Simulasi protein argonaute dalam pelarut air eksplisit

Terapi gen merupakan terobosan baru dalam dunia pengobatan. Salah satu mekanismenya adalah membungkam gen agar tidak mengekspresikan gen yang jelek, abnormal, atau menyebabkan penyakit. Proses ini dimediasi oleh protein Argonaute dimana protein ini adalah kunci dari komponen RNA induced silencing complex (RISC). Dalam penelitian ini, paket program yang digunakan adalah GROMACS 4.0.3 dengan medan gaya GROMOS untuk mensimulasikan protein Argonaute. Molekul protein ini ditempatkan dalam kotak oktahedral dengan variasi jarak minimum periodik 1.6, 2.0, 2.4 nm yang kemudian diisi dengan molekul air SPC. Simulasi dilakukan pada temperatur 310 K, tekanan 1 atm. Pengamatan dilakukan pada sifat struktural dan sifat dinamik protein tersebut. Sifat struktural akan diwakili oleh parameter-parameter seperti jari – jari girasi, Solvent accessible surface, dan RMSD. Sifat dinamik protein tersebut diwakili oleh parameter RMSF. Hasil pengolahan data menunjukkan tidak ada perbedaan berarti pada ketiga simulasi