Determinação do tropismo viral por ensaios genotípicos e fenotípicos em pacientes brasileiros infectados por HIV-1

The clinical application of CCR5 antagonists involves first determining the coreceptor usage by the infecting viral strain. Bioinformatics programs that predict coreceptor usage could provide an alternative method to screen candidates for treatment with CCR5 antagonists, particularly in countries with limited financial resources. Thus, the present study aims to identify the best approach using bioinformatics tools for determining HIV-1 coreceptor usage in clinical practice. Proviral DNA sequences and Trofile results from 99 HIV-1-infected subjects under clinical monitoring were analyzed in this study. Based on the Trofile results, the viral variants present were 81.1% R5, 21.4% R5X4 and 1.8% X4. Determination of tropism using a Geno2pheno[coreceptor] analysis with a false positive rate of 10% gave the most suitable performance in this sampling: the R5 and X4 strains were found at frequencies of 78.5% and 28.4%, respectively, and there was 78.6% concordance between the phenotypic and genotypic results. Further studies are needed to clarify how genetic diversity amongst virus strains affects bioinformatics-driven approaches for determining tropism. Although this strategy could be useful for screening patients in developing countries, some limitations remain that restrict the wider application of coreceptor usage tests in clinical practice.A aplicação clínica dos antagonistas de CCR5 envolve em primeiro lugar determinar o uso de co-receptor pela cepa viral infectante. Programas de bioinformática que prevêem o uso co-receptor poderiam fornecer um método alternativo para selecionar candidatos para o tratamento com os antagonistas do CCR5, particularmente em países com poucos recursos financeiros. Assim, o presente estudo teve por objetivo identificar a melhor abordagem utilizando ferramentas de bioinformática para determinar qual o tipo de co-receptor do HIV-1 que poderia ser usado na prática clínica. Sequências de DNA proviral e Trofile resultados a partir de 99 pacientes infectados pelo HIV-1 sob monitorização clínica foram avaliadas. Com base nos resultados do Teste Trofile, as variantes virais presentes eram R5 (81,1%), R5X4 (21,4%) e X4 (1,8%). Determinação do tropismo pela análise do Geno2pheno, com taxa de falso positivos de 10% apresentou desempenho mais adequado para esta amostragem: as cepas R5 e X4 foram encontradas em frequências de 78,5% e 28,4%, respectivamente, e foi de 78,6% a concordância entre os resultados fenotípicos e genotípicos. Mais estudos são necessários para esclarecer como a diversidade genética entre as cepas do vírus afeta abordagens baseadas na determinação do tropismo pelas ferramentas de bioinformática. Embora esta estratégia possa ser útil para o rastreio de pacientes em países em desenvolvimento, permanecem algumas limitações que restringem a aplicação mais ampla para utilização de testes de co-receptor na prática clínica

Relato de seis casos de fungemia relacionadas a assistência à saúde por Saccharomyces cerevisiae (SC) em hospital de São Paulo -SP

Objetivo: Relatar seis casos de fungemia por Saccharomyces cerevisiae, em pacientes internados em Unidade de Terapia Intensiva em Hospital Geral de São Paulo/SP/Brasil e a relação com uso de probióticos. Método: levantamento retrospectivo dos dados em prontuário hospitalar. Discussão: Analisando os 6 casos constatamos idade média de 65,8 anos, predominância no sexo masculino (4/6), associação com cardiopatias e pneumopatias (5/6), uso de dieta parenteral (3/6), uso de acesso venoso centrais (6/6), internação em Unidade de Terapia Intensiva (6/6) e uso de probióticos (5/6). A correlação entre o uso de probióticos e a ocorrência da fungemia pelo Saccharomyces cerevisiae parece estar relacionada com fatores envolvidos no processo de preparo do probióticos no momento da administração dele aos pacientes. A contaminação de superfícies no ambiente de internação e a contaminação de acessos venosos centrais pelas mãos dos profissionais que manipulam os probióticos, durante a administração destes, pode ser o principal fator de predisposição a estas infecções

