5 research outputs found
Automated Three-Dimensional Detection and Shape Classification of Dendritic Spines from Fluorescence Microscopy Images
- Author
- A Holtmaat
- A Holtmaat
- A Majewska
- A Peters
- A Rodriguez
- Alfredo Rodriguez
- B Lendval
- Bernado Sabatini
- BL Bloodgood
- BL Bloodgood
- CL Jackins
- Dara L. Dickstein
- Douglas B. Ehlenberger
- EA Nimchinsky
- EG Jones
- F Santamaria
- FE Bloom
- G Borgefors
- GJ Streekstra
- H Bito
- H Duan
- H Hering
- H Kasai
- IYY Koh
- J Bourne
- J Cheng
- J Grutzendler
- JL Krichmar
- JR Glaser
- JT Trachtenberg
- K Holthoff
- K Stratford
- K Svoboda
- KA Al-Kofahi
- KM Harris
- M Maletic-Savatic
- ME Dailey
- Patrick R. Hof
- Q Zhou
- R Scorcioni
- R Yuste
- R Yuste
- S Schmitt
- SL Wearne
- Susan L. Wearne
- T Shikorski
- TC Lee
- TL Page
- TW Ridler
- VA Alvarez
- W He
- Y Zhang
- Y Zuo
- Z Nusser
- ZF Mainen
- Publication venue
- Public Library of Science
- Publication date
- 23/04/2008
- Field of study
A fundamental challenge in understanding how dendritic spine morphology controls learning and memory has been quantifying three-dimensional (3D) spine shapes with sufficient precision to distinguish morphologic types, and sufficient throughput for robust statistical analysis. The necessity to analyze large volumetric data sets accurately, efficiently, and in true 3D has been a major bottleneck in deriving reliable relationships between altered neuronal function and changes in spine morphology. We introduce a novel system for automated detection, shape analysis and classification of dendritic spines from laser scanning microscopy (LSM) images that directly addresses these limitations. The system is more accurate, and at least an order of magnitude faster, than existing technologies. By operating fully in 3D the algorithm resolves spines that are undetectable with standard two-dimensional (2D) tools. Adaptive local thresholding, voxel clustering and Rayburst Sampling generate a profile of diameter estimates used to classify spines into morphologic types, while minimizing optical smear and quantization artifacts. The technique opens new horizons on the objective evaluation of spine changes with synaptic plasticity, normal development and aging, and with neurodegenerative disorders that impair cognitive function
Rayburst sampling, an algorithm for automated three-dimensional shape analysis from laser scanning microscopy images
- Author
- A Dima
- A Peters
- A Rodriguez
- AK Jain
- Alfredo Rodriguez
- C-C Wu
- CM Weaver
- Douglas B Ehlenberger
- DP Perl
- EA Nimchinsky
- FE Bloom
- G Borgefors
- G Stuart
- GA Ascoli
- GJ Streekstra
- GJ Streekstra
- H Blum
- H Duan
- H Duan
- HJ Romijn
- IYY Koh
- J Hao
- J van Pelt
- JL Krichmar
- JM Bower
- K Hsiao
- KA Al-Kofahi
- M HΓ€usser
- ML Hines
- N Ashby
- P Rothnie
- P Vetter
- Patrick R Hof
- PR Hof
- R Scorcioni
- RC Cannon
- S Hill
- S Schmitt
- SL Wearne
- Susan L Wearne
- T Euler
- W He
- ZF Mainen
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- Field of study
Phagocytosis: A Review
- Author
- Abercrombie M.
- Abercrombie M.
- Abrahamson N.
- Abramson N.
- Abramson N.
- Abramson N.
- Agner K
- Alexander N. M
- Allen C.
- Allen J. M.
- Allen R. C.
- Allen R. D
- Allison A. C.
- Allison F.
- Allison F.
- Alper C. A.
- Alper C. A.
- Altman A.
- Amano T.
- Archer G. T
- Arnold S. J.
- Avery O. T.
- Avery O. T.
- Babior B. M.
- Babior B. M.
