TRY plant trait database – enhanced coverage and open access

Plant traits—the morphological, anatomical, physiological, biochemical and phenological characteristics of plants—determine how plants respond to environmental factors, affect other trophic levels, and influence ecosystem properties and their benefits and detriments to people. Plant trait data thus represent the basis for a vast area of research spanning from evolutionary biology, community and functional ecology, to biodiversity conservation, ecosystem and landscape management, restoration, biogeography and earth system modelling. Since its foundation in 2007, the TRY database of plant traits has grown continuously. It now provides unprecedented data coverage under an open access data policy and is the main plant trait database used by the research community worldwide. Increasingly, the TRY database also supports new frontiers of trait‐based plant research, including the identification of data gaps and the subsequent mobilization or measurement of new data. To support this development, in this article we evaluate the extent of the trait data compiled in TRY and analyse emerging patterns of data coverage and representativeness. Best species coverage is achieved for categorical traits—almost complete coverage for ‘plant growth form’. However, most traits relevant for ecology and vegetation modelling are characterized by continuous intraspecific variation and trait–environmental relationships. These traits have to be measured on individual plants in their respective environment. Despite unprecedented data coverage, we observe a humbling lack of completeness and representativeness of these continuous traits in many aspects. We, therefore, conclude that reducing data gaps and biases in the TRY database remains a key challenge and requires a coordinated approach to data mobilization and trait measurements. This can only be achieved in collaboration with other initiatives

Готовы ли врачи первичного звена соблюдать протоколы диагностики и лечения заболеваний, ассоциированных с Helicobacter pylori: результаты опроса 2020–2021 годов

Objective: To assess compliance of physicians with diagnostic and management guidelines for H. pylori-associated diseases with a question-naire-based survey.Materials and methods: We conducted an anonymous voluntary online survey of 775 physicians of the following specialties: internal medicine 459 (59.2%), gastroenterology 279 (36%), and endoscopy 34 (4.4%). The respondents expressed their level of agreement with the questionnaire items as follows: 0 – I do not know, 1 – disagree, 2 – partially agree, and 3 – fully agree.Results: 613 (79.4%) of the physicians fully agreed to diagnose and treat H. pylori in patients with chronic atrophic gastritis, 602 (78.0%) in the 1 st degree relatives of gastric cancer patients, 525 (68.0%) in patients with chronic superficial gastritis, 423 (54.8%) in peptic ulcer at remission, and 336 (43.4%) in those with dyspepsia syndrome. The physicians were equally compliant with eradication therapy in the patients, for whom long term use of proton pump inhibitors (PPI) or non-steroid anti-inflammatory drugs (NSAID) is being planned (386 (50.0%) and 397 (51.4%), respectively). Internists were less compliant with diagnosis and management of H. pylori in patients taking both PPI (χ2 = 66.525, p = 0.004) and NSAID (χ2 = 103.354, p = 0.003). Among the primary diagnostic tools for H. pylori the physicians preferred 13/14С-urease breath test (545 physicians, or 70.6%) and gastric bioptate morphology (574, or 74.4%), and among the control diagnostic methods they chose fаeces analyses (enzyme-linked immunosorbent assay and polymerase chain reaction). The respondents considered bismuth-enhanced standard triple therapy with clarithromycin to be the most effective regimen for the 1 st line eradication therapy (606, 78.5%). To increase the efficacy of eradication therapy, the physicians were more prone to administer esomeprazole or rabeprazole (70.6%), bismuth-based agents (79.4%), than to use rebamipid (35%), probiotics (44.9%) and/or to double PPI doses (44.2%). The respondents expressed their concerns with low patient compliance to treatment (59.4%) and limited diagnostic capabilities (49.4%).Conclusion: Physician's compliance with the guidelines on diagnosis and management of H. pylori-associated diseases is adequate and might depend on both their awareness and availability of the proposed diagnostic and therapeutic methods.Цель – оценка комплаентности врачей первичного звена в отношении выполнения рекомендаций по диагностике и лечению Helicobacter pylori-ассоциированных заболеваний на основании проведенного анкетирования.Материал и методы. Проведено анонимное добровольное онлайн-анкетирование 775 врачей: 459 (59,2%) врачей по специальности «терапия», 279 (36%) – «гастроэнтерология», 34 (4,4%) – «эндоскопия». Уровень согласия респонденты выражали в баллах: «0» – не знаю, «1» – не согласен, «2» – согласен не полностью и «3» – полностью согласен.Результаты. Полностью согласными диагностировать и лечить H. pylori у больных хроническим атрофическим гастритом были 613 (79,4%) врачей, у родственников 1-й линии родства больных раком желудка – 602 (78,0%), у пациентов с хроническим поверхностным гастритом – 525 (68,0%), у больных язвенной болезнью в период ремиссии – 423 (54,8%), при синдроме диспепсии – 336 (43,4%). В равной степени врачи были привержены к эрадикационной терапии у пациентов, которым планируется длительный прием ингибиторов протонной помпы (ИПП) или нестероидных противовоспалительных препаратов (НПВП) – 386 (50,0%) и 397 (51,4%) соответственно. Терапевты выражали меньшую приверженность к лечению и диагностике H. pylori при приеме как ИПП (χ2 = 66,525, p = 0,004), так и НПВП (χ2 = 103,354, p = 0,003). Среди методов первичной диагностики H. pylori врачи предпочитали использовать 13/14С-уреазный дыхательный тест (545 (70,6%) врачей) и морфологическое исследование гастробиоптата (574 (74,4%)), а в качестве контрольных – анализы кала (иммуноферментный анализ и полимеразная цепная реакция). Наиболее эффективной схемой эрадикационной терапии первой линии респонденты считали стандартную тройную терапию с кларитромицином, усиленную висмутом (606 (78,5%)). В качестве способов достижения большей эффективности эрадикационной терапии врачи чаще были готовы использовать в схемах эрадикации эзомепразол или рабепразол (70,6%), добавлять препараты висмута (79,4%), чем применять в схеме эрадикации ребамипид (35%), пробиотики (44,9%) и/или удваивать дозу ИПП (44,2%). Респонденты продемонстрировали обеспокоенность низкой приверженностью пациентов к лечению (59,4%) и ограниченностью диагностических возможностей (49,4%).Заключение. Комплаентность в отношении соблюдения рекомендаций по диагностике и лечению H. pylori-ассоциированных заболеваний достаточна и может зависеть как от осведомленности врачей, так и от доступности предлагаемых диагностических и лечебных методов

