Mechanism of polypurine tract primer generation by HIV-1 reverse transcriptase

HIV-1 reverse transcriptase (HIV-1 RT) possesses both DNA polymerase activity and RNase H activity that act in concert to convert single-stranded RNA of the viral genome to double-stranded DNA that is then integrated into the DNA of the infected cell. Reverse transcriptase-catalyzed reverse transcription critically relies on the proper generation of a polypurine tract (PPT) primer. However, the mechanism of PPT primer generation and the features of the PPT sequence that are critical for its recognition by HIV-1 RT remain unclear. Here, we used a chemical crosslinking method together with MD simulations and single-molecule assays to study the mechanism of PPT primer generation. We found that the PPT was specifically and properly recognized within covalently tethered HIV-1 RT-nucleic acid complexes. These findings indicated that recognition of the PPT occurs within a stable catalytic complex after its formation. We found that this unique recognition is based on two complementary elements that rely on the PPT sequence: RNase H sequence preference and incompatibility of the poly-rA/dT tract of the PPT with the nucleic acid conformation that is required for RNase H cleavage. The latter results from rigidity of the poly-rA/dT tract and leads to base-pair slippage of this sequence upon deformation into a catalytically relevant geometry. In summary, our results reveal an unexpected mechanism of PPT primer generation based on specific dynamic properties of the polyrA/dT segment and help advance our understanding of the mechanisms in viral RNA reverse transcription

Zawał serca u 34-letniej pacjentki. Czy terapia przeciwtrądzikowa niesie ze sobą zwiększone ryzyko zakrzepicy i nagłego zatrzymania krążenia?

Myocardial infarction is still one of the most important problems of modern medicine. Every year in Poland, about100,000 people have a heart attack, and because of its complications several thousand dies. Despite this, there are still cases (especially among young people) where we encounter difficulty in determining the causes of myocardial ischemia. We present a case of myocardial infarction complicated by sudden cardiac arrest (SCA) in 34-year-old female patient, who was treated with anti-acne therapy. It should be noted that the SCA is one of the most serious complications of myocardial infarction, mortality is enormous, and patient survival depends largely on quick and professional resuscitation. That is why it is very important to determine whether patient anti-acne therapy may result in development of this serious condition. The analysis of this case is presented in this article.Zawał serca to jedna z najważniejszych jednostek chorobowych dzisiejszej medycyny. W Polsce na zawał serca zapada rocznie około 100 tys. osób, a z powodu jego powikłań notuje się co roku kilkanaście tysięcy zgonów. Mimo to ciągle zdarzają się przypadki (dotyczy to szczególnie młodych osób), w których napotyka się trudności z ustaleniem przyczyny niedokrwienia mięśnia sercowego. W niniejszym artykule zaprezentowano przypadek zawału serca powikłanego nagłym zatrzymaniem krążenia (SCA) u 34-letniej pacjentki, przewlekle leczącej się z powodu nawracających zmian trądzikowych. Należy nadmienić, że SCA to jedno z najcięższych powikłań zawału serca — śmiertelność jest niezwykle wysoka, a skuteczność niesionej choremu pomocy w głównej mierze zależy od szybkości i doświadczenia osób lub zespołów ratowniczych prowadzących czynności reanimacyjne. Dlatego też bardzo istotne jest ustalenie, czy prowadzona przez pacjentkę terapia przeciwtrądzikowa i przyjmowane przez nią leki mogły się przyczynić do rozwoju tego poważnego stanu

