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Matrix-assisted laser-desorption/ionization BIOTYPER: experience in the routine of a University hospital
AbstractMatrix-assisted laser-desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) is positioned at the forefront of bacterial identification in the future. Its performance needed to be evaluated in a routine Bacteriology laboratory to determine its true benefits. A prospective study was carried out in the Bacteriology laboratory of the Pellegrin University Hospital in Bordeaux, France, from April to May 2009. Bacterial isolates from clinical samples were identified by conventional phenotypic bacteriological methods [Phoenix (Becton-Dickinson) or API strips (bioMĂ©rieux)] and in parallel with a mass spectrometer (Ultraflex III TOF/TOF and the biotyper database from Bruker Daltonics). In case of a discrepancy between these results at the genus level, a 16S rRNA and/or rpoB gene sequencing was performed. Of the 1013 bacteria tested, 837 (82.6%) were correctly identified at the species level by MALDI-TOF mass spectrometry (MS) without extraction and 189 after extraction, i.e. 986 (97.3%) were correctly identified at the species level by MALDI-TOF MS, vs. 945 (93.2%) by phenotypic methods. Indeed, the extraction step was necessary for only 15% of the isolates. These results were even better when considering the genus, reaching almost 99% with MALDI-TOF MS and 98% with phenotypic methods. The performance of MALDI-TOF MS is very attractive considering its efficiency and rapidity, and the technique constitutes a precious tool for bacteriological identification in a routine laboratory
Les légumineuses dans les systÚmes caprins : quelles espÚces pour quelles valorisations ?
Les systĂšmes alimentaires caprins sont trĂšs divers, allant de systĂšmes pastoraux Ă des conduites hors-sol,fortement utilisatrices de concentrĂ©s. MalgrĂ© une autonomie plus faible des Ă©levages caprins par rapport auxbovins laitiers, les exploitations caprines sont plus nombreuses Ă disposer de surfaces en cultures temporaires ou intĂ©grant des lĂ©gumineuses. En effet, la luzerne principalement, et dâautres lĂ©gumineuses cultivĂ©es en pur, sont prĂ©sentes systĂ©matiquement dans la surface fourragĂšre principale des exploitations caprines des principales rĂ©gions de production. La chĂšvre est un animal rĂ©putĂ© ĂȘtre Ă la fois sĂ©lectif et difficile. En raison de ce comportement et de la proportion Ă©levĂ©e de tiges, la luzerne reste toutefois moins ingestible que les trĂšfles et le sainfoin, tout particuliĂšrement dans le cas des fourrages conservĂ©s. Pour Ă©viter ce phĂ©nonĂšme, la luzerne, espĂšce bien adaptĂ©e Ă la fauche, est particuliĂšrement bien valorisĂ©e sous forme dĂ©shydratĂ©e et condensĂ©e. Au pĂąturage, les chĂšvres ont une prĂ©fĂ©rence plus marquĂ©e pour les graminĂ©es que pour les lĂ©gumineuses et, au sein des lĂ©gumineuses, pour le trĂšfle blanc que pour la luzerne. Cependant, comme dâautres ruminants, la chĂšvre semble davantage ingĂ©rer les fourrages distribuĂ©s en mĂ©lange plutĂŽt quâen pur. En plus des bĂ©nĂ©fices non nutrionnels de certaines lĂ©gumineuses, celles-ci reprĂ©sentent une vĂ©ritable opportunitĂ© pour amĂ©liorer lâautonomie des exploitations et du territoire, permettant alors de valoriser des fromages de chĂšvres sous signes de qualitĂ©. Mais de nombreux travaux restent encore Ă mettre en place pour mieux comprendre les niveaux dâingestion et de valorisation des lĂ©gumineuses selon les espĂšces et types de fourrages