Türk Toplumunda İlk Hemoglobin Kansas [?102(G4)Asn?Thr, AAC>ACC] Gözlemi]

[No Abstract Available

İnsan Yumurtalık Kanseri Hücre Soylarında CIP2A Onkogeni Mutasyonlarının Taranması

CIP2A geni son dönemde tanımlanmış bir insan proto-onkogenidir. CIP2A proteininin birçok farklı tipte insan kanser dokusunda ve kanser hücre hatlarında ifadesinin arttığı tespit edilmiştir. Ancak bu artışın temelinde yatan moleküler mekanizmalar henüz aydınlatılamamıştır. CIP2A genindeki promotor ve gen içi genomik değişimlerin bu artışın temelindeki rolü araştırılmamıştır. Projemizde, farklı düzeyde CIP2A proteini ifadesine sahip olan, 10 farklı insan yumurtalık kanseri hücre soyunda, CIP2A onkogeni mutasyonlarının DNA dizi analizi yöntemiyle taranması planlanmıştır. Bu amaçla, öncelikle elimizde mevcut olan 10 farklı insan yumurtalık kanseri hücre soyuna ait genomik DNA üzerinden CIP2A geni 12 bölgeye ayrılarak özgün primerlerle çoğaltıldı. PCR ürünleri, agaroz jel elektroforezi ile kontrol edilmelerini takiben, DNA dizileme işlemleri için Namık Kemal Üniversitesi, Bilimsel ve Teknolojik Araştırmalar Uygulama ve Araştırma Merkezi’ne (NABİLTEM) gönderildi. Elde edilen DNA dizileri referans dizilerle karşılaştırılarak CIP2A geni üzerindeki değişimler tespit edildi. CIP2A ifadesinin yüksek olduğu bilinen hücre soylarından Ov-CAR3’da düşük olanlardan farklı olarak rs2278911, intron 4’te +206 (TA)n(TG)n, intron 6’ da +212A>G ve Caov-3 hücre soyunda ise intron 4’te +206 (TA)n(TG)n, intron 6’ da +212A>G değişimleri heterozigot formda bulunmuştur. Bu proje ile ortaya konan genomik değişimlerin insan kanserlerine ait klinik örneklerde tanı, tedavi ve hastalığın seyrinin öngörülmesi açısından araştırılması gerekmektedir.CIP2A is a recently identified human proto-oncogene. CIP2A over expressions have been found in many different types of human cancers and cancer cell lines. However, underlying molecular mechanisms have not been elucidated. Genomic variations within the gene and its promoter region have not been studied yet. In our project, mutation screening of the CIP2A gene by sequencing has been planned in 10 different human ovarian cancer cell lines having different levels of CIP2A expression. For this purpose, we amplified the CIP2A gene with specific primers by dividing into 12 regions in 10 different human ovarian cancer cell lines. PCR products were checked by agarose gel electrophoresis and have been sent to the Research and Application Center for Scientific and Technological investigations of Namik Kemal University (NABILTEM) for DNA sequencing. The DNA sequencing results were compared with the reference sequence of the CIP2A gene. rs2278911, +206 (TA)n (TG)n in intron 4, + 212 A>G in intron 6 and +206 (TA)n (TG)n in intron 4, + 212 A>G in intron 6 have been detected as heterozygous form at the high CIP2A expressor cell lines Ov-car3 and Caov-3, respectively. The genomic changes found by this project should be investigated in human samples for potential clinical relevance at the diagnosis, treatment and prediction of prognosis of the disease

