Evaluation of Viral Agents Detected in Children Admitted to Hospital Due to Lower Respiratory Infection

INTRODUCTION: Background\Aim: Viruses are among the most common causes of acute respiratory tract infections. In this study we aimed to investigate the viral pathogens detected in the nasopharyngeal swab specimens obtained from children in our pediatric ward being followed up due to acute lower respiratory tract infection and to analyse the distribution of the pathogens by age and months. METHODS: Method: This research was carried out between January 2019-January 2020, 289 patients (44.2% female, 55.7% male) admitted for acute respiratory tract infection were included. Patient records were reviewed retrospectively. Viral agents distribution was analysed according to age, sex and months (seasons/seasonall variation). RESULTS: Findings: In 117 (40.5%) of 289 patients viruses were not detected (negative) in the respiratory tract, in 172 (59.5%) they were detected (positive). In 148 (86%) patients a single agent, in 22 (12.8%) patients two agents, in 1 (0.6%) patient three agents, in 1 (0.6%) patient four agents were found. The most common virus detected was rinovirüs (HRV) (23.9%), the second most common was found to be respiratory syncytial virus A (RSVA) (16.3%). The most common agent in ages 0-3 was HRV, after 3 years the most common agent was influenza B virüs (IBV). IBV was the most common during the winter, HRV was the most common in the other seasons. DISCUSSION AND CONCLUSION: Results: In our study 59.5% of admitted children were found to have at least one respiratory virus. Multiplex PCR is a sensitive and specific method which detects viruses that are undetectable by classical methods, gives results in a shorter time compared to classical methods and also a method in which more than one specimen can be processed at the same time. With a faster method diagnosis of viruses, inappropriate use of antibiotics and development of antibiotic resistance can be prevented

Evaluation of Tracheal Aspirate Cultures of Patients Followed with Home Mechanical Ventilators

Purpose: To investigate the underlying diseases, and complaints of patients upon admission, isolated microorganisms from tracheal aspirate (TA) samples and their resistance to antibiotics in patients followed up with a home mechanic ventilator (HMV). Materials and Methods: Between January 1, 2020 and January 1, 2021, TA cultures, identification of bacteria and their antibiotic susceptibilities were evaluated by VITEK 2 (bioMeriux, France) automated identification system. The patients' age, gender, underlying diseases, duration of home ventilator use, complaints, and laboratory data were reviewed. Results: Of the 91 prediagnosed ventilator-associated pneumonia (VAP) patients, 72 (79%) were male and mean age was 91.64 ± 64.07 months. The most common reason for referral was fever and dyspnea and 43.76% of the patients were diagnosed with cerebral palsy/epilepsy and 10.4% with syndromes. Of the samples; 12 (13.3%) were defined as Gram-positive and 79 (86.7%) as Gram-negative. Pseudomonas aeruginosa was detected in 44 (48.4%) samples, Serratia marcescens in 9 (9.9%), Klebsiella spp. in 8 (8.8%) and Staphylococcus aureus was in 12 (13.3%) samples. Carbapenem resistance was 18.75% for Pseudomonas aeruginosa, 16% for Klebsiella spp, 12.5 for Escherichia coli and 12% for Acinetobacter baumannii. Conclusion: TA culture should be taken from patients with HMV who were admitted with signs of infection such as fever and respiratory distress and treatment should be arranged according to the result. It was observed that the TA culture antibiotic resistance rates of the patients with HMV were lower than the TA cultures sent from the patients hospitalized in the intensive care unit in the literature

The comparison of Brucella gel agglutination test with other Brucella tests

Objective: In this study, it was aimed to compare the sensitivity of diagnostic tests in patients with a preliminary diagnosis of brucellosis. Methods: We have compared the serological methods, standard tube agglutination test (STA), Coombs Test (CT), Rose Bengal (RBT), and the gel centrifugation test. In patients with a preliminary diagnosis of brucellosis, subjects with a positive test result of RBT has been included in the research and other diagnostic tests STA, CT and Coombs Gel centrifugation tests were performed within the range of same titration. Results: Total 132 patient’s serums were studied. In RBT positive 92 patients’ serums, negative test results were found in 11 with STA, in 9 with CT and in 6 with gel test. While 35 patients were identified to be positive by using Brucella gel test at 1/5120 titer, no positive test results were seen with STA and CT at the same titer. Generally, CT results were one titration below the gel centrifugation test results. Conclusion: In conclusion, RBT and STA were not always adequate to determine the diagnosis of brucellosis. Low titer STA results should be supported by tests such as CT or gel centrifugation and the seroconversion must be monitored. Due to giving fast results, gel centrifugation test can be preferred in diagnosis of Brucellosis