PRESENÇA DO GENE BLA NDM EM RAOULTELLA ORNITHINOLYTICA (RO): DE GERME EMERGENTE A ESPÉCIE DE GRANDE PREOCUPAÇÃO POR CEPAS ANTIMICROBIANO MULTIRRESISTENTES (MR) EM PACIENTES INTERNADOS EM HOSPITAL TERCIÁRIO DE SÃO PAULO (HMP) ENTRE 2020 E 2023

Introdução: Ro é um bastonete encapsulado Gram-negativo, aeróbio, não móvel, pertencente às Enterobacteriaceae. Encontrada em ambientes aquáticos, solo, peixes e insetos. Emergente em humanos, com relatos de infecções virulentas em pacientes de risco com comorbidades. A dificuldade na identificação da espécie é explicada pelos escassos relatos na literatura. Tem sido frequente os relatos de infecções humanas, com cepas MR. Objetivo: Investigar o perfil de resistência das Ro isoladas no HMP. Métodos: Investigação e análise de prontuários de pacientes com cultura positivas para Ro no período de janeiro de 2020 a junho de 2023. Resultados: Foram identificados seis pacientes com isolados com Ro. Caso 1: masculino, 21a, vítima de politrauma com cultura de líquido pleural no 10° dia de internação (DI). Cepa multisensível (MS). Recebeu Polimixina B (PoliB), Meropenem (MRN), Pipperacilina-Tazobactam (PTB) e Sulfametoxazol-Trmetroprim (ST) com boa evolução. Caso 2: masculino, 68a, diabético (DM), hipertenso, pneumopata e vasculopata com amputação de pododáctilos por isquemia e necrose de pé. Isolado no 26° DI cepa blaNDM sensível a amicacina (Amica) e PoliB. Recebeu PoliB e Amica com boa resposta. Caso 3: masculino, 33a, drogadito, antecedente de tuberculose pulmonar. Internado por dispneia e hemoptise. Isolado em escarro no 2° DI, cepa MS. Recebeu ceftriaxone, claritromicina e ST com boa evolução. Caso 4: masculino, 7 meses, internado por COVID-19. Isolado em ponta de cateter central no 50° DI cepa blaNDM sensível a Amica e PoliB. ECO trans toráxico com vegetação valvar. Recebeu Amica, MRN e Vancomicina com boa evolução. Caso 5: masculino, 12a. Internado por cefaleia. Isolado em urina no dia da internação, cepa MS. Não recebeu tratamento específico com boa evolução. Caso 6: feminino, 81ª, DM Internada por hematêmese lesão varicosa infectada. Isolado em aspirado traqueal no 4° DI, cepa MS. Recebeu PTB indo a óbito por sepse no 4° DI. Discussão: Ro é uma bactéria relativamente inofensiva geralmente sensível aos antibióticos, porém cepas MR tem sido descritas. O primeiro caso de isolamento de cepa blaNDM-1 em Ro foi descrita em 2013. Outros casos de Ro produtora de metalo-beta-lactamase com genes NDM foram relatados desde então. Nossa amostra identificou 2 casos (33%) com gene bla NDM sendo um deles associado a endocardite em paciente de 7 meses de idade. Estes achados sugerem patógeno cada vez mais virulento que afeta pacientes vulneráveis podendo levar a morte

LETALIDADE DAS INFECÇÕES RELACIONADAS A ASSISTÊNCIA À SAÚDE (IRAS) ASSOCIADAS A GERMES COM RESISTÊNCIA ANTIMICROBIANA (RA) EM HOSPITAL GERAL TERCIÁRIO DE SÃO PAULO - SP (HMP) NO PERÍODO DE 2020 A 2022

