Izdvajanje, identifikacija i molekularne značajke mikoplazama izdvojenih iz koza u Gujaratu u Indiji.

A total of 358 samples [nasal discharges (215), lung tissue (6), pleural fluid (4), joint fluid (5), milk (60), preputial swabs (22), conjunctival swabs (16), ear swabs (5) and vaginal discharges (25)] were subjected for cultural isolation on MBHS-L and MBHS-A media. Of these, a total of 30 isolates (8.35 %) of Mycoplasma species, (20 from nasal discharges, 4 from lung tissue, 2 from pleural fluid, 3 from milk and 1 from joint fluid) were isolated and characterized biochemically and identified as M. mycoides subsp. capri and M. capricolum subsp. capricolum by PCR and PCR-RFLP. The isolates were identified as the Mycoplasma species by their cultural, morphological, biochemical characteristics and this was further confirmed by PCR and PCR-RFLP using different cluster, group and species specific primer pairs and by restriction enzyme respectively. This is a rare report on the isolation, identification and molecular characterization of goat Mycoplasma species in Western India. These studies have revealed a high prevalence of Mycoplasma species infection in Western India.Ukupno je 358 uzoraka različitog materijala koza bilo nacijepljeno na hranjive podloge MBHS-L and MBHS-A radi izdvajanja mikoplazama. Pretraženo je bilo 215 uzoraka nosnog iscjetka, šest uzoraka plućnog tkiva, četiri uzorka pleuralne tekućine, pet uzoraka zglobne tekućine, 60 uzoraka mlijeka, 22 uzorka prepucijskog ispirka, 16 uzoraka obriska očne spojnice, pet uzoraka obriska uške i 25 uzoraka vaginalnog iscjetka. Mikoplazme su bile izdvojene iz 30 (8,35%) uzoraka, od čega iz 20 uzoraka nosnog iscjetka, četiri uzorka plućnog tkiva, dva pleuralne tekućine, tri uzorka mlijeka i jednog uzorka zglobne tekućine. Izolati su bili identificirani kao M. mycoides subsp. capri i M. capricolum subsp. capricolum i to na osnovi kulturalnih, morfoloških i biokemijskih svojstava te dodatne potvrde lančanom reakcijom polimerazom i PCR-RFLP rabeći različite skupine specifičnih početnica i restrikcijskih enzima. Ovo je rijetko izvješće o izdvajanju, identifikaciji i molekularnim svojstvima mikoplazama u Zapadnoj Indiji, koje ujedno pokazuje da je na tom području velika učestalost mikoplazmalnih zaraza u koza

Izdvajanje, identifikacija i molekularna karakterizacija izolata vrste Pasteurella multocida izdvojenih iz emua (Dromaius novaehollandiae) u državi Gujarat, Indija.

A total of 168 samples (bone marrow, lung tissue, liver and blood clot) were collected from 42 dead emus suspected to have died from fowl cholera. Samples were subjected for cultural isolation on blood agar. Of these, a total of 22 isolates of Pasteurella spp. were isolated and characterized biochemically and identified as P. multocida by PCR. Isolates were later tested for capsular type by multiplex PCR assay and all were found to be of capsular type A. This is the first report on the isolation, identification and molecular characterization of P. multocida from emu in the state of Gujarat, India. This study has revealed that emus are also susceptible to P. multocida (fowl cholera) and can act as a potential carrier of the organism.Ukupno je 168 uzoraka (koštane srži, tkiva plućiju, jetre i krvnih ugrušaka) bilo prikupljeno od 42 emua uginula pod sumnjom na koleru peradi. Uzorci su bili nacijepljeni na krvni agar. Ukupno su bila izdvojena 22 izolata Pasteurella spp. te su biokemijski i lančanom reakcijom polimerazom identificirani kao vrsta P. multocida. Izolati su zatim bili pretraženi na kapsulni tip višestrukom lančanom reakcijom polimerazom te je ustanovljeno da su svi pripadali kapsulnom tipu A. Ovo je prvo izvješće o izdvajanju, identifikaciji i molekularnoj karakterizaciji vrste P. multocida izdvojenoj iz emua u državi Gujarat u Indiji. Istraživanje je pokazalo da je i emu prijemljiv na infekciju vrstom P. multocida, uzročnikom kolere peradi te može biti njezin kliconoša

Izdvajanje, identifikacija i molekularna karakterizacija izolata vrste Pasteurella multocida izdvojenih iz emua (Dromaius novaehollandiae) u državi Gujarat, Indija.

