Editorial

DiGeSt 11(1) General Issue - Editoria

A Solve-RD ClinVar-based reanalysis of 1522 index cases from ERN-ITHACA reveals common pitfalls and misinterpretations in exome sequencing

Purpose Within the Solve-RD project (https://solve-rd.eu/), the European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies aimed to investigate whether a reanalysis of exomes from unsolved cases based on ClinVar annotations could establish additional diagnoses. We present the results of the “ClinVar low-hanging fruit” reanalysis, reasons for the failure of previous analyses, and lessons learned. Methods Data from the first 3576 exomes (1522 probands and 2054 relatives) collected from European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies was reanalyzed by the Solve-RD consortium by evaluating for the presence of single-nucleotide variant, and small insertions and deletions already reported as (likely) pathogenic in ClinVar. Variants were filtered according to frequency, genotype, and mode of inheritance and reinterpreted. Results We identified causal variants in 59 cases (3.9%), 50 of them also raised by other approaches and 9 leading to new diagnoses, highlighting interpretation challenges: variants in genes not known to be involved in human disease at the time of the first analysis, misleading genotypes, or variants undetected by local pipelines (variants in off-target regions, low quality filters, low allelic balance, or high frequency). Conclusion The “ClinVar low-hanging fruit” analysis represents an effective, fast, and easy approach to recover causal variants from exome sequencing data, herewith contributing to the reduction of the diagnostic deadlock

Het electorale success van ethnische minderheden in Brussel: de rol van de kiezers en partijen

European democracies have grown ethnically diverse in the recent years. Yet, ethnic minorities remain underrepresented in politics. Despite the theoretical argument as- serting that ethnic minorities should perform better in systems allowing voters to cast intra party preferences, empirical studies bring mixed results. In particular, scholars highlight the role of both parties and voters in explaining the electoral success or fai- lure of ethnic minority candidates. Using data on regional elections between 1995 and 2014 in Brussels, our study shows that even though parties have made gradual efforts to include ethnic minorities on their lists, voters appear to be an important force be- hind the election of ethnic minorities. We find variations according to party ideology, with socialist and – to a lesser extent – Christian democratic candidates benefiting the most from preferential voting. However, the positive impact of preference votes seems to decrease over time, as parties themselves become more inclusive and tend to al- locate more realistic positions to their ethnic minority candidates in recent elections

Het electorale success van ethnische minderheden in Brussel: de rol van de kiezers en partijen

European democracies have grown ethnically diverse in the recent years. Yet, ethnic minorities remain underrepresented in politics. Despite the theoretical argument as- serting that ethnic minorities should perform better in systems allowing voters to cast intra party preferences, empirical studies bring mixed results. In particular, scholars highlight the role of both parties and voters in explaining the electoral success or fai- lure of ethnic minority candidates. Using data on regional elections between 1995 and 2014 in Brussels, our study shows that even though parties have made gradual efforts to include ethnic minorities on their lists, voters appear to be an important force be- hind the election of ethnic minorities. We find variations according to party ideology, with socialist and – to a lesser extent – Christian democratic candidates benefiting the most from preferential voting. However, the positive impact of preference votes seems to decrease over time, as parties themselves become more inclusive and tend to al- locate more realistic positions to their ethnic minority candidates in recent elections.info:eu-repo/semantics/publishe

Pathways to Power: The Political Representation of Citizens of Immigrant Origin in Belgium (BE-PATHWAYS)

