TƯƠNG QUAN XÓI LỞ - BỒI TỤ MỘT SỐ KHU VỰC LÒNG SÔNG TIỀN, SÔNG HẬU

Correlation of erosion - aggradation in areas along Tien and Hau RiversRiverside erosion, one of the most severe natural disasters, has been occuring along the banks of Tien river and Hau for many years. Many segments in Tan Chau, Hong Ngu, Sa Dec,… are seriously affected by the disaster. There are numbers of studies that have indentified levels, causes of the erosion process and proposed solutions for the decrease of erosional negative influences. Based on analysing satellite images, map, monitoring a series of channel cross - sections by echosounder and the study of geomorphology, the study concluded that erosion and deposition, specific natural processes of braided and meandering river in flood plains, balance one another. Bulding stone jetties and uncomprehensive management have accelerated both two processes: erosion and deposition. Combining the dredge river bed and exploitation of materials for construction is the most effective solution to reduce river shore erosion

LỌC NHIỄU VÀ PHÁT HIỆN BIÊN ẢNH TRONG KHUẾCH TÁN PHI TUYẾN KHÔNG ĐẲNG HƯỚNG

SUMMARYNonlinear Anisotropic Diffusion (NAD) is a smoothing while edge preserving process, which itself depends on local properties of the image. In order to avoid blurring of edges, automated  problem  for detecting edge pixels also differentiate between edge noise is important in NAD method. The main contribution in this paper to introduce an active stopping-function instead of Perona-Malik’s stopping-function and Tukey’s stopping-function in NAD model. Numerical experimental results are demonstrated for comparing effective of these stopping-functions to image quality evaluation criteria.  SUMMARYNonlinear Anisotropic Diffusion (NAD) is a smoothing while edge preserving process, which itself depends on local properties of the image. In order to avoid blurring of edges, automated  problem  for detecting edge pixels also differentiate between edge noise is important in NAD method. The main contribution in this paper to introduce an active stopping-function instead of Perona-Malik’s stopping-function and Tukey’s stopping-function in NAD model. Numerical experimental results are demonstrated for comparing effective of these stopping-functions to image quality evaluation criteria.

MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC LOÀI KIÊU HÙNG (Alcimandra cathcartii (Hook. f. & Thomson) Dandy) TẠI VƯỜN QUỐC GIA HOÀNG LIÊN, TỈNH LÀO CAI

Kiêu hùng hay Giổi núi cao Alcimandra cathcartii (Hook. f. Thomson) Dandy), thuộc họ Ngọc lan (Magnoliaceae) là cây gỗ tốt, mùi thơm và vân gỗ đẹp; được đánh giá là loài có nguồn gen rất hiếm và độc đáo. Hiện chúng  được xếp hạng CR B1+2b,e - Rất nguy cấp trong Sách đỏ Việt Nam (2007). Kết quả nghiên cứu ở Vườn quốc gia Hoàng Liên cho thấy, Kiêu hùng thường phân bố ở các đai có độ cao từ 2000 - 2600 m, dọc tuyến từ Trạm Tôn lên đỉnh PhanXi Păng. Trong quần xã, Kiêu hùng thuộc nhóm cây chiếm ưu thế, đóng vai trò quan trọng trong công thức tổ thành và có quan hệ thân thuộc với Côm, Dẻ, Đỗ quyên, Kháo, Hồng quang. Mật độ phân bố của loài Kiêu hùng khá cao, khoảng 200 - 250 cây/ha. Kiêu hùng tái sinh cả từ hạt và chồi gốc, nhưng chủ yếu từ hạt. Khả năng tái sinh của chúng khá tốt, khoảng từ 560 - 2.720 cây/ha và đóng vai trò quan trọng trong tổ thành lớp cây tái sinh. Đây là tín hiệu tốt cho việc bảo tồn nguồn gen quý hiếm này tại Vườn quốc gia Hoàng Liên

Giải mã hệ gen ở thực vật và các loài thuộc chi Nhân sâm (Panax L.)

