Faisabilité biologique de la production de larves d'huîtres creuses Crassostrea gigas à partir d'eau de mer du site de Leucate. Convention de recherche Ifremer/Région Languedoc-Roussillon - Rapport final.

Afin de vérifier sur un site régional la présence d'une qualité d'eau de mer permettant la réalisation d'élevages larvaires d'huîtres creuses Crassostrea gigas (et/ou d'huîtres plates Ostrea edulis) sur une base régulière tout au long de l'année, une série d'élevages comparatifs a été réalisée à la Station IFREMER de Palavas, de mars 1995 à septembre 1995. Le matériel biologique nécessaire à cette comparaison est constitué de larves d'huîtres creuses Crassostrea gigas et en algues unicellulaires provenant de l'éc1oserie commerciale de la SATMAR. Les résultats obtenus démontrent la capacité de l'eau de mer du site étudié sur Leucate à supporter la production de larves d'huîtres creuses compétentes à se métamorphoser et à se fixer. Cette étude s'inscrit dans la démarche de la Région Languedoc-Roussillon et du CEPRALMAR visant à favoriser l'implantation d'une écloserie de production de Mollusques Bivalves sur le littoral méditerranéen

Contrôle de la maturation et du calendrier d’émissions larvaires d’un stock de géniteurs d’huîtres plates Ostrea Edulis méditerranéennes

Depuis 1991, différents aspects de l’élevage de l’huître plate Ostrea edulis ont été étudiés dans le cadre des programmes de Diversification Conchylicole de la Station IFREMER de Palavas. Après avoir abordé successivement le potentiel du captage naturel, la technique du télécaptage, la mise au point d'un parcours d’élevage mixte mer-étang et le cycle de reproduction de cette espèce dans le milieu naturel, les travaux ont porté, en 1994, sur le contrôle de la maturation en captivité et la maîtrise du calendrier des émissions larvaires.Ces travaux se sont déroulés dans le cadre d’un contrat de recherche, établi pour 1994 et 1995, entre IFREMER et la Région LANGUEDOC-ROUSSILLON (CEPRALMAR).Une installation thermorégulée de conditionnement en circuit fermé a permis d’obtenir un décalage retard des émissions larvaires jusqu’en novembre, sans dégradation des caractéristiques biométriques et biochimiques des larves. Les élevages larvaires de validation ont permis de démontrer la viabilité des larves émises tardivement, mais ont mis en évidence la difficulté de maîtriser la technique d’élevage larvaire en s’affranchissant des conditions environnementales

Evaluation of mussels seed survival Mytilus edulis during early period of collection, development of a new tool and method

In France, today, more than 80% of farmed blue mussel seed collection is based on larvae fixation on collector ropes. Mussels are traditionally grown on bouchot, which are rows of wooden poles placed perpendicularly to the shore, stuck in the ground within the gently sloping intertidal strip. Mussels are transferred either as seed attached on collecting ropes or as juveniles placed in net sockings and then wound up around the poles or suspended to longlines, where they will fatten and grow (Garen et al., 2004). In order to optimize seed collection and to limit unwanted biofouling on ropes, mussel growers local organizations identify best timing of seed collector ropes deployment by monitoring the number and size of planktonic mussel larvae from water column. Then, number of mussel seed collected on rope per meter is estimated every two weeks and for 4-5 months to establish initial reference data of « quality collection » according origin site (Centre Régional Expérimentation et Application Aquacole –CREAA-, 2017). In Charente Maritime-Vendée, first shellfish-producing region (Agreste, 2012), monitoring of seed collection with this method over the last ten years showed that more than 50% of mussel seed collected on rope disappeared within May to July. The main deficiency of this method is that these high losses, from seeding to thinning, cannot be clearly attributed to mortalities, stalling, predation, spatial competition…? Here, we present the development of an original tool and method to assess precisely level of survival of mussel seed (1-5mm) collected on rope within the first months after spawning period. Our approach is based on little repeated pieces of rope put in semi-closed conditions witch prevent the loss of animals or empty shells. Our study allowed to assess and compare survival level of seed from three different origins, placed in three stations from Pertuis Charentais (Bay of Biscay). In this region, although adults mussels suffered heavy mortalities (>60%, Normand 2017), average mortality estimated with the present method in seed was around 10% suggesting a less sensitivity of seed and spat to the phenomenon. This work took place in 2016, in the context of massive mortality events of blue mussels in France since 2014, as a part of a specific project (MORBLEU) dedicated to identify the factors favoring the development of massive mortalities in farmed adult mussels

Première évaluation de la diversité des communautés microbiennes planctoniques au cours d'épisodes de mortalité des moules bleues en France : utilisation de l'approche de métabarcoding pour l'analyse de l'ADN environnemental

Since 2014 in France, in Charente maritime and Vendée, farmed and stocks of blue mussels experienced strong mortality events. In this context, the « MORBLEU » research project (DPMA-Ifremer agreement) was initiated to explore potentially aggravating factors, associated or correlated with mortality of mussels. Here, the work is to study biotic factors in mussels environment, looking for describe diversity and evolution of microbial communities (water column) before, during and after mortality events using NGS technology (metabarcoding) for environmental DNA analysis. We present, sampling strategy used from 2015 to 2018, Material & Methods and some preliminary results.  Dans le cadre d’une étude associée aux épisodes de mortalité des moules bleues en France, visant à décrire et comprendre les facteurs qui peuvent favoriser ces mortalités, un panel de paramètres biotiques et abiotiques ont été suivis sur différents sites entre 2015 et 2018. Ce projet a été cofinancé par Ifremer et la DPMA (étude MORBLEU, MORtalité des moules BLEUes). Parmi les facteurs biotiques évalués, une approche basée sur l’ADN environnemental de la colonne d’eau a permis de décrire dans l’espace et dans le temps l’évolution de la dynamique et de la diversité des communautés microbiennes planctoniques, procaryotes et eucaryotes (NGS, metarbarcoding). Nous détaillons la stratégie d’échantillonnage utilisée, les matériels et méthodes mis en œuvre au cours du projet, du prélèvement au séquençage ADNe et quelques résultats préliminaires.  

Does global warming favour the occurrence of recent blue mussel mortality events in France?

We report in this work data of two independent studies carried out in the Pertuis Charentais for which a link might exist? A 30-years local time series study of hydro-climatic variations in water temperature and salinity, which show a significant warming of the water masses in the Marennes Oleron bay (+ 1.5 °C) associated with a significant drop ( > -15%) of freshwater intakes by nearby rivers. In this changing local climate context several major epizootics have appeared, severely affecting farmers and the production of Pacific oysters and mussels, from the first French shellfish-producing department (catching and growing, Agreste, 2012). Following massive mortality event of blue mussels in 2014, a specific study (MORBLEU) is conducted, trying to identify the factors favoring the development of the phenomenon which, furthermore, involves pathogenic bacteria. First analyzes of environmental conditions suggest that there may be a link between: i) the local climate context, ii) a downward trend in phytoplankton diversity indices, iii) imbalances in the dynamics of bacterial community composition. These last two points are concomitant with the recent emergence of spring mortalities of mussels. The hypothesis of this link asks the question of evolution in the interactions between the plankton communities of the water column, mussel microbiota and the emergence of pathogenic microbial flora in bivalve mollusks as underlying the recent shellfish mortality events. Such question  requires performing functional ecology approach with long term monitoring at different scales, involving particularly NGS technology (metabarcoding) for environmental DNA research. Such a study is under way

Réseau national d'observation de la moule bleue Mytilus edulis, MYTILOBS, Campagne 2014-2

Le réseau national Mytilobs est implanté dans les principales régions mytilicoles du littoral atlantique : Normandie, Bretagne Nord, Bretagne Sud, Pays de Loire et Poitou-Charentes. Les sites d’Agon (Ouest Cotentin), du Vivier (baie du Mont Saint-Michel), de Pont Mahé (baie de Vilaine), de l’Aiguillon (pertuis Breton), d’Yves (pertuis d’Antioche) représentent l'élevage sur bouchot du Nord au Sud. Le site Filière (pertuis Breton) représente l’élevage sur corde, en pleine eau. La mise à l’eau des cheptels sur l’ensemble des sites du réseau, en septembre 2013, s’est faite à partir d’un même lot de moules calibrées (23,97 +/- 0,7mm), captées sur corde dans le pertuis Breton. Les prélèvements de la campagne 2014 (septembre 2013-décembre 2014) sont trimestriels. La biométrie et la mortalité sont effectuées à chaque sortie. Cette campagne 2014 a été marquée par des événements climatiques remarquables avec un 3ème rang d’indices NAO+ cumulés depuis 150 ans pour la période automne 2013 - hiver 2014. L’hiver 2014 est également l’hiver le plus excédentaire en précipitations depuis 1954, marqué également par de nombreuses périodes de tempêtes et coups de vent (Météo France). Ces conditions ont favorisé des dessalures, des températures de l’eau élevées et des turbidités importantes pendant l’hiver 2014, à l’échelle de la façade Atlantique - Manche Ouest. Des mortalités massives sont apparues dans le pertuis Breton sur le site Filière. Les hypothèses relatives à l’émergence de ces mortalités se concentrent sur ce point de départ qui représente plus de 4000 tonnes de moules en élevage et où la mortalité a détruit 100% du cheptel. Alors que la baisse de salinité hivernale (25) n’est pas un facteur déclenchant de mortalité sur ce site, une rivière proche, la Sèvre, semble avoir joué le rôle de barrière dynamique au début de la diffusion des mortalités. Les températures supérieures à 10°C en janvier (pendant 20 jours) ont pu favoriser la maturation et la pontes de moules, particulièrement sur le site Filières. Ces observations, en lien avec les conditions climatiques difficiles évoquées ci dessus, conduisent à émettre l’hypothèse d’une fragilité des moules autour de la période de maturation, facilitant d’éventuelles intrusions bactériennes (affaiblissement hémocytaire, MOREST, 2007 cas de l’huître Crassostrea gigas). La diminution de l'intensité des mortalités, entre mars et juin, l'observation d'un captage régulier dans les deux pertuis (source Creaa), le constat de l'absence de mortalités des naissains en élevage jusqu'en décembre 2014 et l’identification d’une bactérie pathogène de type Vibrio splendidus (Travers, 2014) confortent cette hypothèse. Aucun parasite (Martelia), ni virus n’ont été identifiés. Par ailleurs, les pertes importantes de poids sec de chair en hiver, et les croissances en longueur réduites, relèguent l’indice de Walne et Mann sur les bouchots de l'Aiguillon et Yves à des valeurs de 78 et 72, parmi les plus faibles enregistrées dans les pertuis Charentais (Remoula 2000-2010). Contrairement aux sites océaniques du Vivier et d’Agon, ces indices révèlent probablement une "souffrance physiologique" plus importante sur ces sites durant l’hiver 2014. Apparues mi-mars, dans le Nord du pertuis Breton les mortalités ont diffusé vers le Sud où elles persistaient encore dans le pertuis d’Antioche en juin. L’importance des mortalités diminue au fur et à mesure que l’on s’écarte du foyer d’origine Filière du pertuis Breton et que l’on s’éloigne de la période de maturation (mars-juin). Le gradient de mortalité s’étale du Nord : Filière (98%), au Sud : Yves (50%), Boyard (20%). Les mortalités dans les pertuis Charentais sont estimées à 7000 à 9000 tonnes. D’autres mortalités importantes ont eu lieu sur le site d’Agon ; 50% au mois décembre. Cette mortalité, régulière dans le temps a pour origine les bigorneaux perceurs Nucella lapillus. Pour la campagne 2014, le réseau Mytilobs a joué son rôle de sentinelle active. Il a complété et renforcé l’expertise environnementale sur les mortalités massives de moules, engagée en 2014 (Bechemin 2014, Travers 2014). Pour 2015, il doit s’activer comme interface efficace, s’associer et accompagner les programmes de recherche qui se développent pour comprendre ce phénomène de mortalités massives de moules dans les pertuis Charentais et au-delà sur le littoral atlantique

Suivi « hydrologie » et « phytoplancton » des masses d'eau du bassin hydrographique Adour-Garonne sur la période 2009-2014