The project aims at providing the data required to study the descriptive representation of citizens of immigrant origin (CIOs). The main aim is to provide an overview of the social and political profile of Member of Parliament (MPs), with a particular focus on identifying MPs of immigrant origin. In addition to the national level dataset described below, a corresponding regional level dataset is available. Identification variables: Political level (regional, national); country-ID (NUTS); name of region; region-id (NUTS); date of relevant election; full name of district in which elected; level of electoral tier (first / Lower (or single tier); identifier for tier 1 to 3 districts at national level; number of legislatures in the country, as recorded by the parliament itself; date in which the legislature begins and ends; first name, first (second) surname of MP; MP-ID; national MP is also simultaneously a regional MP; which regional MP. Demography: sex of MP; year of birth of MP; highest level of education (ISCED 1997); last occupation /profession of the MP before first ever becoming an MP (ISCO 2008); occupation sector when first elected; current occupation/ profession of the MP (ISCO 2008); current occupation sector. Electoral and parliamentary tenure variables: number of times the MP has been previously elected to parliament in this district; type of electoral district; number of times the MP has been previously elected to parliament in this tier; Rookie: MP elected for the first time in this term; number of times the MP has been elected to parliament; number of times the MP has taken up the seat in parliament once elected; year when the MP was first elected to national/regional parliament; total number of years spent in national/regional parliament as MP, prior to this legislature (seniority); when was the MP elected for the last time prior to this legislature (continuity); MP was elected to chamber from inauguration; MP stayed continuously with no interruptions from the moment of taking up the seat until the end of the legislative term; number of months the MP did serve (if he did not serve a full legislative term); MP came back to reclaim the seat if MP left seat at some point; position in party list; rank position in which the MP was elected in district; double candidacy in another tier; MP won seat as incumbent, or as contender; parliamentary group the MP joined at the beginning and at the end of his/her term; full name and acronym of party or list in which elected; party code according to the CMP (Comparative Manifesto Project) dataset; party-ID. Immigrant origin variables (corresponding coding for MPs mother and father): MP was born in the country of parliament; country (ISO 3166-1), world region (UN Classification for ‘Composition of macro geographical regions’), and country region (NUTS) in which the MP was born; data sources for country of birth (e.g. official parliamentary source, personal blogs, etc.); specific sources for country of birth; reliability of the data regarding the country of birth of the MP (as judged by the coder); year of immigration; born as a national citizen of the country of parliament; country of nationality at birth; data sources country of nationality at birth; specific sources for country of citizenship at birth; reliability of the data regarding citizenship at birth; year in which naturalized as a citizen; data sources year of naturalization; specific sources for date of naturalization; reliability of the data regarding naturalization. Variables relating to aspects potentially related to discrimination: the MP is a native speaker of an official country language and data sources; specific sources for native language of MP; MP can be perceived by voters as a member of an ‘identifiable’ minority; source where picture found; specific sources for picture of MP; does the MP self-identify as a member of an ethnic minority; ethnicity; sources and specific sources for information on ethnic self-identification of MP; self-identification as a member of a certain religion; religion the MP identifies with. Party career and committee membership variables: year in which the MP joined the party for which she/he was elected in this legislative term; highest position within the party; MP changed party affiliation during the legislative term; date of change; full name and party acronym of the new party joined, CMP code of the new party and Pathways identifier for party; (corresponding coding if the MP changed party affiliation during the legislative term a second time); ever a local councilor or mayor prior to, or while, being elected an MP this legislative term; total number of years in the local council as a mayor and/or