Optimization of a viability PCR method for the detection of Listeria monocytogenes in food samples

Postprint (author's final draft

GeNIUL, experts on viability PCR

The standard PCR technique allows the rapid detection of microorganisms, difficult to detect by traditional culture methods. However, the control of samples through PCR has the drawback of false positives due to amplification of DNA/RNA of non-viable cells. This can be overcome by adding intercalating agents (EMA or PMA) to the sample, which selectively penetrates nonviable cells and blocks their DNA/RNA after a photo-activation process, preventing its subsequent amplification by PCR. This process is known as viability PCR (v-PCR). v-PCR has been used as an accurate, reliable and simple method to detect and quantify viable microorganism involved in environmental samples, food production process and clinical samples. GenIUL provides the reagents (EMA and PMA) and the PhAST Blue photo-activation system needed to carry out v-PCR, ensuring optimum and uniform photochemical reaction of intercalating agents prior to PCRPeer Reviewe

Visible light enhances the antimicrobial effect of some essential oils

The photodisinfection is a topical, broad spectrum antimicrobial technology, targeting bacteria, virus, fungi, and protozoa effective for single cells as for biofilms. Natural molecules have been studied less than synthetic agents in the process but they are currently receiving great interest. Therefore, the aim of this study is to evaluate for the first time if non-coherent blue and red light enhances the antimicrobial activity of some essential oils when standard strains for antibiotic or fungicide tests are enlightened in vitro. Staphylococcus epidermidis, Pseudomonas aeruginosa and Candida albicans collection strains were irradiated with monochromatic visible light from light emitting diodes in the presence of 5% and 0.5% eucalyptus (Eucalyptus globulus), clove (Eugenia caryophyllata), and thyme (Thymus vulgaris) essential oils. Microbial levels were measured by plate count on culture media. In this preliminary report, the results differ according to the kind and concentration of antimicrobial oils, the wavelength of light, and the prokaryotic or eukaryotic microorganism. The results support the idea that mainly blue light enhances the innate antimicrobial activity of the essential oils, especially phenols, and could offer a very efficient and natural way to combat microorganisms in several industries and medical applications.Postprint (author's final draft

Comparison of conventional culture and real-time quantitative PCR using SYBR Green for detection of Legionella pneumophila in water samples

Postprint (published version

Presence of Waddlia chondrophila in hot water systems from non-domestic buildings in France

Postprint (author's final draft

Restauración integral de cuencas fluviales urbanas mediante el uso de tecnologías sostenibles: el Morro de Moravia

El Morro de Moravia es un cerro ubicado sobre depósitos aluviales del río Aburrá en la Ladera Nororiental de Medellín, Colombia. Entre los años de 1972 y 1984 se empleó como tiradero de residuos sólidos. Esta disposición de los residuos en la zona ocasionó que las personas dedicadas al reciclaje empezaran a invadir “El Morro”, iniciando así un asentamiento humano descontrolado y no planificado en el sitio. A partir de 1999 se realizaron estudios que mostraron que el Morro de Moravia presentaba un alto riesgo geotécnico y de contaminación, probando que la población que habita la zona está sometida a un elevado riesgo químico y no cuenta con las condiciones ambientales y de salubridad mínima. Con lo cual se establece la necesidad de iniciar un saneamiento a través de un proyecto aplicado a la restauración integrada en cuencas fluviales urbanas. Con la firma del Acuerdo Marco en abril del 2006, se establecen las bases de la cooperación entre las universidades de Antioquia y la Politècnica de Catalunya, cuyo principal objetivo es fomentar la investigación en las tecnologías sostenibles para la gestión hídrica aplicada a la restauración de cuencas fluviales urbanas, mediante la construcción de humedales artificiales construidos y buffer strips en la cuenca de la región colombiana de Moravia. Cuya función será el tratamiento de lixiviados en el cerro del “Morro de Moravia”. Inicialmente se realizará un proceso de monitoreo de compuestos tóxicos para determinar la presencia de elementos y compuestos como el amoniaco, mercurio, plomo, cromo, cadmio, fenoles, cianuros, sulfuros y benceno, en las muestras recolectadas de los lixiviados. Posteriormente se hará el diseño y construcción de los humedales. El tratamiento de los efluentes contaminados y la restauración de la zona favorecerán la disminución de la presencia de sustancias tóxicas en el ambiente, mejoraran las condiciones de salud pública y ambiental. Estas alternativas para el saneamiento de la zona, no sólo representan beneficios ambientales, sino que inciden también de forma positiva a nivel social y económico de la comunidad. Asimismo se potenciarán las relaciones y se reforzará el trabajo en red incrementando las relaciones existentes entre distintos grupos multidisciplinarios de investigación y los vínculos entre las universidades y las entidades medioambientales participantes. Aunado a ello, la experiencia servirá como modelo de fortalecimiento institucional universitario a través de la formación e investigación en depuración de aguas de cuencas fluviales mediante tecnologías sostenibles.Peer Reviewe

Error estimation in environmental DNA targets quantification due to PCR efficiencies differences between real samples and standards

Postprint (published version

Monitoring bacterial faecal contamination in waters using multiplex real-time PCR assay for Bacteroides spp. and faecal enterococci

Postprint (published version

Amoeba-related health risk in drinking water systems: could monitoring of amoebae be a complementary approach to current quality control strategies?

