Systemic AA amyloidosis caused by inflammatory hepatocellular adenoma

To the Editor: Amyloid A (AA) systemic amyloidosis is a complication of chronic inflammatory diseases that is caused by the deposition of insoluble aggregates of cleaved N-terminal fragments of serum amyloid A (SAA) protein in tissues and organs throughout the body. Under physiologic conditions, SAA protein is produced by hepatocytes during the acute inflammatory phase in response to various cytokines such as interleukin-6. SAA is also overexpressed by neoplastic hepatocytes in inflammatory hepatocellular adenomas, a specific molecular subtype of benign liver tumors

Life-threatening influenza pneumonitis in a child with inherited IRF9 deficiency

Life-threatening pulmonary influenza can be caused by inborn errors of type I and III IFN immunity. We report a 5-yr-old child with severe pulmonary influenza at 2 yr. She is homozygous for a loss-of-function IRF9 allele. Her cells activate gamma-activated factor (GAF) STAT1 homodimers but not IFN-stimulated gene factor 3 (ISGF3) trimers (STAT1/STAT2/IRF9) in response to IFN-α2b. The transcriptome induced by IFN-α2b in the patient's cells is much narrower than that of control cells; however, induction of a subset of IFN-stimulated gene transcripts remains detectable. In vitro, the patient's cells do not control three respiratory viruses, influenza A virus (IAV), parainfluenza virus (PIV), and respiratory syncytial virus (RSV). These phenotypes are rescued by wild-type IRF9, whereas silencing IRF9 expression in control cells increases viral replication. However, the child has controlled various common viruses in vivo, including respiratory viruses other than IAV. Our findings show that human IRF9- and ISGF3-dependent type I and III IFN responsive pathways are essential for controlling IAV

Le Roman des Morand : publier avec Omeka et TEI-Display

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Le Roman des Morand : publier avec Omeka et TEI-Display

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Le Roman des Morand : usages et évolutions d’une archive en ligne

International audienceAnne Verjus, Carole Boulai et Samantha Saïdi présentent la collaboration chercheure/ingénieures mise en place pour l’édition numérique "Le Roman des Morand" (http://morand.ens-lyon.fr). Il s’agit de la correspondance conjugale et familiale d’un couple lyonnais ayant vécu sous la Révolution française et sous l’Empire : Antoine et Magdeleine Morand de Jouffrey. Cette correspondance fait partie du fonds Morand (ensemble de manuscrits, de correspondances, de dossiers familiaux, d’estampes, ...) conservé par les Archives Municipales de Lyon. Elle fait l’objet d’une première vague de numérisation et d’une mise en ligne au printemps 2013. Les lettres sont transcrites dans un langage de balisage interopérable pour l’édition de corpus textuels : la TEI (Text Encoding Initiative, en XML). Après une série de transformations (xslt, xquery), les lettres sont ensuite éditées en ligne, grâce au logiciel Omeka. En regard des transcriptions se trouvent les facs-similés photographiés selon un protocole de numérisation prédéfini. L’ensemble du corpus est enrichi de notices biographiques et historiques ainsi que d’une centaine de "tags". Il est interrogeable en plein-texte ou grâce à des index de personnes (expéditeurs, destinataires), localisations géographiques, dates. Presque deux cents patronymes ont été identifiés, dont une vingtaine sont l’objet d’une notice biographique. Cette collaboration chercheure/ingénieures est interrogée à la lumière des recherches scientifiques rendues possibles par la numérisation du corpus : comment développer un langage passerelle entre histoire et informatique ? quel investissement technologique pour le chercheur ? Pour quel gain ? Quels nouveaux regards cela engage-t-il sur l’objet de recherche, le matériau, les questionnements, etc.

La vente HLM, une opportunité pour les ménages bailleurs ?

