A Catalog of Reference Genomes from the Human Microbiome

The human microbiome refers to the community of microorganisms including prokaryotes, viruses and microbial eukaryotes that populate the human body. The National Institutes of Health launched an initiative that focuses describing the diversity of microbial species associated with health and disease. The first phase of this initiative includes the sequencing of hundreds of microbial reference genomes, coupled to metagenomic sequencing from multiple body sites. Here we present results from an initial reference genome sequencing of 178 microbial genomes. From 547,968 predicted polypeptides that correspond to the gene complement of these strains “novel” polypeptides that had both unmasked sequence length > 100 amino acids and no BLASTP match to any non-reference entry in the nr subset were defined. This analysis resulted in a set of 30,867 polypeptides, of which 29,987 (~97%) were unique. In addition, this set of microbial genomes allows for ~ 40% of random sequences from the microbiome of the gastrointestinal tract to be associated with organisms based on the match criteria used. Insights into pan-genome analysis suggest that we are still far from saturating microbial species genetic datasets. In addition, the associated metrics and standards used by the group for quality assurance are presented

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

We present a draft genome sequence of the platypus, Ornithorhynchus anatinus. This monotreme exhibits a fascinating combination of reptilian and mammalian characters. For example, platypuses have a coat of fur adapted to an aquatic lifestyle; platypus females lactate, yet lay eggs; and males are equipped with venom similar to that of reptiles. Analysis of the first monotreme genome aligned these features with genetic innovations. We find that reptile and platypus venom proteins have been co-opted independently from the same gene families; milk protein genes are conserved despite platypuses laying eggs; and immune gene family expansions are directly related to platypus biology. Expansions of protein, non-protein-coding RNA and microRNA families, as well as repeat elements, are identified. Sequencing of this genome now provides a valuable resource for deep mammalian comparative analyses, as well as for monotreme biology and conservation

Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes

‘Orang-utan’ is derived from a Malay term meaning ‘man of the forest’ and aptly describes the southeast Asian great apes native to Sumatra and Borneo. The orang-utan species, Pongo abelii (Sumatran) and Pongopygmaeus (Bornean), are the most phylo- genetically distant great apes from humans, thereby providing an informative perspective on hominid evolution. Here we present a Sumatran orang-utan draft genome assembly and short read sequence data from five Sumatran and five Bornean orang-utan genomes

Energy

Chapter 8 - Energ

A framework for human microbiome research

A variety of microbial communities and their genes (the microbiome) exist throughout the human body, with fundamental roles in human health and disease. The National Institutes of Health (NIH)-funded Human Microbiome Project Consortium has established a population-scale framework to develop metagenomic protocols, resulting in a broad range of quality-controlled resources and data including standardized methods for creating, processing and interpreting distinct types of high-throughput metagenomic data available to the scientific community. Here we present resources from a population of 242 healthy adults sampled at 15 or 18 body sites up to three times, which have generated 5,177 microbial taxonomic profiles from 16S ribosomal RNA genes and over 3.5 terabases of metagenomic sequence so far. In parallel, approximately 800 reference strains isolated from the human body have been sequenced. Collectively, these data represent the largest resource describing the abundance and variety of the human microbiome, while providing a framework for current and future studies

Стратегија за развој на обновливите извори во Република Македонија до 2020 година

Анализа на состојбите и изготвување на стратешки план за развој на обновливите енергетски извори во Република Македонија за периодот до 2020 година

Guidelines on Neonatal seizures

Во оваа публикација објавени се резултатите на систематичен преглед на тема Неонатални конвулзии. Изработката на систематичен преглед има највисока вредност во областа на публицирањето на трудови, затоа што опфаќа сложена методологија. Оваа публикација претставува збир на повеќе систематични прегледи со што се донесуваат препораките за третман на неонаталните конвулзии

Draft Genome of the Filarial Nematode Parasite Brugia malayi

Parasitic nematodes that cause elephantiasis and river blindness threaten hundreds of millions of people in the developing world. We have sequenced the ∼90 megabase (Mb) genome of the human filarial parasite Brugia malayi and predict ∼11,500 protein coding genes in 71 Mb of robustly assembled sequence. Comparative analysis with the free-living, model nematode Caenorhabditis elegans revealed that, despite these genes having maintained little conservation of local synteny during ∼350 million years of evolution, they largely remain in linkage on chromosomal units. More than 100 conserved operons were identified. Analysis of the predicted proteome provides evidence for adaptations of B. malayi to niches in its human and vector hosts and insights into the molecular basis of a mutualistic relationship with its Wolbachia endosymbiont. These findings offer a foundation for rational drug design

Стратегија за развој на енергетиката во Република Македонија за период 2008-2020

Во оваа стратегија се опфатени:Целите на стратегијата, генералните принципи на функционирање на енергетскиот сектор, постојната енергетска инфраструктура, потрошувачката на енергија во периодот 1996-2007, потребата од енергија во периодот 2008-2020, можностите за обезбедување на потребната енергија во периодот 2008-2020 и слично

Стратегија за развој на кластерите во Република Македонија 2018 - 2025

Секој стратегиски документ претставува еден вид патека кон остварување на посакуваните цели. Имплементацијата на стратегијата побарува најефикасно и ефективно искористување на ресурсите во процесот на реализација на активностите од стратегијата. Во таа насока е изработен и овој стратегиски документ. Целта на оваа стратегија е да го поддржи развојот на кластерите во Република Македонија во наредните 7 години, при што на кластерите се гледа како на механизам за зголемена иновативност и профитабилност на малите и средни претпријатија (членки на кластерите), односно, генерално, се очекува стратегијата да помогне во остварувањето на заложбите за забрзан општествено-економски развој на Република Македонија