A total of 168 samples (bone marrow, lung tissue, liver and blood clot) were collected from 42 dead emus suspected to have died from fowl cholera. Samples were subjected for cultural isolation on blood agar. Of these, a total of 22 isolates of Pasteurella spp. were isolated and characterized biochemically and identified as P. multocida by PCR. Isolates were later tested for capsular type by multiplex PCR assay and all were found to be of capsular type A. This is the first report on the isolation, identification and molecular characterization of P. multocida from emu in the state of Gujarat, India. This study has revealed that emus are also susceptible to P. multocida (fowl cholera) and can act as a potential carrier of the organism.Ukupno je 168 uzoraka (koštane srži, tkiva plućiju, jetre i krvnih ugrušaka) bilo prikupljeno od 42 emua uginula pod sumnjom na koleru peradi. Uzorci su bili nacijepljeni na krvni agar. Ukupno su bila izdvojena 22 izolata Pasteurella spp. te su biokemijski i lančanom reakcijom polimerazom identificirani kao vrsta P. multocida. Izolati su zatim bili pretraženi na kapsulni tip višestrukom lančanom reakcijom polimerazom te je ustanovljeno da su svi pripadali kapsulnom tipu A. Ovo je prvo izvješće o izdvajanju, identifikaciji i molekularnoj karakterizaciji vrste P. multocida izdvojenoj iz emua u državi Gujarat u Indiji. Istraživanje je pokazalo da je i emu prijemljiv na infekciju vrstom P. multocida, uzročnikom kolere peradi te može biti njezin kliconoša

Karakterizacija gena ICP4 patogenoga virusa Marekove bolesti dokazanoga u peradi u Gujaratu u Indiji lančanom reakcijom polimerazom i sekvenciranjem

A total of 34 clinical samples were collected for detection of Marek’s disease virus (MDV) by polymerase chain reaction assays using primers M1.1/M1.8 to amplify a region of the ICP4 gene in layer birds of poultry. Primer set M1.1/M1.8 amplified a 318 bp product as against the expected 247 bp product in 30 samples out of 34 samples tested. To confirm the result, this primer was subjected to NCBI BLAST, and it was found that the primer specific segment of 318 bp does exist in the published sequence of Md5 and Md11BAC. The PCR product was sequenced and resulted in 273bp by direct sequencing. The sequence was analysed using NCBI blast and Clustal W with the published sequence of Gallid herpes virus-2 giving a matching score of 97, 96 and 90% indicating a highly conserved region. This shows that the MDV is prevalent in Gujarat.Prikupljena su 34 uzorka kliničkoga materijala nesilica za dokaz virusa Marekove bolesti lančanom reakcijom polimerazom uporabom početnica M1.1/M1.8 za umnažanje područja gena ICP4. Uporabom seta početnica M1.1/M1.8 umnožen je proizvod od 318 bp u odnosu na očekivani od 247 bp u 30 od 34 pretražena uzorka. Za potvrdu rezultata početnica je bila analizirana pomoću programa NCBI BLAST, te je ustanovljeno da početnica za specifičan odsječak od 318 bp postoji u objavljenoj sekvenci Md5 i Md11BAC. Proizvod PCR-a bio je izravno sekvenciran te je ustanovljeno da sadrži 273 bp. Slijed je bio analiziran uporabom programa NCBI BLAST i Clustal W i uspoređen s objavljenim slijedom za kokošji herpesvirus 2 te je ustanovljena podudarnost od 97, 96 i 90% što upućuje na genski jako očuvano područje. To pokazuje da je virus Marekove bolesti proširen u Gujaratu

Kulturelna i metagenomska identifikacija mikrobioma kod supkliničkog mastitisa u krava.