COVID-19 Tanısı Alan Hastaların Bakteriyel Kültür Örneklerindeki Üremelerin ve Antibiyotik Duyarlılıklarının İncelenmesi

Amaç: Koronavirüsler, Coronaviridae ailesine ve Nidovirales takımına ait olan zarflı, pozitif polariteli, tek iplikçikli RNA virüsleridir. İnsanlara ve diğer memelilere geniş ölçüde yayılmıştır. Pandemi; bir salgının belirli bir bölgenin dışına taşarak, büyük bir nüfusu etkilemeye başlaması olarak ifade edilir. SARS-CoV-2 virüsü de 2019 yılında başlayarak günümüzde bir pandemiye sebep olmuştur. COVID-19 tanılı hastaların bu tanılarına sekonder olarak eklenen bakteriyel enfeksiyonların hastalığın prognozunu kötü etkileyeceği düşünülmektedir. Bu çalışmada amacımız COVID-19 tanısı almış olan hastaların klinik örneklerindeki bakteriyel üremeleri ve antibiyotik duyarlılıklarını değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada 20.06.2020 – 31.12.2020 tarihleri arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran ve COVID-19 tanısı almış olan hastaların Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen örneklerindeki bakteriyel üremeler değerlendirildi. Bulgular: COVID-19 tanısı almış 102 hastanın, kültür örneklerinden 215’inde bakteriyel üreme saptandı. Hastaların 61’i erkek (%59,8), 41’i (%40,2) kadın hastaydı. Bu hastaların üçü <18 yaş, yedisi 18-49 yaş, 31’i 50-64 yaş, 46’sı 65-79 yaş, 15’i ? 80 yaş aralığındaydı. Üremesi olan kültürlerin %60,4’ü kan, %18,6’sı idrar, %16,7’si trakeal aspirat, %2,32’si balgam, %1,86’sı beyin omurilik sıvısı (BOS) kültürüdür. Tüm örneklerde üreyen etkenler arasında birinci sırada %43,2 ile koagülaz negatif stafilokoklar (KNS ) yer alırken, ikinci sırada %9,3 ile Klebsiella pneumoniae, üçüncü sırada %8,83 ile Escherichia coli yer almıştır. Sonuç: SARS-CoV-2 virüsünün yol açtığı COVID-19 viral enfeksiyonunun immün sistem üzerindeki etkilerinden dolayı sekonder bakteriyel enfeksiyonlara yatkınlık oluşturduğu düşünülmektedir. Şüphe duyulan hastaların sekonder bakteriyel enfeksiyon açısından değerlendirilip zamanında ve uygun tedavi verilmesi mortalite ve morbiditenin azaltılması yönünden katkı sağlayacaktır

Kolistin Direncinin Saptanmasında Sıvı Mikrodilüsyon ve Otomatize Sistem Sonuçlarının Karşılaştırılması

Amaç: Kolistin çok ilaca dirençli Gram negatif bakterilerin tedavisinde kullanımı artan antibiyotiklerden biridir.Duyarlılığının belirlenmesinde European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) tarafındanönerilen Mueller-Hinton buyyonda sıvı mikrodilüsyon (BMD) yöntemi altın standart olarak belirlenmiştir. Buçalışmada Vitek2 Compakt otomatize cihazının belirlediği duyarlılık sonucuyla BMD yönteminin sonuçlarınınkarşılaştırılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya 126 Gram negatif izolat dahil edilmiştir. Bu izolatların kolistin duyarlılığı Vitek2Compakt otomatize sistemiyle belirlenmiş olup tüm örneklerin kolistin duyarlılığı BMD yöntemi ile de çalışılmıştır.Bulgular Otomatize sistemde 126 izolatın 16 tanesi kolistin dirençli olarak bulunmuştur (%12,7). BMD yönteminde126 izolatın 34 tanesi kolistin dirençli olarak bulunmuştur (%27). İki yöntem karşılaştırıldığında otomatize sistem içinkategorik uyum (KU) oranı %84,12, büyük hata (BH) oranı %1,09, çok büyük hata (ÇBH) oranı da %55,88 olaraksaptanmıştır. Otomatize sistem ile incelenen izolatların minimum inhibitör konsantrasyon değerleri (MİK50 ve MİK90)sırasıyla 0,5 ?g/ml ve 16 ?g/ml olup BMD yöntemi ile elde edilen sonuçların MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla 0,5?g/ml ve 2 ?g/ml olarak bulunmuştur.Sonuç: Otomatize sistem sonuçlarına bakıldığında dirençli izolat sayısının daha az olduğu görülmektedir. Bu sonuçlarile otomatize sistemde dirençli olan izolatların gözden kaçabileceği görülmektedir. Kolistin duyarlılığında EUCAST’ınönerdiği BMD yönteminin kullanılmasının gerekliliği ve otomatize sistemlerin beklentileri tam olarak karşılamadığı buçalışma ile vurgulanmıştır

