Alliance for Resourceful Medicine Offensive Against Neoplasms in hematologY (HARMONY) created a task force involving patient organizations, medical associations, pharmaceutical companies, and health technology assessment/regulator agencies' representatives to evaluate the suitability of previously established value frameworks (VFs) for assessing the clinical and societal impact of new interventions for hematologic malignancies (HMs). METHODS: Since the HARMONY stakeholders identified the inclusion of patients' points of view on evaluating VFs as a priority, surveys were conducted with the patient organizations active in HMs and part of the HARMONY network, together with key opinion leaders, pharmaceutical companies, and regulators, to establish which outcomes were important for each HM. Next, to evaluate VFs against the sources of information taken into account (randomized clinical trials, registries, real-world data), structured questionnaires were created and filled by HARMONY health professionals to specify preferred data sources per malignancy. Finally, a framework evaluation module was built to analyze existing clinical VFs (American Society of Clinical Oncology, European Society of Medical Oncology, Magnitude of Clinical Benefit Scale, Institut für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen, Institute for Clinical and Economic Review, National Comprehensive Cancer Network Evidence Blocks, and patient-perspective VF). RESULTS: The comparative analysis describes challenges and opportunities for the use of each framework in the context of HMs and drafts possible lines of action for creating or integrating a more specific, patient-focused clinical VF for HMs. CONCLUSIONS: None of the frameworks meets the HARMONY goals for a tool that applies to HMs and assesses in a transparent, reproducible, and systematic way the therapeutic value of innovative health technologies versus available alternatives, taking a patient-centered approach and using real-world evidence

Estudio prospectivo, de seguimiento en pacientes con enfermedad de Gaucher Tipo 1 que reciben tratamiento con CERDELGA®. Proyecto TRAZELGA

Poster [PC-303] Introducción: La enfermedad de Gaucher tipo 1 (EG1), secundaria al déficit en la enzima glucocerebrosidasa lisosomal, provoca el acúmulo de glucocerebrósido principalmente en macrófagos, causando deterioro de los órganos en los que se deposita. El nuevo inhibidor de substrato Eliglustat (ELG), aprobado por la EMEA en 2015 y disponible desde enero 2017, inhibe de forma selectiva y potente la enzima glucosilceramida sintasa, disminuyendo el acúmulo de substrato, está indicado en EG1 metabolizadores rápidos, intermedios o lentos para el citocromo CYP2D6. Los ensayos clínicos de fase 2 y 3 demostraron mejora y estabilización de los parámetros tanto en los pacientes naïve, como en los de tratamiento enzimático sustitutivo. En este trabajo se expone el estudio de trazabilidad del tratamiento con eliglustat en pacientes con GD1 en España (TRAZELGA). Material y Métodos: El estudio nacional, multicéntrico TRAZELGA, ha sido diseñado como herramienta para evaluar de forma uniforme la respuesta al tratamiento durante un año, analizando los cambios en parámetros clínicos y biomarcadores habituales, registro de medicamentos concomitantes y efectos adversos a ELG, estudio de calidad de vida e incorporando un estudio exploratorio de marcadores de activación del sistema inmune (perfil de citoquinas, ferritina, lipocalina, gammaglobulinas, marcadores de estrés oxidativo), así como cambios en la infiltración medular cuantificados por RM y DEXA. Previo al inicio de ELG se realizó una evaluación de función cardíaca, hepática y renal. Resultados: 35 pacientes han iniciado tratamiento oral con Eliglustat. En esta presentación aportamos resultados preliminares de 21 pacientes (mediana de edad: 43, 8 años(23-75), 47% varones), genotipo de EG N370S/N370S: (29, 4%), N370S/L444P (41, 2%), otros dobles heterocigotos con N370S (29, 4%), metabolismo del CYP2D6 (12% metabolizadores lentos, 64, 5% intermedios y 33, 5% rápidos, ningún paciente recibió el tratamiento en prímera línea y sus características basales (tabla1), son de pacientes estabilizados con TES (15 casos) o miglustat (6). Un paciente esplenectomizado. 3 pacientes esplenomegalia palpable al momento de inclusión. 6 pacientes con multimorbilidades y polimedicaciones y 5 pacientes aquejaban astenia como síntoma principal antes de su inclusión en este estudio. El seguimiento medio actual es de 6 meses. Conclusiones: Se espera incluir un total de 30 pacientes en el estudio y analizar la influencia de Eliglustat sobre los biomarcadores, marcadores de inflamación, densidad mineral ósea. Tener información sobre adherencia, efectos adversos en práctica clínica habitual y grado de satisfacción. Aunque escasos, hasta ahora no hay publicada información de la respuesta al tratamiento en pacientes provenientes de tratamiento con miglustat. En caso de aceptación se presentará un análisis exhaustivo, invitando a todos los interesados a unirse al proyecto