Badanie przesiewowe w kierunku tętniaka aorty brzusznej w populacji mężczyzn

Mortality due to ruptured abdominal aortic aneurysm remains high, despite constant progress in the fieldsof diagnostics and treatment. According to published data, screening in selected patient populations provedeffective in decreasing these adverse outcomes.The aim of the study was to determine prevalence of abdominal aortic aneurysms in male subjects over 50years of age, inhabiting the region of Wielkopolska and bearing risk factors of atherosclerosis.The studied population included 305 men aged 52–89 years, who were examined between March 2009and January 2010 and fulfilled at least one of the two criteria (age over 65 years and at least one risk factorfor vascular complications and/or age over 50 years and family history of abdominal aortic aneurysm in immediatekin). Patient evaluation included taking medical history, measurement of the ankle-brachial index,duplex investigation of aorta and iliac arteries as well as measurement of glycaemia and lipid parameters.Aortic aneurysms of 32–93 mm in diameter were discovered in 14 patients (4.6%). In 12 subjects, onlydistal part of aorta was dilated, whereas in two patients the lesion encompassed both aorta and commoniliac arteries. Effacement of posterior wall of aneurysm and dissection of paramural thrombi was noted in twopatients who had largest aneurysms. In both these cases, angio-CT of abdomen was performed, and patientswere qualified for urgent surgical intervention.Groups of healthy subjects and patients with aneurysm did not differ significantly as to age, BMI value orlipid parameters. Glycaemia in patients with aneurysms was, however, significantly higher as compared tohealthy subjects. Analysis of comorbidities and cardiovascular risk factors revealed that patients with aorticaneurysms were significantly more often active smokers, had history of cerebral stroke, and were diagnosedwith chronic obturative pulmonary disease or rheumatic disorders. Analysis concerning other parametersshowed no significant differences between the two groups.The observed prevalence of abdominal aortic aneurysm and risk factors for its development in male inhabitantsof the Wielkopolska region were similar to figures previously reported in literature. Screening performed in this study allowed detecting 14 abdominal aortic aneurysms, of which two required urgent surgical intervention.These results support therefore necessity of such screening programmes.Mimo stałego postępu w diagnostyce i leczeniu, śmiertelność spowodowana pęknięciem tętniaków aortybrzusznej pozostaje wysoka. W dotychczasowych badaniach wykazano przydatność badań przesiewowychprzeprowadzanych w wybranych populacjach pacjentów w zmniejszeniu skali tego niekorzystnego zjawiska.Celem badania było określenie częstości występowania tętniaków aorty brzusznej w populacji mężczyznw wieku powyżej 50 lat, z czynnikami ryzyka rozwoju zmian miażdżycowych i tętniaka aorty, mieszkającychna terenie Wielkopolski.Do analizy włączono 305 mężczyzn w wieku 52–89 lat, przebadanych w okresie od marca 2009 do stycznia2010 r., spełniających co najmniej jedno z dwóch kryteriów, to znaczy wiek powyżej 65 lat, z co najmniej jednymczynnikiem rozwoju powikłań naczyniowych, i/lub wiek powyżej 50 lat, z dodatnim wywiadem w kierunkuwystępowania tętniaków aorty brzusznej u członków najbliższej rodziny. U każdej osoby zebrano wywiad,oznaczono wskaźnik kostka–ramię, wykonano badanie dupleksowe aorty i tętnic biodrowych oraz oznaczonoglikemię i gospodarkę lipidową.U 14 osób (4,6%) wykryto obecność tętniaków aorty o średnicy 32–93 mm. W 12 przypadkach poszerzeniedotyczyło tylko odcinka dalszego aorty, w 2 kolejnych zmiana obejmowała także tętnice biodrowe wspólne.U 2 osób z największymi tętniakami obserwowano zatarcie zarysów tylnej ściany oraz rozwarstwienie strefyskrzeplin przyściennych. W obydwu przypadkach wykonano angio-KT jamy brzusznej, a pacjentów zakwalifikowanodo leczenia zabiegowego w trybie pilnym.Grupy osób zdrowych i z tętniakami były porównywalne pod względem wieku, wartości BMI oraz parametrówgospodarki lipidowej. Jedynie glikemia oznaczona u osób z tętniakami była znamiennie wyższa niż u osóbzdrowych. Pod względem chorób towarzyszących i czynników ryzyka rozwoju chorób sercowo-naczyniowychosoby z tętniakami aorty charakteryzowały się znamiennie większą częstością aktualnego palenia tytoniu,przebytych udarów mózgu oraz rozpoznania przewlekłej obturacyjnej choroby płuc i chorób reumatycznych.Pod względem pozostałych ocenianych parametrów obie grupy były porównywalne.Potwierdzono, że częstość występowania tętniaków aorty brzusznej oraz czynniki ryzyka ich rozwoju w populacjimężczyzn w Wielkopolsce są podobne do opisywanych we wcześniejszych pracach. Przeprowadzone badaniaprzesiewowe umożliwiły wykrycie 14 przypadków tętniaków aorty brzusznej, z których 2 wymagały zaopatrzeniaw trybie pilnym. Potwierdzono konieczność kontynuacji programu przesiewowego w podobnej formule

Pacjent ze złożoną wadą aortalną i dysfunkcją lewej komory - diagnostyka i zasady kwalifikacji zabiegowej

