Biyomalzeme yüzeylerinden izole edilen metisiline dirençli Staphylococcus aureus suşlarında virülans genlerinin araştırılması

Staphylococci are the most important agents of nosocomial infections originating from biomaterials. The aim of this study was to investigate the presence of virulence genes and their phenotypic expressions in 11 methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains isolated from the surfaces of clinically used biomaterials of 48 thorasic intensive-care unit patients. By the use of specific primers, the presence of genes encoding the attachment and biofilm production {icaA, icaC, bap), methicillin resistance (mecA), enterotoxins A-E (sea, seb, sec, sed, see), toxic shock syndrome toxin (tst), exfoliative toxins A and B (eta and etb), alpha- and beta-hemolysins (hla and hlb), staphylococcal exotoxin-like protein-1 (seti), proteases (sspA, sspB, aur, serine proteaz gene), lipase (geh) and the regulatory genes (sarA and agrCA) were investigated by polymerase chain reaction (PCR). The phenotypic properties of the isolates such as biofilm formation, antibiotic susceptibility, extracellular protease and lipase production were also evaluated. None of the isolates were found to be biofilm and/or slime producers, however, all strains were found to have icaA gene which is responsible for biofilm formation. Nevertheless the presence of icaC and bap genes that are also responsible for biofilm formation were not detected. All the strains have had mecA gene and were resistant to oxacillin, penicjlin G and gentamicin, while 10 were also resistant to erythromycin and nine were also resistant to ofloxacin. The isolates were susceptible to vancomycin, teicoplanin and co-trimoxazole. Screening of toxin and regulatory genes revealed that all the strains harboured sea, seti, hla, hlb and sarA genes. The phenotypic tests for the determination of extracellular protease production revealed that all the strains formed very weak zones on skim milk and milk agar plates, and yielded negative results on casein agar plates. Furthermore, all strains were found to harbour sspA, sspB, aur and serine protease genes. Tween 20, Tween 80 and tributyrin containing media were used to detect lipase production and all strains gave late-positive results (on the third day of incubation), although they all lacked for lipase gene (geh). As a result, S.aureus strains isolated from biomaterial surfaces yielded positivity for some of the tested virulence genes, of which some of them have not been expressed phenotypically. Although there were some limitations in the study, it could be concluded that the presence of these virulence genes in S.aureus strains might be considered as potential threats especially in intensive care unit patients.Stafilokoklar, biyomalzeme kaynaklı nozokomiyal enfeksiyonların en önemli etkenlerindendir. Bu çalışmada, Göğüs Hastalıkları Yoğun Bakım Ünitesi (YBÜ)'nde yatan 48 hastada kullanılan polimerik biyomalzeme yüzeylerinden izole edilen metisiline dirençli 11 Staphylococcus aureus suşunda virülans genlerinin varlığının saptanması ve bunların bazılarının fenotipik ifadelerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile özgül primerler kullanılarak, bağlanma ve biyofilm oluşumundan sorumlu genler (icaA, icaC, bap), metisilin direnç geni (mecA), enterotoksin A-E üretiminden sorumlu genler (sea, seb, sec, sed, see), toksik şok sendromu toksini geni [tst), eksfoliatif toksin A ve B genleri (eta ve etb), alfa ve beta-hemolizin genleri (hla ve hlb), stafilokokal ekzotoksin benzeri protein-1 geni (sef1), proteaz genleri (sspA, sspB, aur, serine proteaz geni), lipaz geni (geh) ve regülatör genler (sarA ve agrCA) araştırılmıştır. Ayrıca suşların fenotipik olarak biyofilm oluşturma, antibiyotik duyarlılık, proteaz ve lipaz üretimi gibi özellikleri de değerlendirilmiştir. Biyofilm testlerinde, biyofilm yapan ve "slime" üreten suşlara rastlanmamış, ancak tüm suşların biyofilm yapımında rol oynayan icaA genine sahip olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte biyofilm yapımında rol oynayan icaC ve bap genleri tespit edilememiştir. Tüm suşlarda mecA geninin varlığı saptanmış ve suşların hepsinin oksasilin, penisilin G ve gentamisine; 10'unun eritromisine ve dokuzunun da ofloksasine dirençli olduğu bulunmuştur. İzolatların tümü vankomisin, teikoplanin ve ko-trimoksazole duyarlı olarak saptanmıştır. Ekzotoksin ve regülatör genlerinin taranması sonucunda, suşların sea, seti, hla, hlb ve sarA genlerini taşıdığı belirlenmiştir. PCR ile tüm suşların, çalışılan bütün proteaz genlerine (sspA, sspB, aur ve serin proteaz geni) sahip olduğu görülmüş, ancak sütlü (skim milk ve milk agar) ve kazein ağarlarda yapılan proteaz üretimi testlerinde negatif sonuç alınmıştır. Lipaz üretiminin belirlenmesi için Tween 20, Tween 80 ve tributyrin içeren besiyerleri kullanılmış ve tüm suşlarda geç dönemde (inkübasyonun üçüncü günü) pozitif sonuç alınmasına karşın, izolatların hiçbirisinde lipaz üretiminden sorumlu geh geni bulunmamıştır. Sonuç olarak, biyomalzeme yüzeylerinden izole edilen S.aureus suşlarında, araştırılan virülans genlerinden bazılarının varlığı saptanmış, ancak bunların tam olarak fenotipe yansımadığı izlenmiştir. İzolat sayısının azlığına ve tüm genlerin ekspresyonlarının fenotipik olarak çalışılamamış olmasına rağmen, bu genlerin varlığının yoğun bakım hastalan için potansiyel bir risk teşkil edebileceği düşünülmüştür