Helicobacter pylori Enfeksiyonu Tanısında Gaitada Antijen Arama Test Sonuçlarının Değerlendirilmesi

Amaç: Helicobacter pylori, insan gastrik mukozasına yerleşerek kronik gastrit ve peptik ülser hastalığına neden olan, MALT lenfoma ve mide adenokanserinde risk faktörü olduğu tespit edilmiş bir bakteridir. Çalışmamızda dispepsi şikayeti ile gelen hastaların gaitalarında H. pylori antijen sıklığı ile cinsiyet ve kliniklere göre dağılımlarının retrospektif olarak incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: 2016-2019 yılları arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi poliklinik ve servislerinden gönderilen gaita örneklerinde H. pylori antijeni varlığı retrospektif olarak değerlendirildi. Antijen saptanmasında immünokromotografi esaslı, monoklonal antikorlar içeren üretici firma tarafından duyarlılığı %98,2 özgüllüğü %98,4 olarak belirtilen CerTest (Biotec,İspanya) kiti kullanıldı. Verilerin istatistiksel analizinde Ki-kare testi kullanıldı. Anlamlılık düzeyi p<0,05 olarak kabul edildi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 3349 gaita örneğinin 569’ unda (%16,9) H. pylori antijeni pozitif saptanmıştır. Yıllara göre pozitiflik oranlarına baktığımızda en fazla 2018 yılında pozitiflik saptandı (%21,8) ve istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0,001). Yaş grupları ile karşılaştırma yapıldığında pozitiflik oranları arasında anlamlı farklılık bulundu (p<0,001). En yüksek 40-49 yaş arasında pozitiflik görüldü (%23). Sonuç: Çalışmamızda H. pylori sıklığı önceki yıllarda yapılan çalışmalardan daha düşük bulunmakla birlikte hala toplum sağlığı açısından önemli bir problemdir. Maliyet etkin, kolay uygulanabilir test stratejileri ile patojenin erken tanı ve tedavisinin sağlanması gerektiği düşüncesindeyiz

Evaluation of Rapid Antigen Test Results and Real-time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction for the Laboratory Diagnosis of SARS-CoV-2

Introduction: Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) is the gold standard method for the diagnosis of Severe acute respiratory syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) infection. However, real-time RT-PCR is time-consuming, expensive, and requires special laboratory conditions and experienced personnel. Thus, the diagnostic importance of faster and easier-to-perform antigen-detecting rapid diagnostic tests (Ag-RDTs) has increased. With on-site application and fast turnaround time, Ag-RDTs provide quick isolation, minimizing the risk of transmission. We aimed to compare the results of the Mö-Screen Corona Antigen Test (MöLab, Langenfeld, Germany) and real-time RT-PCR. Materials and Methods: Nasopharyngeal swabs from 863 patients from January 2022 to March 2022 were included in the study. The SARS-CoV-2 antigen was assessed for using the Mö-Screen Corona Antigen Test. The SARS-CoV-2 real-time RT-PCR results were obtained within two days in 417 patients. Results: The agreeability of the real-time RT-PCR and Ag-RDT results was 96.2%. The sensitivity and specificity of Ag-RDT were 84.8% and 100%, respectively. The test sensitivity increased to 92% in specimens with Ct value <25. Conclusion: The Mö-Screen Corona Antigen Test (MöLab, Langenfeld, Germany), an Ag-RDT test with a high specificity and sensitivity, may be an alternative to real-time RT-PCR for the diagnosis of SARS-CoV-2