Meme kanserimde yerel kontrole etki eden prediktif moleküler ve genetik faktörler

Breast cancer is a heterogeneous group of different histological subtypes, which are based on various molecular and genetic factors. All patients are given radiotherapy after breast-conserving surgery, which is actually considered unnecessary in two-thirds of these patients. Therefore, the fact that which patients should be administered radiotherapy has gained great importance. In this respect, known clinical and histopathological prognostic factors can not be sufficient to predict local control. Today, genetic and biotechnological advances caused significant progresses in molecular oncology, which is reflected in clinical oncology. In this Article, molecular and genetic predictive factors that could be effective in the local control of breast cancer have been focused on, and a review of studies data conducted on the predictive value of the factors such as molecular classification, multigene tests, radiation resistance, DNA repair capacity, signaling pathways, cancer stem cells, and inhibition of CYP2D6 on local control was presented.Meme kanseri farklı histolojik alt tiplerden oluşan heterojen bir grup olup bu değişkenliklerin altında molekuler ve genetik faktörler yatmaktadır. Meme koruyucu cerrahi sonrası her hastaya radyoterapi verilirken aslında hastaların üçte ikisi boşuna radyoterapi almaktadır. Bu nedenle hangi hastaların tedavi alması gerektiği çok önem kazanmaktadır. Bilinen klinik ve histopatolojik prognostik faktörler bu konuda yerel kontrolü tahmin etmede yardımcı olmaya yetmemektedir. Günümüzde genetik ve biyoteknolojik gelişmeler moleküler onkolojide büyük aşamalara neden olmuş, bu durum klinik onkolojiye yansımıştır. Bu yazıda meme kanserinde yerel kontrole etkili olabilecek molekuler ve genetik prediktif faktörler üzerinde durulmuş, moleküler sınıflama, multigen testler, radyoterapi direnci, DNA tamir kapasitesi, sinyal yolakları, kanser kök hücreleri, CYP2D6 inhibisyonu gibi etkenlerin yerel kontrol üzerindeki prediktif değeri için yapılan çalışma sonuçlarından bir derleme hazırlanmıştır

Kronik lenfositik lösemi B hücreleri ve normal B hücrelerinin karşilaştirmali proteomik analizi ile yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi

Kronik Lenfositik Lösemi (KLL) batı ülkelerinde en yaygın olarak görülen erişkin lösemi tipi olup geniş bir klinik spektrum gösteren heterojen bir B hücresi kanseridir. KLL hastalarında genomik değişiklikler büyük oranda bildirilmiş ve genomik-transkriptomik teknikler hastalığın tedavisi, prognozu, sınıflaması ve progresyonu ile ilgili yönleri incelemek için temel bir araç olarak kullanılmıştır. Bununla birlikte, gen ekspresyonu her zaman B hücresindeki proteinlerin ekspresyonunu gerçekten temsil etmediği için proteomik yaklaşımlar konusunda ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tez çalışmasında, DNA-bazlı protein afinite reaktifleri kullanılarak karşılaştırmalı proteomiks analizler ile KLL hastası ve sağlam kişilerin B hücre örnekleri arasındaki proteom seviye farklılıklarının saptanması ile bu proteinlerin etkin olduğu metabolik yolakların, hastalığın tanı ve tedavisinde kullanılabilecek biyobelirteçlerin ve yeni ilaç hedeflerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Proteomik test platformu ile 1129 protein araştırılmış ve 132 proteinin ekspresyon seviyesinin anlamlı olarak değiştiği saptanmıştır. Bu proteinlerin içinde en anlamlı seviyede azalan ve artan proteinlerin validasyonu moleküler testler ile yapılmıştır. Bulgular KLL hastaların ve sağlam kişilerin B hücre örneklerinde belirgin bir proteom farklılıkların olduğunu göstermiştir. Analizler ile en anlamlı oranda değişen proteinler içinden başta APOE4 ve ACY1 olmak üzere SPOCK2, GZMH, GNLY, ANXA1, LTA4H, CST2, CST6, PROS1, F9 ve THBS1 proteinlerin KLL tanısında biyobelirteç için aday olabileceği tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada farklı biyoinformatik araçların kombine olarak kullanılması ile proteinlerin ekspresyon seviyelerindeki farklılıklar KLL hastalığı’nın LXR/RXR sinyal yolağı ve trombosit mekanizması ile ilişkili değişikliklerle bağlantılı olabileceğini göstermiştir.Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is a heterogeneous B cell carcinoma that is the most common type of adult leukemia in western countries with a broad clinical spectrum. Genomic changes have been reported to a large extent in CLL patients and genomic-transcriptomic techniques have been used as a basic tool to study aspects of the treatment, prognosis, classification and progression of the disease. However, further studies are needed on proteomic approaches since gene expression does not always represent the expression of proteins in B cell. In this thesis, we aimed to determine the biomarkers that can be used in the diagnosis and treatment, new drug targets and metabolic pathways in which these proteins are effective by identifying the proteomic level differences between the KLL patient and the B cell samples of the intact individuals by using DNA-based protein affinity reagents by comparative proteomics analyzes. 1129 protein was investigated with proteomic test platform and it was determined that the expression level of 132 protein significantly changed. Among these proteins, The most significant decreased and increased proteins were validated by molecular tests. The findings showed that there was a significant difference in proteome differences between CLL patients and intact B cell samples. It has been determined that SPOCK2, GZMH, GNLY, ANXA1, LTA4H, CST2, CST6, PROS1, F9 and THBS1 proteins were found to be candidates for biomarkers in the diagnosis of CLL, mainly APOE4 and ACY1. among proteins that change most significantly with the analyzes. In addition, the differences in expression levels of proteins have shown that CLL disease may be associated with changes associated with LXR/RXR signaling pathway and platelet mechanism by the use of different bioinformatics tools