- Babior B. M.
- Baehner R. L.
- Baehner R. L.
- Baehner R. L.
- Baehner R. L.
- Baehner R. L.
- Baggiolini M.
- Bainton D. F
- Bainton D. F
- Bainton D. F.
- Bangham A. D
- Banks K. L.
- Barnhart M. I
- Beachey E. H.
- Becker E. L
- Becker E. L
- Becker E. L
- Becker E. L
- Becker E. L.
- Becker E. L.
- Becker E. L.
- Becker E. L.
- Beckman G.
- Belding M. E.
- Berenberg J. L.
- Berlin R. D
- Bessis M
- Bianco C.
- Biggar W. D.
- Bjornson A. B.
- Blanc H.
- Bluard Deconinck J. M.
- Bokisch V. A.
- Bokisch V. A.
- Bona C.
- Borel J. F
- Borel J. F
- Borel J. F.
- Borel J. F.
- Bourne H. R.
- Boxer L. A.
- Boyden S
- Brewer D. B
- Brogan T. D
- Brumfitt W.
- Bryant R. E.
- Bullen J. J.
- Cagan R. H.
- Caner J. E. Z
- Carruthers B. M
- Carter S. B
- Casley Smith J. R
- Cheson B. D.
- Cline M. J
- Cline M. J.
- Cline M. J.
- Cloney R. A
- Cohen A. B.
- Cohn Z. A
- Cohn Z. A.
- Cohn Z. A.
- Cohn Z. A.
- Cohn Z. A.
- Cohn Z. A.
- Constantopoulos A.
- Cooper N. R
- Cooper N. R.
- Cotran R. S.
- Cox J. P.
- Curnutte J. T.
- Curnutte J. T.
- Curnutte J. T.
- Dale D. C.
- David J. R
- Davies P.
- Davis A. T.
- Davis A. T.
- De Chatelet L. R.
- De Chatelet L. R.
- Douglas S. D.
- Downey R. J.
- Dubos R. J
- Dunn W. B.
- Edelson P. J.
- Edelson P. J.
- Ehlenberger A. G.
- Ehrenberg A.
- Elsbach P
- Elsbach P.
- Ericsson Y.
- Estenson R. D.
- Fenn W. O
- Fenn W. O
- Fenn W. O
- Fenn W. O
- Foley M. J.
- Foote C. S
- Frei J.
- Fridovich I
- Fridovich I
- Friedberg D.
- Fritze E.
- Gallin J. I.
- Gallin J. I.
- Ganrot P. O.
- Garvin J. E
- Garvin J. E
- Gee J. B. C.
- Gerisch G.
- Gerlings Petersen B. T.
- Gigli I.
- Gigli I.
- Giordano F. G.
- Gitlen J. D.
- Goetzl E. J.
- Goetzl E. J.
- Goetzl E. J.
- Goetzl E. J.
- Goetzl E. J.
- Goldacre R. J.
- Goldfinger S. E.
- Goldstein I. M.
- Goodall R. J.
- Graham R. C.
- Green D. E.
- Greendyke R. M.
- Greendyke Bradley R. M.E. M.
- Gregory E. M.
- Gregory E. M.
- Gregory E. M.
- Gregory E. M.
- Griffin F. M.
- Griffin F. M.
- Griffin F. M.
- Griffin F. M.
- Gruenstein E.
- Halperin M. L.
- Handin R. I.
- Hawley H. P.
- Henon M.
- Henson P. M
- Higgins R.
- Hill J. H.
- Hirsch J. G
- Hirsch J. G
- Hirsch J. G
- Hirsch J. G.
- Hirsch J. G.
- Hirsch J. G.
- Holland P.
- Holley T. R.
- Holmes B.
- Holmes B.
- Homan Muller J. W. T.
- Horn R. G.
- Hsu C. C. S.
- Hsu L. S.
- Hsu L. S.
- Huber H.
- Huber H.
- Huddleson I. F.
- Jacobs A. A.
- Jacobs A. A.
- Jain N. C
- Jasin H. E
- Jensen M. S.
