Nucleosome dynamics during the expression of the meiotic transcriptional programme in Schizosaccharomyces pombe

Trabajo presentado al 7th International Fission Yeast Meeting celebrado en Londres del 24 al 29 de Junio de 2013.Nucleosomes facilitate the packaging of the eukaryotic genome and modulate the access of regulators proteins to DNA. To determine the extent of chromatin remodelling along a developmental process, we have generated high-resolution nucleosome maps by next generation sequencing that allow us to determine the localization and dynamics of individual nucleosomes during mitosis and meiosis in Schizosaccharomyces pombe. We show that remodelling is limited to approximately 1000 nucleosomes that represent 1.5% of the genome and map to the promoters of a subset of meiosis-specific genes. This fraction contrasts sharply with the remaining 98.5% of the genome, which is organized in a pattern of highly positioned nucleosomes that remains virtually invariable during mitosis and meiosis. This pattern is maintained despite the different processes undergone by the chromosomes, and even across genes that display widely different levels of expression. We also show that nucleosome-depleted regions at the 5’ end of genes overlap precisely with clusters of binding sites for transcription factors that are specific for different functional classes of genes. These results suggest the possibility that the sequence-dependent positioning of transcription complexes at promoters could contribute to maintaining a constant nucleosome pattern across the genome.Peer reviewe

Analysis of DNA strand-specific differential expression with high density tiling microarrays

20 pages, 5 figures, 1 table, 2 additional files.[Background] DNA microarray technology allows the analysis of genome structure and dynamics at genome-wide scale. Expression microarrays (EMA) contain probes for annotated open reading frames (ORF) and are widely used for the analysis of differential gene expression. By contrast, tiling microarrays (TMA) have a much higher probe density and provide unbiased genome-wide coverage. The purpose of this study was to develop a protocol to exploit the high resolution of TMAs for quantitative measurement of DNA strand-specific differential expression of annotated and non-annotated transcripts.[Results] We extensively filtered probes present in Affymetrix Genechip Yeast Genome 2.0 expression and GeneChip S. pombe 1.0FR tiling microarrays to generate custom Chip Description Files (CDF) in order to compare their efficiency. We experimentally tested the potential of our approach by measuring the differential expression of 4904 genes in the yeast Schizosaccharomyces pombe growing under conditions of oxidative stress. The results showed a Pearson correlation coefficient of 0.943 between both platforms, indicating that TMAs are as reliable as EMAs for quantitative expression analysis. A significant advantage of TMAs over EMAs is the possibility of detecting non-annotated transcripts generated only under specific physiological conditions. To take full advantage of this property, we have used a target-labelling protocol that preserves the original polarity of the transcripts and, therefore, allows the strand-specific differential expression of non-annotated transcripts to be determined. By using a segmentation algorithm prior to generating the corresponding custom CDFs, we identified and quantitatively measured the expression of 510 transcripts longer than 180 nucleotides and not overlapping previously annotated ORFs that were differentially expressed at least 2-fold under oxidative stress.[Conclusions] We show that the information derived from TMA hybridization can be processed simultaneously for high-resolution qualitative and quantitative analysis of the differential expression of well-characterized genes and of previously non-annotated and antisense transcripts. The consistency of the performance of TMA, their genome-wide coverage and adaptability to updated genome annotations, and the possibility of measuring strand-specific differential expression makes them a tool of choice for the analysis of gene expression in any organism for which TMA platforms are available.This work was funded by grants BFU2008-01919BMC and Consolider-Ingenio CSD2007-00015 from the Spanish Ministerio de Ciencia e Innovaci on.Peer reviewe

Evaluation of Enzyme Additives on the Nutritional Use of Feeds with a High Content of Plant Ingredients for Mugil cephalus

