Biofilm development by clinical strains of non-pigmented rapidly growing mycobacteria

AbstractThe relationship between clinical significance of non-pigmented, rapidly growing mycobacteria (NPRGM), in vitro biofilm development and sliding motility was evaluated in this study. One hundred and sixty-eight clinical strains of NPRGM were included. Forty-one of these were clinically significant isolates. Biofilm was formed by 123 strains. Seventy-six biofilm-positive and 25 biofilm-negative strains showed sliding motility. There was a relationship between clinical significance and biofilm development (p <0.000 001), sliding motility (p 0.0037) and species (p <0.000 001). No relationship was found between motility and biofilm development. The ability to develop biofilm is a characteristic that can have importance in the development of infections caused by NPRGM

Caracterización de H3K4me3 y H3K27me3 en una deficiencia primaria de CoQ10

Motivación: El coenzima Q10 (CoQ10) es una molécula esencial para la célula, destacando su papel en la cadena respiratoria. Su deficiencia da lugar a un síndrome heterogéneo, cuya herencia es autosómica recesiva, que provoca la muerte prematura del individuo afectado. El grupo de Fernández-Ayala mantiene que las células deficientes podrían sufrir una adaptación en etapas tempranas del desarrollo fetal, consistente en alteraciones de las modificaciones epigenéticas que justificarían el transcriptoma de supervivencia encontrado (Fernández-Ayala et al.). Además, han estudiado los efectos que la suplementación con CoQ10, que es la terapia actual, puede tener sobre ambos. Nuestro objetivo es analizar si las modificaciones H3K4me3 y H3K27me3 pueden estar regulando la expresión y si la suplementación con CoQ10 tiene algún efecto sobre estas. Métodos: Se ha realizado un ChIP-Seq de fibroblastos de un paciente con una deficiencia primaria tratados durante una semana y sin tratar, y de un individuo sano de similar edad. Mediante el uso de diversas herramientas informáticas (Nielsen et al. y Zhang et al.) se ha obtenido allí donde la presencia de H3K4me3 y H3K27me3 destaca. Se ha analizado su distribución genómica y el GO de los genes posiblemente afectados. Finalmente nos hemos centrado en la zona de los promotores, donde se halla el promotor en sí y algunos elementos reguladores, para ver si se justifica el transcriptoma de supervivencia. Resultados: La adaptación a la deficiencia de CoQ10 parece alterar mucho más los patrones de H3K4me3 en las células, que los de H3K27me3. Estas afectarían sobre todo a genes implicados en procesos metabólicos, celulares, regulación biológica o de un proceso biológico. En los promotores estas marcas tienden a desaparecer en la deficiencia, aunque también pueden aparecer nuevos promotores marcados. Resultados preliminares demuestran que estos patrones justifican los datos globales del transcriptoma, así como la restauración parcial tras la suplementación. Además, CoQ10 parece tener otros efectos: puede incrementar las diferencias entre control y paciente y promover la eliminación de modificaciones en promotores de genes no relacionados con la enfermedad o la adición de estas en promotores anteriormente no afectados . Conclusiones: La deficiencia parece alterar el patrón de H3K4me3 en la célula, eliminándolo principalmente, sobre todo en los promotores. La suplementación sólo consigue una restauración parcial

In silico and In vitro analysis of MAP3773c protein from Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis

Paratuberculosis is a disease caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP). It is of great interest to better understand the proteins involved in the pathogenicity of this organism in order to be able to identify potential therapeutic targets and design new vaccines. The protein of interest–MAP3773c–was investigated, and molecular modeling in silico, docking, cloning, expression, purification, and partial characterization of the recombinant protein were achieved. In the in silico study, it was shown that MAP3773c of MAP has 34% sequence similarity with Mycobacterium tuberculosis (MTB) FurB, which is a zinc uptake regulator (Zur) protein. The docking data showed that MAP3773c exhibits two metal-binding sites. The presence of structural Zn2+ in the purified protein was confirmed by SDS-PAGE PAR staining. The purification showed one band that corresponded to a monomer, which was confirmed by liquid chromatography–mass spectrometry (LC-MS). The presence of a monomer was verified by analyzing the native protein structure through BN-SDS-PAGE (Native Blue (BN) Two-Dimensional Electrophoresis) and BN–Western blotting. The MAP3773c protein contains structural zinc. In conclusion, our results show that MAP3773c displays the features of a Fur-type protein with two metal-binding sites, one of them coordinating structural Zn2+

Constraints on the χ_(c1) versus χ_(c2) polarizations in proton-proton collisions at √s = 8 TeV

The polarizations of promptly produced χ_(c1) and χ_(c2) mesons are studied using data collected by the CMS experiment at the LHC, in proton-proton collisions at √s=8  TeV. The χ_c states are reconstructed via their radiative decays χ_c → J/ψγ, with the photons being measured through conversions to e⁺e⁻, which allows the two states to be well resolved. The polarizations are measured in the helicity frame, through the analysis of the χ_(c2) to χ_(c1) yield ratio as a function of the polar or azimuthal angle of the positive muon emitted in the J/ψ → μ⁺μ⁻ decay, in three bins of J/ψ transverse momentum. While no differences are seen between the two states in terms of azimuthal decay angle distributions, they are observed to have significantly different polar anisotropies. The measurement favors a scenario where at least one of the two states is strongly polarized along the helicity quantization axis, in agreement with nonrelativistic quantum chromodynamics predictions. This is the first measurement of significantly polarized quarkonia produced at high transverse momentum