The genomics of the rabbit: advances, applications and prospects

The last development of sequencing technologies and of novel genomic approaches have revolutionized our knowledge of livestock genomes and have significantly improved the selection of some domestic species, especially dairy cattle. With the full sequencing of the rabbit genome, achieved by the Broad Institute (Boston, USA), together with the development of a commercial high-density SNP (single-nucleotide polymorphism) markers chip, achieved in 2016 in the frame of a European project (COST Action TD1101 "A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology- RGB-Net), the rabbit entered the genomic era. This aim of this review is to provide updated knowledge on the rabbit genome and to make an inventory of published genes or genomic regions associated with functions or traits of interest. We are describing here the principle of genomic tools (genetic maps, SNP chip, and sequencing) and methods (QTL detection, candidate gene analyses, and identification of causal mutations) already applied in the rabbit. These novel approaches give a new insight into the evolution and domestication of rabbits. We also describe two research projects based on these methodologies to investigate disease resistance and feed efficiency. A prospective view of the genomic selection (a new method based on high-density molecular information) is also proposed. This review was previously published in the Journees de la Recherche Cunicole congress in November 2017.L’évolution récente des technologies de séquençage et l’apport de la génomique a révolutionné nos connaissances sur les génomes et leurs polymorphismes, et permis d’élaborer des outils de génotypage qui accélèrent l’identification de polymorphismes causaux et contribuent à améliorer significativement le progrès génétique réalisé chez certaines espèces d’élevage, en particulier les bovins laitiers. Le séquençage complet du génome du lapin réalisé par le « Broad Institute » (Boston, USA), avec l’appui d’un consortium international auquel a contribué l’INRA, a été publié en 2014. Les résultats obtenus ont apporté un éclairage nouveau sur l’évolution et la domestication du lapin. En 2016, dans le cadre d’un projet Européen (COST Action TD1101 « A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology – RGB-Net »), une puce de génotypage avec 200000 SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism ») a été développée, permettant de renouveler les approches de génétique chez le lapin. L’objet de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances relatives au génome du lapin et d’établir un inventaire des gènes ou régions génomiques liés à certaines fonctions ou caractères d’intérêt dans cette espèce. Nous décrivons ici le principe des outils (cartes génétiques, puces SNP, séquençage) et des méthodes (détection de QTL, approche gènes candidats, identification de mutations causales) qui ont déjà été appliqués chez le lapin. Nous illustrons les perspectives d’utilisation des outils maintenant disponibles pour la sélection avec deux projets de recherche portant sur la résistance aux maladies et l’efficacité alimentaire. Une réflexion prospective sur la sélection génomique est également proposée

Génétique et résistance aux maladies des lapins

Cette synthèse présente les travaux effectués en génétique du lapin sur la résistance aux maladies. Ces travaux s’intéressent à différentes maladies, de la myxomatose et la maladie hémorragique virale à la pasteurellose et à l’Entéropathie Epizootique du Lapin, en passant par des maladies moins spécifiques, telles que les troubles digestifs ou respiratoires. Il existe une composante génétique à la variabilité des caractères de résistance à ces maladies. Les caractères de résistance aux maladies étudiés jusqu’à présent chez les lapins sont la présence ou l’absence de signes cliniques de maladie, la mortalité ou la survie et la croissance (normale ou anormale). L’héritabilité des caractères de résistance aux maladies est faible à modérée, elle varie entre 0,02 et 0,40. Les corrélations génétiques estimées jusqu’ici entre résistance aux maladies et caractères de production sont soit nulles, soit favorables. L’utilisation de l’information provenant de l’ADN de l’animal est prometteuse, mais reste encore à développer chez le lapin. La sélection génétique est une alternative intéressante à l’utilisation d’intrants médicamenteux

Conséquences du changement de système de classement des porcs à l'abattoir sur l'évaluation génétique des reproducteurs.

National audienc

Nouvelle estimation des paramètres génétiques des caractères de production dans les races Large White et Landrace français

"Chantier qualité spécifique "Auteurs Externes" département de Génétique animale : uniquement liaison auteur au référentiel HR-Access "National audienc

Etat des réflexions du groupe espèce Lapin sur les règles d'échantillonnage et les descripteurs

v.20 (2000-2001

Efficacité alimentaire en cuniculture : voies d'améliorations, impacts technico-économiques et environnementaux

Despite substantial advances in breeding efficiency over the last 40 years, feed still represents the majority of production cost (+/- 60 %). Feed efficiency, mostly expressed as Feed Conversion Ratio (FCR), is a key indicator to judge the financial and environmental performance of a farming system. Moreover, by improving the feed efficiency, excretion and gas losses in the environment are reduced. In conventional rabbit farming, the farm FCR (maternity + fattening units) in European farms was decreased by 10 % (decrease from 3.8 to 3.4) during the past 15 years, as well as nitrogen and phosphorus excretion. This improvement can be attributed to joined progresses in health control, feeding strategies (including feed restriction), housing management and genetic potential of animals. This review summarizes the impact of various factors to improve FCR for conventional rabbit farming. To optimize rabbit farm FCR, the reproducing stock as well as the fattening unit must be considered. After the sanitary management, the reproductive performances of the flock are a good leverage to improve farm FCR. The use of balanced diets preserving digestive health of the growing rabbit, together with an appropriate feeding restriction after weaning, is also a good leverage. Research in genetics also contributes in lowering farm FCR, by two ways: increasing the growth rate and/or reducing the feed intake for a fixed growth. The environmental impact of rabbit production varies between 7.6 and 10.5 kg of CO2 equivalent/kg of carcass produced (slightly higher than chicken) and does not differ from that of pork. In perspectives, further improvements of feed efficiency, and reductions in feed input and output in environment, should lead to a farm FCR of 3.0, similar to that of pig production

Génétique et sélection

Chapitre 7Génétique et sélectio

L'efficacité alimentaire en cuniculture : impacts technico-économiques et environnementaux

L'efficacité alimentaire est un indicateur essentiel pour juger de la performance et de la rentabilité d'un système d'élevage. En cuniculture, l'indice de consommation technique (maternité+engraissement) est passé de 3,8 à 3,4 durant les 15 dernières années. Ainsi, les rejets azotés et phosphorés ont été réduits d'environ 10%. Cette amélioration provient des progrès conjoints sur : la maîtrise sanitaire, les techniques d'alimentation (notamment le rationnement), la maîtrise du logement (ventilation, température, etc.) et le potentiel génétique. Cette synthèse résume l'impact de ces différents paramètres sur l'efficacité alimentaire. A l'avenir, il semble possible d'améliorer encore l'efficacité alimentaire, et donc de réduire à la fois les intrants et les rejets, pour atteindre un indice de consommation technique d'environ 3,0, comparable à celui enregistré en système porcin