Identification of endogenous small peptides involved in rice immunity through transcriptomics- and proteomics-based screening

Small signalling peptides, generated from larger protein precursors, are important components to orchestrate various plant processes such as development and immune responses. However, small signalling peptides involved in plant immunity remain largely unknown. Here, we developed a pipeline using transcriptomics- and proteomics-based screening to identify putative precursors of small signalling peptides: small secreted proteins (SSPs) in rice, induced by rice blast fungus Magnaporthe oryzae and its elicitor, chitin. We identified 236 SSPs including members of two known small signalling peptide families, namely rapid alkalinization factors and phytosulfokines, as well as many other protein families that are known to be involved in immunity, such as proteinase inhibitors and pathogenesis-related protein families. We also isolated 52 unannotated SSPs and among them, we found one gene which we named immune response peptide (IRP) that appeared to encode the precursor of a small signalling peptide regulating rice immunity. In rice suspension cells, the expression of IRP was induced by bacterial peptidoglycan and fungal chitin. Overexpression of IRP enhanced the expression of a defence gene, PAL1 and induced the activation of the MAPKs in rice suspension cells. Moreover, the IRP protein level increased in suspension cell medium after chitin treatment. Collectively, we established a simple and efficient pipeline to discover SSP candidates that probably play important roles in rice immunity and identified 52 unannotated SSPs that may be useful for further elucidation of rice immunity. Our method can be applied to identify SSPs that are involved not only in immunity but also in other plant functions

DOCK2 is involved in the host genetics and biology of severe COVID-19

「コロナ制圧タスクフォース」COVID-19疾患感受性遺伝子DOCK2の重症化機序を解明 --アジア最大のバイオレポジトリーでCOVID-19の治療標的を発見--. 京都大学プレスリリース. 2022-08-10.Identifying the host genetic factors underlying severe COVID-19 is an emerging challenge. Here we conducted a genome-wide association study (GWAS) involving 2, 393 cases of COVID-19 in a cohort of Japanese individuals collected during the initial waves of the pandemic, with 3, 289 unaffected controls. We identified a variant on chromosome 5 at 5q35 (rs60200309-A), close to the dedicator of cytokinesis 2 gene (DOCK2), which was associated with severe COVID-19 in patients less than 65 years of age. This risk allele was prevalent in East Asian individuals but rare in Europeans, highlighting the value of genome-wide association studies in non-European populations. RNA-sequencing analysis of 473 bulk peripheral blood samples identified decreased expression of DOCK2 associated with the risk allele in these younger patients. DOCK2 expression was suppressed in patients with severe cases of COVID-19. Single-cell RNA-sequencing analysis (n = 61 individuals) identified cell-type-specific downregulation of DOCK2 and a COVID-19-specific decreasing effect of the risk allele on DOCK2 expression in non-classical monocytes. Immunohistochemistry of lung specimens from patients with severe COVID-19 pneumonia showed suppressed DOCK2 expression. Moreover, inhibition of DOCK2 function with CPYPP increased the severity of pneumonia in a Syrian hamster model of SARS-CoV-2 infection, characterized by weight loss, lung oedema, enhanced viral loads, impaired macrophage recruitment and dysregulated type I interferon responses. We conclude that DOCK2 has an important role in the host immune response to SARS-CoV-2 infection and the development of severe COVID-19, and could be further explored as a potential biomarker and/or therapeutic target

The whole blood transcriptional regulation landscape in 465 COVID-19 infected samples from Japan COVID-19 Task Force