Advances in genome sequencing technologies have created a new genomic era of life sciences research worldwide in which a number of modern and sophisticated techniques and tools have been developed and employed. Many countries have invested in plant genome sequencing as part of a sustainable development strategy. Each year, the number of plant genomes and transcriptomes sequenced has increased. The results obtained offer opportunities for fundamental and applied research, provide valuable data for identification of genes or molecular markers linked to traits that are important for selection, cultivation, and/or production. In Vietnam, partial or complete genome sequencing of crops has been recently conducted, primarily as part of international collaborative projects. The genus Panax L. (Araliaceae family) is comprised of several species of commercial value with narrow distributions such as P. bipinnatifidus Seem., P. stipuleanatus H.T.Tsai K.M.Feng, and Panax vietnamensis Ha et Grushv. Despite their very important roles in traditional medicine, understanding of their genetic characteristics is still limited. Molecular studies on the genus have, so far, only evaluated limited markers for phylogenetic analysis. Therefore, genome sequencing of these important herbal plants is needed to understand their genetic characteristics, their evolutionary history and the genes and biochemical pathways contributing to medicinally important metabolites. This review summarizes all related genome sequencing technologies including the most recent advances in the last decade and their applications in genome and transcriptome sequencing of plants in general and in the genus Panax L. in particular.Thành công trong việc phát triển các công nghệ giải trình tự gen đã mở ra thời kỳ phát triển mới trong nghiên cứu về khoa học sự sống với rất nhiều kỹ thuật phức tạp và hiện đại đã được phát triển và ứng dụng. Với chiến lược phát triển bền vững, nhiều nước trên thế giới đã đầu tư mạnh cho nghiên cứu giải mã và phân tích hệ gen ở các đối tượng thực vật. Hàng năm, số lượng các loài được giải mã hệ gen tăng lên nhanh chóng. Kết quả đạt được mở ra nhiều cơ hội cho các nghiên cứu cơ bản và ứng dụng, cung cấp dữ liệu cho việc tìm kiếm các chỉ thị phân tử liên quan đến các tính trạng quan trọng và xác định nguồn gen. Ở Việt Nam, nghiên cứu giải mã toàn bộ hoặc một phần hệ gen các loài cây trồng có giá trị chỉ được bắt đầu trong thời gian gần đây trong khuôn khổ các chương trình hợp tác quốc tế. Chi Nhân sâm bao gồm các loài cây rất có giá trị kinh tế với khu vực phân bố hẹp như Sâm vũ diệp (P. bipinnatifidus Seem.), Tam thất hoang (P. stipuleanatus H.T.Tsai K.M.Feng) và Sâm Ngọc linh hay còn gọi là Sâm việt nam (P. vietnamensis Ha et Grushv.)…Mặc dù là các loài dược liệu quý nhưng những hiểu biết về di truyền phân tử của các loài này còn rất hạn chế. Hiện nay, các nghiên cứu chỉ sử dụng một số chỉ thị phân tử để nhận dạng hay đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen. Vì vậy, các nghiên cứu liên quan đến giải mã hệ gen, phát triển bộ mã vạch phân tử góp phần hiểu biết sâu hơn về các đặc tính di truyền phân tử và tiến hóa của loài. Bài viết này sẽ tổng quan một số công trình nghiên cứu về các công nghệ giải trình tự DNA/hệ gen trên thế giới và những ứng dụng trong giải mã hệ gen, hệ gen biểu hiện ở thực vật nói chung và các loài thuộc chi Nhân sâm nói riêng

THỰC TRẠNG QUẢN LÝ VÀ SỬ DỤNG NGUỒN NƯỚC MẶT PHỤC VỤ TƯỚI CHO ĐẤT TRỒNG LÚA TRONG ĐIỀU KIỆN HẠN HÁN TẠI HUYỆN HÒA VANG, THÀNH PHỐ ĐÀ NẴNG

Tóm tắt: Nghiên cứu này được thực hiện nhằm đề xuất các giải pháp để góp phần nâng cao hiệu quả tưới của hệ thống nguồn nước mặt cho diện tích đất trồng lúa tại huyện Hòa Vang, thành phố Đà Nẵng. Các phương pháp nghiên cứu được sử dụng gồm: thu thập số liệu, thảo luận nhóm tập trung với sự tham gia của các bên liên quan, và khảo sát thực địa. Kết quả cho thấy hầu hết các hồ, đập đều có quy mô vừa và nhỏ nên không đủ tưới cho vùng canh tác lúa, đặc biệt là vào vụ Hè Thu. Việc sử dụng các trạm bơm lưu động nhằm tưới cho diện tích đất trồng lúa bị hạn là chưa hiệu quả ở những vùng có địa hình cao. Nguồn nước mặt chưa đáp ứng được nhu cầu tưới cho diện tích lúa trên địa bàn huyện. Với thực trạng đó, nghiên cứu đã phân tích các giải pháp đã được áp dụng để từ đó đề xuất các giải pháp về quy hoạch sử dụng đất trồng lúa, giải pháp về phát triển thủy lợi và giải pháp tuyên truyền nâng cao nhận thức của người dân nhằm góp phần nâng cao hiệu quả tưới của hệ thống nguồn nước mặt cho diện tích đất trồng lúa phù hợp với thực tế địa phương.Từ khóa: đất trồng lúa, hạn hán, nguồn nước mặt, quản lý, Hòa Van

