First report and comparative genomics analysis of a blaoxa-244-haarboring escherichia coli isolate recovered in the American continent

The carbapenemase OXA-244 is a derivate of OXA-48, and its detection is very difficult in laboratories. Here, we report the identification and genomic analysis of an Escherichia coli isolate (28Eco12) harboring the blaOXA-244 gene identified in Colombia, South America. The 28Eco12 isolate was identified during a retrospective study, and it was recovered from a patient treated in Colombia. The complete nucleotide sequence was established using the PacBio platform. A comparative genomics analysis with other blaOXA-244–harboring Escherichia coli strains was performed. The 28Eco12 isolate belonged to sequence type (ST) 38, and its genome was composed of two molecules, a chromosome of 5,343,367 bp and a plasmid of 92,027 bp, which belonged to the incompatibility group IncY and did not harbor resistance genes. The blaOXA-244 gene was chromosomally encoded and mobilized by an ISR1-related Tn6237 composite transposon. Notably, this transposon was inserted and located within a new genomic island. To our knowledge, this is the first report of a blaOXA-244–harboring Escherichia coli isolate in America. Our results suggest that the introduction of the OXA-244-producing E. coli isolate was through clonal expansion of the ST38 pandemic clone. Other isolates producing OXA-244 could be circulating silently in America

Factors related to successful control of an outbreak by Klebsiella pneumonia-producing KPC-2 in an intensive care unit in Bogotá, Colombia

La resistencia a carbapenémicos en Klebsiella pneumoniae ha aumentado de manera considerable, incrementando las tasas de morbimortalidad. El objetivo de este trabajo fue describir las características epidemiológicas, microbiológicas y las medidas de intervención que permitieron el control exitoso de un brote de Klebsiella pneumoniae productora de KPC-2. Métodos El estudio se realizó en 2 periodos: el primero durante el brote, con instauración de un protocolo de medidas de intervención; y el segundo, de seguimiento posbrote. Se realizaron pruebas de identificación y susceptibilidad por sistema automatizado, tamización de carbapenemasas por test de Hodge modificado, PCR para detección de los genes blaKPC, blaKPC-2, NDM-1 y estudio de clonalidad por electroforesis de campos pulsados. Resultados Durante el brote, se identificaron 18 aislamientos de Klebsiella pneumoniae productora de KPC en 11 pacientes. Tres casos fueron confirmados como infección intrahospitalaria. La técnica de PCR reveló la presencia del gen blaKPC en 21 de 22 aislamientos (pacientes y medio ambiente) y se identificó la presencia de un clon con una similitud superior al 75%. En el periodo posbrote los cultivos ambientales y de búsqueda de colonizados fueron negativos. Discusión Se evidenció un control exitoso del brote producido por un clon. La implementación de un protocolo de intervención y la monitorización de su cumplimiento, la comunicación efectiva y el trabajo en equipo fueron indispensables para evitar su propagación y evitar un comportamiento endémico posbrote.Artículo original25-32The considerable increase in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae has caused an increase in mortality and morbidity rates. The aim of this study was to describe its epidemiological and microbiological characteristics and the intervention measures that controlled an outbreak caused by K. pneumoniae-producing KPC-2 B-lactamase. Methods The study was divided into 2 periods: the first during the outbreak with the implementation of a bundle and the second a post-outbreak surveillance. We performed tests for identification and susceptibility by using an automated system, screening carbapenemases by the Modified-Hodge test, blaKPC, blaKPC-2 and NDM-1 identification by PCR and clonal relationship characterisation by PFGE. Results During the outbreak, there were 18 isolates of Klebsiella pneumoniae-producing KPC-2 in 11 patients. Three cases were confirmed as hospital-acquired infection. Of 22 isolates, 21 were positive to blaKPC by PCR (samples from patients and environment) and a clone was identified with a similarity of greater than 75%. During the post-outbreak surveillance, we did not find any new positive cultures from surfaces and there were no new colonisations. Discussion This was a successful control of an outbreak produced by a clone. The implementation of a bundle and a subsequent surveillance to monitor its fulfilment, effective communication and teamwork were crucial to inhibit propagation of the infection and to prevent an endemic behaviour post-outbreak

Enfermedad pélvica inflamatoria por Actinomyces sp. en paciente con dispositivo intrauterino: reporte de un caso