Ecología y desarrollo humano

Con motivo de la publicación de la Encíclica "Laudato si'. Sobre el cuidado de la casa común" del Papa Francisco, la Universidad de Navarra organizó el 18 de marzo de 2016 una jornada interdisciplinar titulada "Ecología y desarrollo humano. Conversaciones sobre Laudato si'". La jornada pretendía incitar tanto al estudio y la profundización intelectual como al compromiso práctico acerca de las propuestas formuladas en la Encíclica. Se recogen en esta publicación los textos de las intervenciones iniciales de los ponentes en cada una de las mesas redondas. Se incluye también el coloquio de la primera mesa redonda sobre "El cuidado de la creación, responsabilidad del cristiano", así como las conclusiones de la jornada, que proponen vías para el desarrollo del compromiso ambiental y social en nuestra Universidad

Associated factors to serious infections in a large cohort of juvenile-onset systemic lupus erythematosus from Lupus Registry (RELESSER).

Objective: To assess the incidence of serious infection (SI) and associated factors in a large juvenile-onset systemic lupus erythematosus (jSLE) retrospective cohort. Methods: All patients in the Spanish Rheumatology Society Lupus Registry (RELESSER) who meet =4 ACR-97 SLE criteria and disease onset <18 years old (jSLE), were retrospectively investigated for SI (defined as either the need for hospitalization with antibacterial therapy for a potentially fatal infection or death caused by the infection). Standardized SI rate was calculated per 100 patient years. Patients with and without SI were compared. Bivariate and multivariate logistic and Cox regression models were built to calculate associated factors to SI and relative risks. Results: A total of 353 jSLE patients were included: 88.7% female, 14.3 years (± 2.9) of age at diagnosis, 16.0 years (± 9.3) of disease duration and 31.5 years (±10.5) at end of follow-up. A total of 104 (29.5%) patients suffered 205 SI (1, 55.8%; 2-5, 38.4%; and =6, 5.8%). Incidence rate was 3.7 (95%CI: 3.2–4.2) SI per 100 patient years. Respiratory location and bacterial infections were the most frequent. Higher number of SLE classification criteria, SLICC/ACR DI score and immunosuppressants use were associated to the presence of SI. Associated factors to shorter time to first infection were higher number of SLE criteria, splenectomy and immunosuppressants use. Conclusions: The risk of SI in jSLE patients is significant and higher than aSLE. It is associated to higher number of SLE criteria, damage accrual, some immunosuppressants and splenectomy

Detection of kinase domain mutations in BCR::ABL1 leukemia by ultra-deep sequencing of genomic DNA

The screening of the BCR::ABL1 kinase domain (KD) mutation has become a routine analysis in case of warning/failure for chronic myeloid leukemia (CML) and B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia (ALL) Philadelphia (Ph)-positive patients. In this study, we present a novel DNA-based next-generation sequencing (NGS) methodology for KD ABL1 mutation detection and monitoring with a 1.0E−4 sensitivity. This approach was validated with a well-stablished RNA-based nested NGS method. The correlation of both techniques for the quantification of ABL1 mutations was high (Pearson r = 0.858, p < 0.001), offering DNA-DeepNGS a sensitivity of 92% and specificity of 82%. The clinical impact was studied in a cohort of 129 patients (n = 67 for CML and n = 62 for B-ALL patients). A total of 162 samples (n = 86 CML and n = 76 B-ALL) were studied. Of them, 27 out of 86 harbored mutations (6 in warning and 21 in failure) for CML, and 13 out of 76 (2 diagnostic and 11 relapse samples) did in B-ALL patients. In addition, in four cases were detected mutation despite BCR::ABL1 < 1%. In conclusion, we were able to detect KD ABL1 mutations with a 1.0E−4 sensitivity by NGS using DNA as starting material even in patients with low levels of disease.Tis project was funded in part by CRIS CANCER FOUNDATION