Trajetória da restauração florestal de áreas mineradas ao longo de 17 anos em unidade de conservação na Amazônia/ 17-year forest restoration of mine areas in Amazon conservation unit

A trajetória da restauração florestal de áreas mineradas, na Floresta Nacional de Saracá Taquera (PA), iniciada em 1996, através do reflorestamento heterogêneo com espécies nativas, concomitantemente à indução e facilitação da regeneração natural através da incorporação e espalhamento superficial de uma camada de top soil, foi avaliada por um período de 17 anos. Inicialmente foi feita a análise do reflorestamento com e sem incorporação de solo superficial; em seguida a da regeneração natural de espécies arbóreas e ao final a análise conjunta da evolução do reflorestamento e da regeneração natural. No período considerado constatou-se: (i) a ocorrência de um total de 120 espécies arbóreas, distribuídas em 33 famílias - considerando-se o reflorestamento e a regeneração natural; (ii) 45 (37,5%) e 59 (49,2%) espécies são exclusivas respectivamente, do reflorestamento e da regeneração natural; apenas 16 (13,3%) são originárias de ambas as práticas silviculturais; (iii) a abundância foi de 3.967 árvores ha-1, sendo 1.308 árvores ha-1 originárias do reflorestamento e 2.659 árvores ha-1 da regeneração natural; (iv) o diâmetro médio (DAP) foi de 5,9 cm e a área basal foi de 16,9 m² ha-1. A prática da restauração florestal de áreas mineradas na Amazônia, onde se emprega a incorporação e o espalhamento superficial de uma camada de top soil, aliada ao reflorestamento heterogêneo com espécies nativas e adaptadas ao novo ecossistema artificial formado é a melhor e, talvez única opção comprovada que produz os efeitos desejados para o sucesso conservacionista da restauração de áreas mineradas no bioma em referência

Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetic findings

Submitted by sandra infurna ([email protected]) on 2016-06-21T16:53:42Z No. of bitstreams: 1 gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5)Approved for entry into archive by sandra infurna ([email protected]) on 2016-06-21T17:27:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5)Made available in DSpace on 2016-06-21T17:27:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5) Previous issue date: 2016Submitted by Angelo Silva ([email protected]) on 2016-07-07T11:16:45Z No. of bitstreams: 3 gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf.txt: 51037 bytes, checksum: bebf604bcb5623ddff92fec2bebc02a5 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5) license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5)Approved for entry into archive by sandra infurna ([email protected]) on 2016-07-07T11:43:23Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf.txt: 51037 bytes, checksum: bebf604bcb5623ddff92fec2bebc02a5 (MD5)Made available in DSpace on 2016-07-07T11:43:23Z (GMT). No. of bitstreams: 3 license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf.txt: 51037 bytes, checksum: bebf604bcb5623ddff92fec2bebc02a5 (MD5) Previous issue date: 2016Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil / University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.University of Oxford. Wellcome Trust Centre for Human Genetics. Oxford, UK.University of Oxford. Wellcome Trust Centre for Human Genetics. Oxford, UK.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK / Metabiota. San Francisco, CA 94104, USA.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.Fundação Oswaldo Cruz. Salvador, BA, Brasil.Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana. Departamento de Saúde. Centro de Pós-Graduação em Saúde Coletiva. Feira de Santana, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Salvador, BA, Brasil.University of Washington. Institute for Health Metrics and Evaluation,. Seattle, WA, USA / University of Oxford. Wellcome Trust Centre for Human Genetics. Oxford, UK.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Li Ka Shing Knowledge Institute. St. Michael’s Hospital. Toronto, Canada / University of Toronto. Department of Medicine. Division of Infectious Diseases. Toronto, Canada.University of Toronto.Dalla Lana School of Public Health. Toronto, Canada;Brasil. Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil.Brasil. Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil.University of Texas Medical Branch. Department of Pathology. Galveston, TX, USA.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK / Metabiota. San Francisco, CA 94104, USA.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil / University of Texas Medical Branch. Department of Pathology. Galveston, TX, USA.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Brazil has experienced an unprecedented epidemic of Zika virus (ZIKV), with ~30,000 cases reported to date. ZIKV was first detected in Brazil in May 2015 and cases of microcephaly potentially associated with ZIKV infection were identified in November 2015. Using next generation sequencing we generated seven Brazilian ZIKV genomes, sampled from four self-limited cases, one blood donor, one fatal adult case, and one newborn with microcephaly and congenital malformations. Phylogenetic and molecular clock analyses show a single introduction of ZIKV into the Americas, estimated to have occurred between May-Dec 2013, more than 12 months prior to the detection of ZIKV in Brazil. The estimated date of origin coincides with an increase in air passengers to Brazil from ZIKV endemic areas, and with reported outbreaks in Pacific Islands. ZIKV genomes from Brazil are phylogenetically interspersed with those from other South American and Caribbean countries. Mapping mutations onto existing structural models revealed the context of viral amino acid changes present in the outbreak lineage; however no shared amino acid changes were found among the three currently available virus genomes from microcephaly cases. Municipality-level incidence data indicate that reports of suspected microcephaly in Brazil best correlate with ZIKV incidence around week 17 of pregnancy, although this does not demonstrate causation. Our genetic description and analysis of ZIKV isolates in Brazil provide a baseline for future studies of the evolution and molecular epidemiology in the Americas of this emerging virus