councilor; ever a member of the regional parliament prior to being elected a national MP this legislative term; number of years in the regional parliament prior to this legislature; ever a member of the European Parliament prior to being elected a regional/national MP this legislative term; number of years as a member of the European Parliament; MP served as a national cabinet minister during this legislative term; number of months the MP served as national cabinet minister; MP simultaneously served as a regional cabinet minister/councilor; number of months; MP has previously served as a national cabinet minister; number of months; MP has previously served as a regional cabinet minister; number of months; previous party membership; full name and acronym of previous party, party code according to the CMP dataset, Pathways identifier for the previous party; number of years of formal affiliation to the previous party; year in which the MP joined a political party for the first time; membership in committees ; total number of parliamentary committees in which the MPs was a member during this legislative term; name of the committee joined for the longest period in this term; role or position in committee 1 and 2; total number of months as a member of committee during this legislative term; member of this committee during a prior legislative term; type of committee; relevance of committee; immigration related committee; names of all other committees that the MP joined during legislative term; membership of any all-party group (APG), friendship group or issue group mentioned in the personal (parliamentary) website; MP has served during this term as Chair, Speaker, President of the Chamber, as Deputy Chair, Deputy Speaker, Deputy President of the Chamber, as a member of the political administration/management team of the Chamber, as a member of the parliamentary party leadership group. Additionally coded was: other observations; MP, MPs mother and father expelled; name and surname Greek; titular MP; membership and time in government.Ziel des Projektes ist es, Daten zur Verfügung zu stellen, die erforderlich sind, um die deskriptive Vertretung der Bürger mit Migrationshintergrund (CIOs) zu erforschen. Das Hauptziel ist es, einen Überblick über das soziale und politische Profil von Abgeordneten zu geben, mit besonderem Fokus auf der Identifizierung von Abgeordneten mit Migrationshintergrund. Zusätzlich zu dem unten beschriebenen Datensatz auf nationaler Ebene steht ein entsprechender regionaler Datensatz zur Verfügung. Identifikationsvariablen: Politische Ebene (regional, national); Land-ID (NUTS); Name der Region; Region-ID (NUTS); Datum der entsprechenden Wahl; vollständiger Name des Wahlbezirks, in dem gewählt wurde; Niveau der Wahlstufe (Bezirk / Wahlkreis); Kennung für Wahlbezirke 1 bis 3 auf nationaler Ebene; Anzahl der Legislaturperioden im Land, wie vom Parlament selbst aufgezeichnet; Datum von Beginn und Ende der Legislaturperiode; Vorname, erster (zweiter) Nachname des MP; MP-ID; nationaler Abgeordneter ist gleichzeitig auch regionaler Abgeordneter; welcher regionale Abgeordnete. Sozio-demographische Variablen: Geschlecht des MP; Geburtsjahr des MP; höchstes Bildungsniveau (ISCED 1997); letzter Beruf / Beruf des Abgeordneten, bevor er jemals Abgeordneter wurde (ISCO 2008); Branche des Berufs zum Zeitpunkt der ersten Wahl; derzeitige Berufstätigkeit / Beruf des Abgeordneten (ISCO 2008); Branche des derzeitigen Berufs. Variablen mit Bezug auf die Wahl und parlamentarische Amtszeit: Häufigkeit der Wahl des Abgeordneten in das Parlament zuvor in diesem Bezirk; Art des Wahlbezirks; Anzahl der Zeiten, in denen der Abgeordnete zuvor in diesem Wahlbezirk zum Parlament gewählt wurde; Anfänger; Häufigkeit der Wahl des Abgeordneten zum Parlament; Häufigkeit der Annahme des Sitzes im Parlament nachdem der Abgeordnete gewählt wurde; Jahr, in dem der Abgeordnete zum ersten Mal in das nationale / regionale Parlament gewählt wurde; Gesamtzahl der Jahre als Abgeordneter im nationalen / regionalen Parlament vor dieser Legislaturperiode; Zeitpunkt, wann der Abgeordnete zum letzten Mal vor dieser Legislaturperiode gewählt wurde (Kontinuität); MP wurde mit dem Amtsantritt in die Kammer gewählt; keine Unterbrechungen zwischen der Aufnahme des Sitzes bis zum Ende der Legislaturperiode; Anzahl der Monate, die der Abgeordnete im Amt war (falls keine Legislaturperiode); Rückkehr des MP, um einen verlorenen Sitz zurückzuerobern; Position auf der Parteiliste; Rangposition, in der der Abgeordnete im Bezirk gewählt wurde; doppelte Kandidatur; MP gewann den Sitz als Amtsinhaber oder als Kandidat; parlamentarische Gruppe der Partei zu Beginn und am Ende der Amtszeit; vollständiger