ResumenDentro de las infecciones pélvicas que se presentan en mujeres, se encuentran las causadas por microorganismos anaerobios del género Actinomyces. Esta etiología es poco sospechada, debido a los esporádicos casos que se presentan, por lo que la infección permanece por largos periodos de tiempo y conlleva diferentes complicaciones que solo pueden resolverse con procedimientos quirúrgicos y tratamiento antibiótico prolongado. Por esto, se hace el reporte de caso de una paciente de 48 años de edad portadora de dispositivo intrauterino desde hace 13 años, el cual se consideró como el principal factor de riesgo. Se describen las características de la infección, procedimientos realizados, hallazgos microbiológicos y tratamiento, con lo cual se resuelve de manera satisfactoria.AbstractAmong the pelvic infections in women there exist those caused by anaerobic microorganisms of the genera Actinomyces. This etiology is rarely suspected, due to the few number of cases presented, thus the infection continues for long periods of time. This persistence can lead to various complications that can only be resolved with surgical procedures and prolonged antibiotic treatment. We present a case report on a 48-year old patient with a 13-year history of intrauterine device use, which we considered to be the principal risk factor. We describe the characteristics of the infection, the procedures performed, microbiological findings and the treatment, with which it was satisfactorily resolved

Bacteremia por Campylobacter fetus subespecie fetus en Colombia: Reporte de un caso

Resumen Las bacteremias por microorganismos del genero Campylobacter son poco comunes en nuestro medio, debido a su baja incidencia y son escasos los reportes en la literatura. El siguiente reporte describe un caso de bacteremia por la especie Campylobacter fetus subespecie fetus, en un paciente de edad avanzada, quien presentó manifestaciones neurológicas que inicialmente desviaron el diagnóstico oportuno. Finalmente el paciente resuelve la infección tras el tratamiento antibiótico, sin complicaciones. Es de interés mencionar la presencia de este microorganismo como causante de diversas patologías en pacientes con inmunosupresión, considerándose un patógeno oportunista, del cual no está bien definida su patogénesis ni la fuente de exposición o los factores de riesgo en estos pacientes. Igualmente, es importante la vigilancia activa de este microorganismo ya que por su complicada recuperación, altas exigencias nutricionales y su crecimiento lento, dificulta su aislamiento y diagnóstico en el laboratorio de microbiología

Enfermedad pélvica inflamatoria por Actinomyces sp. en paciente con dispositivo intrauterino: reporte de un caso

Resumen Dentro de las infecciones pélvicas que se presentan en mujeres, se encuentran las causadas por microorganismos anaerobios del género Actinomyces. Esta etiología es poco sospechada, debido a los esporádicos casos que se presentan, por lo que la infección permanece por largos periodos de tiempo y conlleva diferentes complicaciones que solo pueden resolverse con procedimientos quirúrgicos y tratamiento antibiótico prolongado. Por esto, se hace el reporte de caso de una paciente de 48 años de edad portadora de dispositivo intrauterino desde hace 13 años, el cual se consideró como el principal factor de riesgo. Se describen las características de la infección, procedimientos realizados, hallazgos microbiológicos y tratamiento, con lo cual se resuelve de manera satisfactoria

Factores de riesgo para infección por bacterias multirresistentes de fenotipo blee en pacientes en estado crítico: un modelo de predicción automatizado: un modelo de predicción automatizado

33 páginasLas infecciones por bacterias multirresistentes o multidrug resistant pathogens (MDRP) son una epidemia y por lo tanto representa un problema de salud pública, especialmente en los pacientes hospitalizados en la Unidad de Cuidados Intensivos (UCI). El retraso en el inicio de la terapia antibiótica adecuada en los pacientes hospitalizados con sepsis incrementa la mortalidad exponencialmente. En la actualidad, algunos factores de riesgo para infecciones por un MDRP han sido documentados, sin embargo, las investigaciones existentes apuntan a un tipo de infección o un patógeno especifico, no abordando el problema de forma global al ingreso a la UCI. Por lo tanto, el presente trabajo tiene como fin identificar los factores de riesgo predictores de infección por bacterias MDRP productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) en pacientes admitidos a la UCI por sepsis en general; lo cual permitirá la implementación de estrategias para el control de las infecciones y selección correcta del antibiótico empírico con el fin de mejorar los desenlaces clínicos

First Report and Comparative Genomics Analysis of a blaOXA-244-Harboring Escherichia coli Isolate Recovered in the American Continent

