Solution NMR structure of the SH3 domain of human nephrocystin and analysis of a mutation-causing juvenile nephronophthisis.

Human nephrocystin is a protein associated with juvenile NPH, an autosomal recessive, inherited kidney disease responsible for chronic renal failure in children. It contains an SH3 domain involved in signaling pathways controlling cell adhesion and cytoskeleton organization. The solution structure of this domain was solved by triple resonance NMR spectroscopy. Within the core, the structure is similar to those previously reported for other SH3 domains but exhibits a number of specific noncanonical features within the polyproline ligand binding site. Some of the key conserved residues are missing, and the N-Src loop exhibits an unusual twisted geometry, which results in a narrowing of the binding groove. This is induced by the replacement of a conserved Asp, Asn, or Glu residue by a Pro at one side of the N-Src loop. A systematic survey of other SH3 domains also containing a Pro at this position reveals that most of them belong to proteins involved in cell adhesion or motility. A variant of this domain, which carries a point mutation causing NPH, was also analyzed. This change, L180P, although it corresponds to a nonconserved and solvent-exposed position, causes a complete loss of the tertiary structure. Similar effects are also observed with the L180A variant. This could be a context-dependent effect resulting from an interaction between neighboring charged side-chains

Surfactant Bilayers Maintain Transmembrane Protein Activity

AbstractIn vitro studies of membrane proteins are of interest only if their structure and function are significantly preserved. One approach is to insert them into the lipid bilayers of highly viscous cubic phases rendering the insertion and manipulation of proteins difficult. Less viscous lipid sponge phases are sometimes used, but their relatively narrow domain of existence can be easily disrupted by protein insertion. We present here a sponge phase consisting of nonionic surfactant bilayers. Its extended domain of existence and its low viscosity allow easy insertion and manipulation of membrane proteins. We show for the first time, to our knowledge, that transmembrane proteins, such as bacteriorhodopsin, sarcoplasmic reticulum Ca2+ATPase (SERCA1a), and its associated enzymes, are fully active in a surfactant phase

Tracking Membrane Protein Association in Model Membranes

Membrane proteins are essential in the exchange processes of cells. In spite of great breakthrough in soluble proteins studies, membrane proteins structures, functions and interactions are still a challenge because of the difficulties related to their hydrophobic properties. Most of the experiments are performed with detergent-solubilized membrane proteins. However widely used micellar systems are far from the biological two-dimensions membrane. The development of new biomimetic membrane systems is fundamental to tackle this issue

Inactivation de la tryptophane hydroxylase 2 neuronale par la méthode d'interférence par l'ARN

PARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF

Le récepteur aux androgènes (production, purification et cristallisation de son domaine de fixation au ligand avec différentes molécules)

PARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF

Structure-fonction des différents domaines des adaptateurs moléculaires Grb14 et Grb7

PARIS7-Bibliothèque centrale (751132105) / SudocSudocFranceF

Etude structurale du système d'efflux membranaire MexXY-OprM impliqué dans la résistance aux antibiotiques chez Pseudomonas aeruginosa

La bactérie à Gram-negatif Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste impliqué dans les infections nosocomiales et touchant essentiellement les individus immunodéprimés. Parmi les mécanismes de résistance aux antibiotiques, leur efflux actif par un système de transport transmembranaire appelé Mex (Multi-drug Efflux pump) a pris une grande importance clinique. Ces systèmes d efflux sont constitués d un assemblage de trois protéines différentes : une porine de la famille OMF (Outer Membrane Factor), un transporteur de la famille RND (Resistance Nodulation Division) localisé dans la membrane interne et un adaptateur périplasmique de la famille MFP (Membrane Fusion Protein) assurant la cohésion du système. Le sujet de thèse porte sur l étude structurale, essentiellement par cristallographie RX, de la pompe d efflux MexXY-OprM qui présente la particularité d être spécifique aux antibiotiques de la famille des aminoglycosides.The Gram-negative bacteria Pseudomonas aeruginosa is a notoriously opportunistic human pathogen mainly implied in hospital infection. It has been largely shown that this organism exhibits resistance to multiple antimicrobial agents, generally attributable to the expression of a membrane efflux pump called Mex (Multi-drug Efflux pump). A representative efflux pump consists in tripartite assembly : an outer membrane channel-forming protein of the OMF family (Outer Membrane Factor), an inner membrane drug-proton antiporter belonging to the RND transporter family (Resistance Nodulation Division) and a periplasmic protein of the MFP family (Membrane Fusion Protein) which consolidates the whole system. Mainly by X-ray crystallography method, the thesis focuses on the structurally uncharacterized MexXY-OprM efflux pump that is particular because of its specific resistance toward aminoglycoside antibiotic family.PARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF

Etudes structurales et biochimiques de Grb2, une protéine adaptatrice de la transduction du signal