- Johanson B
- Johnson F. R.
- Johnston R. B.
- Johnston R. B.
- Johnston R. B.
- Johnston R. B.
- Johnston R. B.
- Jones T. C.
- Jones T. C.
- Kakinuma K
- Kaley G.
- Kaliner M. A.
- Kaplan A. P.
- Kaplan A. P.
- Karnovsky M. L
- Karnovsky M. L
- Karnovsky M. L
- Kasha M.
- Kay A. B.
- Keller H. U
- Keller H. U.
- Keller H. U.
- Keller H. U.
- Keller H. U.
- Keller H. U.
- Keller H. U.
- Keyserlingk D. G
- Khandwalla A.
- Kindmark C. O
- Kirkpatrick C. H.
- Klebanoff S. J
- Klebanoff S. J
- Klebanoff S. J
- Klebanoff S. J
- Klebanoff S. J
- Klebanoff S. J
- Klebanoff S. J
- Klebanoff S. J.
- Klebanoff S. J.
- Klebanoff S. J.
- Klebanoff S. J.
- Klebanoff S. J.
- Klebanoff S. J.
- Knox W. E.
- Komnick H.
- Korn E. D.
- Korn E. D.
- Krinsky N. I
- Kvarstein B
- Kvarstein B
- Kvarstein B
- Lachmann P. J.
- Lash J.
- Laxdal T.
- Leake E. S.
- Lefell M. S.
- Lehrer R. I
- Lehrer R. I
- Lehrer R. I
- Lehrer R. I
- Lehrer R. I.
- Lehrer R. I.
- Lehrer R. I.
- Lehrer R. I.
- Lehrer R. I.
- Leonard E. J.
- Lichtman M. A.
- Lockwood W. R.
- Logue G. L.
- Malawista S. E.
- Malawista S. E.
- Mandell G. L
- Mandell G. L.
- Mantovanni B.
- Marchand J.-C.
- Maruta H.
- Mason R. J.
- Mason R. J.
- Masson P. L.
- Masson P. L.
- Masson P. L.
- Mc Cord J. M.
- Mc Cutcheon M
- Mc Leod J. W.
- Mc Phail L. C.
- Mc Ripley R. J.
- Mc Ripley R. J.
- Metschnikoff E
- Metschnikoff E
- Metschnikoff E
- Michl J.
- Mickenberg I. D.
- Miller M. E
- Miller M. E.
- Miller M. E.
- Miller T. E
- Miranda A. F.
- Molenaar J. L.
- Montreuil J.
- Morelli R.
- Mudd S.
- Muller Eberhard H. J
- Muschel L. H
- Musson R. A.
- Naff G. B.
- Najjar V. A.
- Nanni G
- Nelson R. A.
- Nickerson D. S.
- Nickerson D. S.
- Norberg B
- Normann S
- Noseworthy J.
- Odenberg H.
- Odenberg H.
- Ohta H
- Olmstead J. B.
- Olsson I.
- Oram J. D.
- Oren R.
- Papadimitriou J. M
- Papadimitriou J. M
- Papadimitriou J. M.
- Papadimitriou J. M.
- Papadimitriou J. M.
- Papadimitriou J. M.
- Papadimitriou J. M.
- Parakkal P.
- Patriarca P.
- Paul B.
- Paul B. B.
- Paul B. B.
- Paul B. B.
- Pearlman D. S.
- Perdue J. F
- Philpott G. W.
- Pick E.
- Pollard T. D.
- Pollard T. D.
- Querinjean P.
- Quie P. G.
- Quie P. G.
- Rabinovitch M
- Rabinovitch M
- Rabinovitch M
- Rabinovitch M.
- Rabinovitch M.
- Rabinovitch M.
- Rabinovitch M.
- Rabinowitz Y
- Ramsay W. S
- Reaven E. P.
- Recheigl J.
- Reed P. W
- Reed P. W.
- Reynolds H. Y.
- Rindler Ludwig R.
- Rivkin I.
- Roberts J.
- Robineaux J.
- Roche J.
- Romeo D.