Metagenomic and traditional microbial culture based analyses of milk samples from cows harbouring subclinical mastitis pathogens were carried out to identify the microbial community structure of milk. A total of 77 Triple cross (TP), Kankrej and Gir lactating cows and 301 quarters were screened for subclinical mastitis. A total of 106 isolates belonging to five different microbial genera were recovered from 91 quarters of 41 cows, including 15 quarters having mixed bacterial infections by cultural examination. Pyrosequencing readings obtained from the breed wise pooled DNA of subclinical mastitis milk samples were analyzed using the SEED subsystem database of Meta Genome Rapid Annotation with Subsystem Technology (MG-RAST). Among the five genera, Staphylococcus, Streptococcus, Micrococcus, Bacillus and Escherichia, detected in the subclinical mastitis milk samples by culture based methods, four genera, Staphylococcus, Streptococcus, Bacillus and Escherichia, were identified in the corresponding pyrosequencing data, while Micrococcus was not found. In contrast, the pyrosequencing yielded 28 bacterial species, of which only two species, S. aureus and E. coli, were identified by the cultural method. S. agalactiae, the third species identified by cultural method, was not found in the pyrosequencing data. Metagenomic analysis additionally identified 19 genera and 26 species in comparison with the routine cultural methods. Many of the fastidious / anaerobic bacterial organisms, which are difficult to cultivate by routine methods, were identified by metagenomic analyses.Radi identifikacije mikrobne zajednice u mlijeku provedena je metagenomska i uobičajena kulturelna pretraga uzoraka mlijeka krava sa supkliničkim mastitisom. Ukupno je 77 trostruko križanih Kankrej i Gir mliječnih krava i 301 četvrt vimena bilo pretraženo na supklinički mastitis. Izdvojeno je bilo 106 izolata svrstanih u pet različitih rodova iz 91 četvrti od 41 krave uključujući i 15 četvrti kod kojih je kulturelnom pretragom bila ustanovljena mješovita bakterijska infekcija. Sljedovi mješavine DNA izdvojeni iz uzoraka mlijeka kod supkliničkog mastitisa očitani pirosekvenciranjem bili su analizirani po podsustavu SEED baze podataka „Meta Genome Rapid Annotation with Subsystem Technology (MG-RAST)“. Iz pretraženih uzoraka mlijeka bilo je izdvojeno pet rodova: Staphylococcus, Streptococcus, Micrococcus, Bacillus i Escherichia. Četiri su bila dokazana postupkom pirosekvenciranja: Staphylococcus, Streptococcus, Bacillus i Escherichia, dok Micrococcus nije bio dokazan. S druge strane, pirosekvenciranjem je bilo dokazano 28 bakterijskih vrsta, od kojih su samo dvije, S. aureus i E. coli, bile dokazane klasičnom kulturelnom pretragom. S. agalactiae, treća vrsta identificirana kulturelnom pretragom nije bila dokazana postupkom pirosekvenciranja. Metagenomskom analizom dodatno je bilo dokazano 19 rodova i 26 vrsta u usporedbi s rutinskom kulturelnom pretragom. Mnoge anaerobne bakterije, koje je vrlo teško uzgojiti rutinskim metodama, bile su identificirane metagenomskom analizom

Karakterizacija gena ICP4 patogenoga virusa Marekove bolesti dokazanoga u peradi u Gujaratu u Indiji lančanom reakcijom polimerazom i sekvenciranjem

A total of 34 clinical samples were collected for detection of Marek’s disease virus (MDV) by polymerase chain reaction assays using primers M1.1/M1.8 to amplify a region of the ICP4 gene in layer birds of poultry. Primer set M1.1/M1.8 amplified a 318 bp product as against the expected 247 bp product in 30 samples out of 34 samples tested. To confirm the result, this primer was subjected to NCBI BLAST, and it was found that the primer specific segment of 318 bp does exist in the published sequence of Md5 and Md11BAC. The PCR product was sequenced and resulted in 273bp by direct sequencing. The sequence was analysed using NCBI blast and Clustal W with the published sequence of Gallid herpes virus-2 giving a matching score of 97, 96 and 90% indicating a highly conserved region. This shows that the MDV is prevalent in Gujarat.Prikupljena su 34 uzorka kliničkoga materijala nesilica za dokaz virusa Marekove bolesti lančanom reakcijom polimerazom uporabom početnica M1.1/M1.8 za umnažanje područja gena ICP4. Uporabom seta početnica M1.1/M1.8 umnožen je proizvod od 318 bp u odnosu na očekivani od 247 bp u 30 od 34 pretražena uzorka. Za potvrdu rezultata početnica je bila analizirana pomoću programa NCBI BLAST, te je ustanovljeno da početnica za specifičan odsječak od 318 bp postoji u objavljenoj sekvenci Md5 i Md11BAC. Proizvod PCR-a bio je izravno sekvenciran te je ustanovljeno da sadrži 273 bp. Slijed je bio analiziran uporabom programa NCBI BLAST i Clustal W i uspoređen s objavljenim slijedom za kokošji herpesvirus 2 te je ustanovljena podudarnost od 97, 96 i 90% što upućuje na genski jako očuvano područje. To pokazuje da je virus Marekove bolesti proširen u Gujaratu