Ege Üniversitesi Hastanesi veri tabanındaki kanser olgularının epidemiyolojik ve genel sağ kalım özellikleri

Aim: To evaluate the epidemiological and overall survival (OS) characteristics of the patients from Ege University Hospital (EUH) cancer database. Materials and Methods: The active cancer registry was launched in Ege University Cancer Research Center (EUCRC) as a first center in 1992. The data recorded in CANREG, which is special computer program, were grouped on the basis of WHO and SEER systems and analyzes were performed. In statistical analysis, chi-square, General Linear Model (GLM), and Kaplan-Meier survival curves were used. Log-Rank (Mantel-Cox), Breslow (Generalized Wilcoxon), and Tarone-Ware statistics were applied for survival analysis. p0.05 was accepted statistically significant. Results: Between 1992 and 2017, 117259 cancer patients were registered by EUCRC within these 25 years. After excluding skin cancers, the data of 107238 remained cancer patients were included in this study. Male and women rates were 52.8% and 47.8%, respectively. The mean age of the patients was 54.87±0.62 and it was seen most frequently in the 60-69 age group in males and in the 50-59 age group in females (p0.001). The three most common tumors according to organ involvement are lung, breast and thyroid cancer. The most common cancer sites are breast, thyroid and corpus uteri cancers for women and lung, prostate and hematological cancers are for men. The linear increase in cancer incidence rates by years and organs is remarkable (p0.001). Most of the female patients (41.8%) were diagnosed at the local stage and the males were diagnosed at the metastatic period (38.7%). Women were diagnosed at a significantly earlier stage (p0.001). 10-year OS rates were 36.6% for males and 60.5% for females. It was seen that female patients had statistically significant longer survival than male patients (p0.001). when we compared the 10-year OS rates according to primary organ, 10-year OS rates was found to be better in thyroid and breast cancers (92.4% and 73.3%), and the worst was in lung cancers (9.4%). Conclusion: In our study, it was shown that male cancer patients were more than females, and older than females. Additionally, female patients were diagnosed at earlier stages than males. Better OS rates were seen in thyroid and breast cancers, and the worst OS rate was in lung cancers.Amaç: Ege Üniversitesi Hastanesi (EÜH) veri tabanındaki kanser olgularının epidemiyolojik ve genel sağ kalım (GSK) özelliklerini istatistiksel açıdan değerlendirmektir. Gereç ve Yöntem: Türkiye’de ilk kez aktif kanser kayıtçılığı EÜ Kanser Araştırma Merkezi (EÜKAM) tarafından 1992’de başlatılmıştır. CANREG özel bilgisayar programına kaydedilen veriler DSÖ ve SEER sistemleri temelinde gruplanarak analizler yapılmıştır. İstatistik analizlerde Ki-kare, General Linear Model (GLM), Kaplan Meier sağ kalım analizleri uygulanmıştır. Kaplan Meier sağ kalım analizinde Log Rank (Mantel-Cox), Breslow (Generalized Wilcoxon) ve Tarone-Ware istatistikleri kullanılmıştır. İstatistik analizlerde p0,05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Bulgular: EÜKAM tarafından 1992-2017 arasında, 25 yılda 117139 kanser kaydı yapılmış olup bu çalışma içine cilt kanserleri hariç 107238 kanser verisi esas alınmıştır. Olguların %52,8’i erkek, %47,8’i kadındır. Olguların yaş ortalaması 54,87±0,62 olup erkeklerde 60-69 yaş grubunda, kadınlarda ise 50- 59 yaş grubunda en sık görülmektedir (p0,0001). Organ tutulumuna göre en sık görülen ilk üç tümör akciğer, meme ve tiroit kanseridir. Kadınlarda sırasıyla en sık meme, tiroit ve korpus uteri, erkeklerde ise akciğer, prostat ve hematolojik kanserlerdir. Yıllara ve organlara göre kanser görülme oranlarındaki doğrusal artış dikkat çekicidir (p0,0001). Kadın olgular en fazla (%41,8) lokal evrede, erkekler ise metastatik dönemde (%38,7) tanı almışlardır. Kadınlar anlamlı olarak daha erken evrede tanı almaktadır (p0,001). Cinsiyetlere göre 10 yıllık GSK erkeklerde %36,6, kadınlarda ise %60,5 olup kadın olgularımız daha uzun sağ kalıma sahiptir (p=0,0001). Organlara göre 10 yıllık GSK tiroit ve meme kanserlerinde (%92,4 ve %73,3) daha iyi, akciğer kanserlerinde ise en kötü (%9,4) olduğu görülmüştür (p=0,0001). Sonuç: Çalışmamızda erkeklerin kadınlara göre sayıca daha fazla ve daha ileri yaşlarda olduğu, kadınların ise erkeklere göre daha erken evrede tanı aldığı belirlenmiştir. Sağ kalımın tiroit ve meme kanserinde daha iyi, akciğer kanserlerinde ise en kötü olduğu görülmüştür. Olguların cinsiyetlerine göre GSK’leri incelendiğinde kadınların daha uzun sağ kalıma sahip olmaları dikkat çekicidir

