Matrix-assisted laser-desorption/ionization BIOTYPER: experience in the routine of a University hospital

AbstractMatrix-assisted laser-desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) is positioned at the forefront of bacterial identification in the future. Its performance needed to be evaluated in a routine Bacteriology laboratory to determine its true benefits. A prospective study was carried out in the Bacteriology laboratory of the Pellegrin University Hospital in Bordeaux, France, from April to May 2009. Bacterial isolates from clinical samples were identified by conventional phenotypic bacteriological methods [Phoenix (Becton-Dickinson) or API strips (bioMérieux)] and in parallel with a mass spectrometer (Ultraflex III TOF/TOF and the biotyper database from Bruker Daltonics). In case of a discrepancy between these results at the genus level, a 16S rRNA and/or rpoB gene sequencing was performed. Of the 1013 bacteria tested, 837 (82.6%) were correctly identified at the species level by MALDI-TOF mass spectrometry (MS) without extraction and 189 after extraction, i.e. 986 (97.3%) were correctly identified at the species level by MALDI-TOF MS, vs. 945 (93.2%) by phenotypic methods. Indeed, the extraction step was necessary for only 15% of the isolates. These results were even better when considering the genus, reaching almost 99% with MALDI-TOF MS and 98% with phenotypic methods. The performance of MALDI-TOF MS is very attractive considering its efficiency and rapidity, and the technique constitutes a precious tool for bacteriological identification in a routine laboratory

Les légumineuses dans les systèmes caprins : quelles espèces pour quelles valorisations ?

Les systèmes alimentaires caprins sont très divers, allant de systèmes pastoraux à des conduites hors-sol,fortement utilisatrices de concentrés. Malgré une autonomie plus faible des élevages caprins par rapport auxbovins laitiers, les exploitations caprines sont plus nombreuses à disposer de surfaces en cultures temporaires ou intégrant des légumineuses. En effet, la luzerne principalement, et d’autres légumineuses cultivées en pur, sont présentes systématiquement dans la surface fourragère principale des exploitations caprines des principales régions de production. La chèvre est un animal réputé être à la fois sélectif et difficile. En raison de ce comportement et de la proportion élevée de tiges, la luzerne reste toutefois moins ingestible que les trèfles et le sainfoin, tout particulièrement dans le cas des fourrages conservés. Pour éviter ce phénonème, la luzerne, espèce bien adaptée à la fauche, est particulièrement bien valorisée sous forme déshydratée et condensée. Au pâturage, les chèvres ont une préférence plus marquée pour les graminées que pour les légumineuses et, au sein des légumineuses, pour le trèfle blanc que pour la luzerne. Cependant, comme d’autres ruminants, la chèvre semble davantage ingérer les fourrages distribués en mélange plutôt qu’en pur. En plus des bénéfices non nutrionnels de certaines légumineuses, celles-ci représentent une véritable opportunité pour améliorer l’autonomie des exploitations et du territoire, permettant alors de valoriser des fromages de chèvres sous signes de qualité. Mais de nombreux travaux restent encore à mettre en place pour mieux comprendre les niveaux d’ingestion et de valorisation des légumineuses selon les espèces et types de fourrages