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    Couplage Flux-Expert / Fluent : application à la modélisation 3D d'un électrolyseur à production d'hydrogène

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    Les électrolyseurs à production d'hydrogène de type Westinghouse sont des dispositifs électrochimiques constitués d'un empilement de compartiments cathodiques et anodiques séparés par une membrane. Ils abritent un ensemble de phénomènes physiques couplés. Pour modéliser ces installations nous avons développé un couplage entre les logiciels Fluent® (volumes finis) et Flux-Expert® (éléments finis). Le premier est utilisé pour la résolution de la partie thermo-hydraulique du problème, le second pour la partie électrocinétique avec surtensions d'activation. Leur couplage met en œuvre un processus itératif dans lequel chacun calcule des grandeurs physiques et les transmet à l'autre. Ces interpolations de grandeurs d'un maillage sur l'autre nécessitent une localisation des points de calcul sur des régions volumiques ou surfaciques 3D. Une librairie de passation de messages simple et robuste permet aux deux codes de communiquer

    De l’ADN environnemental jusqu’aux plans de conservation pour les poissons côtiers méditerranéens

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    Marine fish communities, which are essential to the proper functioning of ecosystems, are under increasing threat from human pressures: overfishing, habitat degradation, pollutions and climate change. In this context, marine reserves are set up to try to protect them. In order to better guide the protection of species, particularly the most vulnerable, we need to know their spatial and bathymetric distribution, but also their level of coexistence with human pressures. Obtaining this data is difficult with conventional tools such as diving, which is limited to superficial areas, or fishing, which is destructive and selective for species. Alternatively, the metabarcoding of environmental DNA (eDNA) allows better detection of species, even the rarest or most elusive ones, and seems particularly suited to study communities in mesophotic zones (30-150 meters deep) which remain poorly known because of their relative inaccessibility. This method consists of collecting and amplifying the DNA left by organisms in their environment, then assigning it to known species by comparison with sequences in a genetic reference database. To what extent will eDNA sampling along spatial, bathymetric and anthropogenic gradients be able to feed predictive models of species occurrence and inform conservation plans for coastal ichthyological biodiversity? This is the central question of the thesis.The first chapter summarizes current knowledge of the spatial and bathymetric distribution of marine fish at the global scale, as well as the availability of sequences in the public genetic reference databases. Only 19% of the 11,786 marine species studied are covered by the teleo marker commonly used for fish detection. As a result, the possibilities for using eDNA data remain limited, as 81% of species cannot be identified. In addition, species living only at depths greater than 30m are less well covered by reference databases.The second chapter presents modeling aimed at evaluating and comparing the relative effects of reserves and lockdown on the probabilities of occurrence of 87 fish species. To do this, a major species sequencing project was carried out to complete the reference database of species present in the French Mediterranean Sea. During the eDNA sampling campaigns carried out between 2018 and 2022, samples were collected inside and outside 11 marine reserves where fishing is banned, including 160 during the spring 2020 lockdown period linked to the COVID-19 epidemic. The results show an increase in the probability of occurrence in reserves for 59% of species. The probability of occurrence increased during lockdown for 62% of species. The response to the effect of reserves and lockdown is different depending on the species, suggesting that the establishment of large reserves with less human presence, in addition to current reserves, are necessary to protect all species.The third chapter presents species distribution models considering co-occurrences and Mediterranean coastal habitats. Based on the estimated distribution of 120 species, priority areas for conservation along the French Mediterranean coast have been identified to achieve the recommended 30% MPA coverage by 2030 and optimize the conservation of ichthyological biodiversity.In this thesis, the combination of data from eDNA metabarcoding and modeling was used to describe the spatial and bathymetric distribution of species, assess the effectiveness of protection measures and inform future conservation plans.Les communautés de poissons marins, essentielles au bon fonctionnement des écosystèmes, sont de plus en plus menacées par les pressions humaines : surpêche, dégradation des habitats, pollutions et changement climatique. Dans ce contexte, des réserves marines sont mises en place pour tenter de les protéger. Afin de mieux orienter la protection des espèces, notamment les plus vulnérables, il faut mieux connaître leur répartition spatiale et bathymétrique, mais aussi leur niveau de coexistence avec les pressions humaines. L’obtention de ces données est difficile avec les outils classiques tels que la plongée, cantonnée aux zones superficielles ou la pêche qui reste destructive et sélective sur les espèces. En alternative, le metabarcoding de l’ADN environnemental (ADNe), permet une meilleure détection des espèces, même les plus rares ou les plus furtives, et semble particulièrement adapté aux communautés des zones mésophotiques (30-150 mètres de profondeur) qui restent mal connues car relativement inaccessibles. Cette méthode consiste à collecter et amplifier l’ADN laissé par les organismes dans leur environnement, puis à l’assigner à des espèces connues par comparaison aux séquences d’une base de référence génétique. Dans quelle mesure un échantillonnage de l’ADNe le long de gradients spatiaux, bathymétriques et anthropiques va-t-il pouvoir alimenter des modèles prédictifs d’occurrence des espèces et renseigner des plans de conservation pour la biodiversité ichtyologique côtière ? Telle est la question centrale de la thèse.Le premier chapitre synthétise les connaissances actuelles sur la répartition spatiale et bathymétrique des poissons marins à l’échelle mondiale, ainsi que la disponibilité des séquences dans les bases de référence génétiques publiques. Seules 19% des 11 786 espèces marines étudiées sont couvertes par le marqueur teleo couramment utilisé pour la détection des poissons. De ce fait, les possibilités d’utilisation des données ADNe restent limitées, car 81% des espèces ne peuvent pas être identifiées. De plus, les espèces ne vivant qu’au-delà de 30m de profondeur sont moins couvertes par les bases de référence. Le deuxième chapitre présente une modélisation visant à évaluer et comparer les effets relatifs des réserves et du confinement sur les probabilités d’occurrence de 87 espèces de poissons. Pour cela, un important travail de séquençage des espèces a été réalisé pour compléter la base de référence des espèces présentes en mer Méditerranée française. Au cours des campagnes d’échantillonnage d’ADNe menées entre 2018 et 2022, des échantillons ont été récoltés à l’intérieur et à l’extérieur de 11 réserves marines où la pêche est interdite, dont 160 pendant le confinement du printemps 2020 lié à l’épidémie de COVID-19. Les résultats montrent une augmentation de la probabilité d’occurrence dans les réserves pour 59% des espèces. La probabilité d’occurrence a augmenté lors du confinement pour 62% des espèces. La réponse à l’effet des réserves et du confinement est différente en fonction des espèces, suggérant que la mise en place de grandes réserves avec moins de présence humaine, en sus des réserves actuelles, sont nécessaires pour protéger l’ensemble de la biodiversité ichtyologique.Le troisième chapitre présente des modèles de distribution d’espèces prenant en compte les co-occurrences et les habitats côtiers méditerranéens. À partir de la distribution estimée de 120 espèces, des zones à protéger en priorité le long des côtes méditerranéennes françaises ont pu être identifiées pour atteindre les 30% de couverture en AMP préconisée d’ici 2030 et optimiser la conservation de la biodiversité ichtyologique. Dans cette thèse, le couplage entre les données issues du metabarcoding de l’ADNe et la modélisation a permis de décrire la répartition spatiale et bathymétrique des espèces, évaluer l’efficacité des mesures de protection et informer les futurs plans de conservation

