Entendendo e interpretando os parâmetros utilizados por BLAST.

O método BLAST para determinação de similaridades entre sequências biológicas. Score e matrizes de substituição. Determinação de matrizes de substituição BLOSUM. Determinação de matrizes de substituição PAM. Resultados da teoria Estatística de comparação local de sequências. O Algoritmo usado por BLAST. NCBI-BLAST. Exemplo de busca.bitstream/CNPTIA/9199/1/INSTRTECNICAS6int.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Eutils-search versão 2.0 - manual do usuário.

O software Eutils-search tem por objetivo trazer do banco de dados PubMed informações sobre artigos relacionados a genes de um organismo específico, de acordo com as regras referentes à taxa de acesso impostas pelo site. As informações trazidas são, então, armazenadas localmente em um banco de dados para acesso rápido. Além disso, o software também gera documentos XML correspondentes às informações do organismo requisitado. O eutils-search é uma ferramenta de apoio ao desenvolvimento de aplicações de mineração de textos voltadas para os domínios de biotecnologia e biologia molecular, baseada em informações textuais obtidas do banco de dados PubMed. Este documento apresenta os pré-requisitos e a descrição dos parâmetros necessários para utilização do software, bem como uma descrição de alguns aspectos internos do software, para melhor entendimento do processo que ele automatiza, além de alguns exemplos e uso.bitstream/item/56665/1/Doc115.pd

Mineração de textos aplicada à análise de dados de expressão gênica por microarranjos.

Este trabalho se insere no projeto "Rede Genômica Animal" e tem por objetivo construir uma ferramenta que utilize técnicas de mineração de textos para apoiar a interpretação biológica de dados de experimentos de expressão gênica. Por isso, os dados de expressão gênica a serem utilizados para validação da ferramenta são aqueles gerados no escopo do projeto "Rede Genômica Animal", referente ao organismo Bos taurus

Avaliação de ferramentas para detecção de interações epistáticas para fenótipos quantitativos em estudos de associação genômica ampla.

Variações genéticas presentes em uma população podem estar associadas a muitas características como susceptibilidade a doenças em humanos (ex: diabetes, câncer, e doenças psiquiátricas). Atualmente, tecnologias de genotipagem de baixo custo, baseadas em marcadores moleculares do tipo polimorfismo de base única Single Nucleotide Polymorphism (SNP) são utilizados para identificar variações desse tipo associadas com doenças. Tais estudos, são denominados, estudos de associação genômica ampla, Genome Wide Association Studies (GWAS). No caso de espécies de interesse agropecuário, essas variações genéticas estão relacionadas a características que podem impactar ganhos de qualidade e produção. Portanto, é de extrema importância a utilização de novos métodos computacionais para identificação desses marcadores, já que isto pode contribuir para a seleção de indivíduos superiores, considerando os traços fenotípicos de interesse em espécies animais utilizadas em programas de melhoramento coordenados pela Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa)

Eutils-search - manual do usuário.

O software Eutils-search tem por objetivo trazer do banco de dados PubMed informações sobre artigos relacionados a genes de um organismo específico, de acordo com as regras referentes à taxa de acesso impostas pelo site. As informações trazidas são, então, armazenadas localmente em um banco de dados para acesso rápido. Além disso, o software também gera documentos XML correspondentes às informações do organismo requisitado. O eutils-search é uma ferramenta de apoio ao desenvolvimento de aplicações de mineração de textos voltadas para os domínios de biotecnologia e biologia molecular, baseada em informações textuais obtidas do banco de dados PubMed. Este documento apresenta os pré-requisitos e a descrição dos parâmetros necessários para utilização do software, bem como uma descrição de alguns aspectos internos do software, para melhor entendimento do processo que ele automatiza, além de alguns exemplos e uso.bitstream/item/31573/1/doc106-10.pd

Modelagem e desenvolvimento de interface web para banco de dados de genótipos e fenótipos de animais usando o framework Django e a linguagem Python.

Para realizar avaliações genéticas em programas de melhoramento genético animal é necessário coletar e armazenar uma grande quantidade de dados de fenótipo, pedigree, genótipos, índices econômicos associados a sistemas de produção, entre outros; deixando-os disponíveis para posterior análise. Visando faciliar a manipulação de parte desses dados, decidiu-se por construir uma interface web para edição e visualização desses dados

Análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes: implementação em R.

O objetivo deste trabalho é a criação de um pacote R (R CORE TEAM, 2014) que implemente quatro diferentes métodos de GSEA no contexto de GWAS, considerando adaptações para aplicação em espécies animais de interesse para a agricultura

Sistema de gerenciamento de campos experimentais - SiCamp.

O mapa do campo experimental. Principais funcionalidades do sistema. Resultados parciais e trabalhos futuros.bitstream/item/76636/1/CNPTIA-COM.TEC.-4-99.pd