Эпидемиология Helicobacter pylori: клинико-лабораторные параллели

The article presents the results of a study of the prevalence of Helicobacter pylori using a 13 С -urease breath test. The relevance is due to the lack of relevant data on the prevalence of H. pylori in Russia associated with the risk of developing peptic ulcer and stomach cancer. Material and methods. The study involved 286 adults (57 men, 229 women) who had not previously received eradication therapy. A 13С -urease breath test with the HELICARB test kit was performed. The anamnesis and clinical data were evaluated. Results. H. pylori was detected in 53% of the examined: 52.6% of men, 57.6% of women. The proportion of infected with HP increased with age: from 44.1% in people 18-24 years old to 66.6% in people over 60 years old. Symptoms of dyspepsia did not correlate with the presence of infection.В статье представлены результаты исследования распространенности Helicobacter pylori с использованием 13С-уреазного дыхательного теста. Актуальность обусловлена недостатком данных о распространенности в России инфекции H. pylori, ассоциированной с риском развития язвенной болезни и рака желудка. Материал и методы. Обследовано 286 взрослых (57 мужчин, 229 женщин), ранее не получавших эрадикационную терапию. Выполнен 13С-уреазный дыхательный тест с тест-набором «ХЕЛИКАРБ». Проведена оценка анамнеза и клинических проявлений. Результаты. H. pylori выявлен у 53% обследованных - 52,6% мужчин, 57,6% женщин. Доля инфицированных H. pylori увеличивалась с возрастом: с 44,1% у лиц 18-24 лет до 66,6% у лиц старше 60 лет. Симптомы диспепсии не коррелировали с наличием инфекции

Хронический панкреатит как фактор риска рака поджелудочной железы (описание клинического случая)

