The trispecific DARPin ensovibep inhibits diverse SARS-CoV-2 variants

The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants with potential resistance to existing drugs emphasizes the need for new therapeutic modalities with broad variant activity. Here we show that ensovibep, a trispecific DARPin (designed ankyrin repeat protein) clinical candidate, can engage the three units of the spike protein trimer of SARS-CoV-2 and inhibit ACE2 binding with high potency, as revealed by cryo-electron microscopy analysis. The cooperative binding together with the complementarity of the three DARPin modules enable ensovibep to inhibit frequent SARS-CoV-2 variants, including Omicron sublineages BA.1 and BA.2. In Roborovski dwarf hamsters infected with SARS-CoV-2, ensovibep reduced fatality similarly to a standard-of-care monoclonal antibody (mAb) cocktail. When used as a single agent in viral passaging experiments in vitro, ensovibep reduced the emergence of escape mutations in a similar fashion to the same mAb cocktail. These results support further clinical evaluation of ensovibep as a broad variant alternative to existing targeted therapies for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)

Un complexe ARN-peptide révèle des mécanismes de co-stabilisation entre ARN et peptide

Une large variété de protéines dont deux protéines du VIH-1 (virus d'immunodéficence humaine de type I) contiennent un domaine riche en arginine, un motif de reconnaissance entre ARN-protein. Ce motif, ne possédant souvent pas de structures tertiaires en absence d'ARN, adopte différentes conformations quand il se fixe sur ce dernier. Notre étude montre que le motif riche en arginine de la protein Tat du virus JDV (virus de la maladie de Jembrana) est capable de reconnaître deux ARNs distincts, l'ARN du VIH-1 et l'ARN du BIV (virus d'immunodeficence bovin), adoptant différentes conformations et utilisant différents acides aminés pour la reconnaissance. De plus, le changement de structure du domaine confère à la proteine Tat de JDV la capacité d'utiliser deux stratégies de fixation, stratégie dépendante ou indépendante de la protéine cycline T1. Nos expériences de mutagénèse montrent que seuls des changements de séquence modérés peuvent être suffisants pour conférer de nouvelles spécificités aux peptides. Nos études structurales du complex JDV Tat-BIV TAR ont permis d'identifier les déterminants responsables de la haute affinité de ce complexe comparée à celle du complexe natif et révèlent de nouveaux mécanismes de co-stabilisation entre peptide et ARN. De plus, deux importants concepts émergent de cette étude: la structure des peptides s'adapte pour contacter l'ARN; réciproquement les peptides et les protéines peuvent moduler la conformation de l'ARN.AIX-MARSEILLE3-BU Sc.St Jérô (130552102) / SudocSudocFranceF