Ce rapport rend compte des résultats acquis entre 2009 et 2014 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du bassin Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en oeuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physicochimique (oxygène dissous pour les deux types de masses d’eau, azote inorganique dissous pour les masses d’eau côtières et les masses d’eau de transition peu turbides, température et transparence pour les masses d’eau côtières exclusivement) selon des méthodes présentées dans trois documents (Daniel, 2009 a et b ; Daniel et Soudant, 2011), qui sont rapportées dans l’annexe 1 de ce rapport. Sont également incluses dans ce document les données d'évaluation de la qualité des masses d'eau vis-à-vis de l'indicateur « phytoplancton » récemment calculées par Soudant et Lamoureux (Ifremer) sur la base des données contenues dans la base Quadrige pour la période comprise entre le 01/01/2009 et le 31/12/20144. L'explication des modes de calcul de cet indicateur et des différents indices qui président à son élaboration est rapportée en annexe 1

Suivi « hydrologie » et « phytoplancton » des masses d'eau du bassin hydrographique Adour-Garonne en 2008-2013

Ce rapport rend compte des résultats acquis entre 2008 et 2013 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du district Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en œuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physico-chimique (oxygène dissous et nutriments pour les deux types de masses d’eau, température et transparence pour les masses d’eau côtières exclusivement) selon des méthodes présentées dans une annexe de ce rapport. Sont également inclues dans ce document les données d'évaluation de la qualité des masses d'eau vis-à-vis de l'indicateur « phytoplancton » sur la base des données contenues dans la base Quadrige pour la période comprise entre le 01/01/2008 et le 31/12/2013 . L'explication des modes de calcul de cet indicateur et des différents indices qui président à son élaboration est rapportée en annexe

DEPHY-Abeille, un réseau de systèmes de grandes cultures innovants, économes en pesticides et favorables aux abeilles : Co-construction, mise à l’épreuve et évaluation

Dans les agro-systèmes céréaliers la bonne santé des colonies d’abeilles domestiques et la durabilité économique des exploitations apicoles reposent principalement sur la disponibilité en ressources mellifères à proximité des colonies et sur l’absence de contamination dans leur alimentation ou leur environnement. Cette alimentation en nectar et pollen doit être abondante et diversifiée, à la fois à l’échelle du territoire et disponible tout au long de la saison de février à fin octobre. Une contamination extrêmement faible voire nulle de ces ressources limite le risque de l’exposition de ces insectes à des substances toxiques comme certains pesticides. Sous ces conditions, le territoire est en capacité de régénérer son potentiel de pollinisation, un service écosystèmique nécessaire pour assurer une production durable des cultures et un maintien des espaces semi-naturels. Si l’apiculteur peut lui-même intervenir sur son cheptel et ajuster ses pratiques pour atténuer les facteurs de mortalités et d’affaiblissement d’origine apicole, il ne maîtrise pas directement l’entretien des espaces fonciers. Son emprise sur l’environnement reste donc faible. En effet, la configuration des paysages, la répartition des espèces mellifères et le niveau d’exposition aux pesticides sont fortement dépendants des cultures et des pratiques agricoles gérées par les agriculteurs-cultivateurs. Pour tenter de décrire la situation et l’améliorer en faveur des colonies d’abeilles domestiques et plus généralement des insectes pollinisateurs, tout en visant la durabilité des exploitations agricoles, le projet « DEPHY-Abeille » a été lancé dans le cadre du programme de recherche Ecophyto DEPHY EXPE. Nous nous sommes intéressés à la conciliation d’objectifs multiples de production agricole, apicole et de préservation de la biodiversité d’insectes pollinisateurs, selon les principes de durabilité des systèmes. Avec un réseau de 9 exploitants agricoles volontaires, nous avons testé puis évalué deschangements de pratiques au sein de leurs itinéraires techniques. Ceux-ci visaient à favoriser l’expression de la flore adventice messicole des cultures comme ressource alimentaire complémentaire des insectes pollinisateurs dans les parcelles, tout en répondant aux objectifs Ecophyto de baisse de l’indice de fréquence de traitement (IFT) et à assurer une rentabilité économique pour l’exploitant