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Le Roman des Morand : usages et évolutions d’une archive en ligne

International audienceAnne Verjus, Carole Boulai et Samantha Saïdi présentent la collaboration chercheure/ingénieures mise en place pour l’édition numérique "Le Roman des Morand" (http://morand.ens-lyon.fr). Il s’agit de la correspondance conjugale et familiale d’un couple lyonnais ayant vécu sous la Révolution française et sous l’Empire : Antoine et Magdeleine Morand de Jouffrey. Cette correspondance fait partie du fonds Morand (ensemble de manuscrits, de correspondances, de dossiers familiaux, d’estampes, ...) conservé par les Archives Municipales de Lyon. Elle fait l’objet d’une première vague de numérisation et d’une mise en ligne au printemps 2013. Les lettres sont transcrites dans un langage de balisage interopérable pour l’édition de corpus textuels : la TEI (Text Encoding Initiative, en XML). Après une série de transformations (xslt, xquery), les lettres sont ensuite éditées en ligne, grâce au logiciel Omeka. En regard des transcriptions se trouvent les facs-similés photographiés selon un protocole de numérisation prédéfini. L’ensemble du corpus est enrichi de notices biographiques et historiques ainsi que d’une centaine de "tags". Il est interrogeable en plein-texte ou grâce à des index de personnes (expéditeurs, destinataires), localisations géographiques, dates. Presque deux cents patronymes ont été identifiés, dont une vingtaine sont l’objet d’une notice biographique. Cette collaboration chercheure/ingénieures est interrogée à la lumière des recherches scientifiques rendues possibles par la numérisation du corpus : comment développer un langage passerelle entre histoire et informatique ? quel investissement technologique pour le chercheur ? Pour quel gain ? Quels nouveaux regards cela engage-t-il sur l’objet de recherche, le matériau, les questionnements, etc.

Targeted next-generation sequencing identifies clinically relevant somatic mutations in a large cohort of inflammatory breast cancer

Abstract Background Inflammatory breast cancer (IBC) is the most aggressive form of primary breast cancer. Using a custom-made breast cancer gene sequencing panel, we investigated somatic mutations in IBC to better understand the genomic differences compared with non-IBC and to consider new targeted therapy in IBC patients. Methods Targeted next-generation sequencing (NGS) of 91 candidate breast cancer-associated genes was performed on 156 fresh-frozen breast tumor tissues from IBC patients. Mutational profiles from 197 primary breast tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) were used as non-IBC controls for comparison analysis. The mutational landscape of IBC was correlated with clinicopathological data and outcomes. Results After genotype calling and algorithmic annotations, we identified 392 deleterious variants in IBC and 320 variants in non-IBC cohorts, respectively. IBC tumors harbored more mutations than non-IBC (2.5 per sample vs. 1.6 per sample, p < 0.0001). Eighteen mutated genes were significantly different between the two cohorts, namely TP53, CDH1, NOTCH2, MYH9, BRCA2, ERBB4, POLE, FGFR3, ROS1, NOTCH4, LAMA2, EGFR, BRCA1, TP53BP1, ESR1, THBS1, CASP8, and NOTCH1. In IBC, the most frequently mutated genes were TP53 (43.0%), PIK3CA (29.5%), MYH9 (8.3%), NOTCH2 (8.3%), BRCA2 (7.7%), ERBB4 (7.1%), FGFR3 (6.4%), POLE (6.4%), LAMA2 (5.8%), ARID1A (5.1%), NOTCH4 (5.1%), and ROS1 (5.1%). After grouping 91 genes on 10 signaling pathways, we found that the DNA repair pathway for the triple-negative breast cancer (TNBC) subgroup, the RTK/RAS/MAPK and cell cycle pathways for the HR–/HER2+ subgroup, the DNA repair, RTK/RAS/MAPK, and NOTCH pathways for the HR+/HER2– subgroup, and the DNA repair, epigenome, and diverse pathways for the HR+/HER2+ subgroup were all significantly differently altered between IBC and non-IBC. PIK3CA mutation was independently associated with worse metastasis-free survival (MFS) in IBC since the median MFS for the PIK3CA mutant type was 26.0 months and for the PIK3CA wild type was 101.1 months (p = 0.002). This association was observed in TNBC (p = 0.04) and the HR–/HER2+ subgroups (p = 0.0003), but not in the HR+/HER2– subgroup of IBC. Conclusions Breast cancer-specific targeted NGS uncovered a high frequency of deleterious somatic mutations in IBC, some of which may be relevant for clinical management

Projet « TREMOR ». Programme « Au fil de l’eau ».

Le projet TREMOR est un des projets de l’appel d’offre AMI Au fil de l’eau lancé par le Cresica. Il (2018-2020) a pour objectif de mieux comprendre l’origine, les sources et les puits de la MOD identifiée dans les rivières et d’évaluer l’influence de la matière organique dissoute sur la dissémination et la toxicité des élèments traces métalliques au sein du littoral à l’aval des sites miniers.

Systemic AA Amyloidosis Caused by Inflammatory Hepatocellular Adenoma

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