Introdução/Objetivo: A presença de RA traz como consequências o aumento da morbi-mortalidade, da permanência hospitalar, utilização de drogas alternativas e encarecimento da assistência. Trata-se de um problema de saúde pública exacerbado no período da pandemia de COVID-19. Segundo o “Centers for Disease Control and Prevention – CDC-USA, mais de 2,8 milhões de infecções por RA ocorrem nos EUA e mais de 35 mil pessoas morrem/ano como resultado disso. Na União Europeia, a RA é responsável por cerca de 33 mil mortes/ano e estima-se que custe 1,5 bilhão de euros anuais em gastos com saúde e em perdas de produtividade. Avaliamos a correlação entre óbitos e RA em pacientes com IRAS do HMP, no período de 2020 a 2022. Métodos: Estudo observacional da taxa de letalidade em pacientes com IRAS (critério ANVISA/COVISA) causadas por RA em pacientes internados no HMP no período de 2020 a 2022, através da análise retrospectiva das informações em banco de dados do Serviço de Controle de IRAS. Considerados como germes com RA os gram-negativos resistentes a carbapenêmicos e/ou cefalosporinas, gram-positivos resistentes à oxacilina e enterococos resistente a vancomicina. Foram analisadas 1.026 IRAS sendo considerados elegíveis 414 pacientes com IRAS, com desfecho conhecido (alta ou óbito) e presença de germe isolado. Também foram excluídos os pacientes transferidos para outras instituições. Resultados: A letalidade para IRAS por RA observada nos anos de 2020, 2021 e 2022 foi de 92%, 78%, 73% respectivamente. Para os pacientes com IRAS e sem RA foi de 42,9%, 67,7%, 72,9% respectivamente para os anos 2020, 2021 e 2022. A análise global do período para os 414 pacientes demonstrou letalidade de 77% para pacientes com RA e 68% para pacientes sem RA. Conclusão: Em 2020/2021 o HMP prestou atendimento exclusivo a pacientes com COVID-19 e a partir de 2022 assumiu caráter de hospital geral. Nesta análise pudemos observar alta letalidade nos pacientes com IRAS e RA especialmente em 2020 e 2021 período em que a COVID-19 esteve presente entre as comorbidades. No período de 2020-2022, dos 414 pacientes estudados, 207 (50%) estavam com RA e foram a óbito, 101 (25%) sem RA foram a óbito. Receberam alta 59 (14%) com RA e 47 (11,5%) sem RA. Os nossos dados demonstram o aumento da gravidade das IRAS na presença de comorbidades como a COVID-19 e na presença de RA com aumento da letalidade

Tuberculose entre pacientes infectados pelo HIV-1 em ambulatório\ud terciário de São Paulo, Brasil

TB is currently considered to be the most important infectious disease among HIV-1-infected subjects in developing countries, such as Brazil. A retrospective analysis of TB cases was performed, occurring from January 1995 to December 2010 in our cohort of 599 HIV positive patients. The primary outcome was the occurrence of active TB. Forty-one TB cases were diagnosed over this period of 16 years, among 599 HIV positive patients in an open cohort setting in the city of Sao Paulo, Brazil. All-time lowest mean CD4 T cell count at the time of TB diagnosis was 146 and 186 cells/mm3, respectively. The mean HIV viral load was 5.19 log10 copies/mL, and 59% of the patients were on HAART. TB incidence was 1.47 per 100 person-years, for a total follow-up time of 2775 person-years. The probability of surviving up to 10 years after diagnosis was 75% for TB patients as opposed to 96% for patients with other, non-TB opportunistic diseases (p = 0.03). TB can be considered a public health problem among people living with HIV in Brazil despite of the widespread use of antiretrovirals for the treatment of HIV infection/AIDS.Atualmente, a tuberculose (TB) é considerada a doença infecciosa\ud mais importante entre os pacientes infectados pelo HIV-1 nos países\ud em desenvolvimento, como o Brasil. Análise retrospectiva dos casos de\ud tuberculose ocorridos a partir de janeiro 1995 até dezembro de 2010 foi\ud realizada em nossa coorte de 599 pacientes HIV positivos. O desfecho\ud primário foi a ocorrência de TB ativa, e 41 casos da doença foram\ud diagnosticados durante este período de 16 anos. As contagens médias\ud do nadir de células T CD4 e ao momento do diagnóstico de TB foram\ud de 146 e 217 células/mm3, respectivamente. A carga viral média de HIV\ud foi de 5,19 log10 cópias/mL, e 59% dos pacientes estavam em tratamento\ud com ART. A incidência de TB foi de 1,47 casos por 100 pessoas-ano,\ud para um tempo total de seguimento da coorte de 2775 pessoas-ano.\ud A probabilidade de sobreviver até 10 anos após o diagnóstico foi de\ud 75% para pacientes com TB, em oposição a 96% para pacientes com\ud outras doenças oportunistas não-TB (p = 0,03). A tuberculose pode ser\ud considerada problema de saúde pública entre as pessoas que vivem\ud com HIV no Brasil, apesar da ampla utilização de anti-retrovirais para o tratamento da infecção pelo HIV / AIDS

