Placenta and adrenal adaptation according to piglet genetic potential for maturity at birth

Placenta and adrenal adaptation according to piglet genetic potential for maturity at birth. 10. International Conference on Pig Reproduction (ICPR

Caractérisation d'une duplication de 71kb au locus ASIP impliquée dans le phénotype beige/fawn du plumage de la caille japonaise

The recent availability of the reference genome of the Japanese quail (March 2016) allows the molecularcharacterization by high-throughput sequencing of causal mutations of phenotypes for which the locusresponsible is known, as for the Fawn phenotype involving the ASIP gene. The reads obtained by paired-endsequencing of two Fawn quails were aligned on the quail reference genome. This alignment was carefullyexamined in the ASIP gene region (quail chromosome 20) and we found a tandem duplication of a region ofabout 71 kb. In this new region, there was a copy of the ASIP gene that was in a normal situation, while thesecond copy was included in an ITCH-ASIP fusion gene. After characterization of different transcripts from theregion, we characterized the transcript of the fusion gene: this transcript contained exon 1 (non-coding) of ITCHand the three coding exons of ASIP. The mutation is already known to cause an excess of ASIP transcripts,measured on the coding region. In addition, quantitative PCR was performed to evaluate the importance ofdifferent transcripts issued from this region. These assays clearly show that it is the excessive transcription of theITCH-ASIP gene into a fusion transcript that leads to the excess of transcripts coding for the ASIP protein.La récente mise à disposition du génome de référence de la caille japonaise (mars 2016) a rendu possible lacaractérisation moléculaire par séquençage haut débit de mutations causales de phénotypes dont le locusimpliqué est connu, comme le phénotype Beige (Fawn) impliquant le gène ASIP. Les lectures appairées obtenuespar séquençage de deux cailles de phénotype Beige ont été alignées sur le génome de référence de la caille. Cetalignement a été examiné attentivement dans la région du gène ASIP (Chromosome 20 de la caille) et uneduplication d’une région de près de 71 kb a été mise en évidence. Dans cette région dupliquée, il y a une copiedu gène ASIP qui est dans une situation normale alors que la seconde copie est incluse dans un gène de fusionITCH-ASIP. Après avoir caractérisé les différents transcrits issus de la région, nous avons caractérisé le transcritdu gène de fusion : ce transcrit contient l’exon 1 (non codant) d’ITCH et les trois exons codants d’ASIP. Lamutation était déjà connue pour entrainer un excès de transcrits ASIP, évalués sur la partie codante, aussi nousavons réalisé des PCR quantitatives pour évaluer l’importance des différents transcrits d’ASIP et du gène defusion. Ces dosages montrent clairement que c’est la transcription excessive du gène ITCH-ASIP en un transcritde fusion qui aboutit à cet excès de transcrits codants pour une protéine ASIP

Recherche de régions génomiques responsables du diabète insipide et de la couleur de la coquille celadon chez la Caille japonaise par RADseq

Japanese quail is a species for which there is no commercial genotyping chip. We tested the RADSeq (Restriction site associated DNA Sequencing) technique for the first time in this species. RADSeq is a technique for genotyping by sequencing a reduced representation of the genome - the same for all individuals - obtained by selecting DNA fragments derived from restriction enzyme digestion of the genome. The sequences obtained are then compared to detect Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) and to analyze the genotype of each individual in these variable positions. This technique has been applied to the study of two phenotypes: "celadon" and "diabetes insipidus". The former is responsible for the shell color called "celadon" (blue-green); the latter, which is present at low frequency in commercial populations, is characterized by polydipsia and polyuria, very marked in females, and by a decrease of hematocrit levels. A family design in which both phenotypes are segregating has been established: 158 F2 females informative for both traits were obtained by crossing quail lines fixed for either phenotype. More than 230,000 SNPs were identified, and 36,000 were used for association analyzes with the traits under study, identifying the "celadon" region on chromosome 16. The "diabetes insipidus" region could not be localized, and additional analyzes are under way.La caille japonaise est une espèce pour laquelle il n'existe pas de puce de génotypage commerciale. Nous avons testé l'utilisation de la technique de RADSeq (Restriction site Associated DNA Sequencing), pour la première fois sur cette espèce. Le RADSeq est une technique de génotypage par séquençage d’une sous-représentation du génome - la même pour tous les individus - obtenue par sélection de fragments d'ADN issus de la digestion du génome par des enzymes de restriction. Les séquences obtenues sont ensuite comparées pour détecter des polymorphismes de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) et analyser le génotype de chaque individu en ces positions variables. Cette technique a été appliquée à l'étude de deux phénotypes : "céladon" et "diabète insipide", dont le caractère mendélien est connu ou soupçonné. Le premier est responsable de la couleur de coquille "céladon" (bleu-vert) ; le second, qui est présent à faible fréquence dans les populations commerciales, se manifeste par une polydipsie et une polyurie très marquées chez les femelles, et par une diminution de l’hématocrite. Un dispositif familial dans lequel ségrègent ces deux phénotypes a été mis en place : 158 femelles F2, informatives pour les deux caractères, ont été obtenues par croisement de lignées fixées pour l’un ou l’autre des phénotypes. Plus de 230 000 SNP ont été identifiés, et 36 244 ont été utilisés pour des analyses d’association avec les caractères étudiés, ce qui a permis d’identifier la région de "céladon" sur le chromosome 16. La région du "diabète insipide" n'a pas pu être localisée, des analyses complémentaires sont en cours