Application du système GenFam à la réponse au stress des plantes : intégration de l'identification d'éléments cis spécifiques

UMR AGAP - équipe ID - Intégration des donnéesGenFam est un système intégratif d'analyse de familles de gènes. Ce système permet (i) de créer des familles de gènes de génomes complets, (ii) d’exécuter une analyse phylogénétique de cette famille à travers le gestionnaire de workflows Galaxy afin de définir les relations d'homologie, (iii) d'étudier des événements évolutifs à partir de blocs de synténie précalculées avec le workflow SynMap de la plateforme de génomique comparative (CoGe) et (iv) d’intégrer ces résultats dans l'interface de visualisation synthétique. La première application de GenFam est d’identifier des gènes candidats pour la tolérance aux stress environnementaux. Il nécessite de mettre en évidence la présence de séquences régulatrices cis spécifiques de la réponse aux stress (de type ABRE, DRE). Dans ce contexte, nous avons besoin d’intégrer de nouveaux outils afin de découvrir et chercher des sites de fixation de facteurs de transcription (Transcription Factor Binding Sites, TFBS) dans les séquences promotrices des gènes membre de la famille étudiée. Ce workflow Galaxy va, d'une part, sélectionner les régions flanquantes en 5' ou en 3' des gènes d'intérêts selon le choix de l'utilisateur. D'autre part, les régions flanquantes sont analysées afin de découvrir et rechercher les motifs de séquences régulatrices cis spécifiques de la réponse aux stress avec des méthodes complémentaires comme MEME, STIF, PHYME. Ces résultats ainsi que l’annotation fonctionnelle des gènes étiquetés comme étant impliqués dans la réponse au stress seront intégrés dans l’interface de visualisation. Ce travail doit permettre une réflexion sur la notion d'orthologie fonctionnelle et effectuer une recherche translationnelle depuis les espèces modèles jusqu'aux espèces d'intérêt agronomique (i.e identifier des gènes candidats pour la réponse au stress du caféier à partir d'informations fonctionnelles connues chez Arabidopsis)

Vibration Transmission during Manual Wheelchair Propulsion: A Systematic Review

Manual wheelchair (MWC) propulsion can expose the user to significant vibration. Human body exposure to certain vibrations can be detrimental to health, and a source of discomfort and fatigue. Therefore, identifying vibration exposure and key parameters influencing vibration transmissibility during MWC propulsion is crucial to protect MWC users from vibration risks. For that purpose, a systematic review using PRISMA recommendations was realized to synthesize the current knowledge regarding vibration transmissibility during MWC propulsion. The 35 retrieved articles were classified into three groups: Vibration content, parameters influencing vibration transmission, and vibration transmission modeling. The review highlighted that MWC users experience vibration in the frequency range detrimental/uncomfortable for human vibration transmission during MWC propulsion depends on many parameters and is still scarcely studied and understood. A modeling and simulation approach would be an interesting way to assist physicians in selecting the best settings for a specific user, but many works (modeling, properties identification, etc.) must be done before being effective for clinical and industrial purposes

The banana genome hub

Banana is one of the world's favorite fruits and one of the most important crops for developing countries. The banana reference genome sequence (Musa acuminata) was recently released. Given the taxonomic position of Musa, the completed genomic sequence has particular comparative value to provide fresh insights about the evolution of the monocotyledons. The study of the banana genome has been enhanced by a number of tools and resources that allows harnessing its sequence. First, we set up essential tools such as a Community Annotation System, phylogenomics resources and metabolic pathways. Then, to support post-genomic efforts, we improved banana existing systems (e.g. web front end, query builder), we integrated available Musa data into generic systems (e.g. markers and genetic maps, synteny blocks), we have made interoperable with the banana hub, other existing systems containing Musa data (e.g. transcriptomics, rice reference genome, workflow manager) and finally, we generated new results from sequence analyses (e.g. SNP and polymorphism analysis). Several uses cases illustrate how the Banana Genome Hub can be used to study gene families. Overall, with this collaborative effort, we discuss the importance of the interoperability toward data integration between existing information systems. (Résumé d'auteur

Деякі факти з історії створення Інституту, основні його наукові завдання та результати їх вирішення (до 20-річчя Інституту)

Наводяться деякі результати 20-ти річної наукової діяльності першої академічної установи, створеної у незалежній Україні.Приводятся некоторые результаты 20-ти летней научной деятельности первого академического учреждения, созданного в независимой Украине.Some results of 20 year scientific activity of the first academic establishment created in independent Ukraine are reviewed