Genome-wide meta-analysis of 241,258 adults accounting for smoking behaviour identifies novel loci for obesity traits

Few genome-wide association studies (GWAS) account for environmental exposures, like smoking, potentially impacting the overall trait variance when investigating the genetic contribution to obesity-related traits. Here, we use GWAS data from 51,080 current smokers and 190,178 nonsmokers (87% European descent) to identify loci influencing BMI and central adiposity, measured as waist circumference and waist-to-hip ratio both adjusted for BMI. We identify 23 novel genetic loci, and 9 loci with convincing evidence of gene-smoking interaction (GxSMK) on obesity-related traits. We show consistent direction of effect for all identified loci and significance for 18 novel and for 5 interaction loci in an independent study sample. These loci highlight novel biological functions, including response to oxidative stress, addictive behaviour, and regulatory functions emphasizing the importance of accounting for environment in genetic analyses. Our results suggest that tobacco smoking may alter the genetic susceptibility to overall adiposity and body fat distribution.Peer reviewe

Формирование эмоциональной культуры как компонента инновационной культуры студентов

Homozygosity has long been associated with rare, often devastating, Mendelian disorders1 and Darwin was one of the first to recognise that inbreeding reduces evolutionary fitness2. However, the effect of the more distant parental relatedness common in modern human populations is less well understood. Genomic data now allow us to investigate the effects of homozygosity on traits of public health importance by observing contiguous homozygous segments (runs of homozygosity, ROH), which are inferred to be homozygous along their complete length. Given the low levels of genome-wide homozygosity prevalent in most human populations, information is required on very large numbers of people to provide sufficient power3,4. Here we use ROH to study 16 health-related quantitative traits in 354,224 individuals from 102 cohorts and find statistically significant associations between summed runs of homozygosity (SROH) and four complex traits: height, forced expiratory lung volume in 1 second (FEV1), general cognitive ability (g) and educational attainment (nominal p<1 × 10−300, 2.1 × 10−6, 2.5 × 10−10, 1.8 × 10−10). In each case increased homozygosity was associated with decreased trait value, equivalent to the offspring of first cousins being 1.2 cm shorter and having 10 months less education. Similar effect sizes were found across four continental groups and populations with different degrees of genome-wide homozygosity, providing convincing evidence for the first time that homozygosity, rather than confounding, directly contributes to phenotypic variance. Contrary to earlier reports in substantially smaller samples5,6, no evidence was seen of an influence of genome-wide homozygosity on blood pressure and low density lipoprotein (LDL) cholesterol, or ten other cardio-metabolic traits. Since directional dominance is predicted for traits under directional evolutionary selection7, this study provides evidence that increased stature and cognitive function have been positively selected in human evolution, whereas many important risk factors for late-onset complex diseases may not have been

New genetic loci link adipose and insulin biology to body fat distribution.

Body fat distribution is a heritable trait and a well-established predictor of adverse metabolic outcomes, independent of overall adiposity. To increase our understanding of the genetic basis of body fat distribution and its molecular links to cardiometabolic traits, here we conduct genome-wide association meta-analyses of traits related to waist and hip circumferences in up to 224,459 individuals. We identify 49 loci (33 new) associated with waist-to-hip ratio adjusted for body mass index (BMI), and an additional 19 loci newly associated with related waist and hip circumference measures (P < 5 × 10(-8)). In total, 20 of the 49 waist-to-hip ratio adjusted for BMI loci show significant sexual dimorphism, 19 of which display a stronger effect in women. The identified loci were enriched for genes expressed in adipose tissue and for putative regulatory elements in adipocytes. Pathway analyses implicated adipogenesis, angiogenesis, transcriptional regulation and insulin resistance as processes affecting fat distribution, providing insight into potential pathophysiological mechanisms

Robust estimation of bacterial cell count from optical density

Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals &lt;1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data

Situation des petits pélagiques en Méditerranée et communication de l'Ifremer avec les professionnels

Les objectifs sont de : – Suivre l’évolution des stocks des principales espèces de petits pélagiques dans le golfe du Lion (série 1995-2009) – Compléter les évaluations acoustiques des stocks avec une analyse des captures professionnelles aux débarquements et un suivi des caractéristiques biologiques de l ’anchois et la sardine – Émettre des avis auprès des administrations et de la profession sur l’état des stocks en vue d ’une exploitation durabl

Etat de l'art des connaissances sur les distributions spatiales des oiseaux marins et des petits poissons pélagiques dans le golfe du Lion

Cette étude présente les espèces et les peuplements de petits poissons pélagiques rencontrés au sein du golfe du Lion, ainsi que les espèces d’oiseaux marins qui y sont associées. Les données ont été collectées durant les campagnes à la mer PELMED (été) et JUVALION (hiver) de 1994 à 2010. Tout au long des différents chapitres, les analyses suivent un plan montrant successivement, pour les petits poissons pélagiques comme pour les oiseaux marins, les proportions relatives des différents groupes d’espèces composant chacun des peuplements étudiés puis, au sein de chacun de ces groupes, les distributions relatives de chacune des espèces observées. La cartographie et l’analyse des données présentées dans le présent rapport englobent d’une part toute la zone s’étendant de Cap Béar à Marseille (secteur camarguais compris), et replacent d’autre part les observations sur cette zone dans leurs contextes régionaux extérieurs. L’ensemble des cartes de distributions obtenues, établies à l’échelle de la totalité des campagnes annuelles, constituent les éléments écologiques indispensables à l’usage des scientifiques, gestionnaires et décideurs.

Méthodes d’évaluation des risques sanitaires et environnementaux et des enjeux socio-économiques associés aux plantes obtenues au moyen de certaines nouvelles techniques génomiques (NTG)

Citation suggérée : Anses. (2023). Évaluation des risques sanitaires et environnementaux et des enjeux socio-économiques associés aux plantes obtenues au moyen de certaines nouvelles techniques génomiques. (saisine 2021-SA-0019). Maisons-Alfort : Anses, 287 p.Les « New Genomic Techniques » (NGT), en français « Nouvelles techniques génomiques »(NTG), constituent un ensemble hétérogène de techniques de modification du génome, quimettent en œuvre différents mécanismes (mutations, insertions/délétions, extinction de gènes, etc.). Certaines de ces techniques visent à modifier de façon précise et ciblée une séquence génétique (mutagénèse dirigée ou ciblée), offrant un champ d’application très large, notamment dans le domaine de la sélection variétale. Ces techniques de modification du génome, notamment celles basées sur le système CRISPR-Cas, se sont développées très rapidement, et certaines variétés végétales obtenues à l’aide de ces NTG sont d'ores et déjà disponibles sur le marché dans certains pays, notamment aux États-Unis et au Canada.Aucune plante obtenue par ces NTG n’est néanmoins encore autorisée sur le marché communautaire européen.A la suite d’un recours de la Confédération paysanne et d’autres organisations auprès duConseil d’État, qui saisira à son tour la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) dans lecadre de questions préjudicielles, l’arrêt de la CJUE du 25 juillet 2018 (affaire C-528/16)2conclut que ne sont exclus du champ d’application de la directive 2001/18/CE relative à ladissémination volontaire d'organismes génétiquement modifiés dans l'environnement «queles organismes obtenus au moyen de techniques/méthodes de mutagénèse qui ont ététraditionnellement utilisées pour diverses applications et dont la sécurité est avérée depuislongtemps ». Il en résulte que les plantes obtenues par ces NTG doivent respecter le cadreréglementaire actuel prévu pour l’autorisation des organismes génétiquement modifiés (OGM), notamment en matière d’évaluation des risques, de procédure d’autorisation, de traçabilité, d’étiquetage et de contrôle. Le Conseil de l’Union européenne, considérant que des questions pratiques se posaient afin d’assurer la conformité avec la directive 2001/18/CE, notamment dans la mesure où les méthodes actuelles pouvaient ne pas permettre de distinguer les produits obtenus au moyen de nouvelles techniques de mutagénèse dirigée de ceux nés d’une mutation naturelle, a demandé en novembre 2019 à la Commission européenne de réaliser une étude concernant le statut des NTG dans le droit de l’Union et, le cas échéant, de remettre