Estimation allométrique de la biomasse du pin maritime en dune littorale : cas de la forêt de Rimel (Tunisie) -

Il existe de nos jours plusieurs raisons pour développer les méthodes d'estimation de la biomasse des peuplements forestiers méditerranéens, peu étudiés jusque là. En effet, la biomasse forestière constitue un point clé du cycle du carbone et son estimation devient nécessaire, notamment en prévision d'une utilisation accrue à des fins énergétiques et de l'augmentation du stockage de carbone en forêt. Cette étude a permis de déterminer les biomasses aériennes et souterraines d'un peuplement de pin maritime en Tunisi

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Influence des caractéristiques du peuplement et des arbres et de la sylviculture sur la production de cônes et de graines dans des forêts de Pinus pinea L. dans le Nord de la Tunisie

International audienceThe present work studied if cone and seed productions were related to stand parameters (age, crown size, stand density and tree social status) in stone pine (Pinus pinea L.) stands in Mekna forest (III), Northern Tunisia. The cones were collected in winter 2011 on 10% of the trees sampled in the different trunk diameter classes. They were counted, weighted and classified according to their age (two or three-year-old) and healthy or damaged. Three cones with different sizes (small, medium and large) per sampled tree were harvested and brought to the laboratory. Seeds were extracted from the cones and their number and total weight per cone were determined. Filled or empty seeds were recorded. The findings showed that cone and seed productions are conditioned by tree size, especially crown volume, age and social status. The number of filled or empty seeds depends on the cone weight. Data showed that cone and consequently seed productions in Mekna III were low to extremely low for the considered year. Problems could arise from this deficiency in the future, not only for nut market but also for stand regeneration and species conservation on a long term scale.La production de cônes et de graines a été étudiée dans un peuplement de Pin pignon de la forêt de Mekna III au nord de la Tunisie en fonction de certains paramètres du peuplement (âge, taille du houppier, densité et situation sociale de l’arbre). Les cônes ont été collectés pendant l’hiver 2011 sur un échantillon de 10% des arbres des différentes classes de diamètre du tronc des placettes-échantillons. Ils ont été comptés et classés selon leur âge ( deux ou trois ans) ainsi que leur état, sain ou endommagé. Trois cônes de taille différente (petite, moyenne et grande) par arbre ont été pesés et ramenés au laboratoire. Les graines ont été extraites, leur nombre et leur poids ont été déterminés, et les graines pleines et vides ont également été enregistrées. Les résultats montrent que la production des cônes est conditionnée par la dimension, notamment du houppier, l’âge, et l’état social de l’arbre. La quantité de graines, pleines ou vides, dépend du poids du cône. Les données montrent que la production des cônes dans la forêt de Mekna III est très faible pour l’année considérée. Des problèmes pourraient survenir à partir de cette carence dans l’avenir, non seulement pour le marché de pignons destinées à la consommation, mais aussi pour la régénération du peuplement et la conservation de l’espèce à une échelle à plus long terme

Estimation du stock du carbone dans les forêts de pin maritime (Pinus pinaster Soland.Subsp. Renoui H. del Villar) en Tunisie

International audienceLe rôle de la forêt en tant que facteur de contrôle de l’effet de serre à l’échelle du globe a été signalé dès 1992 avec l’adoption de la Convention Cadre des Nations Unies sur les Changements Climatiques (CCNUCC) puis, en 1997 lors du Protocole de Kyoto. La biomasse végétale forestière constitue un réservoir important de carbone, élément qui représente en moyenne 50% de la matière sèche végétale. Ainsi, les écosystèmes forestiers jouent un rôle important dans le cycle du carbone entre l’atmosphère et la biosphère en séquestrant une quantité de carbone estimée à près de 1200 Gt avec des temps de résidence moyens allant de l’année au siècle. Nous présentons ici une estimation du stock de carbone de peuplements forestiers du littoral tunisien couvrant une variété d’âge et de conditions stationnelles. L’approche utilisée dans cette étude pour estimer la quantité de carbone totale et compartimentale est basée sur des équations allométriques générales faisant appel au diamètre du tronc à 1,30 m de hauteur ou DBH, à l’âge et à la hauteur totale (H) des arbres. Les compartiments étudiés sont le tronc, les branches, les aiguilles et le total aérien. Les compartiments secondaires sont les cônes et les bourgeons. Les modèles allométriques développés sont de type: W = a DBH b pour le tronc et le total aérien , W = a DBHb /Hd pour les branches et W = a DBHb /agec pour les aiguilles. L’analyse des résultats montre une variation nette de la distribution de la masse de carbone entre les compartiments aériens d’un site à un autre. Cette variation est due aux différences climatiques et édaphiques qui existent entre les sites

Estimation du stock du carbone dans les forêts de pin maritime (Pinus pinaster Soland.Subsp. Renoui H. del Villar) en Tunisie

International audienceLe rôle de la forêt en tant que facteur de contrôle de l’effet de serre à l’échelle du globe a été signalé dès 1992 avec l’adoption de la Convention Cadre des Nations Unies sur les Changements Climatiques (CCNUCC) puis, en 1997 lors du Protocole de Kyoto. La biomasse végétale forestière constitue un réservoir important de carbone, élément qui représente en moyenne 50% de la matière sèche végétale. Ainsi, les écosystèmes forestiers jouent un rôle important dans le cycle du carbone entre l’atmosphère et la biosphère en séquestrant une quantité de carbone estimée à près de 1200 Gt avec des temps de résidence moyens allant de l’année au siècle. Nous présentons ici une estimation du stock de carbone de peuplements forestiers du littoral tunisien couvrant une variété d’âge et de conditions stationnelles. L’approche utilisée dans cette étude pour estimer la quantité de carbone totale et compartimentale est basée sur des équations allométriques générales faisant appel au diamètre du tronc à 1,30 m de hauteur ou DBH, à l’âge et à la hauteur totale (H) des arbres. Les compartiments étudiés sont le tronc, les branches, les aiguilles et le total aérien. Les compartiments secondaires sont les cônes et les bourgeons. Les modèles allométriques développés sont de type: W = a DBH b pour le tronc et le total aérien , W = a DBHb /Hd pour les branches et W = a DBHb /agec pour les aiguilles. L’analyse des résultats montre une variation nette de la distribution de la masse de carbone entre les compartiments aériens d’un site à un autre. Cette variation est due aux différences climatiques et édaphiques qui existent entre les sites

Estimation allométrique de la biomasse du pin maritime en dune littorale : cas de la forêt de Rimel (Tunisie) -

International audienceIl existe de nos jours plusieurs raisons pour développer les méthodes d'estimation de la biomasse des peuplements forestiers méditerranéens, peu étudiés jusque là. En effet, la biomasse forestière constitue un point clé du cycle du carbone et son estimation devient nécessaire, notamment en prévision d'une utilisation accrue à des fins énergétiques et de l'augmentation du stockage de carbone en forêt. Cette étude a permis de déterminer les biomasses aériennes et souterraines d'un peuplement de pin maritime en Tunisi