Identificaçao e caracterizaçao de TcNUP-1, uma proteína de lâmina nuclear em Trypanosoma cruzi

Orientador: Stenio Perdigao FragosoTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciencias Biológicas, Programa de Pós-Graduaçao em Biologia Celular e Molecular. Defesa: Curitiba, 01/06/2006Inclui bibliografia e anexosÁrea de concentraçao: Biologia celular e molecularA lâmina nuclear é uma estrutura fibrilar protéica que está abaixo da membrana nuclear interna. Nos metazoários, as laminas são os componentes estruturais principais dessa estrutura e estão envolvidas em diversos processos nucleares. Os eucariotos que não possuem laminas apresentam proteínas distintas com funções homólogas. Recentemente foi identificada uma proteína com domínio coiled-coil em Trypanosoma brucei, NUP-1, como o componente filamentoso principal da lâmina nuclear. Entretanto, seu papel exato ainda não foi definido. Com a intenção de sugerir funções para a lâmina nuclear em tripanossomatídeos, nós caracterizamos uma proteína ortóloga à NUP-1 em Trypanosoma cruzi. A TcNUP-1 é uma proteína com alta massa molecular e domínios coiled-coil e que está localizada na periferia nuclear. Utilizando ensaio de imunoprecipitação de cromatina, nós identificamos alguns de seus sítios de ligação com o DNA. Após a análise das seqüências encontradas, pudemos observar uma associação clara com fragmentos de DNA contendo genes e pseudogenes da família das trans-sialidases, membros da família da proteína gp85 e seqüências relacionadas à SIRE, que estão comumente associadas às regiões subteloméricas dos cromossomos do T. cruzi. Baseados nos nossos resultados, nós sugerimos que TcNUP-1 é uma proteína estrutural responsável por ancorar as extremidades dos cromossomos ao envelope nuclear e que, portanto, apresenta um papel essencial na organização nuclear do T. cruziThe nuclear lamina is a structure lining the inner nuclear membrane. In metazoans, lamins are the primary structural components of nuclear lamina and are involved in several processes. Eukaryotes lacking lamins present distinct proteins with homologous functions. Recently it was identified a coiled-coil protein in Trypanosoma brucei, NUP-1, as the major filamentous component of its nuclear lamina. However, its precise role has not been defined. To shed light to this question, we characterized a homologous protein in Trypanosoma cruzi, TcNUP-1 and identified some of its in vivo DNA binding sites using chromatin immunoprecipitation assay (ChIP). We found a clear association of the TcNUP-1 with DNA sequences containing (pseudo)genes from the ts (trans- sialidase)-like family, members of gp85 gene family and sequences related to SIRE (short interspersed repetitive element), which are commonly associated to the subtelomeric region of the T. cruzi chromosomes. Based on our results, we suggest that TcNUP-1 is a structural protein having an essential role in nuclear organization by anchoring the ends of the T. cruzi chromosomes to the nuclear envelope

Identificaçao e caracterizaçao de TcNUP-1, uma proteína de lâmina nuclear em Trypanosoma cruzi

Orientador: Stenio Perdigao FragosoTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciencias Biológicas, Programa de Pós-Graduaçao em Biologia Celular e Molecular. Defesa: Curitiba, 01/06/2006Inclui bibliografia e anexosÁrea de concentraçao: Biologia celular e molecularA lâmina nuclear é uma estrutura fibrilar protéica que está abaixo da membrana nuclear interna. Nos metazoários, as laminas são os componentes estruturais principais dessa estrutura e estão envolvidas em diversos processos nucleares. Os eucariotos que não possuem laminas apresentam proteínas distintas com funções homólogas. Recentemente foi identificada uma proteína com domínio coiled-coil em Trypanosoma brucei, NUP-1, como o componente filamentoso principal da lâmina nuclear. Entretanto, seu papel exato ainda não foi definido. Com a intenção de sugerir funções para a lâmina nuclear em tripanossomatídeos, nós caracterizamos uma proteína ortóloga à NUP-1 em Trypanosoma cruzi. A TcNUP-1 é uma proteína com alta massa molecular e domínios coiled-coil e que está localizada na periferia nuclear. Utilizando ensaio de imunoprecipitação de cromatina, nós identificamos alguns de seus sítios de ligação com o DNA. Após a análise das seqüências encontradas, pudemos observar uma associação clara com fragmentos de DNA contendo genes e pseudogenes da família das trans-sialidases, membros da família da proteína gp85 e seqüências relacionadas à SIRE, que estão comumente associadas às regiões subteloméricas dos cromossomos do T. cruzi. Baseados nos nossos resultados, nós sugerimos que TcNUP-1 é uma proteína estrutural responsável por ancorar as extremidades dos cromossomos ao envelope nuclear e que, portanto, apresenta um papel essencial na organização nuclear do T. cruziThe nuclear lamina is a structure lining the inner nuclear membrane. In metazoans, lamins are the primary structural components of nuclear lamina and are involved in several processes. Eukaryotes lacking lamins present distinct proteins with homologous functions. Recently it was identified a coiled-coil protein in Trypanosoma brucei, NUP-1, as the major filamentous component of its nuclear lamina. However, its precise role has not been defined. To shed light to this question, we characterized a homologous protein in Trypanosoma cruzi, TcNUP-1 and identified some of its in vivo DNA binding sites using chromatin immunoprecipitation assay (ChIP). We found a clear association of the TcNUP-1 with DNA sequences containing (pseudo)genes from the ts (trans- sialidase)-like family, members of gp85 gene family and sequences related to SIRE (short interspersed repetitive element), which are commonly associated to the subtelomeric region of the T. cruzi chromosomes. Based on our results, we suggest that TcNUP-1 is a structural protein having an essential role in nuclear organization by anchoring the ends of the T. cruzi chromosomes to the nuclear envelope