- Root A. K.
- Root R. K.
- Root R. K.
- Root R. K.
- Rosenfeld S. I.
- Ross G. D.
- Rossi F.
- Rossi F.
- Ruddy S.
- Ruddy S.
- Sagone A. L.
- Sagone A. L.
- Sandberg A. L.
- Sbarra A. J.
- Sbarra A. J.
- Sbarra A. J.
- Sbarra A. J.
- Schiffmann E.
- Schroeder T. E
- Schroeder T. E
- Schultz J.
- Scribner D. J.
- Selvaraj R. J.
- Selvaraj R. J.
- Senda N.
- Shin H. S.
- Showell H.
- Showell H. J.
- Showell H. J.
- Siegel E.
- Skosey J. L.
- Skutelsky E.
- Smith D. C.
- Smith M. R.
- Snyderman R.
- Snyderman R.
- Sorkin E.
- Spikes J. D.
- Spitznagel J. K.
- Spooner B. S.
- Spooner B. S.
- Stecher V. J.
- Stecher V. J.
- Steinman R. M.
- Steinman R. M.
- Stinson M. W.
- Stjernholm R. L.
- Stolc V
- Stollerman G. H.
- Stossel T. P
- Stossel T. P
- Stossel T. P
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Strauss R. R.
- Strauss R. R.
- Strauss R. R.
- Strominger J. L.
- Talstad I
- Tatsumi N.
- Taylor F. B.
- Tizard I. R.
- Trowell J. E.
- Tsan M.
- Tsan M. F.
- Tullis J. L.
- Turner S. R.
- Ukena T. E.
- Undritz E
- Van Epps D. E.
- Van Oss C. J.
- Van Oss C. J.
- Van Snick J. L.
- Walters M. N.I.
- Ward H. K.
- Ward P. A
- Ward P. A
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Wasserman S. I.
- Wasserman S. I.
- Webb L. S.
- Weening R. S.
- Weisiger R. A.
- Weisman R. A.
- Weiss L
- Weiss L.
- Weiss S.
- Weksler B. B.
- Weksler B. B.
- Welsh I. R. H.
- Welton A. F.
- Wessels N. K.
- Whittenberg R
- Wilkins D. L.
- Wilkinson P. C
- Wilson D. L.
- Wilson L.
- Winkelstein J. A.
- Wissler J. H.
- Wissler J. H.
- Woodin A. M.
- Wright A. E.
- Wurster N.
- Yoshinaga M.
- Young L. S
- Zatti M.
- Zeya H. I.
- Zeya H. I.
- Zgliczynski J. M.
- Zigmond S. H.
- Zucker Franklin D.
- Zurier R. B.
- Zurier R. B.
- Publication venue
- 'Informa UK Limited'
- Publication date
- Field of study
References
- Author
- Aisenberg A. C.
- Aiuti F.
- Aiuti F. A.
- Allison A. C.
- Alper C. A.
- Alper C. A.
- Altman L. C.
- Altman L. C.
- Ambrose E. J.
- Andersson J.
- Babior B. M.
- Bach F. H.
- Baehner R. L.
- Baehner R. L.
- Baehner R. L.
- Bainton D. F.
- Bankhurst A. D.
- Baxley G.
- Beauchamp C.
- Becker E. L.
- Beisel W. R.
- Berendes H.
- Biggar W. D.
- Boder E.
- Boder W.
- Boxel J. A.
- Boxel J. A.
- Boyum A.
- Brain P.
- Brain P.
- Brandt L.
- Brochier J.
- Brown C. S.
- Bruton O. C.
- Bushkin S. C.
- Campbell A. C.
- Canellos G. P.
- Cartwright G. E.
- Cawley L. P.
- Chang C.
- Chess L.
- Chess L.
- Chiao J. W.
- Chusid M. J.
- Clark R. A.
- Clark R. A.
- Clark R. A.
- Cohnen G.
- Cohnen G.
- Coombs R. R. A.
- Cooper M. D.
- Cooper M. D.
- Davis W. C.
- Dean G.