Screening of CIP2A Oncogene Mutations in Ovarian Cancer Cell Lines

Amaç: Kanserle ilişkili genetik değişimlerin belirlenmesi erken tanı, hastalığın takibi ve hedefe yöneliktedavi yaklaşımlarının geliştirilmesi açısından önem taşımaktadır. CIP2A, birçok insan kanserleri ileilişkilendirilmiş yeni tanımlanmış bir onkoproteindir. Birçok kanserde CIP2A gen ekspresyonununartışı gösterilmiştir ancak bu güne kadar AGS, HeLa, HT1080 kanser hücre soylarında CIP2A promotorbölge mutasyonlarının araştırıldığı ve tarafımızdan yapılmış olan bir çalışma dışında herhangibir kanser tipinde CIP2A geninin kodlayan dizilerindeki mutasyonlarını araştıran bir çalışma yapılmamıştır.Bu çalışmamızda CIP2A gen ekspresyonunun kanserdeki artışına ilişkin moleküler mekanizmalarınaydınlatılmasına katkıda bulunmak amacı ile bu genin onkogenik etkisinin oluşmasında rolüolması muhtemel regülatör bölge ve gen içi mutasyonlar araştırılmıştır.Gereç ve Yöntemler: CIP2A geninin kodlayan dizileri, ekzon-intron bağlantı bölgeleri ve promotorbölgesi DNA dizi analizi yöntemiyle SK-OV-3, Ov-CAR3 ve Caov-3 insan yumurtalık kanseri hücresoylarında taranmıştır.Bulgular: Ov-CAR3 hücre soyunda ekson 3, intron 6 ve intron 8’de, Caov-3 hücre soyunda ise sadeceintron 6 ve intron 8’de genomik değişimler saptanmıştır.Sonuç: Bulgularımız, yumurtalık kanseri için CIP2A ekspresyonundaki artışta CIP2A’daki genomikdeğişimlerin etkisini dışlamaktadır. CIP2A onkoproteinini yüksek düzeylerde ekspresyon eden hücrelerdebu duruma neden olabilecek diğer mekanizmaların da araştırıldığı fonksiyonel çalışmalaragereksinim vardır.Objective: Determination of genetic changes associated with cancer is important for early diagnosis, follow-up of the disease and development of targeted therapeutic approaches. CIP2A is a newly identified oncoprotein associated with many human cancers. In many cancers, an increase in the CIP2A gene expression has been shown, but until now there has been no study investigating CIP2A promoter region mutations except our previous study about the mutations in the coding sequence of the CIP2A gene in AGS, HeLa, HT1080 cancer cell lines. The aim of this study was to contribute to the elucidation of the molecular mechanisms of CIP2A over expression in cancer and investigate the possible regulatory regions and intra-genic mutations that may play a role in the oncogenic effect of this gene. Material and Methods: The sequences encoding the CIP2A gene, exon-intron linkage regions, and the promoter region were screened in the SK-OV-3, Ov-CAR3, and Caov-3 human ovarian cancer cell lines by DNA sequence analysis. Results: Genomic changes were detected at exon 3, intron 6 and intron 8 in the Ov-CAR3 cell line and at intron 6 and intron 8 in the Caov-3 cell line. Conclusion: Our findings exclude the effect of genomic alterations in CIP2A in the increase in CIP2A expression for ovarian cancer. For cells expressing CIP2A oncoprotein at high levels, there is a need for functional studies to examine the underlying mechanisms

GC NÜKLEOTİD ORANI YÜKSEK VE UZUN GEN BÖLGELERİNİN ÇOĞALTILMASINI SAĞLAYAN PCR PROTOKOLLERİNİN GELİŞTİRİLMESİ

Birçok genetik hastalığın tanısında kullanılan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ilgilenilen gen bölgelerinin çoğaltılması, sonraki işlemlerin gerçekleştirilebilmesi için gerekli olan ilk basamaktır. Fakat bazı durumlarda ilgilenilen gen bölgesinin “GC” nükleotidleri içeriği bakımından zengin ve uzun bir bölge olması PCR işlemini başarısızlığa uğratmakta, bu nedenle genetik hastalıkların tanısının zorunlu olduğu durumlarda çok daha fazla zaman, iş gücü ve maliyet gerektiren başka işlemler kullanılmakta veya söz konusu hastalığın laboratuvardaki tanısı gerçekleştirilememektedir. Diğer yandan eğer yürütülen çalışma bir araştırma ise çoğu zaman çalışma başarısızlıkla sonuçlanmaktadır. GC’ ce zengin bölgelerin PCR yöntemi ile çoğaltılmasında karşılaşılan güçlükleri aşmak için de bu güne kadar PCR katkı kimyasallarının ve modifiye nükleotidlerin kullanımı ayrıca ısı döngülerinin optimizasyonu gibi değişik yaklaşımlar ortaya konmuştur. Bilimsel araştırmaların yanı sıra birçok firma da GC nükleotid oranı yüksek ve uzun olan gen bölgelerinin çoğaltılmasını sağlayacak kitlerin üretimine çalışmaktadır. Ancak, birçok hastalıkla ilşikili GC’ce zengin gen bölgelerinin PCR’ la çoğaltılmasındaki güçlükler aşılamamıştır. Bu proje ile tanı amaçlı çalışan moleküler genetik laboratuvarlarında sıklıkla çalışılan Frajil-X sendromu, Huntington Hastalığı, Miyotonik Distrofi başta olmak üzere GC’ ce zengin ve uzun gen bölgeleri içermeleri nedeniyle klasik PCR yöntemi ile tanısı konulamayan hastalıkların tanısının hızlı ve ucuz bir yöntemle konulmasına olanak sağlayacak PCR protokollerinin geliştirilmesi hedeflenmektedir.Polymerase Chain Reaction (PCR) is widely used in diagnosis of many genetic diseases. Amplification of the gene of interest with PCR is the first step required for afterwards process. But in some cases gene of interest is "GC" rich and too long for a sufficient PCR. In this kind of situations diagnosis of genetic diseases require more complicated molecular techniques costing much time and payment. Even the results are often unsuccessful. To overcome these difficulties, usage of chemical additives modified nucleotides and optimization of PCR conditions demonstrated with many research. Also many companies are working on the production of kits which can duplicate GC rich sequences of disease related genes responsible for Fragile X syndrome, Huntington's disease and Myotonic Dystrophy. The aim of this project is to develop a quick and cheap PCR protocol could be used in genetic diagnosis