    De l’ADN environnemental jusqu’aux plans de conservation pour les poissons côtiers méditerranéens

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    Marine fish communities, which are essential to the proper functioning of ecosystems, are under increasing threat from human pressures: overfishing, habitat degradation, pollutions and climate change. In this context, marine reserves are set up to try to protect them. In order to better guide the protection of species, particularly the most vulnerable, we need to know their spatial and bathymetric distribution, but also their level of coexistence with human pressures. Obtaining this data is difficult with conventional tools such as diving, which is limited to superficial areas, or fishing, which is destructive and selective for species. Alternatively, the metabarcoding of environmental DNA (eDNA) allows better detection of species, even the rarest or most elusive ones, and seems particularly suited to study communities in mesophotic zones (30-150 meters deep) which remain poorly known because of their relative inaccessibility. This method consists of collecting and amplifying the DNA left by organisms in their environment, then assigning it to known species by comparison with sequences in a genetic reference database. To what extent will eDNA sampling along spatial, bathymetric and anthropogenic gradients be able to feed predictive models of species occurrence and inform conservation plans for coastal ichthyological biodiversity? This is the central question of the thesis.The first chapter summarizes current knowledge of the spatial and bathymetric distribution of marine fish at the global scale, as well as the availability of sequences in the public genetic reference databases. Only 19% of the 11,786 marine species studied are covered by the teleo marker commonly used for fish detection. As a result, the possibilities for using eDNA data remain limited, as 81% of species cannot be identified. In addition, species living only at depths greater than 30m are less well covered by reference databases.The second chapter presents modeling aimed at evaluating and comparing the relative effects of reserves and lockdown on the probabilities of occurrence of 87 fish species. To do this, a major species sequencing project was carried out to complete the reference database of species present in the French Mediterranean Sea. During the eDNA sampling campaigns carried out between 2018 and 2022, samples were collected inside and outside 11 marine reserves where fishing is banned, including 160 during the spring 2020 lockdown period linked to the COVID-19 epidemic. The results show an increase in the probability of occurrence in reserves for 59% of species. The probability of occurrence increased during lockdown for 62% of species. The response to the effect of reserves and lockdown is different depending on the species, suggesting that the establishment of large reserves with less human presence, in addition to current reserves, are necessary to protect all species.The third chapter presents species distribution models considering co-occurrences and Mediterranean coastal habitats. Based on the estimated distribution of 120 species, priority areas for conservation along the French Mediterranean coast have been identified to achieve the recommended 30% MPA coverage by 2030 and optimize the conservation of ichthyological biodiversity.In this thesis, the combination of data from eDNA metabarcoding and modeling was used to describe the spatial and bathymetric distribution of species, assess the effectiveness of protection measures and inform future conservation plans.Les communautés de poissons marins, essentielles au bon fonctionnement des écosystèmes, sont de plus en plus menacées par les pressions humaines : surpêche, dégradation des habitats, pollutions et changement climatique. Dans ce contexte, des réserves marines sont mises en place pour tenter de les protéger. Afin de mieux orienter la protection des espèces, notamment les plus vulnérables, il faut mieux connaître leur répartition spatiale et bathymétrique, mais aussi leur niveau de coexistence avec les pressions humaines. L’obtention de ces données est difficile avec les outils classiques tels que la plongée, cantonnée aux zones superficielles ou la pêche qui reste destructive et sélective sur les espèces. En alternative, le metabarcoding de l’ADN environnemental (ADNe), permet une meilleure détection des espèces, même les plus rares ou les plus furtives, et semble particulièrement adapté aux communautés des zones mésophotiques (30-150 mètres de profondeur) qui restent mal connues car relativement inaccessibles. Cette méthode consiste à collecter et amplifier l’ADN laissé par les organismes dans leur environnement, puis à l’assigner à des espèces connues par comparaison aux séquences d’une base de référence génétique. Dans quelle mesure un échantillonnage de l’ADNe le long de gradients spatiaux, bathymétriques et anthropiques va-t-il pouvoir alimenter des modèles prédictifs d’occurrence des espèces et renseigner des plans de conservation pour la biodiversité ichtyologique côtière ? Telle est la question centrale de la thèse.Le premier chapitre synthétise les connaissances actuelles sur la répartition spatiale et bathymétrique des poissons marins à l’échelle mondiale, ainsi que la disponibilité des séquences dans les bases de référence génétiques publiques. Seules 19% des 11 786 espèces marines étudiées sont couvertes par le marqueur teleo couramment utilisé pour la détection des poissons. De ce fait, les possibilités d’utilisation des données ADNe restent limitées, car 81% des espèces ne peuvent pas être identifiées. De plus, les espèces ne vivant qu’au-delà de 30m de profondeur sont moins couvertes par les bases de référence. Le deuxième chapitre présente une modélisation visant à évaluer et comparer les effets relatifs des réserves et du confinement sur les probabilités d’occurrence de 87 espèces de poissons. Pour cela, un important travail de séquençage des espèces a été réalisé pour compléter la base de référence des espèces présentes en mer Méditerranée française. Au cours des campagnes d’échantillonnage d’ADNe menées entre 2018 et 2022, des échantillons ont été récoltés à l’intérieur et à l’extérieur de 11 réserves marines où la pêche est interdite, dont 160 pendant le confinement du printemps 2020 lié à l’épidémie de COVID-19. Les résultats montrent une augmentation de la probabilité d’occurrence dans les réserves pour 59% des espèces. La probabilité d’occurrence a augmenté lors du confinement pour 62% des espèces. La réponse à l’effet des réserves et du confinement est différente en fonction des espèces, suggérant que la mise en place de grandes réserves avec moins de présence humaine, en sus des réserves actuelles, sont nécessaires pour protéger l’ensemble de la biodiversité ichtyologique.Le troisième chapitre présente des modèles de distribution d’espèces prenant en compte les co-occurrences et les habitats côtiers méditerranéens. À partir de la distribution estimée de 120 espèces, des zones à protéger en priorité le long des côtes méditerranéennes françaises ont pu être identifiées pour atteindre les 30% de couverture en AMP préconisée d’ici 2030 et optimiser la conservation de la biodiversité ichtyologique. Dans cette thèse, le couplage entre les données issues du metabarcoding de l’ADNe et la modélisation a permis de décrire la répartition spatiale et bathymétrique des espèces, évaluer l’efficacité des mesures de protection et informer les futurs plans de conservation