- DeChatelet L. R.
- DeMeo A. N.
- Dickler H. B.
- Dickler H. B.
- Dierich M. P.
- Dierich M. P.
- Dierich M. P.
- Doenhoff M. J.
- Douglas S. D.
- Douglas S. D.
- Ehlenberger A. G.
- Ellis E. F.
- Epps D. E.
- Epps D. E.
- Farid N. R.
- Felsburg P. J.
- Fireman P.
- Fitzgerald M. G.
- Fitzgerald M. G.
- Fleisher T. A.
- Froland S. S.
- Froland S. S.
- Froland S. S.
- Fudenberg H. H.
- Gajl-Peczalska K. J.
- Galant S. P.
- Galili U.
- Galili U.
- Gallin J. I.
- Geha R. S.
- Gelfand E. W.
- Gelfand J. A.
- Gergely P.
- Gifford R. H.
- Gigli I.
- Gilbert D.
- Goetzl E. J.
- Good R. A.
- Gotze O.
- Greaves M. F.
- Greaves M. F.
- Gregory E. M.
- Grey H. M.
- Griscelli C.
- Habeshaw J. A.
- Habeshaw J. A.
- Haegert D. G.
- Han T.
- Handin R. I.
- Hayward A. R.
- Heier H. E.
- Heilman D. H.
- Heilman D. H.
- Hersh E. M.
- Hill H. R.
- Hill H. R.
- Hirsch J. G.
- Hirsch J. G.
- Hirsch J. G.
- Hitzig W. H.
- Hobbs J. R.
- Hobbs J. R.
- Hohn D. C.
- Hokland P.
- Holes B.
- Holland P. D. J.
- Holmes B.
- Horan M.
- Horan M.
- Horowitz S.
- Horwitz D. A.
- Horwitz D. A.
- Hosking C. S.
- Hosking C. S.
- Hoyer J. R.
- Huber C.
- Huber H.
- Huber H.
- Huber H.
- Hunt P.
- Iver G. Y. N.
- Iverson D.
- Jacobs A. A.
- Jacobs J. C.
- Johnston R. B.
- Johnston R. B.
- Johnston R. B.
- Jondal M.
- Jondal M.
- Jondal M.
- Jose D. G.
- Junei T. W.
- Kakinuma K.
- Kaplan A. P.
- Kaplan A. P.
- Kaplan J.
- Kaplan J.
- Kaplan M. E.
- Karnovsky M. L.
- Kasha M.
- Kawasaki T.
- Keller H. U.
- Kersey J. H.
- Keusch G. T.
- Keyserlingk D. G.
- Kindmark C. O.
- King H.
- Klebanoff S. J.
- Klebanoff S. J.
- Klebanoff S. J.
- Knapp W.
- Koshiba H.
- Krikorian G.
- Krinsky N. I.
- Kunkel H. G.
- Kurnick J. T.
- Landing B. H.
- Laxdal T.
- Lay W. H.
- Lay W. H.
- Lehrer R. I.
- Lehrer R. I.
- Levin A. S.
- Levis W. R.
- Lieber E.
- Lin P. S.
- Lin P. S.
- Lobo P. I.
- Lobo P. I.
- MacLennan I. C. M.
- Malawista S. E.
- Mandalenaki-asfi C.
- Mandell G. L.
- Mandell G. L.
- Marchesi V. T.
- Marsh W. L.
- Masson P. L.
- McConnachie P. R.
- McCord J. M.
- McCord J. M.
- McCracken G. J.
- McCutcheon M.
- McFarlin D. E.
- McLaughlin H.
- McRipley R. J.
- Medical Research Council
- Melish M. E.
- Mendes N. F.
- Mendes N. F.
- Messner R. P.
- Metchnikoff E.
- Meuwissen H. J.
- Michlmayr G.
- Miller F. J. W.
- Miller M. E.
- Miller M. E.
- Miller M. E.
- Miller M. E.
- Miller M. E.
- Mitchell R. H.
- Moller G.
- Moretta L.
- Moretta L.
- Mowat A. G.