Ege Üniversitesi'nde kanser kayıt analizleri: 34134 olgunun değerlendirmesi

OBJECTIVES Ege University Cancer data is being collected by Ege University Cancer Fight against Cancer, Practice and Research Center within the “İzmir Cancer Incidence and Data Collection Project“ which initiated in 1991. Gender, tumor type, stage and their relationship with residence place were analyzed in 34134 cases that was diagnosed cancer and treated in our hospital between 1992-2004. METHODS of the patients, 56.6% were male and 43.4% were women. Stage distribution was as following: 31.6% local, 43% local advanced and 25.4% metastatic disease. RESULTS It was observed that men compared to women (p=0.00), patients who live outside İzmir compared to patients living in İzmir (p=0.00) presented to the hospital with more advanced disease. When residence area, stage and gender were evaluated together, it was determined that women (p=0.011) and men (p=0.04) who were living in İzmir have been diagnosed at early stage. According to tumor groups, while patients with larynx, prostate or breast cancer who were living in İzmir has been diagnosed at early stage (p=0.05, p=0.008, p=0.000, respectively), no significant correlation could be detected among patients with lung, colorectal, cervix and endometrial cancer. CONCLUSION People who live in cities benefit from proximity to developed diagnose and medical centers and the effects of screening and training programmes are observed over women. Cancer training programmes should be enlarged for men besides rural areas.AMAÇ Ege Üniversitesi Kanserle Savaş Uygulama ve Araştırma Merkezi 1991'de başlatılan “İzmir Kanser İnsidansı ve Veri Toplama Projesi” dahilinde Ege Üniversitesi Hastanesi kanser verilerini toplamaktadır. Hastanemizde 1992-2004 yıllarında kanser tanısı ile tedavileri yapılan olguların cinsiyet, tümör tipi ve evresinin, yaşam yeri ile ilişkisi değerlendirildi. GEREÇ VE YÖNTEM Çalışmaya katılan 34134 olgunun %56.6'sı erkek, %43.4'ü kadındı. Lokal hastalık %31.6, lokal ileri hastalık %43 ve metastatik hastalık %25.4 oranında saptandı. BULGULAR Erkeklerin kadınlara (p=0.00), İzmir dışında yaşayan olguların ise İzmir içinde yaşayanlara göre daha ileri evrede hastaneye başvurdukları görüldü (p=0.00). Yaşadığı il, evre ve cinsiyet değerlendirildiğinde İzmir'de yaşayan kadın (p=0.011) ve erkek (p=0.04) olguların daha erken evrede tanı aldıkları belirlendi. Tümör tiplerine göre; larenks, prostat, meme kanserli olgular İzmir içinde daha erken evrede tanı alırken (sırasıyla p=0.05, p=0.008, p=0.000), akciğer, kolorektal, serviks ve endometriyum kanserlerinde anlamlı belirginlik saptanmadı. SONUÇ Gelişmiş tanı ve tedavi merkezlerine yakınlık şehir merkezinde yaşayanlar, kadınlara yönelik tarama ve tanıtım programları ise kadınlar üzerinde etkili olmaktadır. Kanser tanıtım programlarının kırsal alan yanı sıra erkeklere yönelik olarak genişletilmesi uygun olacaktır