DEPUIS UNE QUINZAINE D'ANNEES, DE TRES NOMBREUX TRAVAUX, ISSUS DE LABORATOIRES PHARMACEUTIQUES OU PUBLIQUES, ONT CHERCHE A ELUCIDER LES VOIES DE SIGNALISATION QUI CONTROLENT LA DIVISION ET LA DIFFERENCIATION CELLULAIRES. LE SCHEMA QUI EST APPARU EST CELUI D'UNE CHAINE D'INTERACTION PROTEINE-PROTEINE QUI CONDUIT LE SIGNAL EXTRACELLULAIRE DE LA MEMBRANE PLASMIQUE JUSQU'AU NOYAU. CERTAINES DE CES PROTEINES DE SIGNALISATION SONT APPELEES ONCO-PROTEINES EN RAISON DE LEUR CAPACITE A TRANSFORMER DES CELLULES NORMALES EN CELLULES TUMORALES. LA RECHERCHE D'INHIBITEURS AYANT LA CAPACITE DE BLOQUER SPECIFIQUEMENT LES VOIES DE TRANSDUCTION DU SIGNAL DEREGULEES EST UNE STRATEGIE PROMETTEUSE DANS LA CONCEPTION DE NOUVEAUX MEDICAMENTS ANTI-CANCEREUX. LA PROTEINES GRB2 EST UN ADAPTATEUR QUI FAIT LE LIEN ENTRE UN RECEPTEUR ET UN FACTEUR D'ECHANGE. IL A ETE MONTRE QUE L'INHIBITION DE CETTE PROTEINE POUVAIT RALENTIR FORTEMENT OU STOPPER LA CROISSANCE DE CELLULES TUMORALES TRANSFORMEES NOTAMMENT PAR L'EGFR. LES TRAVAUX PRESENTES ICI CONCERNENT UNE ETUDE DE LA PROTEINE GRB2 ENTREPRISE SELON TROIS AXES : 1) UNE ETUDE PHYSICOCHIMIQUE DE GRB2 AFIN DE CARACTERISER L'EQUILIBRE ENTRE LES FORMES MONOMERIQUE ET DIMERIQUE OBSERVEES EN SOLUTION. 2) UNE ETUDE CRISTALLOGRAPHIQUE DU DOMAINE SH2 DE GRB2, I) SOUS SA FORME NATIVE, II) EN COMPLEXE AVEC LE PEPTIDE PSPYVNVQN ISSU DE LA PROTEINE SHC, III) EN COMPLEXE AVEC UN PEPTIDOMIMETIQUE MAZ-PY-(ME)PY-NNH 2 DANS LE BUT DE CARACTERISER LES INTERACTIONS ATOMIQUES POUVANT PERMETTRE LA SYNTHESE DE NOUVEAUX INHIBITEURS PLUS EFFICACES. 3) DES ETUDES A LA FOIS BIOCHIMIQUE ET DE BIOLOGIE CELLULAIRE VISANT A CARACTERISER DE NOUVELLES FONCTIONS DE GRB2 DANS LA POLYMERISATION DE L'ACTINE ET LE CONTROLE DE LA PHASE G2/M. CES TROIS PARTIES DISTINCTES FONT APPARAITRE LES PRINCIPAUX RESULTATS SUIVANTS : 1) LE DIMERE DE GRB2 OBSERVE EN SOLUTION EST DIFFERENT DE CELUI VISUALISE DANS L'UNITE ASYMETRIQUE DE LA STRUCTURE CRISTALLOGRAPHIQUE. LE PREMIER NE FIXE PLUS LES PEPTIDES PHOSPHOTYROSYLES, DE SEQUENCE CONSENSUS PYXN, ALORS QUE LA STRUCTURE DU SECOND PRESENTE UN SITE ACCESSIBLE POUR CHACUNE DES MOLECULES DU DIMERE. 2) LA COMPARAISON DES TROIS STRUCTURES CRISTALLOGRAPHIQUES MONTRENT QUE I) LA STRUCTURE DU DOMAINE SH2 EST GLOBALEMENT CONSERVEE, II) LES INTERACTIONS DU RESIDU PY(0) SUR LE SITE PRINCIPAL ET DU RESIDU ASPARAGINE (+2) SUR LE SITE SECONDAIRE SONT IDENTIQUES DANS LES DEUX COMPLEXES, III) LE TRYPTOPHANE 121 FORME LE TROISIEME POINT D'ANCRAGE DU PEPTIDE EN COIFFANT L'ASPARAGINE PAR DES CONTACTS DE VAN DER WAALS, W121 AYANT UNE ORIENTATION OPPOSEE DANS LA STRUCTURE NATIVE, IV) (ME)PY(+1) INTERAGIT PAR DE NOMBREUSES LIAISONS HYDROGENES AVEC DES RESIDUS DE LA BOUCLE BG ENTRAINANT UN MOUVEMENT DE 2A DE SA CHAINE PRINCIPALE. TOUTES CES INTERACTIONS SONT RESPONSABLES DE LA FORTE AFFINITE DE CET INHIBITEUR POUR LE DOMAINE SH2 DE GRB2 (KD = 3NM). 3) LA RECHERCHE DE NOUVELLES FONCTIONS A PERMIS D'ETABLIR QUE I) GRB2 ACTIVAIT LA POLYMERISATION DE L'ACTINE PAR SON INTERACTION AVEC N-WASP, PRINCIPALEMENT PAR SON DOMAINE SH3 C-TERMINAL, II) L'INJECTION DE GRB2 DANS DES OOCYTES DE XENOPES ACTIVE LA TRANSITION G2/M. CECI OUVRE LA POSSIBILITE QUE LA PROTEINE GRB2 AIT DES FONCTIONS BIOLOGIQUES AUTRES QUE CELLE D'ADAPTATEUR.PARIS-BIUSJ-Thèses (751052125) / SudocPARIS-BIUP (751062107) / SudocPARIS-BIUSJ-Physique recherche (751052113) / SudocCentre Technique Livre Ens. Sup. (774682301) / SudocSudocFranceF

Robotique appliquée à la cristallogénèse des macromolécules biologiques

PARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF