Identification and validation of candidate genes associated with domesticated and improved traits in soybean

Soybean, an important source of vegetable oils and proteins for humans, has undergone significant phenotypic changes during domestication and improvement. However, there is limited knowledge about genes related to these domesticated and improved traits, such as flowering time, seed development, alkaline-salt tolerance, and seed oil content (SOC). In this study, more than 106,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified by restriction site associated DNA sequencing of 14 wild, 153 landrace, and 119 bred soybean accessions, and 198 candidate domestication regions (CDRs) were identified via multiple genetic diversity analyses. Of the 1489 candidate domestication genes (CDGs) within these CDRs, a total of 330 CDGs were related to the above four traits in the domestication, gene ontology (GO) enrichment, gene expression, and pathway analyses. Eighteen, 60, 66, and 10 of the 330 CDGs were significantly associated with the above four traits, respectively. Of 134 traitassociated CDGs, 29 overlapped with previous CDGs, 11 were consistent with candidate genes in previous trait association studies, and 66 were covered by the domesticated and improved quantitative trait loci or their adjacent regions, having six common CDGs, such as one functionally characterized gene Glyma15 g17480 (GmZTL3). Of the 68 seed size (SS) and SOC CDGs, 37 were further confirmed by gene expression analysis. In addition, eight genes were found to be related to artificial selection during modern breeding. Therefore, this study provides an integrated method for efficiently identifying CDGs and valuable information for domestication and genetic research

Isparta Koşullarında Aşılı Asma Fidanı Üretiminde Farklı Çeşit/Anaç Kombinasyonlarının Karşılaştırılması

Bu araştırmada farklı çeşit/anaç kombinasyonlarının Isparta koşullarında aşı yerinde kallus oluşum oranı, fidan randımanı, 1. boy fidan randımanı ile fidanlarda sürgünlerin odunlaşma düzeyi üzerine olan etkileri incelenmiştir. Bu amaçla Razakı, Alphonse Lavallée ve Italia çeşitlerine ait aşı kalemleri SO4, Kober 5 BB ve 1103 P anaçları üzerine omega aşı ile aşılanmışlardır. Odunlaşma düzeyi dışında araştırmada incelenen bütün kriterlerin aşı kombinasyonlarına göre önemli derecede değiştiği sonucuna varılmıştır. Buna göre aşı yerinde kallus oluşum oranı bakımından aralarında istatistiksel olarak farklılıklar bulunmakla birlikte tüm kombinasyonlarda %95 ve üzerinde bir aşı tutma oranı tespit edilmiştir. En yüksek fidan randımanı SO4 anacı üzerine aşılı Razakı, Italia ve Alphonse Lavallée ile Kober 5 BB üzerine aşılı Razakı üzüm çeşitlerinden elde edilirken; 1. boy fidan randımanı bakımından ise en yüksek değerler SO4, Kober 5 BB ve 1103 P üzerine aşılı Alphonse Lavallée, SO4 anacı üzerine aşılı Razakı ve Kober 5 BB anacı üzerine aşılı Italia üzüm çeşitlerinden elde edilmiştir. Diğer taraftan, odunlaşma düzeyi yönüyle aşı kombinasyonları arasında önemli bir farkın bulunmadığı da saptanmıştır