Xây dựng phương pháp sàng lọc đột biến gen RB1 thông qua mRNA

Retinoblastoma (Rb) is a malignant tumor of the retina, occurring usually in children before age five. The heritable form acounting for about 40% of Rb making genetic analysis of RB1 gene is a important part of disease management. In previous study, we have successfully employed a method of direct sequencing for RB1 mutation screening from genomic DNA. However, given the large size of this gene and no reported mutation hotspots, the testing can be costly and time consuming method. To overcome this problem, we have developed a method to detect mutation from RB1 mRNA. Total RNA was isolated from blood leukocytes of a healthy individual and a Rb patient, cDNA was subsequently synthesized using reverse-transcriptase PCR. Whole cDNA of RB1 was amplified using six specific primer pairs and sequenced by Sanger method. The PCR products from healthy individual were showed as six specific bands on the agarose gel and could be used as the standard pattern of the normally spilced transcripts. Those of PCR products were sequenced successfuly and data can be aligned with the reference sequence of RB1 cDNA on the Genebanhk to identify nucleotide variants.  We also identified an upnormal splicing of RB1 gene in the Rb patient haboring a c. G1960C mutation at the end of the exon 19 by amplification of  the RB1 cDNA fragments. Hence using RB1 mRNA test can reveal not only the silent/pathogenic mutations in the coding region of RB1, but also mutations that affect the normal spilcing of RB1 mRNA. This method reduces cost and time, can be used as the first step of RB1 analysis in Rb patients.Ung thư nguyên bào võng mạc (retinoblastoma, Rb) là bệnh ung thư võng mạc ác tính ở trẻ em thường được phát hiện ở trẻ dưới 5 tuổi. Dạng di truyền xuất hiện ở khoảng 40% bệnh nhân UTNBVM cho thấy các phân tích di truyền gen RB1 là một phần quan trọng trong công tác quản lý kiểm soát bệnh. Trong nghiên cứu trước đây, chúng tôi đã sử dụng thành công phương pháp sàng lọc đột biến gen RB1 bằng kỹ thuật giải trình tự gen từ nguồn DNA hệ gen. Tuy nhiên, với kích thước gen lớn lại không có các điểm nóng về đột biến gen được xác định nên việc sàng lọc gen trở nên đắt đỏ và tốn thời gian. Nhằm khắc phục nhược điểm đó, nghiên cứu này tiến hành xây dựng phương pháp sàng lọc đột biến gen RB1 thông qua mRNA. RNA tổng số được tách từ mẫu máu tươi của một người khỏe mạnh và cDNA được tổng hợp thông qua quá trình phiên mã ngược. Toàn bộ vùng mã hóa của gen RB1 được khuếch đại bằng sáu cặp mồi đặc hiệu và giải trình tự bằng phương pháp Sanger. Ở người khoẻ mạnh, sản phẩm PCR từ cDNA là sáu băng đặc hiệu trên bản điện di gel agarose và có thể được dùng như kiểu mẫu chuẩn của bản phiên mã trải qua quá trình cắt nối bình thường của mRNA. Các sản phẩm PCR này được giải trình tự thành công và dữ liệu nhận được có thể so sánh với trình tự mRNA của gen RB1 trên ngân hàng gen. Chúng tôi cũng đã xác định được sự phân cắt bất thường của bản sao gen RB1 ở bệnh nhân mang đột biến c.G1960C tại nucleotide cuối cùng trên exon 19 bằng cách khuếch đại các đoạn cDNA. Như vậy, phương pháp phân tích mRNA của gen RB1 có thể phát hiện không chỉ các đột biến gây bệnh hay đột biến câm trong vùng mã hoá mà còn phát hiện được cả các đột biến gây ảnh hưởng tới quá trình cắt nối của phân tử mRNA. Phương pháp này giúp giảm giá thành, thời gian xét nghiệm và có thể được sử dụng như là bước sàng lọc đầu tiên khi xét nghiệm gen cho bệnh nhân