une proposition législative tenant compte des résultats et conclusions de cette étude.Dans le cadre de cette étude, la Commission européenne a notamment donné mandat à l’Efsa de mener des travaux visant à évaluer l’adéquation des documents guides actuels, pour évaluer les risques associés à l’utilisation des organismes obtenus au moyen de NTG. L’Efsa conclut, dans son avis du 14 octobre 2020 (EFSA GMO Panel 2020), que ses documents guides relatifs à l’évaluation des risques associés à l’utilisation des aliments pour animaux et des denrées alimentaires issus de plantes génétiquement modifiées et à l’évaluation des risques environnementaux des plantes génétiquement modifiées permettent de couvrir les risques lorsque ces plantes sont obtenues au moyen de NTG. Cependant, l’Efsa estime que ses documents guides ne sont qu’en partie applicables, considérant que les exigences relatives à la présence d’un transgène ne sont pas adaptées pour ce type de plantes.Par ailleurs, la Commission européenne a rendu son étude concernant les NTG le 29 avril20213, concluant que la réglementation actuelle relative aux OGM ne lui paraissait pas adaptée pour des plantes obtenues au moyen de certaines NTG. Pour les autres organismes (animaux et micro-organismes), la Commission estime qu’il faut continuer à construire les connaissances scientifiques nécessaires et maintenir à ce stade les produits issus de NTG dans la réglementation actuelle relative aux OGM.L’étude de la Commission européenne pointe également des incertitudes juridiques, desdifficultés de mise en œuvre, concernant notamment les contrôles, et le manque de flexibilité de la réglementation actuelle. L’étude conclut également que certains végétaux obtenus au moyen de NTG pourraient présenter des bénéfices pour la société et répondre aux enjeux de résilience et de durabilité du système alimentaire de la stratégie « de la ferme à la table ».L’étude met également en avant un certain nombre d’enjeux forts, relatifs notamment à lapropriété intellectuelle, à la traçabilité et au contrôle, à l’information des consommateurs via l’étiquetage, à la compétitivité des entreprises et du secteur agricole, aux échangescommerciaux ou encore à l’acceptabilité de ces produits par la société.Dans la lettre adressée le 29 avril 2021 à la Présidence portugaise du Conseil de l’Unioneuropéenne, la Commission indique qu’à la lumière des résultats de l’étude, elle a l’intention de lancer une initiative législative pour les plantes issues de mutagénèse dirigée et de cisgénèse. Il s’agirait d’adapter les requis réglementaires actuels en termes d’évaluation des risques, de procédures d'autorisation, ainsi que d'étiquetage et de traçabilité, tout en maintenant un haut niveau de protection de l’environnement et de la santé humaine et animale, et en prenant en compte la contribution potentielle de ces plantes et des produits qui en sont issus à la durabilité du système alimentaire.Dans ce contexte, la Direction générale de la prévention des risques (DGPR) et la Directiongénérale de l’alimentation (DGAl) ont saisi l’Anses, afin de disposer d’un avis scientifique dans le périmètre des missions de l’Anses, pour se préparer aux discussions à venir au niveau européen.Depuis cette saisine, la Commission européenne a rendu publique, le 5 juillet 2023, saproposition de règlement concernant les végétaux obtenus au moyen de certaines nouvelles techniques génomiques et les denrées alimentaires et aliments pour animaux qui en sont dérivés. Les éléments contenus dans cette proposition réglementaire n’ont pas fait l’objet d’une analyse critique détaillée dans le cadre de ce rapport, mais seront présentés pour information et analysés sous l’angle de leurs impacts socio-économiques. Par ailleurs, l’Anses a décidé de s’autosaisire afin de mener en parallèle une analyse scientifique des critères proposés pour définir et classer les plantes NTG en deux catégories (Anses 2023)

