Comparaison in silico de sites de liaison de protéines

Après la sélection de différents ensembles de protéines d'intérêt pharmacologique (banque sc-PDB) et l'identification de leur site de liaison, ces ensembles ont été utilisés pour valider et faire des criblages avec un programme d'alignement structural, SiteAlign. SiteAlign utilise une sphère discrétisée et des scores normalisés pour comparer deux sites de liaison. Un protocole de score puis les applications possibles du programme, ont été déterminés. SiteAlign peut être utilisé pour l'annotation fonctionnelle de protéines génomiques, pour la prédiction de réactivités croisées, et la prédiction de cibles pour des ligands (validation expérimentale des calculs). SiteAlign a ensuite été utilisé, dans le cadre de la chémogénomique, pour étudier en 3D les récepteurs couplés aux protéines G et proposer des ligands pour des récepteurs orphelins, ainsi que pour comparer l'espace structural des sites de la sc-PDB.After the selection of different sets of proteins with a pharmacological interest (sc-PDB databank) and the identification of their binding sites, these sets have been used to validate and to do screenings with a structural alignment program, SiteAlign. SiteAlign use a discretized sphere and normalized scores to compare two binding sites. A scoring protocol, then the possible applications of the program have been determined. SiteAlign can be used for functional annotations of genomic proteins, for predictions of cross reactivity and predictions of ligands targets (experimental validation of this calculation). SiteAlign has then been used, in the chemogenomic part of the project, for studying in 3D the G-coupled protein receptors and for suggesting new ligands for orphan receptors. Last, SiteAlign has been used to compare the structural space of sc-PDB sites.STRASBOURG ILLKIRCH-Pharmacie (672182101) / SudocSudocFranceF