Data from: Zika virus in the Americas: early epidemiological and genetic findings

Brazil has experienced an unprecedented epidemic of Zika virus (ZIKV), with ~30,000 cases reported to date. ZIKV was first detected in Brazil in May 2015 and cases of microcephaly potentially associated with ZIKV infection were identified in November 2015. Using next generation sequencing we generated seven Brazilian ZIKV genomes, sampled from four self-limited cases, one blood donor, one fatal adult case, and one newborn with microcephaly and congenital malformations. Phylogenetic and molecular clock analyses show a single introduction of ZIKV into the Americas, estimated to have occurred between May-Dec 2013, more than 12 months prior to the detection of ZIKV in Brazil. The estimated date of origin coincides with an increase in air passengers to Brazil from ZIKV endemic areas, and with reported outbreaks in Pacific Islands. ZIKV genomes from Brazil are phylogenetically interspersed with those from other South American and Caribbean countries. Mapping mutations onto existing structural models revealed the context of viral amino acid changes present in the outbreak lineage; however no shared amino acid changes were found among the three currently available virus genomes from microcephaly cases. Municipality-level incidence data indicate that reports of suspected microcephaly in Brazil best correlate with ZIKV incidence around week 17 of pregnancy, although this does not demonstrate causation. Our genetic description and analysis of ZIKV isolates in Brazil provide a baseline for future studies of the evolution and molecular epidemiology in the Americas of this emerging virus

Epidemiological Data: Numbers of suspected ZIKV cases and suspected microcephaly cases per state and per epidemiological week.

Contains 1) CSV file with number suspected ZIKV cases from January 2015 to the end of December 2015; 2) CSV file with number of suspected microcephaly cases from January 2015 to the first week of January 2016. Numbers correspond to suspected microcephaly cases at week 20 of pregnancy; 3) CSV file with codes of state of residence and municipality of residence in Brazil; and 4) R scripts for correlation analysis described in SI Section 1.5

Sequence data details and alignments for dataset A and B.

Contains (1) table with accession numbers, isolate names, cell passage history, publication details, country/location of sampling, sampling dates and (2) Fasta format sequence alignments of datasets A and B

BEAST XML input file used for genetic analysis.

BEAST XML input file used to generate Figure 3 under a strict clock model, a Bayesian skyline coalescent prior and a CTMC prior on the clock rate

Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil

This work was supported by Decit, SCTIE, Brazilian Ministry of Health, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico - CNPq (440685/ 2016-8, 440856/2016-7 and 421598/2018-2), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES - (88887.130716/2016-00), European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement (734548), STARBIOS (709517), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro – FAPERJ (E-26/2002.930/2016), International Development Research Centre (IDRC) Canada (108411-001), European Union’s Horizon 2020 under grant agreements ZIKACTION (734857) and ZIKAPLAN (734548).Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado da Bahia. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Universidade Federal da Bahia. Vitória da Conquista, BA, Brazil.Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay.Fundação Oswaldo Cruz. Bio-Manguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. San Lorenzo, Paraguay.Secretaria de Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, Ba, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Hospital das Forças Armadas. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Nova de Lisboa. Instituto de Higiene e Medicina Tropical. Lisboa, Portugal.University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Estadual de Feira de Santana. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Universidade de Brasília. Brasília, DF, Brazil.Universidade Salvador. Salvador, BA, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. Curitiba, PR, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Norte. Natal, RN, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas Dr. Julio Maiztegui. Pergamino, Argentina.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Instituto de Salud Pública de Chile. Santiago, Chile.Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos Dr. Manuel Martínez Báez. Ciudad de México, México.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Buenos Aires, Argentina.Ministerio de Salud Pública de Uruguay. Montevideo, Uruguay.Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza em Nutrición y Salud. Tres Ríos, Costa Rica.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Universidade Federal de Pernambuco. Recife, PE, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte. MG, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses