Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in a UK university identifies dynamics of transmission

AbstractUnderstanding SARS-CoV-2 transmission in higher education settings is important to limit spread between students, and into at-risk populations. In this study, we sequenced 482 SARS-CoV-2 isolates from the University of Cambridge from 5 October to 6 December 2020. We perform a detailed phylogenetic comparison with 972 isolates from the surrounding community, complemented with epidemiological and contact tracing data, to determine transmission dynamics. We observe limited viral introductions into the university; the majority of student cases were linked to a single genetic cluster, likely following social gatherings at a venue outside the university. We identify considerable onward transmission associated with student accommodation and courses; this was effectively contained using local infection control measures and following a national lockdown. Transmission clusters were largely segregated within the university or the community. Our study highlights key determinants of SARS-CoV-2 transmission and effective interventions in a higher education setting that will inform public health policy during pandemics.</jats:p

Consultations des nouveau-nés de moins de 30 jours aux urgences pédiatriques de Creil (Oise) (étude prospective sur un an)

Cette étude prospective réalisée du 1 juillet 2004 au 30 juin 2005 avait pour but de déterminer les caractéristiques comportementales sociale et médicales des consultations des nouveau-nés âgés de moins de 30 jours aux urgences pédiatriques de l'hôpital de Creil dans l'Oise. Pendant la période étudiée les consultations des nouveau-nés ont représenté 2,89% de l'activité des urgences pédiatriques. 326 nouveau-nés ont été inclus dans l'étude. Les nouveau-nés avaient en moyenne 16,58 jours, un sex ratio proche de 1 et pesaient 3652,21 gr le jour de la consultation. Ils étaient le plus souvent amenés aux urgences pédiatriques sur seule décision parentale dans 90% des cas. Les motifs de consultations les plus fréquents étaient les suivants : affections digestives (33,4 %), affections respiratoires (20 %), pleurs (12,5 %), affections cutanés (9,5 %) et hyperthermie (7 %). Au terme de la consultation 66% des nouveau-nés sont retournés à domicile et 34% ont été hospitalisés. Il y avait souvent une différence de jugement entre les parents et les médecins sur la gravité de la consultation. Au vu de ces résultats, la majorité des nouveau-nés auraient pu être pris en charge en médecine libérale ou en PMI si une meilleure information était apportée aux parents et si le réseau de prise en charge des nouveau-nés était suffisant en ville.AMIENS-BU Santé (800212102) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Dependences which chain us, in the links unchain us

peer reviewe

The Citizen Phage Library: Rapid Isolation of Phages for the Treatment of Antibiotic Resistant Infections in the UK

Antimicrobial resistance poses one of the greatest threats to global health and there is an urgent need for new therapeutic options. Phages are viruses that infect and kill bacteria and phage therapy could provide a valuable tool for the treatment of multidrug-resistant infections. In this study, water samples collected by citizen scientists as part of the Citizen Phage Library (CPL) project, and wastewater samples from the Environment Agency yielded phages with activity against clinical strains Klebsiella pneumoniae BPRG1484 and Enterobacter cloacae BPRG1482. A total of 169 and 163 phages were found for K. pneumoniae and E. cloacae, respectively, within four days of receiving the strains. A third strain (Escherichia coli BPRG1486) demonstrated cross-reactivity with 42 E. coli phages already held in the CPL collection. Seed lots were prepared for four K. pneumoniae phages and a cocktail combining these phages was found to reduce melanisation in a Galleria mellonella infection model. The resources and protocols utilised by the Citizen Phage Library enabled the rapid isolation and characterisation of phages targeted against multiple strains. In the future, within a clearly defined regulatory framework, phage therapy could be made available on a named-patient basis within the UK