Türk toplumunda gözlenen ilk hemoglobin g-waimanalo ve hemoglobin fontainebleau olguları]

[No abstract available

Effects of idiopathic erythrocytosis on the left ventricular diastolic functions and the spectrum of genetic mutations: A case control study

Background: We have aimed at exposing left ventricular diastolic functions and the presence of known genetic mutations for familial erythrocytosis, in patients who exhibit idiopathic erythrocytosis. Methods: Sixty-four patients with idiopathic erythrocytosis (mean age, 46.4 +/- 2.7 years) and 30 age-matched healthy subjects were prospectively evaluated. The regions of interest of the erythropoietin receptor, hemoglobin beta-globin, von Hippel-Lindau, hypoxia-inducible factor 2 alpha, and Egl-9 family hypoxia-inducible factor genes were amplified by PCR. Left ventricular (LV) mass was measured by M-mode and 2-dimensional echocardiography. LV diastolic functions were assessed by conventional echocardiography and tissue Doppler imaging. Results: As a result of genetic analyses, genetic mutations for familial erythrocytosis were detected in 5 patients. It has been observed in our study that the risk of cardiovascular disorders is higher in patients. Interventricular septum thickness, left atrial diameter, and some diastolic function parameters such as deceleration time and isovolumetric relaxation time have been found to be significantly higher in idiopathic erythrocytosis group than in the controls. Conclusion: This study has shown that LV diastolic functions were impaired in patients with idiopathic erythrocytosis. In this patient group with increased risk of cardiovascular disorders, the frequent genetic mutations have been detected in 5 patients only. Therefore, further clinical investigations are needed as novel genetic mutations may be discovered in patients with idiopathic erythrocytosis because of cardiovascular risk.scientific and technological research council of Turkey [Tubitak-215S524]This research was funded by scientific and technological research council of Turkey (Tubitak-215S524)

Why crossmatch tests are very important and what do they tell us?

Organ transplantation is a very complex procedure that can save lives. It is a very useful procedure if the concepts of immunology, gained through bitter experience over the years, are kept in mind during practice. Allogeneic sensitization due to previous exposure(s) to alloantigens can hamper the procedure and remains the main obstacle to organ transplantation. Allosensitization and its level in a patient can be revealed before transplantation using the crossmatch test performed by incubating the patient’s serum with the possible donor’s lymphocytes in a laboratory environment. Crossmatch tests are routinely used prior to transplantation to prevent acute humoral reactions to the allograft tissue following reperfusion and also for long-term monitoring of the patient’s humoral status during the pre- and post-transplantation periods. © 2020 Turkish Society of Nephrology. All rights reserved