PHÂN TÁCH VÀ XÁC ĐỊNH HỆ PROTEIN NƯỚC TIỂU Ở BỆNH NHÂN GHÉP THẬN CÓ BIẾN CHỨNG THẢI GHÉP CẤP TÍNH

Tìm kiếm chỉ  thị  sinh học  trong mẫu nước  tiểu  là một chủ đề chính của y học  lâm  sàng. Ngày nay,  sự phát  triển của kĩ  thuật proteomics đã nhanh chóng  làm  thay đổi  sự hiểu biết về thành phần hệ protein của nước tiểu. Điện di 2 chiều kết hợp khối phổ là kĩ thuật được lựa chọn cho phân tích hệ protein nước tiểu trong những năm gần đây và cũng đã đưa ra được nhiều kết luận có giá  trị. Trong nghiên cứu này chúng  tôi  tập  trung vào các vấn đề có  liên quan đến  thu thập, bảo quản, tinh sạch và phân tích bằng điện di 2 chiều kết hợp hệ thống khối phổ các mẫu bệnh nhân ghép thận có biến chứng thải ghép cấp tính. Những kết quả này là tiền đề cho những nghiên cứu tiếp sau về hệ protein nước tiểu trên đối tượng này, đồng thời cũng định hướng cho việc tìm kiếm các ứng viên đặc hiệu nhằm phát hiện sớm bệnh phục vụ công tác điều trị bệnh

PHÂN TÍCH HỆ PHIÊN MÃ VÀ SÀNG LỌC MỘT SỐ GEN GIẢ ĐỊNH LIÊN QUAN TỚI TÍNH TRẠNG TĂNG TRƯỞNG Ở TÔM SÚ (PENAEUS MONODON)

Tôm sú (Penaeus monodon) là loài thủy sản nuôi trồng đem lại nguồn lợi lớn cho quốc gia. Trong những năm gần đây, xuất khẩu tôm sú có thể đạt gần một tỷ USD/năm. Tuy nhiên, các dữ liệu về hệ gen và hệ phiên mã của tôm sú còn hạn chế khiến cho việc nghiên cứu phục vụ cho việc chọn tạo giống với những tính trạng quan trọng như tăng trưởng nhanh, kháng bệnh còn gặp nhiều khó khăn. Giải trình tự và phân tích hệ phiên mã tôm sú sẽ cung cấp các dữ liệu quan trọng cho công tác chọn giống tôm sú. Trong nghiên cứu này, từ gói dữ liệu giải trình tự thế hệ mới mô cơ và mô gan tụy tôm sú thu nhận từ vùng biển Bắc Trung Bộ Việt Nam, chúng tôi đã đánh giá, tiền xử l. và lắp ráp de novo hệ phiên mã, tinh sạch và thu được 17.406 unigene với kích thước trung bình là 403,06 bp, N50 là 402 bp. Toàn bộ các unigene trong hệ phiên mã tinh sạch được chú giải với 4 cơ sở dữ liệu khác nhau và đã sàng lọc được 51 unigene liên quan đến tính trạng tăng trưởng. Phân tích biểu hiện cho thấy 16.148 unigene có sự biểu hiện khác biệt giữa mô cơ và mô gan tụy. Những kết quả này sẽ là nguồn dữ liệu hữu ích về hệ phiên mã tôm sú và có thể được áp dụng cho nhiều nghiên cứu tiếp theo đặc biệt trong việc sàng lọc các chỉ thị phân tử liên kết với những tính trạng có . nghĩa kinh tế quan trọng ở tôm sú

ĐÁNH GIÁ CHỈ THỊ SSR VÀ HIỆN TƯỢNG THẮT CỔ CHAI Ở QUẦN THỂ DẦU MÍT (DIPTEROCARPUS COSTATUS) TRONG RỪNG NHIỆT ĐỚI ĐÔNG NAM BỘ

Loài Dầu mít (Dipterocarpus costatus) là loài phân bố hẹp trong Rừng nhiệt đới núi thấp Đông Nam Bộ. Do khai thác quá mức vào những năm 1980 và 1990, cùng với nơi sống của chúng bị thu nhỏ, loài này được đưa vào Sách đỏ thế giới năm 1998 và cần được bảo vệ. Để bảo tồn loài Dầu mít, đánh giá đa dạng di truyền loài đã được điều tra trên cơ sở phân tích 9 locus microsatellite (SSR), từ 86 cá thể trưởng thành. Chín locus đều có kết quả đa hình. Tổng số 27 allele đã được ghi nhận cho tất cả locus nghiên cứu. Chỉ số băng đa hình (PIC) cho mỗi cặp mồi đa hình trung bình 0,207 (0,034-0,514) và chỉ ra mức độ đa hình thấp. Các giá trị đặc điểm của mỗi cặp mồi SSR cũng được xác định, RP (3,092), PD (0,342) và MI (0,389). Dẫn liệu chỉ mức độ đa dạng di truyền loài Dầu mít ở Rừng nhiệt đới Đông Nam Bộ thấp, số allele cho một locus là NA = 2,3, hệ số gen dị hợp tử quan sát HO = 0,131, hệ số gen dị hợp tử kỳ vọng HE = 0,147 và hệ số cận noãn cao FIS = 0,104- 0,135. Hiện tượng thắt cổ chai cũng được tìm thấy ở Rừng phòng hộ Tân Phú (Đồng Nai) và Vườn Quốc gia Lò Gò - Xa Mát (Tây Ninh) (p0,01). Kết quả nghiên cứu này đã chỉ ra tầm quan trọng cần phải bảo tồn nguồn gen loài Dầu mít ở Rừng nhiệt đới Đông Nam Bộ