「コロナ制圧タスクフォース」COVID-19患者由来の血液細胞における遺伝子発現の網羅的解析 --重症度に応じた遺伝子発現の変化には、ヒトゲノム配列の個人差が影響する--. 京都大学プレスリリース. 2022-08-23.Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a recently-emerged infectious disease that has caused millions of deaths, where comprehensive understanding of disease mechanisms is still unestablished. In particular, studies of gene expression dynamics and regulation landscape in COVID-19 infected individuals are limited. Here, we report on a thorough analysis of whole blood RNA-seq data from 465 genotyped samples from the Japan COVID-19 Task Force, including 359 severe and 106 non-severe COVID-19 cases. We discover 1169 putative causal expression quantitative trait loci (eQTLs) including 34 possible colocalizations with biobank fine-mapping results of hematopoietic traits in a Japanese population, 1549 putative causal splice QTLs (sQTLs; e.g. two independent sQTLs at TOR1AIP1), as well as biologically interpretable trans-eQTL examples (e.g., REST and STING1), all fine-mapped at single variant resolution. We perform differential gene expression analysis to elucidate 198 genes with increased expression in severe COVID-19 cases and enriched for innate immune-related functions. Finally, we evaluate the limited but non-zero effect of COVID-19 phenotype on eQTL discovery, and highlight the presence of COVID-19 severity-interaction eQTLs (ieQTLs; e.g., CLEC4C and MYBL2). Our study provides a comprehensive catalog of whole blood regulatory variants in Japanese, as well as a reference for transcriptional landscapes in response to COVID-19 infection

Roles of RecJ, RecO, and RecR in RecET-Mediated Illegitimate Recombination in Escherichia coli

We analyzed effects of overexpression of RecE and RecT on illegitimate recombination during prophage induction in Escherichia coli and found that frequencies of spontaneous and UV-induced illegitimate recombination are enhanced by coexpression of RecE and RecT in the wild type, but the enhanced recombination was reduced by recJ, recO, or recR mutation. The results indicated that RecET-mediated illegitimate recombination depends on the functions of RecJ, RecO, and RecR, suggesting that the RecE and RecJ exonucleases play different roles in this recombination pathway and that the RecO and RecR proteins also play important roles in the recombination. On the other hand, the frequency of the RecET-mediated illegitimate recombination was enhanced by a recQ mutation, implying that the RecQ protein plays a role in suppression of RecET-mediated illegitimate recombination. It was also found that RecET-mediated illegitimate recombination is independent of the RecA function with UV irradiation, but it is enhanced by the recA mutation without UV irradiation. Based on these results, we propose a model for the roles of RecJOR on RecET-mediated illegitimate recombination

15世紀中葉プロヴァン都市会計簿の分析 : 中世後期フランス都市財政の1例

はじめに / Ⅰ. 研究動向 / Ⅱ. プロヴァン都市会計簿の性格 / Ⅲ. 部別構成 / Ⅳ. 15世紀中葉プロヴァンの財政構造と会計簿の特徴 / おわりに / 註 / 表/地図 / 文

シャンパーニュ大市，都市当局，在地住民 : プロヴァンを中心にして

はじめに / 第1章 シャンパーニュ大市研究史とプロヴァン / 第2章 プロヴァンにおける聖俗諸機関 / 第3章 プロヴァン住民と外来商人 / 第4章 プロヴァン市当局と年市 / おわり

西欧中世比較史料論研究 : 平成19年度研究成果年次報告書

表紙・目次 / 0.平成19年度「西欧中世比較史料論研究」研究活動について / 1.岡崎 敦「西欧中世史料論の現在 ―序論として―」 / 2.城戸 照子「ポスト・ローマ期から中世初期イタリアにおける文書主義とリテラシー能力」 / 3.丹下 栄「中世初期史料論の可能性 ―最近の業績から―」 / 4.足立 孝「中世初期スペイン史と文書史料（9 世紀―11 世紀）」 / 5.森 貴子「ウスター司教座のCartulary ―Tinti 論文の紹介から―」 / 6.岡崎 敦「記憶の管理とカルチュレール―モレルとシャスタンの仕事をめぐって―」 / 7.花田 洋一郎「フランス中世後期財政史料論関係文献紹介―1990年代以降の業績から―」 / 8.「西欧中世史料学・史料研究に関する文献・情報紹介」 / 付録 2007年度研究会「ロラン・モレル教授連続講演会」 / 執筆者紹

西欧中世比較史料論研究 : 平成17年度研究成果年次報告書

表紙・目次 / 0.「西欧中世比較史料論研究」の趣旨と活動目標 / 1.シンポジウム「史料論のいま」 / 2.シンポジウム「西欧中世史料論研究の具体的課題」 / 3.研究会「修道院カルチュレール史料論」 / 4.研究会「考古学と歴史学」 / 5.研究会「ブノワ＝ミシェル・トック教授講演会」 / ブノワ＝ミシェル・トック「西欧中近世におけるアーカイヴズ（6-18世紀）」 / ブノワ＝ミシェル・トック「10-13世紀の西欧における私文書」 / コメント / 執筆者紹