Postprint (published version

Microbial dynamics in drinking water biofilms

El agua de consumo subministrada a través de las redes de distribución deviene alterada durante su circulación en el mismo debido a la actividad microbiana. Estos cambios en la calidad a menudo afectan al sabor, color y al olor. En otros casos, la calidad sanitaria de agua es alterada debido al recrecimiento bacteriano. La masa del agua, es el mayor hábitat de un sistema de aguas potables, aunque la mayoría de cambios significativos en sus propiedades tienen lugar en las superficies de contacto las cuales están colonizadas por microorganismos creciendo en diferentes comunidades microbianas adaptadas a los bajos niveles de nutrientes, altos niveles de cloro, formando biopelículas. Este trabajo demuestra que el agotamiento de cloro en el suministro de agua es clave para la proliferación microbiana en todo el sistema. Un nivel adecuado de cloro (̃ 0,5 mg / l) es suficiente para garantizar la ausencia de biopelículas incluso después de eventos de contaminación microbiana o la entrada de carbono orgánico en el sistema. Sin embargo, la reducción de los niveles de cloro, incluso sin la adición de carbono o el aumento de la carga microbiana suspendida, permite el desarrollo de una comunidad unida en aproximadamente 2 semanas. En este escenario, la liberación de células microbianas en la fase acuosa se incrementó 10 veces en la ausencia de cloro. Episodios posteriores de agotamiento del cloro pueden acelerar el desarrollo de las comunidades microbianas con susceptibilidad reducida a la desinfección en los sistemas de agua potable real. Se necesitan enfoques alternativos de desinfección, no sólo para la distribución de agua potable, sino también para el control del crecimiento de biopelículas En este trabajo se ha evaluado la aplicabilidad de una nueva familia de desinfectantes llamados tiol bismuto (BT), que representan una nueva generación de agentes antibacterianos. Estos agentes están basados en el Bismuto, pero su actividad antibacteriana se ha mejorado notablemente en combinación con ciertos compuestos de tiol lipófilos. BTs exhiben efectos residuales más persistentes que el cloro a pesar de su acción relativamente lenta. BTs podrían ser especialmente útiles para los ecosistemas de agua artificiales en las que es muy difícil mantener un nivel constante de cloro libre, tales como sistemas de agua caliente o torres de refrigeración. Los BT tienen efectos residuales más persistentes que el cloro y la hiper-calefacción en los sistemas de agua. Eficiencia del BT aumentó con la temperatura, pero, al igual que los iones de cobre y plata, su acción es relativamente lenta. La combinación de efectos bactericidas y residuales puede prevenir la acumulación de limo en sistemas de agua caliente.The water supply released into the distribution system is altered during its passage through the system due to a large extent to microbial activity. These quality changes most often result in complaints about taste, odour, and colour. In other cases, the sanitary quality of water is altered due to bacterial regrowth. The water body is the major habitat of drinking water systems, though the most significant changes in drinking water properties are at contact surfaces, which are colonized by microorganisms growing in diverse microbial communities adapted to low nutrient and high chlorine levels, forming biofilms. This work demonstrates that chorine depletion in the water supply is key to microbial proliferation throughout the system. An adequate level of chlorine (~0.5 mg/l) is enough to ensure the absence of biofilms, even after microbial contamination events or the input of organic carbon into the system. However, reducing chlorine levels, even without adding carbon or increasing the suspended microbial load, allows the development of an attached community in approximately 2 weeks. In this scenario, the release of microbial cells into the water phase increased 10-fold in the absence of chlorine. Subsequent episodes of chlorine depletion may accelerate the development of microbial communities with reduced susceptibility to disinfection in real drinking water systems. Alternative disinfection approaches are needed, not only for the distribution of safe water, but also for the control of biofilm growth. In this job has been evaluated the applicability of a new family of disinfectant called bismuth thiol (BT), which represents a new generation of antibacterial agents. These agents are bismuth based, but their antibacterial activity has been enhanced markedly in combination with certain lipophilic thiol compounds. BTs exhibit more persistent residual effects than chlorine despite their relatively slow action. BTs could be especially useful for artificial water ecosystems in which it is very difficult to maintain a constant level of free chlorine, such as hot water systems or cooling towers. BTs have more persistent residual effects than chlorine and hyper-heating in water systems. BT efficiency increased with temperature but, like copper-silver ions, its action is relatively slow. The combination of bactericidal and residual effects may prevent slime build-up in hot water systems