The differential diagnosis between chronic pancreatitis   (CP) and  pancreatic   cancer  (PC) is a challenging  issue in the clinical practice, taking into account common  risk factors shared by these disorders   (smoking,  obesity,  diabetes   mellitus and insulin resistance), as well as a high risk of PC development  against  the  underlying  CP of 2 to 3 years' duration; this risk would  be  manifold  in hereditary CP. The article presents a clinical case of PC in a 60-year old man at three years after he had been  diagnosed with CP. The disease manifested from an acute  episode  of pancreatitis, which was treated in a hospital. Two years later, the  patient suffered from acute destructive pancreatitis complicated  by portal vein thrombosis and formation   of  pseudocysts.  Subsequently,  there was  a  rupture   of  the   post-necrotic  cyst  with leakage  into the  abdominal  cavity; this required surgical intervention. The differential diagnosis between CP and PC was done  at all steps  of the diagnostic work-up and treatment. However, afterthe inflammation  resolved, there  was a period of apparent well-being,  during  which  the  patient developed PC. This clinical case is intended to draw attention of clinicians, while making  differential diagnosis, to the detailed past history assessment, use of multiaxial computed tomography with intravenous      bolus      contrast      enhancement, and endoscopic  ultrasound examination  with elastography. In difficult cases, regular follow-up of at least every three months would be necessary.Дифференциальная  диагностика  хронического панкреатита (ХП) и рака поджелудочной железы (РПЖ) – острая проблема  клинической практики, учитывая общность факторов  риска развития  этих заболеваний   (курение,  ожирение, сахарный диабет и инсулинорезистентность), а также высокую вероятность  возникновения  РПЖ на фоне ХП давностью 2–3 года, многократно возрастающую в случае генетически обусловленного ХП. В статье приведен клинический пример развития РПЖ у мужчины 60 лет спустя 3 года от начала проявлений  ХП. Заболевание  дебютировало  с эпизода  острого панкреатита, который был купирован в стационаре. Через 2 года развился острый деструктивный панкреатит, осложнившийся тромбозом воротной   вены,  формированием  псевдокист. В дальнейшем произошел разрыв постнекротической   кисты  с  истечением   содержимого в брюшную полость, проведено хирургическое лечение. Дифференциальная диагностика между ХП и РПЖ проводилась на всех этапах обследования и лечения. Однако после купирования процессов  воспаления  наступил период  мнимого благополучия, на фоне которого развился РПЖ. Приведенное клиническое наблюдение призвано  акцентировать  внимание врачей при проведении  дифференциальной  диагностики на важности тщательного  сбора  анамнеза, использования  мультиспиральной  компьютерной томографии с внутривенным болюсным контрастированием и эндоскопической  ультрасонографии   с эластографией,  а  в трудных случаях – на необходимости динамического контроля не реже 1 раза в 3 месяца

H. pylori как фактор риска рака желудка: доказательная база и стратегия первичной профилактики

Russia is a country with a high prevalence of Helicobacter pylori (HP) infection, a high incidence of gastric cancer, and its late diagnosis. HР infection has been recognized as the leading manageable risk factor for gastric cancer. Accurate diagnostic tests must be used to identify and control the effectiveness of HP eradication, and effective schemes must be implemented for HP eradication. The aim of this article was to analyze the latest consensus documents, systematic reviews and meta-analyzes that reflected the role of HP as a risk factor for the development of gastric cancer, as well as measures for the risk reduction. We describe in detail the diagnostic methods for HP infection, provide data on their use in the Russian Federation, and analyze the efficacy of eradication regimens. In all HPinfected individuals, HP leads to chronic inflammation in the gastric mucosa and launches a precancerous cascade (Correa's cascade). The risk of gastric cancer increases with severe atrophy, intestinal metaplasia and dysplasia. Primary prevention of gastric cancer is most effective if the eradication is performed before atrophic gastritis develops. The available consensus documents underline the importance of HP infection identification by accurate diagnostics at this stage of chronic gastritis. In Russia, the primary HP diagnosis is based on histology (37.7%), rapid urease test (29.2%), and serology (29.7%). HP stool antigen test (31.3%), 13C-urea breath test (23.4%) and the histological method (23.3%) are most often used to control eradication. Currently, the first line of eradication therapy is recommended as triple therapy with clarithromycin prescribed for 14 days. It is recommended to use double dose of proton pump inhibitors and bismuth to increase the effectiveness of this scheme. A 14-days triple regimen enhanced by bismuth has been recommended as the first-line therapy in the Russian Federation.Россия относится к странам с высокой распространенностью инфекции Helicobacter pylori (HP), высокой заболеваемостью раком желудка и поздней его диагностикой. Ведущим устранимым фактором риска рака желудка признана инфекция HP, что определяет необходимость использования точных диагностических тестов для выявления и контроля эффективности эрадикации HP и применения эффективных схем лечения. В этой связи нашей целью был анализ последних согласительных документов, систематических обзоров и данных метаанализов, в которых отражена роль HP как фактора риска развития рака желудка, меры по снижению этого риска. В статье подробно рассмотрены возможности методов диагностики инфекции HP, приведены данные по их использованию в Российской Федерации и проанализирована эффективность схем эрадикации. Отмечено, что HP у всех инфицированных вызывает хроническое воспаление в слизистой оболочке желудка и запускает каскад предраковых изменений (каскад Корреа). По мере развития атрофии, кишечной метаплазии и дисплазии повышается риск развития рака желудка. Наиболее эффективна первичная профилактика рака желудка при проведении эрадикации до развития атрофического гастрита. В консенсусах подчеркивается важность выявления инфекции HP на этой стадии хронического гастрита с использованием точных методов диагностики. В России для первичной диагностики HР применяются гистологический метод (37,7%), быстрый уреазный (29,2%) и серологический тесты (29,7%), для контроля эрадикации наиболее часто используют выявление антигена в стуле (31,3%), 13С-уреазный дыхательный тест (23,4%) и гистологический метод (23,3%). В качестве схемы первой линии в России рекомендована тройная терапия продолжительностью 14 дней, усиленная добавлением  препаратов висмута

Спорные вопросы Российского консенсуса по диагностике и лечению хронического панкреатита

The most controversial provisions of the Russian Consensus on Diagnosis and Treatment of Chronic Pancreatitis (hereinafter, the Consensus) are presented. The debate has been initiated by the Russian Pancreatic Club and performed with the use of the Delphi system, based on interdisciplinary approach with participation of leading gastroenterologists, surgeons and pediatricians. This paper is the first in the series of the Consensus-related publications. Here we discuss the most controversial issues of Chapter 5 "Treatment of acute episodes" and Chapter 8 "Strategies of pain syndrome management". While discussing the conventional recommendation of a period of starvation for patients with clinical symptom of exacerbation of chronic pancreatitis, it was noted that for a long time it had been virtually the only way to provide functional rest for the pancreas. However, patients with chronic pancreatitis are frequently in malnutrition, therefore, starving may aggravate nutritional deficit that significantly affects the prognosis; therefore, early nutritional support is indicated. To alleviate functional strain of the pancreas, it is reasonable to use enteral nutrition elemental and semi-elemental formulas. The transition from formulas to conventional nutrition should be accompanied by administration of adequate pancreatin doses. The role of pancreatic enzymes, spasmolytics and proton pump inhibitors in the management of pain syndrome was also controversial.Представлен ряд наиболее дискуссионных положений Российского консенсуса по диагностике  и лечению  хронического  панкреатита (далее – Консенсус). Обсуждение проведено по инициативе Российского панкреатологического клуба по Дельфийской системе. Междисциплинарный подход обеспечен  участием  ведущих гастроэнтерологов, хирургов и педиатров. Данная статья открывает серию публикаций по вопросам  Консенсуса. Представлены наиболее спорные положения Главы  5 «Лечение  острых  периодов»  и Главы 8 «Тактика при болевом синдроме». При обсуждении  традиционной  рекомендации о соблюдении голода при появлении  клинических симптомов обострения  хронического панкреатита отмечено, что ранее это было практически единственным методом обеспечения физиологического покоя поджелудочной железы. Однако  больные   хроническим   панкреатитом часто подвержены  мальнутриции, поэтому при голодании  возможно  усугубление трофологической  недостаточности,   значимо   влияющей на прогноз. Следовательно, показана ранняя нутритивная  поддержка. В  целях уменьшения секреторного напряжения поджелудочной железы целесообразно использование смесей для энтерального  питания  (элементные  и полуэлементные смеси). Переход со смесей на традиционное  питание должен сопровождаться назначением  адекватных  доз  панкреатина. Дискуссионными оказались  положения  о роли панкреатических    ферментов,   спазмолитиков и ингибиторов  протонной  помпы в купировании болевого синдрома