The carbapenemase OXA-244 is a derivate of OXA-48, and its detection is very difficult in laboratories. Here, we report the identification and genomic analysis of an Escherichia coli isolate (28Eco12) harboring the blaOXA-244 gene identified in Colombia, South America. The 28Eco12 isolate was identified during a retrospective study, and it was recovered from a patient treated in Colombia. The complete nucleotide sequence was established using the PacBio platform. A comparative genomics analysis with other blaOXA-244–harboring Escherichia coli strains was performed. The 28Eco12 isolate belonged to sequence type (ST) 38, and its genome was composed of two molecules, a chromosome of 5,343,367 bp and a plasmid of 92,027 bp, which belonged to the incompatibility group IncY and did not harbor resistance genes. The blaOXA-244 gene was chromosomally encoded and mobilized by an ISR1-related Tn6237 composite transposon. Notably, this transposon was inserted and located within a new genomic island. To our knowledge, this is the first report of a blaOXA-244–harboring Escherichia coli isolate in America. Our results suggest that the introduction of the OXA-244-producing E. coli isolate was through clonal expansion of the ST38 pandemic clone. Other isolates producing OXA-244 could be circulating silently in America

Rapid Detection of Carbapenemase and Extended-Spectrum β-Lactamase Producing Gram-Negative Bacteria Directly from Positive Blood Cultures Using a Novel Protocol

Background: Early and adequate antibiotic treatment is the cornerstone of improving clinical outcomes in patients with bloodstream infections (BSI). Delays in appropriate antimicrobial therapy have catastrophic consequences for patients with BSI. Microbiological characterization of multi-drug resistant pathogens (MDRP) allows clinicians to provide appropriate treatments. Current microbiologic techniques may take up to 96 h to identify causative pathogens and their resistant patterns. Therefore, there is an important need to develop rapid diagnostic strategies for MDRP. We tested a modified protocol to detect carbapenemase and extended-spectrum β-lactamase (ESBL) producing Gram-negative bacteria (GNB) from positive blood cultures. Methods: This is a prospective cohort study of consecutive patients with bacteremia. We developed a modified protocol using the HB&L® system to detect MDRP. The operational characteristics were analyzed for each test (HB&L-ESBL/AmpC® and HB&L-Carbapenemase® kits). The kappa coefficient, sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV), likelihood ratios (LR) with 95% confidence intervals (CI), and reduction in identification time of this novel method were calculated. Results: Ninety-six patients with BSI were included in the study. A total of 161 positive blood cultures were analyzed. Escherichia coli (50%, 81/161) was the most frequently identified pathogen, followed by Klebsiella pneumoniae (15%, 24/161) and Pseudomonas aeruginosa (8%, 13/161). Thirty-three percent of isolations had usual resistance patterns. However, 34/161 (21%) of identified pathogens were producers of carbapenemases and 21/161 (13%) of extended-spectrum β-lactamases. Concordance between our HB&L® modified protocol and the traditional method was 99% (159/161). Finally, identification times were significantly shorter using our HB&L®-modified protocol than traditional methods: median (IQR) 19 h (18, 22) vs. 61 h (60, 64), p ®-modified protocol is an effective strategy to reduce the time to detect MDRP producers of carbapenemases or extended-spectrum β-lactamases, with an excellent concordance rate when compared to the gold standard. Further studies are needed to confirm these findings and to determine whether this method may improve clinical outcomes

Factores relacionados con el control exitoso de un brote por Klebsiella pneumoniae productora de KPC-2 en una unidad de cuidado intensivo en Bogotá, Colombia

La resistencia a carbapenémicos en Klebsiella pneumoniae ha aumentado de manera considerable, incrementando las tasas de morbimortalidad. El objetivo de este trabajo fue describir las características epidemiológicas, microbiológicas y las medidas de intervención que permitieron el control exitoso de un brote de Klebsiella pneumoniae productora de KPC-2. Métodos: El estudio se realizó en 2 periodos: el primero durante el brote, con instauración de un protocolo de medidas de intervención; y el segundo, de seguimiento posbrote. Se realizaron pruebas de identificación y susceptibilidad por sistema automatizado, tamización de carbapenemasas por test de Hodge modificado, PCR para detección de los genes bla KPC , bla KPC-2 , NDM-1 y estudio de clonalidad por electroforesis de campos pulsados. Resultados: Durante el brote, se identificaron 18 aislamientos de Klebsiella pneumoniae productora de KPC en 11 pacientes. Tres casos fueron confirmados como infección intrahospitalaria. La técnica de PCR reveló la presencia del gen bla KPC en 21 de 22 aislamientos (pacientes y medio ambiente) y se identificó la presencia de un clon con una similitud superior al 75%. En el periodo posbrote los cultivos ambientales y de búsqueda de colonizados fueron negativos. Discusión: Se evidenció un control exitoso del brote producido por un clon. La implementación de un protocolo de intervención y la monitorización de su cumplimiento, la comunicación efectiva y el trabajo en equipo fueron indispensables para evitar su propagación y evitar un comportamiento endémico posbrote