Structure of the Energy Landscape of Short Peptides

We have simulated, as a showcase, the pentapeptide Met-enkephalin (Tyr-Gly-Gly-Phe-Met) to visualize the energy landscape and investigate the conformational coverage by the multicanonical method. We have obtained a three-dimensional topographic picture of the whole energy landscape by plotting the histogram with respect to energy(temperature) and the order parameter, which gives the degree of resemblance of any created conformation with the global energy minimum (GEM).Comment: 17 pages, 4 figure

Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi

Tropoelastin molekülünün en önemli tekrar motifi olan Val–Pro-Gly-Val-Gly diziliminin sıvı içindeki yapısı multikanonik simülasyon yöntemi ile elde edilmistir ve düsük enerjili ve termodinamik olarak kararlı yapıları belirlenmistir. Sıvı teriminin yapılar üstündeki etkisi Ramachandran grafikleri ile analiz edilmistir. Sıvı teriminin moleküle esneklik getirdigi, vakum içinde çok sınırlı bir bölgeye hapsolmus bulunan konfigürasyonların sıvı içinde degistigi gözlenmistir. Sıvı içinde besli-peptidin sahip oldugu en düsük enerji degeri belirlenmistir