Name und Akronym der Partei oder Liste; Partei-Code nach CMP- Datensatz (Comparative Manifesto Project); Partei-ID. Variablen zur Herkunft als Einwanderer (entsprechende Kodierung für Mutter und Vater des Abgeordneten): MP ist im Land des Parlaments geboren; Land (ISO 3166-1), Weltregion (UN-Klassifikation für ´Zusammensetzung der makrogeographischen Regionen´) und Länderregion (NUTS), in der der Abgeordnete geboren wurde; Datenquellen für Geburtsland (z. B. offizielle parlamentarische Quelle, persönliche Blogs usw.); spezifische Quellen für Geburtsland; Zuverlässigkeit der Daten über das Geburtsland des Abgeordneten (wie vom Codierer beurteilt); Jahr der Einwanderung; geboren als Staatsbürger des Landes des Parlaments; Land der Nationalität bei der Geburt; Datenquellen für das Land der Staatsangehörigkeit bei der Geburt; spezifische Quellen für das Land der Staatsbürgerschaft bei der Geburt; Zuverlässigkeit der Daten über die Staatsbürgerschaft bei der Geburt; Jahr der Einbürgerung; Datenquellen für das Jahr der Einbürgerung; spezifische Quellen für das Datum der Einbürgerung; Zuverlässigkeit der Daten zur Einbürgerung. Variablen im Hinblick auf Aspekte im Zusammenhang mit möglicher Diskriminierung: MP ist Muttersprachler einer offiziellen Landessprache und Datenquellen; spezifische Quellen für die Muttersprache des MP; MP kann von Wählern als Mitglied einer ´identifizierbaren´ Minderheit wahrgenommen werden; Quelle für das gefundene Foto; spezifische Quellen für das Foto des MP; Selbstidentifikation des MP als Mitglied einer ethnischen Minderheit; Ethnizität; Quellen und spezifische Quellen für Informationen über die ethnische Selbstidentifikation des MP; Selbstidentifikation als Mitglied einer bestimmten Religion; Religion, mit der MP sich identifiziert. Variablen zur Parteikarriere und Mitgliedschaft in Ausschüssen: Jahr des Beitritts in die Partei, für die der Abgeordnete in dieser Legislaturperiode gewählt wurde; höchste Position innerhalb der Partei; MP wechselte die Parteizugehörigkeit während der Legislaturperiode; Datum des Wechsels; vollständiger Name und Akronym der neuen Partei, CMP-Code der neuen Partei und Pathways-ID für diese Partei; (entsprechende Kodierung, wenn MP die Parteizugehörigkeit während der Legislaturperiode ein zweites Mal wechselte); jemals Gemeinderat oder Bürgermeister vor oder während der Wahl zum Abgeordneten in dieser Legislaturperiode; Gesamtzahl der Jahre im Gemeinderat als Bürgermeister und / oder Ratsmitglied; jemals Mitglied des regionalen Parlaments vor der Wahl zum nationalen Abgeordneten in dieser Legislaturperiode; Anzahl der Jahre im Regionalparlament vor dieser Legislaturperiode; jemals ein Mitglied des Europäischen Parlaments vor der Wahl zum regionalen / nationalen Abgeordneten in dieser Legislaturperiode; Anzahl der Jahre als Mitglied des Europäischen Parlaments; Amt als Minister des nationalen Kabinetts während dieser Legislaturperiode; Anzahl der Monate im Amt als Minister des nationalen Kabinetts; gleichzeitiges Amt als Minister des nationalen Kabinetts / Ratsherr; Anzahl der Monate; MP hatte zuvor ein Amt als Minister des nationalen bzw. des regionalen Kabinetts; Anzahl der Monate; vorherige Parteimitgliedschaft; vollständiger Name und Akronym der vorherigen Partei, Partei-Code nach dem CMP-Dataset, Pathways-ID für die vorherige Partei; Anzahl der Jahre der formellen Zugehörigkeit zur vorherigen Partei; Jahr des ersten Parteibeitritts; Mitgliedschaft in Ausschüssen; Gesamtzahl der parlamentarischen Ausschüsse, in denen die Abgeordneten während dieser Legislaturperiode Mitglied war; Name des Ausschusses, in dem der MP am längsten tätig war; Rolle oder Position im Ausschuss 1 und 2; Gesamtzahl der Monate als Mitglied des Ausschusses während dieser Legislaturperiode; Mitglied dieses Ausschusses während einer früheren Legislaturperiode; Art des Ausschusses; Relevanz des Ausschusses; Fokussierung des Ausschusses auf das Thema Einwanderung; Namen aller anderen Ausschüsse, den der Abgeordnete während der Legislaturperiode beigetreten ist; Mitgliedschaft in einer All-Parteien-Gruppe (APG), Freundschaftsgruppe oder Themengruppe, die in der persönlichen (parlamentarischen) Website erwähnt wird; Tätigkeit des MP während dieser Amtszeit als Vorsitzender, Sprecher, Präsident der Kammer, als stellvertretender Vorsitzender, stellvertretender Sprecher, stellvertretender Präsident der Kammer, als Mitglied des politischen Verwaltungs- / Managementteams der Kammer, als Mitglied der parlamentarischen Führungsgruppe der Partei. Zusätzlich verkodet wurde: andere Beobachtungen; MP bzw. dessen Mutter und Vater sind Ausgewiesene; Name und Nachname Griechisch; Titular MP; Regierungsmitglied und Zeit in der Regierung