DNA dependent RNA polymerase a flexible multiprotein assembly

Les fonctions de la RNA polymérase DNA dépendante sont soumises à un certain nombre de contrôles qui conduisent à une transcription correcte. Il est probable que la présence de sous-unités représente les éléments structuraux nécessaires pour répondre à la complexité des contrôles dans la cellule bactérienne. Le rôle de la sous-unité sigma est actuellement le mieux décrit, en particulier dans le processus de liaison de la RNA polymérase sur le DNA et dans le processus de reconstitution de l’enzyme à partir des sous-unités pré-dissociées. Dans ces deux cas des changements conformationnels ainsi qu’une réorganisation correcte des sous-unités dépendant de la sous-unité sigma, ont été mis en évidence. Des modifications de cette sous-unité, telles qu’il en a été trouvé dans de nouvelles formes de RNA polymérase, conduisent à de nouvelles spécificités, et dans le cas décrit, à une nouvelle activité catalytique. Une étude plus poussée est nécessaire afin de comprendre les interrelations entre les sous-unités de la RNA polymérase et leur signification dans le processus de transcription

Outils et méthodes de la recherche. Avant-propos

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A new and sensitive method for racemization test of L-methionine and L-cysteine : CD spectra of palladium (II)-amino acid complexes

CD spectra of enantiomers of methionine or cysteine (S-ethyl) complexed with sodium tetrachloropalladate display Cotton effects of opposite sign and could be proposed as a racemization test for the two amino acids

Renaturation des polypeptides réduits : le cas des neurotoxines homologues

Les neurotoxines courtes des venins des cobras sont des polypeptides chimiquement et structuralement homologues constitués de 60 à 62 acides aminés et quatre liaisons disulfures. La rupture de ces dernières, par un agent réducteur par exemple, provoque une désorganisation de l'architecture native des neurotoxines. La réaction inverse est spontanée et consiste en un reploiement de la chaîne polypeptidique accompagné par une réoxidation des groupements thiols. Afin de savoir si les substitutions d'acides aminés qui interviennent d'une toxine à l'autre modifient ou non le processus de reploiement de ces polypeptides homologues, nous avons étudié, par dichroïsme circulaire, les cinétiques de renaturation de huit neurotoxines dans des conditions expérimentales identiques. Les résultats auxquels nous sommes parvenus montrent que deux neurotoxines (l’érabutoxine b et la cobrotoxine), se renaturent environ huit fois plus lentement que les six autres. L'analyse des cinétiques en fonction de la température indique que les huit toxines étudiées se renaturent avec la même enthalpie d'activation. L'examen des séquences des toxines suggère que la différence de comportement observée est due à l'insertion en position 19 d'un acide aminé supplémentaire au sein des séquences de l'érabutoxine b et de la cobrotoxine. Ce résidu additionnel est localisé au cœur d'une structure coudée qui semble importante pour le déroulement du processus de renaturation des neurotoxines

Correlated circular dichroism, magnetic circular dichroism and high performance liquid chromatography studies of "palladium (II) — thioether peptides" complexes

A conformational analysis of palladium (II)-thioether (side chains of free amino-acids and of residues) complexes was carried out by circular dichroism and magnetic circular dichroism. Two types of thioethers were studied : those in linear side chains as in L-methionine and those in cyclic side chains as in L-thiazolidine-4-carboxylic acid). In the complexes the carboxylic group of amino-acids Is free of Interaction with palladium at acid pH, as shown by C.D. titration. For the diketoplperazine of the cyclic thioether e.g. cycloglycyl-L-thiazolidine 4-carboxylic acid complexed with Pd (II) a possible correlation appears to exist between the variation of the Cotton effect at 230 nm and a change of conformation (Sy — exo to Sy — endo) of the thiazolidine ring, this occurring by increasing pH from acid to neutral. Magnetic circular dichroism revealed charge transfer (CT) bands at 230 nm having varied Intensities. For the complexes of Pd (II) with amino-acids the smaller the chelate ring the larger is the Faraday Effect. A peptide containing two methionyl residues showed about double the Faraday Effect than a peptide having a single methionine residue. On the other hand, Ion-pair reversed phase chromatography was performed to separate the palladium (II) complexes. By using cetyltrimethylammonium as a counter ion it has been possible to resolve the complexes according to a dynamic ion exchange mechanism. Finally, the optical and chromatographic properties of palladium (II)-thloether peptides complexes seem to be correlated : the larger the magnetic ellipticity, the longer is the retention time