The Mugilidae are a group of fish with a great interest for aquaculture due to their omnivorous profile, rapid growth, and resistance to environmental variations. The selection of feed ingredients for these species is currently focused on an extensive use of plant by-products, with this being limited by their content in anti-nutritive factors (mainly phytate and non-starch polysaccharides; NSPs). Nevertheless, specific enzymes can be used to counteract some of those negative effects. In the present study, the effect of pretreating two high-plant feeds with a mixture of enzymes (glucanases + phytase) on the digestive use of protein and phosphorus by juvenile mullets (Mugil cephalus) was assessed using both in vitro and in vivo assays. The enzymatic treatment significantly modified the potential bioavailability of some nutrients, such as a reduction of sugars, pentoses, and phytic phosphorus. Also, it increased the digestibility of protein in one of the feeds but reduced that of phosphorus in both of them. The potential usefulness of enzyme treatment and the information provided by the two types of assays are discusse

Respuestas del Solitario para la buena crianza de los hijos. Dedicala al inuictiss.mo Rey y Martir Valeroso S. Ermeneguildo, su menor vassallo y mayor aficionado Frai Jvan Fran.co de Antequera...

Letra del siglo 17 de mano del autor. En el libro de Profesiones de 1677 a 1774 (que está en el Archivo Provincial de la Prov. De Andalucía en Capuchinos de Sevilla) aparece la firma y rúbrica del P. Fr. Juan Francisco de Antequera y efectivamente pudieron ser estos 10 vol. de mano del autor pues tiene el nombre rasgos semejantes. Pero es distinta por completo de la letra de el hijo de la verdad... (sign 331-184), según el P. AnsejoEncuadernación: Perg. / Marcas procedencia: Biblioteca Provincial y de la Universidad de Sevilla / Capuchinos. En cub.: 11.8.11, y en h. de guarda: Este libro esta asignado a este Conv.to de Sevilla por N. M. R. P. fr. Antonio de Hondarroa Min. ProvincialA 331/09

Interacción de aislados de Bacillus cereus responsables de toxoinfecciones alimentarias con la filosfera

Bacillus cereus es un grupo heterogéneo de bacterias Gram-positivas que incluyen cepas patógenas responsables de contaminaciones en la industria alimentaria y médica, así como intoxicaciones alimentarias. Dependiendo de los síntomas asociados a la intoxicación, las cepas patógenas de B. cereus pueden clasificarse en enterotoxigénicas y eméticas, existiendo también cepas ambientales con actividad de biocontrol. Además, esta bacteria forma biopelículas, lo que puede contribuir a una eficiente colonización de superficies incluidas las de plantas, un aspecto poco estudiado del ciclo de vida de B. cereus. En este trabajo se seleccionaron 10 aislados clínicos y ambientales de B. cereus, debido a las diferencias en su capacidad para formar biopelículas in vitro. Para estudiar la ecología de estas cepas, se inocularon hojas de plantas de melón y pepino con suspensiones de 108 ufc/ml de cada cepa. La dinámica de población demostró que prácticamente todos los aislados persistían en las hojas a niveles de 103 ufc/g de hoja, aunque no parecía existir un patrón asociado al origen del aislamiento. Sin embargo, pudimos observar tres cinéticas de esporulación diferentes: esporulación temprana de la población, esporulación tardía y prácticamente ausencia de esporulación. El seguimiento de la distribución espacial de las bacterias mediante microscopía electrónica de barrido mostró la existencia de colonias formadas por varias capas de células unidas entre sí por una especie de matriz, sugerente de biopelículas bacterianas. Nuestros resultados prevén la capacidad de cepas patógenas de humanos de B. cereus de vivir en la filosfera de plantas como lo haría una cepa de origen ambiental, usando para ello la formación de biopelículas, la esporulación o una combinación de ambas estrategias. Si bien, las hojas de las plantas ensayadas no entrarían en la cadena alimenticia del hombre, si representarían un reservorio importante desde donde podrían pasar a los frutos que se consumen.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Analysis of Pegi code's knowledge on Teacher Education