Determinação do tropismo viral por ensaios genotípicos e\ud fenotípicos em pacientes brasileiros infectados por HIV-1

The clinical application of CCR5 antagonists involves first determining the coreceptor usage by the infecting viral strain.\ud Bioinformatics programs that predict coreceptor usage could provide an alternative method to screen candidates for treatment with\ud CCR5 antagonists, particularly in countries with limited financial resources. Thus, the present study aims to identify the best approach\ud using bioinformatics tools for determining HIV-1 coreceptor usage in clinical practice. Proviral DNA sequences and Trofile results\ud from 99 HIV-1-infected subjects under clinical monitoring were analyzed in this study. Based on the Trofile results, the viral variants\ud present were 81.1% R5, 21.4% R5X4 and 1.8% X4. Determination of tropism using a Geno2pheno\ud [coreceptor]\ud analysis with a false\ud positive rate of 10% gave the most suitable performance in this sampling: the R5 and X4 strains were found at frequencies of 78.5%\ud and 28.4%, respectively, and there was 78.6% concordance between the phenotypic and genotypic results. Further studies are needed\ud to clarify how genetic diversity amongst virus strains affects bioinformatics-driven approaches for determining tropism. Although this\ud strategy could be useful for screening patients in developing countries, some limitations remain that restrict the wider application of\ud coreceptor usage tests in clinical practice.A aplicação clínica dos antagonistas de CCR5 envolve em primeiro lugar determinar o uso de co-receptor pela cepa viral infectante. Programas de bioinformática que prevêem o uso co-receptor poderiam fornecer um método alternativo para selecionar candidatos para o tratamento com os antagonistas do CCR5, particularmente em países com poucos recursos financeiros. Assim, o presente estudo teve por objetivo identificar a melhor abordagem utilizando ferramentas de bioinformática para determinar qual o tipo de co-receptor do HIV-1 que poderia ser usado na prática clínica. Sequências de DNA proviral e Trofile resultados a partir de 99 pacientes infectados pelo HIV-1 sob monitorização clínica foram avaliadas. Com base nos resultados do Teste Trofile, as variantes virais presentes eram R5 (81,1%), R5X4 (21,4%) e X4 (1,8%). Determinação do tropismo pela análise do Geno2pheno, com taxa de falso positivos de 10% apresentou desempenho mais adequado para esta amostragem: as cepas R5 e X4 foram encontradas em frequências de 78,5% e 28,4%, respectivamente, e foi de 78,6% a concordância entre os resultados fenotípicos e genotípicos. Mais estudos são necessários para esclarecer como a diversidade genética entre as cepas do vírus afeta abordagens baseadas na determinação do tropismo pelas ferramentas de bioinformática. Embora esta estratégia possa ser útil para o rastreio de pacientes em países em desenvolvimento, permanecem algumas limitações que restringem a aplicação mais ampla para utilização de testes de co-receptor na prática clínica.The financial support from FAPESP (08/58138-0; 08/51265-6; 10/00222-5); FFM; CNPq