- Mowat A. G.
- Mudd S.
- Muller-Eberhard H. J.
- Najjar V. A.
- Olsson I.
- Oppenheim J. J.
- Oppenheim J. J.
- Owen F. L.
- Pang G. T. M.
- Papamichail M.
- Papamichail M.
- Parcells A. J.
- Park B. H.
- Patriarca P.
- Pattengale P. K.
- Pattengale P. K.
- Pellegrino M. A.
- Pellegrino M. A.
- Pellegrino M. A.
- Perlmann P.
- Perlmann P.
- Perlmann P.
- Perlmann P.
- Perlmann P.
- Perlmann P.
- Pernis B.
- Pernis B.
- Perryman L. E.
- Phillips B.
- Piessens W. F.
- Pincus S.
- Pincus S. H.
- Polliack A.
- Preud'homme J. L.
- Preud'homme J. L.
- Preud'homme J. L.
- Preud'homme J. L.
- Preud'homme J. L.
- Pross H. F.
- Putnam F. W.
- Quie P. G.
- Quie P. G.
- Rabellino E.
- Raff M. C.
- Raff M. C.
- Rawson A. J.
- Rebuck J. W.
- Reed P. W.
- Repine J. E.
- Revillard J. P.
- Robinson J. A.
- Robinson W. A.
- Rodt H.
- Root R. K.
- Ross G. D.
- Ross G. D.
- Ross G. D.
- Rowe D. S.
- Rowe D. S.
- Rowley D. A.
- Ruddy S.
- Salmon S. E.
- Samarut C.
- Sandberg A. L.
- Sandberg A. L.
- Sandilands G.
- Saslaw S.
- Saxon A.
- Sbarra A. J.
- Schafer L. A.
- Schiff R. I.
- Schiffman E.
- Schribner D. J.
- Schumacher M. J.
- Scott R. E.
- Sedlacek H. H.
- Seligmann M.
- Selvaraj R. J.
- Sheldon P. J.
- Shelton M. J.
- Shelton M. J.
- Shevach E. M.
- Shin H. S.
- Shortman K.
- Silveira N. P. A.
- Skarnes R. C.
- Slopek S.
- Small P.
- Smith C. H.
- Smith C. W.
- Smith J. L.
- Smith M. A.
- Smith M. R.
- Smith R.
- Sobel A. T.
- Solliday S.
- Soriano R. B.
- Sorkin E.
- Stathopoulos G.
- Stecher V. J.
- Steel C. M.
- Sterzl J.
- Stjernsward J.
- Stolc V.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Stossel T. P.
- Strominger J. L.
- Swanson M. J.
- Tan J. S.
- Taylor R. B.
- Theofilopoulos A. N.
- Thurman W. G.
- Tobler R.
- Tsan M. F.
- Tsan M. F.
- Tullis J. L.
- Ulrich F.
- Unanue E. R.
- Van Oss C. J.
- Van Oss C. J.
- Waldmann T. A.
- Ward H. K.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Ward P. A.
- Weiner M. S.
- Weksler B. B.
- Weksler M. E.
- Weksler M. E.
- Wessells N. K.
- WHO Special Technical Report
- Wilkinson P. C.
- Wilkinson P. C.
- Wilkinson R. W.
- Winchester R. J.
- Winchester R. J.
- Winchester R. J.
- Winfield J. B.
- Winkelstein J. A.
- Winkelstein J. A.
- Wisloff F.
- Wisloff F.
- Wisloff F.
- Witemeyer S.
- Wollman M. R.
- Woody J. N.
- Wright A. E.
- Wright A. E.
- Wyatt D. M.
- Wybran J.
- Wybran J.
- Wybran J.
- Wybran J.
- Wybran J.
- Yam L. T.
- Yamagisawa M.
- Yata J.
- Yu D. T. Y.
- Yu D. T. Y.
- Zglinczynski J. M.
- Zigmond J. H.
- Zigmond S. H.
- Zucker-Franklin D.
- Publication venue
- 'Wiley'
- Publication date
- Field of study