Flow Sitometri Cross Match Yöntemiyle Sitotoksik Etkinin Değerlendirilmesi

Organ nakli günümüzde kronik organ yetmezliği olan hastalar için önemli bir tedavi seçeneğidir. Organ naklinde cross match testi, alıcıda vericinin HLA’ larına karşı mevcut olan antikorların gösterilmesi açısından önemlidir. Komplemana bağımlı lenfositotoksisite (CDC-XM) ve akım sitometrik cross match (FC-XM) şeklinde iki farklı deney olarak yapılmaktadır. Bu iki deney temelde farklı özellikleri test ettiği için alıcı ve verici arasındaki uyumun değerlendirilmesinde her alıcı verici çifti için ayrı ayrı gerçekleştirilir. Son yıllarda CDC-XM ve FC-XM testlerinin yerini alabilecek sitotoksik akım sitometri cross match (cFC-XM) olarak isimlendirilen yeni bir teknik ortaya çıkmıştır. Bu yeni teknik, anti-HLA antikorların lenfositlere bağlanmasını göstermesinin yanı sıra kompleman aracılı sitotoksik hücre ölümünün akım sitometri ortamında tespit edilmesini aynı anda sağlayan, gerekli zaman ve iş yükünü azaltan bir tekniktir. Projemizde ticari olarak sunulan negatif ve pozitif serum örnekleri ile sağlıklı vericiden elde edilen canlı lenfositler arasında CDC-XM, FC-XM ve cFC-XM testleri gerçekleştirildi. Gerekli sarf malzemeler proje bütçesinden alınarak deneysel prosedürler ve gerekli cihaz kullanımları Namık Kemal Üniversitesi, Bilimsel ve Teknolojik Araştırmalar Uygulama ve Araştırma Merkezi’nde gerçekleştirildi. Projemizde, 7-AAD boyası kullanılarak akım sitometri yöntemiyle kompleman bağımlı hücre ölümü gösterildi. 7-AAD boyası ile akım sitometri ile elde edilen kompleman bağımlı hücre ölümü oranları serolojik yöntemle belirlenen hücre ölümü oranlarına paralellik gösterdi. Bu yöntemle kompleman bağımlı hücre ölümü ve anti-HLA IgG miktarları akım sitometri yöntemiyle ve tek bir deneyle tespit edildi. Ayrıca, pozitif serumun artan dilüsyonlarında hücre ölümündeki azalmaya, FITC-IgG MFI değerindeki azalmanın aynı oranda eşlik etmediği ortaya konuldu. cFC-XM testinin daha fazla örnekte uygulandıktan sonra klinik uygulamalarda kabul görmesini öngörmekteyiz.Organ transplantation is an important treatment option for patients with chronic organ failure today. Cross match is an important test to show preformed antibodies in the recipient against a specific donor. Cross match test is performed as two different experiments as complement dependent lymphocytotoxicity (CDC-XM) and flow cytometric cross-match (FC-XM). These two experiments separately performed for each donor and receiver pair as they have fundamentally different properties in the evaluation of compatibility. In recent years, a new technique named as cytotoxic flow cytometric cross match (cFC-XM) that can be used instead of CDC-XM and FC-XM has emerged. This new technique, by detecting the complementmediated cytotoxic cell death in addition to capability of showing the anti-HLA antibody binding onto lymphocytes at the same time by flow cytometry, reduces the necessary time and workload. In our project, CDC-XM, FC-XM and cFC-XM tests were performed using commercially available negative and positive serum samples and live lymphocytes obtained from healthy donors. Required supplies have been obtained by project budget and experimental procedures were held at the Research and Application Center for Scientific and Technological Investigations of Namik Kemal University. In our project, complement dependent cell death was detected by flow cytometry using the 7-AAD dye. Complementmediated cell death rates in the cFC-XM by 7-AAD dye were correlated to CDC. With this method, not only complement-mediated cell death but also anti-HLA IgG levels has been detected in a single assay by flow cytometry. Moreover, it was demonstrated by our results that the decrease in cell death at increasing dilutions of a positive serum by cFC-XM was not accompanied by the same rate of decrease in IgG-FITC MFI values. We could conclude that the cFC-XM test would be used in clinical laboratories after validation by more examples

A Novel Mutation in the Promoter Region of the -Globin Gene: HBB: c.-127G > C

Novel -globin gene mutations are still occasionally being reported, especially when evaluating milder phenotypes. We report here a novel putative mutation in the promoter region of the -globin gene and assess its clinical implications. A family, parents and four siblings, with hematological and clinical features suspected of being -globin gene mutation(s), were involved in this study. In addition to hematological and clinical evaluations of the whole family, molecular analyses of the -globin gene were performed by direct sequencing. Sequencing of the -globin gene revealed a novel genomic alteration in the regulatory region of the gene. This novel genomic alteration was defined as HBB: c.-127G>C according to the Human Genome Variation Society (HGVS) nomenclature. Two siblings were found to be carriers of the HBB: c.-127G>C mutation, while the other two siblings were carriers of the codon 8 (-AA) (HBB: c.25_26delAA) deletion of the -globin gene. The mother was a compound heterozygote for the codon 8 and HBB: c.-127G>C mutations. Based on hematological and clinical evaluations, we conclude that this novel -globin gene promoter region change would be associated with a mild phenotype of -thalassemia (-thal)