    Geographical and bathymetric distribution of marine fishes and their genetic coverage for eDNA metabarcoding

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    This Rdata file contains 7 data frames: Actinopterygii: Depth range, IUCN red list category, availability of metabarcoding markers sequences (teleo, MiFish-U and MiFish-E) and number of mismatches on the forward and reverse primers for 10,826 Actinopterygii species. Chondrichthyes: Depth range, IUCN red list category, availability of metabarcoding markers sequences (teleo, MiFish-U and MiFish-E) and number of mismatches on the forward and reverse primers for 960 Chondrichthyes species. Mat_Pa_actinopterygii: 1° resolution presence-absence spatial grid for 10,826 Actinopterygii species. This presence-absence spatial grid was constructed using the occurrence data from the OBIS database. Mat_Pa_Chondrichthyes: 1° resolution presence-absence spatial grid for 960 Chondrichthyes species. This presence-absence spatial grid was constructed using the Spatial Data & Mapping Resources of the IUCN Red List. Teleo_12S_ecopcr, MiFishU_12S_ecopcr and MiFishE_12S_ecopcr: Results of in silico PCRs.</p

    Modélisation d'une colonne d'extraction à effet Taylor-Couette

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    International audienc

    Axial dispersion in pulsed disk and doughnut columns: A unified law

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    International audienceThis paper presents the state of the art regarding the understanding of axial mixing in pulsed columns. Residence Time Distribution (RTD) experiments carried out mainly between 1986 and 2002 are reviewed in connection with fluid mechanics studies and CFD simulations. Based on prior work by Buratti (1988), a new model is established to correlate the continuous phase axial dispersion coefficient with the operating conditions in a wide range of operating (pulse intensity up to 7.5 cm s−1) and geometric conditions (0.17≤H/D≤1.33), thereby reducing the estimation error from 143% to 21% in the case of small-aspect ratio columns (H/D<1), such as those used in nuclear research, and from 95% to 27% in the case of (possibly annular) industrial size columns. Experimental results are relatively well reproduced by RANS-type computational fluid dynamics (CFD) simulations, provided a low-Reynolds model is used for the turbulent viscosity estimation

    La République révolutionnaire , par F. Duhamet

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    Contient une table des matièresAvec mode text

    PREDIMENSIONNEMENT PAR MODELISATION NUMERIQUE DE L'ELECTROLYSEUR DE PRODUCTION D'HYDROGENE DU CYCLE HYBRIDE WESTINGHOUSE

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    International audienceLe procede Westinghouse permet de decomposer en deux etapes l-eau en hydrogene et en oxygene. Il est caracterise par une faible consommation energetique, et se prete tres bien au couplage avec les reacteurs nucleaires de IVeme generation. Ce travail presente l-etude du couplage electrique - thermique d-une cellule elementaire de l-electrolyseur qui est au coeur du procede en vue de son predimensionnement. La resolution des equations couplees de la thermique avec les flux de convections forces et de l-electrocinetique permet la prevision des transferts pour differentes configurations

    Prédimensionnement par modélisation numérique de l'électrolyseur de production d'hydrogène du cycle hybride Westinghouse

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    International audienceLe procédé Westinghouse permet de décomposer en deux étapes l-eau en hydrogene et en oxygene. Il est caracterise par une faible consommation energetique, et se prete tres bien au couplage avec les reacteurs nucleaires de IVeme generation. Ce travail presente l-etude du couplage electrique - thermique d-une cellule elementaire de l-electrolyseur qui est au coeur du procede en vue de son predimensionnement. La resolution des equations couplees de la thermique avec les flux de convections forces et de l-electrocinetique permet la prevision des transferts pour differentes configurations
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