Phân tách các protein từ nọc rắn hổ mang chúa Ophiophagus hannah tại Việt Nam và khảo sát ảnh hưởng của chúng lên sự biệt hóa của tế bào mô mỡ 3T3-L1

Snake venom is a mixture of different components with a great variety of biological effects. Some components in snake venom have been found to act specifically and potently on their targets. Unlike the venom of Naja naja, Echis carinatus, Vipera russellii which are widely used, there is little attention has been given to Ophiophagus hannah even this is the largest venomous snake in the world. In this study, using O. hannah venom collected at Dong Tam Snake Farm in Tien Giang Province, we have collected 4 protein fractions using membrane cut-off centrifugal filters, ie., YM100, YM50, YM 30, YM10 and YM3. Of the 4 fractions including (1) proteins from 3 kDa to smaller than 10 kDa, (2) proteins from 10 kDa to smaller than 30 kDa, (3) proteins from 30 kDa to smaller than 50 kDa and (4) proteins from 50 kDa to smaller 100 kDa, fraction 4 accounted for the highest proportion whereas fraction 3 is the lowest proportion. Following the demonstration of many medicinal uses of snake venom, potential effect of fraction 1 on obesity was examined. Although multiple molecular processes are involved in the progression of the disease, obesity can accompany increase in adipocyte size as a consequence of accumulation of lipid droplets within the fat cell, as well as increased number of adipocytes resulting from differentiation of precursor cells. In our study, two different concentrations of 1 μg/mL and 10 μg/mL proteins in fraction 1 were investigated for effectiveness on the 3T3-L1 cells differentiation and adipogenesis. The obtained results showed that, at the concentration of 10 μg/mL, this fraction inhibited the adipogenesis which have been shown by accumulation of lipid droplets within the 3T3-L1 cells.  Besides, at a concentration of 10 μg/mL, fraction 1 had no cytotoxic effect on cell viability of 3T3-L1 cells.Nọc rắn, một hỗn hợp chứa các phân tử với những hoạt tính sinh học phong phú khác nhau, gần đây đã thu hút sự quan tâm của các nhà khoa học. Những nghiên cứu trên thế giới cho thấy một số hợp chất trong nọc rắn tác động đặc hiệu và hiệu quả lên các cơ quan đích của con mồi. Không giống như nọc độc của Naja naja, Echis carinatus, Vipera russellii được sử dụng rộng rãi, có rất ít sự chú ý đối với nọc rắn hổ chúa Ophiophagus hannah mặc dù đây là loài rắn độc lớn nhất trên thế giới. Trong nghiên cứu này, sử dụng các cột ly tâm có chứa các màng phân tách với kích thước khác nhau, YM100, YM50, YM30, YM10 và YM3, các phân đoạn protein, peptide có trong nọc rắn Ophiophagus hannah thu nhận tại trại rắn Đồng Tâm, Tiền Giang đã được phân tách. Phân tích bằng điện di SDS-PAGE cho thấy, trong số 4 phân đoạn gồm (1) từ 3 kDa đến nhỏ hơn 10 kDa, (2) từ 10 kDa đến nhỏ hơn 30 kDa, (3) từ 30 kDa đến nhỏ hơn 50 kDa và (4) từ 50 kDa đến nhỏ hơn 100 kDa, protein trong phân đoạn 4 chiếm tỉ lệ cao nhất, trong khi phân đoạn 3 chiếm tỉ lệ thấp nhất. Thử nghiệm phân đoạn 1 lên sự biệt hóa của tế bào mô mỡ 3T3-L1 cho thấy, ở nồng độ 10 µg/mL, phân đoạn này ức chế sự biệt hóa tế bào mô mỡ 3T3-L1 nhưng không có tác dụng độc lên sự sinh trưởng của tế bào. Kết quả nghiên cứu này là cở sở khoa học cho các nghiên cứu tiếp theo nhằm phát triển một sản phẩm ứng dụng trong điều trị bệnh béo phì