西欧中世文書の史料論的研究 : 平成21年度研究成果年次報告書

表紙・目次 / 0.平成21年度「西欧中世文書の史料論的研究」活動について / 1.研究会「アラン・ディルケンス教授」講演会、研究会 / アラン・ディルケンス「カロリング期の司教カピトゥラリア―その性格、射程、伝播―」 / アラン・ディルケンス「キルデリクス（＋481）とクローヴィス（＋511）―歴史叙述、考古学、文書作成―」 / 岡崎敦「アラン・ディルケンス教授講演会、研究会に寄せて」 / 2.研究会「中世盛期における領邦君主の文書と文書局」 / 大浜聖香子「12‐13世紀ポンテュー伯の文書と文書局―伯の統治に関して―」 / 青山由美子「11‐12世紀フランドル伯文書の伝来状況」 / 有光秀行「「中世盛期における領邦君主の文書と文書局」についてのコメント」 / 3.研究会「中世盛期・後期フランス都市における文書実践」 / 花田洋一郎「フランス中世後期における都市行財政諸記録の機能と実践―都市会計簿と都市評議会議事録をめぐって―」 / 大宅明美「ポワチエの都市カルチュレール作成と伝来をめぐる諸問題」 / 図師宣忠「トゥールーズのカルチュレールに見る都市権力と公証人」 / 徳橋曜「中世における文書作成と分類をめぐって」 / 山田雅彦「中世盛期・後期都市文書とその個性的理解の必要―北フランスの事例等を踏まえて―」 / 4.研究会「メルジオフスキ教授、ヴィダ―教授」連続研究会 / マーク・メルジオフスキ「カロリング帝国における政治コミュニケーション―文書形式学への視点―」 / エレン・ヴィダ―「ドイツ中世後期に関する歴史学と古文書形式学」 / 岩波敦子「メルジオフスキ教授、ヴィダ―教授の研究会に寄せて」 / 丹下栄「メルジオフスキ教授講演会参加記」 / 執筆者紹

西欧中世文書の史料論的研究 : 平成23年度研究成果年次報告書

表紙・目次 / 0.平成23年度「西欧中世文書の史料論的研究」活動について / 1.ジャン=ピエール・ドリュモー教授連続講演研究会 / ジャン=ピエール・ドリュモー（岡崎敦訳）「イタリア王国における裁判（9世紀末から11世紀末）」 / ジャン=ピエール・ドリュモー（岡崎敦訳）「秩序は失われたか――政治権力細分化の諸段階（古代から中世にかけての日本、西欧、ビザンツ）――」 / 城戸照子コメント「イタリア中世の裁判をめぐって」 / 2.「西洋中世史料論研究の射程」研究会 / 小澤実「紀元千年紀スカンディナヴィア史料論に向けて――デンマーク・イェリング王朝の事例――」 / 足立孝「12・13世紀ウエスカ司教座聖堂教会文書の生成論――俗人文書と家門の「創造」――」 / 新井由紀夫「15世期イングランドにおけるジェントリの家政会計記録（ハウスホールド・アカウント）について――ラングレィ家の家政会計記録（1473年）――」 / 岡崎敦「現代アーカイブズ理論と西洋中世史料論研究」 / 山田雅彦「中世後期都市研究の現状と都市文書研究の今後――北フランスを中心に――」 / 徳橋曜「ラテン語で書くか俗語で書くか――14～15世紀のフィレンツェ共和国の文書作成――」 / 丹下栄「史料論のこれまで、これから」 / 3.史料論についての個別論考 / 津田拓郎「カピトゥラリアに関する近年の研究動向」 / 花田洋一郎「中世後期フランスにおける都市議事録研究の現状と課題――最近の研究から――」 / 大宅明美「ポワチエ都市書庫と史料伝来」 / 岡崎敦「アーカイブズ学の現在」 / 清原和之「電子環境下のアーカイブズとレコードキーピングに関する批判的考察――マイケル・モスの議論を中心に――」 / 執筆者紹