Insyght

Insyght (http://genome.jouy.inra.fr/Insyght) est un outil de visualisation conçu pour améliorer la lisibilité et la navigation parmi des réarrangements génomiques complexes, des homologues et les régions génomiques idiosyncrasiques à l'échelle de plusieurs organismes. Les nouveautés apportées par cet outil sont les suivantes : - Une vue d'organisation génomique dont l'originalité est d'associer une représentation symbolique et une représentation proportionnelle. La représentation symbolique améliore la lisibilité de la région génomique d'intérêt, alors que la représentation proportionnelle permet de localiser les réarrangements génomiques complexes, dispersés, et se produisant à différentes échelles. - Un comparateur d'annotations fonctionnelles entre un gène de référence et ses homologues. Les annotations fonctionnelles sont classées en 3 catégories selon leur degré de mise en commun: la catégorie [Partagées] regroupe les annotations présentes chez le gène de référence et au moins 1 homologue ; la catégorie [Manquantes] regroupe les annotations présentes chez au moins 1 homologue mais absentes chez le gène de référence ; la catégorie [Unique] regroupe les annotations présentes chez le gène de référence et absentes parmi les homologues. Ce comparateur s'appuie sur une annotation fonctionnelle basée sur l’ontologie fonctionnelle Gene Ontology. Par ailleurs, Insyght propose des améliorations par rapport aux outils existants concernant les points suivants: - Un jeu de gènes d'intérêts peut être constitué librement et de façon itérative via une fonctionnalité de combinaison de filtres. Les filtres peuvent être de différentes natures (coordonnée génomique, présence / absence d'homologue, donnée d'annotation). Il est ainsi possible de formuler des requêtes ayant un sens biologique, par exemple trouver les gènes niche-spécifiques correspondant à un processus biologique particulier. Ce jeu de gènes de référence peut être analysé via une 3ème vue appelée table d'orthologues qui permet de visualiser la présence ou l'absence d'orthologues parmi plusieurs organismes simultanément. - Interopérabilité entre les 3 vues: il est possible de transférer un ou plusieurs gènes entre les vues. Nous pensons que cette représentation et ces fonctionnalités innovantes peuvent aider les biologistes à analyser plus rapidement et de façon plus exhaustive les synténies, les régions génomiques idiosyncrasiques et les homologues. Notre base de données publique contient actuellement 389 génomes procaryotes et est accessible à l'adresse http://genome.jouy.inra.fr/Insyght. Une machine virtuelle peut être téléchargée et installée localement pour réaliser l'analyse de génomes privés avec un petit groupe de génomes choisis par l'utilisateur (~20-40 génomes)

Insyght

Insyght (http://genome.jouy.inra.fr/Insyght) est un outil de visualisation conçu pour améliorer la lisibilité et la navigation parmi des réarrangements génomiques complexes, des homologues et les régions génomiques idiosyncrasiques à l'échelle de plusieurs organismes. Les nouveautés apportées par cet outil sont les suivantes : - Une vue d'organisation génomique dont l'originalité est d'associer une représentation symbolique et une représentation proportionnelle. La représentation symbolique améliore la lisibilité de la région génomique d'intérêt, alors que la représentation proportionnelle permet de localiser les réarrangements génomiques complexes, dispersés, et se produisant à différentes échelles. - Un comparateur d'annotations fonctionnelles entre un gène de référence et ses homologues. Les annotations fonctionnelles sont classées en 3 catégories selon leur degré de mise en commun: la catégorie [Partagées] regroupe les annotations présentes chez le gène de référence et au moins 1 homologue ; la catégorie [Manquantes] regroupe les annotations présentes chez au moins 1 homologue mais absentes chez le gène de référence ; la catégorie [Unique] regroupe les annotations présentes chez le gène de référence et absentes parmi les homologues. Ce comparateur s'appuie sur une annotation fonctionnelle basée sur l’ontologie fonctionnelle Gene Ontology. Par ailleurs, Insyght propose des améliorations par rapport aux outils existants concernant les points suivants: - Un jeu de gènes d'intérêts peut être constitué librement et de façon itérative via une fonctionnalité de combinaison de filtres. Les filtres peuvent être de différentes natures (coordonnée génomique, présence / absence d'homologue, donnée d'annotation). Il est ainsi possible de formuler des requêtes ayant un sens biologique, par exemple trouver les gènes niche-spécifiques correspondant à un processus biologique particulier. Ce jeu de gènes de référence peut être analysé via une 3ème vue appelée table d'orthologues qui permet de visualiser la présence ou l'absence d'orthologues parmi plusieurs organismes simultanément. - Interopérabilité entre les 3 vues: il est possible de transférer un ou plusieurs gènes entre les vues. Nous pensons que cette représentation et ces fonctionnalités innovantes peuvent aider les biologistes à analyser plus rapidement et de façon plus exhaustive les synténies, les régions génomiques idiosyncrasiques et les homologues. Notre base de données publique contient actuellement 389 génomes procaryotes et est accessible à l'adresse http://genome.jouy.inra.fr/Insyght. Une machine virtuelle peut être téléchargée et installée localement pour réaliser l'analyse de génomes privés avec un petit groupe de génomes choisis par l'utilisateur (~20-40 génomes)

MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level

The recent availability of complete sequences for numerous closely related bacterial genomes opens up new challenges in comparative genomics. Several methods have been developed to align complete genomes at the nucleotide level but their use and the biological interpretation of results are not straightforward. It is therefore necessary to develop new resources to access, analyze, and visualize genome comparisons. Description Here we present recent developments on MOSAIC, a generalist comparative bacterial genome database. This database provides the bacteriologist community with easy access to comparisons of complete bacterial genomes at the intra-species level. The strategy we developed for comparison allows us to define two types of regions in bacterial genomes: backbone segments (i.e., regions conserved in all compared strains) and variable segments (i.e., regions that are either specific to or variable in one of the aligned genomes). Definition of these segments at the nucleotide level allows precise comparative and evolutionary analyses of both coding and non-coding regions of bacterial genomes. Such work is easily performed using the MOSAIC Web interface, which allows browsing and graphical visualization of genome comparison

MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level

The recent availability of complete sequences for numerous closely related bacterial genomes opens up new challenges in comparative genomics. Several methods have been developed to align complete genomes at the nucleotide level but their use and the biological interpretation of results are not straightforward. It is therefore necessary to develop new resources to access, analyze, and visualize genome comparisons. Description Here we present recent developments on MOSAIC, a generalist comparative bacterial genome database. This database provides the bacteriologist community with easy access to comparisons of complete bacterial genomes at the intra-species level. The strategy we developed for comparison allows us to define two types of regions in bacterial genomes: backbone segments (i.e., regions conserved in all compared strains) and variable segments (i.e., regions that are either specific to or variable in one of the aligned genomes). Definition of these segments at the nucleotide level allows precise comparative and evolutionary analyses of both coding and non-coding regions of bacterial genomes. Such work is easily performed using the MOSAIC Web interface, which allows browsing and graphical visualization of genome comparison

MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level

The recent availability of complete sequences for numerous closely related bacterial genomes opens up new challenges in comparative genomics. Several methods have been developed to align complete genomes at the nucleotide level but their use and the biological interpretation of results are not straightforward. It is therefore necessary to develop new resources to access, analyze, and visualize genome comparisons. Description Here we present recent developments on MOSAIC, a generalist comparative bacterial genome database. This database provides the bacteriologist community with easy access to comparisons of complete bacterial genomes at the intra-species level. The strategy we developed for comparison allows us to define two types of regions in bacterial genomes: backbone segments (i.e., regions conserved in all compared strains) and variable segments (i.e., regions that are either specific to or variable in one of the aligned genomes). Definition of these segments at the nucleotide level allows precise comparative and evolutionary analyses of both coding and non-coding regions of bacterial genomes. Such work is easily performed using the MOSAIC Web interface, which allows browsing and graphical visualization of genome comparison

Web services for microbial genome annotation using data integration

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