Zwężenie lewego ujścia tętniczego to jedna z najczęstszych wad zastawkowych serca; może mieć charakter wrodzony lub nabyty. W pracy przedstawiono przypadek pacjenta z krytyczną stenozą aortalną i dysfunkcją lewej komory oraz ciężką niedomykalnością trójdzielną. U chorego, mimo znacznego zaawansowania zmian, przebieg kliniczny charakteryzował się umiarkowanym nasileniem objawów. Wykonane echokardiograficzne badanie przezklatkowe pozwoliło na dokonanie rozpoznania i podjęcie decyzji terapeutycznych. Leczenie kardiochirurgiczne (wymiana zastawki aortalnej, plastyka zastawki trójdzielnej) przebiegło bez powikłań i spowodowało ustąpienie objawów, a w obrazie echokardiograficznym - poprawę funkcji lewej komory

Lower limb revascularization in patients with heparin-induced thrombocytopenia

Heparin-induced thrombocytopenia (HIT) is a serious complication which occurs in patients treated with heparin. It is estimated that in clinical practice this syndrome can be encountered among 1-3% of patients who receive heparin treatment. This disease is often not diagnosed. The aim of this study was to evaluate the treatment of patients with diagnosed HIT syndrome who were qualified to revascularisation in the course of critical lower limb ischaemia. There were two cases of patients with diagnosed HIT syndrome who were treated in the Department of General and Vascular Surgery in Poznań. The results of revascular treatment of patients with diagnosed HIT syndrome were evaluated retrospectively. In all patients it was possible to perform revascular surgery of lower limbs after introducing an oral anticoagulant. In 2004 it was impossible to treat HIT syndrome with new generation anticoagulants. That is why oral anticoagulant (coumarin) treatment was introduced as a safe method and the only one available in our conditions. It enabled us to perform revascular surgery retaining INR indicator of 1.5-1.7.Małopłytkowość poheparynowa (HIT) jest poważnym powikłaniem występującym u chorych leczonych heparyną. Ocenia się, że w praktyce klinicznej zespół ten pojawia się u 1-3% osób poddanych terapii heparynowej i często jest to schorzenie nierozpoznane. Celem pracy była ocena leczenia chorych z rozpoznanym zespołem HIT, zakwalifikowanych do operacji rewaskularyzacyjnych w przebiegu krytycznego niedokrwienia kończyn dolnych. Przedstawiono przypadki dwóch chorych z rozpoznanym zespołem HIT, leczonych w Klinice Chirurgii Ogólnej i Naczyń w Poznaniu. Retrospektywnie oceniono wyniki leczenia rewaskularyzacyjnego chorych z rozpoznanym zespołem HIT. U wszystkich chorych włączenie doustnego antykoagulantu umożliwiło przeprowadzenie operacji rewaskularyzacyjnej kończyn dolnych. W 2004 roku z powodu braku możliwości leczenia zespołu HIT lekami przeciwkrzepliwymi nowej generacji, zastosowanie doustnych antykoagulantów (acenokumarolu) było metodą bezpieczną i w tym czasie jedynie dostępną w tych warunkach. Pozwoliła ona na przeprowadzenie operacji rewaskularyzacyjnej, przy zachowaniu wskaźnika INR na poziomie 1,5-1,7

Coordination between the polymerase and RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase

Replication of human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) involves conversion of its single-stranded RNA genome to double-stranded DNA, which is integrated into the genome of the host. This conversion is catalyzed by reverse transcriptase (RT), which possesses DNA polymerase and RNase H domains. The available crystal structures suggest that at any given time the RNA/DNA substrate interacts with only one active site of the two domains of HIV-1 RT. Unknown is whether a simultaneous interaction of the substrate with polymerase and RNase H active sites is possible. Therefore, the mechanism of the coordination of the two activities is not fully understood. We performed molecular dynamics simulations to obtain a conformation of the complex in which the unwound RNA/DNA substrate simultaneously interacts with the polymerase and RNase H active sites. When the RNA/DNA hybrid was immobilized at the polymerase active site, RNase H cleavage occurred, experimentally verifying that the substrate can simultaneously interact with both active sites. These findings demonstrate the existence of a transient conformation of the HIV-1 RT substrate complex, which is important for modulating and coordinating the enzymatic activities of HIV-1 RT

Najnowsze doniesienia naukowe w dziedzinie kardiologii inwazyjnej — Kongres Transcatheter Cardiovascular Therapeutics (TCT) Orlando, 4–6 listopada 2021 roku

W trakcie trzydniowego Kongresu Transcatheter Cardiovascular Therapeutics (TCT) w Orlando przedstawiono wyniki kilkunastu istotnych badań klinicznych. W niniejszym artykule przedstawiono 6 prac, które subiektywnie zostały uznane przez autorów za najistotniejsze z perspektywy lekarza klinicysty oraz zabiegowca