El desconocimiento del código PEGI por parte de padres, madres y docentes es un problema para el consumo responsable de videojuegos. La ignorancia de los símbolos y la falta de formación para interpretarlos hace que a pesar de estar ubicado desde hace años en las portadas y contraportadas de los videojuegos sea un desconocido por los consumidores y lo obvien a la hora de consultar la idoneidad del producto. Se realizó una investigación para conocer qué vinculaba al código PEGI con el contexto educativo haciendo que el alumnado de Grado de Infantil utilizasen este código para clasificar videojuegos y decidir sobre si son o no adecuados para la inclusión en la práctica educativa. Es de interés que los docentes conozcan este sistema pues son productos culturales relevantes que están presentes en el ocio de los discentes y cada vez en mayor medida en las aulas de todos los niveles educativos.Ignorance of the PEGI code by parents and teachers is a problem for videogame responsible consumption. Ignorance of the symbols and the lack of training makes it hard to interpret. Despite being located in the front and back of the game for years is unknown by consumers and they obviate it to consult the suitability of the product. An investigation to determine what PEGI code linked to the educational context so that the pupils and students of Grade Child utilization this code to classify video games and decide whether they are suitable for inclusion in the educational practice is conducted. It is of interest that the teachers know these systems as they are relevant cultural products are present in the leisure learners and increasingly more in the classroom at all educational levels.peerReviewe

Pesquisa sobre videogames em educação. Uma revisão sistemática da literatura de 2015 a 2020

The use of video games in the classroom is an educational trend that has been raised, documented, and researched for decades. This research starts with the premise of capturing through a Systematic Literature Review the current state of research with videogames in formal educational contexts. For this, a search for documents was carried out in the Scopus database, obtaining a sample of 7320 documents, which after going through a screening process, 90 documents were obtained that met the inclusion criteria proposed for this study in the period from 2015 to 2020. The data found were subjected to statistical analysis using SPSS statistical analysis software. The conclusions that were drawn from the analyzed documents show that research with video games and education maintains quantitative perspectives as the most used methodology by the scientific community. Furthermore, studies with descriptive designs also stand out, which serve to obtain data in a general way about the operation of video games in the classroom. Finally, educational video games have been highlighted as the most used in the documents analyzed due to their didactic connotations.El uso de videojuegos en el aula es una tendencia educativa planteada, documentada e investigada desde hace décadas. Este artículo de investigación parte con la premisa de plasmar mediante, una revisión sistemática de literatura, el estado actual de los estudios con videojuegos en contextos educativos formales. Para ello, se realizó una búsqueda de documentos en la base de datos Scopus, obteniéndose una muestra de 7320 documentos, la cual, tras pasar por un proceso de screening, se obtuvieron 90 que cumplían con los criterios de inclusión planteados para esta revisión en el periodo de 2015 a 2020. Los datos hallados fueron sometidos a análisis estadístico, mediante la utilización de software de análisis estadístico spss. Las conclusiones que se extrajeron de los documentos analizados arrojan que en las investigaciones con videojuegos y educación la metodología cuantitativa es la más utilizada por la comunidad científica; también destacan los estudios con diseños descriptivos, los cuales sirven para obtener datos de un modo general sobre el funcionamiento de los videojuegos en el aula. Finalmente, se ha destacado a los videojuegos educativos como los más utilizados en los documentos analizados debido a sus connotaciones didácticas.O uso de videogames em sala de aula é uma tendência educacional planejada, documentada e pesquisada há décadas. Este artigo de pesquisa parte da premissa de retratarpor meio de uma revisão sistemática da literatura, o estado atual das pesquisas com videogames em contextos de educação formal. Para isso, realizou-se uma busca de documentos na base de dados Scopus, obtendo-se uma mostra de 7320 documentos, os quais, após passarem por um processo de screening, foram obtidos 90 documentos que cumpriam aos critérios de inclusão propostos para esta revisão no período de 2015 a 2020. Os dados encontrados foram submetidos à análise estatística, por meio do software de análise estatística SPSS. As conclusões que se extraíram dos documentos analisados demostram que nas pesquisas com videogames e educação, a metodologia quantitativa é a mais utilizada pela comunidade científica; destacando-se também os estudos com delineamentos descritivos, os quais servem para obter dados de forma geral sobre o funcionamento dos videogames na sala de aula. Por fim, os videogames educacionais têm se destacado como os mais utilizados nos documentos analisados devido a suas conotações didáticas

Análisis del conocimiento del código PEGI en la formación inicial del profesorado