Síndromes relacionadas a microdeleções: revisão da literatura

Orientador: Nina Amalia Brancia PagnanMonografia (Bacharelado) - Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciencias Biológicas. Curso de Graduaçao em Ciencias Biológica

Knockout confirmation for Hurries: rapid genotype identification of Trypanosoma cruzi transfectants by polymerase chain reaction directly from liquid culture

Gene knockout is a widely used approach to evaluate loss-of-function phenotypes and it can be facilitated by the incorporation of a DNA cassette having a drug-selectable marker. Confirmation of the correct knockout cassette insertion is an important step in gene removal validation and has generally been performed by polymerase chain reaction (PCR) assays following a time-consuming DNA extraction step. Here, we show a rapid procedure for the identification of Trypanosoma cruzi transfectants by PCR directly from liquid culture - without prior DNA extraction. This simple approach enabled us to generate PCR amplifications from different cultures varying from 106-108 cells/mL. We also show that it is possible to combine different primer pairs in a multiplex detection reaction and even to achieve knockout confirmation with an extremely simple interpretation of a real-time PCR result. Using the “culture PCR” approach, we show for the first time that we can assess different DNA sequence combinations by PCR directly from liquid culture, saving time in several tasks for T. cruzi genotype interrogation

In cellulo and in vivo assays for compound testing against Trypanosoma cruzi

Summary: Here, we describe a combined in cellulo and in vivo approach to identify compounds with higher potential for efficient inhibition of Trypanosoma cruzi. Phase I of in cellulo assays is designed to exclude inactive or toxic compounds, while phase II is designed for accurate IC50, CC50, and selective index (SI) determination. Compounds showing high SI are tested using in vivo infection models in parallel with benznidazole to assess their efficacy relative to a reference drug used for Chagas disease treatment.For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Marek et al. (2021).1 : Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics

The plastome sequence of the endemic Amazonian conifer, Retrophyllum piresii (Silba) C.N.Page, reveals different recombination events and plastome isoforms

Submitted by Luciane Willcox ([email protected]) on 2016-10-13T17:44:31Z No. of bitstreams: 1 The plastome sequence of the endemic Amazonian conifer.pdf: 901283 bytes, checksum: 7ef146737aa5d980ffa8bf9b742bcecd (MD5)Approved for entry into archive by Luciane Willcox ([email protected]) on 2016-10-13T17:52:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 The plastome sequence of the endemic Amazonian conifer.pdf: 901283 bytes, checksum: 7ef146737aa5d980ffa8bf9b742bcecd (MD5)Made available in DSpace on 2016-10-13T17:52:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 The plastome sequence of the endemic Amazonian conifer.pdf: 901283 bytes, checksum: 7ef146737aa5d980ffa8bf9b742bcecd (MD5) Previous issue date: 2016-01-20Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Fundação de Amparo à Pesquisa e Inovação do Estado de Santa Catarina (FAPESC 14848/2011-2, 3770/2012, and 2780/2012-4)Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-graduação em Recursos Genéticos Vegetais. Laboratório de Fisiologia do Desenvolvimento e Genética Vegetal. Curitiba, PR, Brasil.Universidade Federal de Viçosa. Departamento de Biologia Vegetal. Viçosa, MG, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, Brasil / Universidade Federal do Paraná. Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular. Núcleo de Fixação Biológica de Nitrogênio. Curitiba, PR, Brasil.Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-graduação em Recursos Genéticos Vegetais. Laboratório de Fisiologia do Desenvolvimento e Genética Vegetal. Curitiba, PR, Brasil.Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-graduação em Recursos Genéticos Vegetais. Laboratório de Fisiologia do Desenvolvimento e Genética Vegetal. Curitiba, PR, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, BrasilUniversidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-graduação em Recursos Genéticos Vegetais. Laboratório de Fisiologia do Desenvolvimento e Genética Vegetal. Curitiba, PR, Brasil.Universidade Federal do Paraná. Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular. Núcleo de Fixação Biológica de Nitrogênio. Curitiba, PR, Brasil.Universidade Federal do Paraná. Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular. Núcleo de Fixação Biológica de Nitrogênio. Curitiba, PR, Brasil.Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-graduação em Recursos Genéticos Vegetais. Laboratório de Fisiologia do Desenvolvimento e Genética Vegetal. Curitiba, PR, Brasil.Retrophyllum piresii (Podocarpaceae) is an endemic conifer species from the Brazilian Amazonian Region, and very few data related to ecological and genetic characteristics of this species are available. Plastome sequencing is an efficient tool to understand enigmatic and basal phylogenetic relationships at different taxonomic levels, as well as to probe the structural and functional evolution of plants. Usually, the plastome of photosynthetic land plants is quadripartite, with two copies of the inverted repeats (IRs) separating the small and large single-copy regions. However, in gymnosperms, IR can vary from large in size to completely absent, being constituted principally by transfer RNA (tRNA) genes, or a part of sequence of other genes. Here, we sequenced and characterized the complete plastome of R. piresii. This plastome was determined to be 133,291 bp (~480-fold coverage), presenting a total of 120 identified genes, of which 118 were single copy and two genes, trnN-GUU and trnD-GUC, were found to be duplicated and occurring as inverted and directed repeat (DR) sequences, respectively. These repeated regions presented recombinationally active sites, resulting in an IR-mediated inversion and a DR-mediated deletion. However, the isoform resulted from DR-mediated deletion may result in unviable plastome, with deletion of photosynthetic and expression machinery-related genes