Méthodes d’évaluation des risques sanitaires et environnementaux et des enjeux socio-économiques associés aux plantes obtenues au moyen de certaines nouvelles techniques génomiques (NTG)

Citation suggérée : Anses. (2023). Évaluation des risques sanitaires et environnementaux et des enjeux socio-économiques associés aux plantes obtenues au moyen de certaines nouvelles techniques génomiques. (saisine 2021-SA-0019). Maisons-Alfort : Anses, 287 p.Les « New Genomic Techniques » (NGT), en français « Nouvelles techniques génomiques »(NTG), constituent un ensemble hétérogène de techniques de modification du génome, quimettent en œuvre différents mécanismes (mutations, insertions/délétions, extinction de gènes, etc.). Certaines de ces techniques visent à modifier de façon précise et ciblée une séquence génétique (mutagénèse dirigée ou ciblée), offrant un champ d’application très large, notamment dans le domaine de la sélection variétale. Ces techniques de modification du génome, notamment celles basées sur le système CRISPR-Cas, se sont développées très rapidement, et certaines variétés végétales obtenues à l’aide de ces NTG sont d'ores et déjà disponibles sur le marché dans certains pays, notamment aux États-Unis et au Canada.Aucune plante obtenue par ces NTG n’est néanmoins encore autorisée sur le marché communautaire européen.A la suite d’un recours de la Confédération paysanne et d’autres organisations auprès duConseil d’État, qui saisira à son tour la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) dans lecadre de questions préjudicielles, l’arrêt de la CJUE du 25 juillet 2018 (affaire C-528/16)2conclut que ne sont exclus du champ d’application de la directive 2001/18/CE relative à ladissémination volontaire d'organismes génétiquement modifiés dans l'environnement «queles organismes obtenus au moyen de techniques/méthodes de mutagénèse qui ont ététraditionnellement utilisées pour diverses applications et dont la sécurité est avérée depuislongtemps ». Il en résulte que les plantes obtenues par ces NTG doivent respecter le cadreréglementaire actuel prévu pour l’autorisation des organismes génétiquement modifiés (OGM), notamment en matière d’évaluation des risques, de procédure d’autorisation, de traçabilité, d’étiquetage et de contrôle. Le Conseil de l’Union européenne, considérant que des questions pratiques se posaient afin d’assurer la conformité avec la directive 2001/18/CE, notamment dans la mesure où les méthodes actuelles pouvaient ne pas permettre de distinguer les produits obtenus au moyen de nouvelles techniques de mutagénèse dirigée de ceux nés d’une mutation naturelle, a demandé en novembre 2019 à la Commission européenne de réaliser une étude concernant le statut des NTG dans le droit de l’Union et, le cas échéant, de remettre une proposition législative tenant compte des résultats et conclusions de cette étude.Dans le cadre de cette étude, la Commission européenne a notamment donné mandat à l’Efsa de mener des travaux visant à évaluer l’adéquation des documents guides actuels, pour évaluer les risques associés à l’utilisation des organismes obtenus au moyen de NTG. L’Efsa conclut, dans son avis du 14 octobre 2020 (EFSA GMO Panel 2020), que ses documents guides relatifs à l’évaluation des risques associés à l’utilisation des aliments pour animaux et des denrées alimentaires issus de plantes génétiquement modifiées et à l’évaluation des risques environnementaux des plantes génétiquement modifiées permettent de couvrir les risques lorsque ces plantes sont obtenues au moyen de NTG. Cependant, l’Efsa estime que ses documents guides ne sont qu’en partie applicables, considérant que les exigences relatives à la présence d’un transgène ne sont pas adaptées pour ce type de plantes.Par ailleurs, la Commission européenne a rendu son étude concernant les NTG le 29 avril20213, concluant que la réglementation actuelle relative aux OGM ne lui paraissait pas adaptée pour des plantes obtenues au moyen de certaines NTG. Pour les autres organismes (animaux et micro-organismes), la Commission estime qu’il faut continuer à construire les connaissances scientifiques nécessaires et maintenir à ce stade les produits issus de NTG dans la réglementation actuelle relative aux OGM.L’étude de la Commission européenne pointe également des incertitudes juridiques, desdifficultés de mise en œuvre, concernant notamment les contrôles, et le manque de flexibilité de la réglementation actuelle. L’étude conclut également que certains végétaux obtenus au moyen de NTG pourraient présenter des bénéfices pour la société et répondre aux enjeux de résilience et de durabilité du système alimentaire de la stratégie « de la ferme à la table ».L’étude met également en avant un certain nombre d’enjeux forts, relatifs notamment à lapropriété intellectuelle, à la traçabilité et au contrôle, à l’information des consommateurs via l’étiquetage, à la compétitivité des entreprises et du secteur agricole, aux échangescommerciaux ou encore à l’acceptabilité de ces produits par la société.Dans la lettre adressée le 29 avril 2021 à la Présidence portugaise du Conseil de l’Unioneuropéenne, la Commission indique qu’à la lumière des résultats de l’étude, elle a l’intention de lancer une initiative législative pour les plantes issues de mutagénèse dirigée et de cisgénèse. Il s’agirait d’adapter les requis réglementaires actuels en termes d’évaluation des risques, de procédures d'autorisation, ainsi que d'étiquetage et de traçabilité, tout en maintenant un haut niveau de protection de l’environnement et de la santé humaine et animale, et en prenant en compte la contribution potentielle de ces plantes et des produits qui en sont issus à la durabilité du système alimentaire.Dans ce contexte, la Direction générale de la prévention des risques (DGPR) et la Directiongénérale de l’alimentation (DGAl) ont saisi l’Anses, afin de disposer d’un avis scientifique dans le périmètre des missions de l’Anses, pour se préparer aux discussions à venir au niveau européen.Depuis cette saisine, la Commission européenne a rendu publique, le 5 juillet 2023, saproposition de règlement concernant les végétaux obtenus au moyen de certaines nouvelles techniques génomiques et les denrées alimentaires et aliments pour animaux qui en sont dérivés. Les éléments contenus dans cette proposition réglementaire n’ont pas fait l’objet d’une analyse critique détaillée dans le cadre de ce rapport, mais seront présentés pour information et analysés sous l’angle de leurs impacts socio-économiques. Par ailleurs, l’Anses a décidé de s’autosaisire afin de mener en parallèle une analyse scientifique des critères proposés pour définir et classer les plantes NTG en deux catégories (Anses 2023)