El desconocimiento del código PEGI por parte de padres, madres y docentes es un problema para el consumo responsable de videojuegos. La ignorancia de los símbolos y la falta de formación para interpretarlos hace que a pesar de estar ubicado desde hace años en las portadas y contraportadas de los videojuegos sea un desconocido por los consumidores y lo obvien a la hora de consultar la idoneidad del producto. Se realizó una investigación para conocer qué vinculaba al código PEGI con el contexto educativo haciendo que el alumnado de Grado de Infantil utilizasen este código para clasificar videojuegos y decidir sobre si son o no adecuados para la inclusión en la práctica educativa. Es de interés que los docentes conozcan este sistema pues son productos culturales relevantes que están presentes en el ocio de los discentes y cada vez en mayor medida en las aulas de todos los niveles educativos

Videojuegos precursores de emociones positivas: propuesta metodológica con Minecraft en el aula hospitalaria

En este artículo se pretende desarrollar una metodología de actuación pedagógica basada en el uso de videojuegos dentro del contexto hospitalario. Concretamente en las aulas hospitalarias de Extremadura, puesto que disponen de consolas pero carecen de estrategias de uso de los videojuegos como herramienta pedagógica. La premisa de esta metodología será incidir en el plano emocional para establecer contextos emocionales positivos que fomenten el aprendizaje a través del juego. Se pretende hacer que los niños y niñas hospitalizados que acceden al aula hospitalaria dejan un lado el ambiente hospitalario y la enfermedad que allí los ubica, a través del uso de videojuegos que fomenten la cooperación, la motivación y la interacción social a través del uso de videojuegos, sirviendo éstos como complemento al currículum ordinario.La metodología que se ha creado conjuga la importancia de las emociones y el juego para crear ambientes equilibradores entre el bienestar físico y el bienestar emocional, así como el tratamiento de contenidos curriculares basados en el uso de videojuegos, la premisa es aprender mientras juegas.Artículo revisado por pare

Evaluation of the Inclusion of the Green Seaweed Ulva ohnoi as an Ingredient in Feeds for Gilthead Sea Bream (Sparus aurata) and European Sea Bass (Dicentrarchus labrax)

Simple Summary The use of seaweeds in aquafeeds is receiving increasing attention due to their potential nutritional and functional benefits. However, several green seaweeds such as Ulva presents nutritional limitations because of the undigestible polysaccharides, although these may exert a positive effect on the immunological status of the fish. The present study developed three different experiments aimed to re-evaluate the presence of protease inhibitors described for Ulva ohnoi, to assess its nutritional value as an ingredient and also to evaluate its potential protective effect on the oxidative metabolism of fish, being experiments developed in two different fish species (European sea bass Dicentrarchus labrax and gilthead sea bream, Sparus aurata). Results indicate the absence of negative effects of U. ohnoi on protein digestion of sea bream but a limited value as a feed ingredient. In contrast, its contents in bioactives seem to be correlated to the observed positive effects on the immune status and oxidative metabolism when fish are challenged by the consumption of highly oxidized dietary oil. This study evaluated the use of Ulva ohnoi as an ingredient in feeds for aquaculture in three different experiments. Experiment 1 was oriented to confirm the negative effect of U. ohnoi on fish digestion. Experiment 2 assessed the effect on growth, feed efficiency, and immune status of juvenile sea bass (Dicentrarchus labrax) fed on diets including U. ohnoi, previously treated or not with carbohydrases used to partially hydrolyze indigestible polysaccharides. Experiment 3 was aimed to evaluate the potential protective effect of U. ohnoi on the oxidative status of sea bream (Sparus aurata) challenged by the consumption of a feed formulated with the oil fraction completely oxidized. Results show a negligible effect of U. ohnoi meal on protein digestion when included in feeds at levels of 10% or less. Moreover, results of growth and feed use evidenced the possibility of using up to 5% inclusion of algal meal in feeds without adverse effects on the zootechnical parameters, while the enzyme pretreatment was ineffective to improve its nutritional use. Finally, the inclusion of U. onhoi in feeds determined both an immunostimulatory effect, evidenced by an increase in skin mucus lysozyme in the two mentioned fish species, and a positive influence on the oxidative metabolism of seabream when fed on a diet including rancid oil.This research was funded by the Excellence Campus of Marine Science (CEIMAR) within the "III Call for Innovative Projects in the field of Blue Economy"