Barotrauma Associated with Mechanical Ventilation

Amaç: Barotravma sıklığı, koruyucu mekanik ventilasyon (MV) stratejilerinin kullanılmasıyla azalmaktadır. Bu çalışmada; kliniğimiz 3. seviye yoğun bakım ünitesi (YBÜ)'nde invaziv MV uygulanan olgularda, barotravmanın gelişme sıklığı, tedavi ve prognozunun literatür eşliğinde tartışılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya Ocak 2008-Aralık 2014 tarihleri arasında yatan olgular dahil edilmiştir. Barotravma gelişen olgular retrospektif olarak gözden geçirilmiştir. Bulgular: Yedi yıl süresince YBÜ'de yatan 1341 olgudan 861'ine invaziv MV tedavisi uygulanmış, toplam 19 olguda (%2,2) barotravma saptanmıştır. Olguların; %73,7'si erkek olup, yaş ortalaması 63,2±18,2, ortanca APACHE II skoru 18, ortanca invaziv MV süresi 168 saat bulunmuştur. Başvuruda; olguların %57,9'unda Akut Solunum Zorluğu Sendromu (ARDS) saptanmış olup, en sık (%47,4) volüm kontrol modu kullanılmıştır. Barotravma ortanca 8. günde gelişmiş, barotravma gününde; olguların %84,2'sinde pnömoni saptanmış, en sık (%47,4) basınç destekli mod uygulanmıştır. Olguların tümünde mediasten amfizemi, 16 (%84,2)'sında pnömotoraks (3'ünde bilateral), 11 (%57,9)'inde ciltaltı amfizemi mevcuttu. Pnömotoraks gelişen olguların, 15 (%83,3)'ine tüp torakostomi ve kapalı sualtı drenajı uygulanmıştır. İlk 24 saat içindeki mortalite oranı %26,3 iken, total mortalite %100 olarak saptanmıştır.Sonuç: İnvaziv MV uygulanan olgularımızda barotravma görülme sıklığı düşük olmakla beraber, prognozun kötü olduğu saptanmıştır.Objective: The incidence of barotrauma in patients who received mechanical ventilation (MV) has decreased due to protective MV strategies. This study aimed to assess the incidence, treatment, and prognosis of barotrauma in patients who received MV in our tertiary intensive care unit (ICU) and to discuss with the literature. Material and Methods: Patients hospitalized between January 2008 and December 2014 were assessed. Those who had barotrauma were retrospectively analyzed. Results: Invasive MV was performed in 861 of 1341 patients. Barotrauma was seen in 19 (2.2%) patients. These patients' (mean age, 63.2±18.2 years; 14 males) median APACHE II score was 18, and their median duration of MV was 168 h. Acute Respiratory Distress Syndrome(ARDS) was diagnosed in 57.9% of the patients at admission, and volume-controlled ventilation was mostly used (47.4%). Barotrauma occurred on day 8 (median; range, day 4-21). Pneumonia was diagnosed in 84.2% of the patients. Pressure support ventilation was mostly used (47.4%) at the time of barotrauma. All patients had pneumomediastinum. Pneumothorax was diagnosed in 16 (84.2%) patients (bilaterally in 3 patients). Subcutaneous emphysema was seen in 11 patients (57.9%). Pneumothorax was treated by tube thoracostomy in 15 patients (83.3%). While the mortality rate was 26.3% in first 24 h, the overall mortality rate was 100%. Conclusion: The incidence of barotrauma was lower among our ICU patients who received MV, but the prognosis of these patients was poor

Ciddi toplum kökenli pnömonilerin prognozunda klinik parametrelerin rolü

The Role of Clinical Parameters in the Prognosis of Severe Community-acquired Pneumonia Patients with severe community-acquired pneumonia (CAP) who require intensive care unit (ICU) treatment have been reported to have a mortality rate of up to 70%. The aim of the present study was to investigate the effect of some clinical and laboratory indices on the outcome of CAP. A total of 48 patients with severe CAP (24 male, 24 female, mean age 64;plusmn;18 years) admitted in our respiratory ICU were enrolled in the study. The overall mortality rate was found as 52.1%. Twenty-three patients (47.3%) were on antibiotic treatment before ICU admission and comorbid diseases were present in 38 of 48 patients (79.2%). Pleural effusion was detected in chest X-ray of 17 patients (35.4%) and radiological multilobar involvement of pneumonia was found at 39 of 48 patients (81.2%). The responsible microorganism was isolated in 17 patients (35.4%) and the leading pathogens were found to be Streptococcus pneumoniae and Staphylococcus aureus. The mean APACHE II score was 16.06;plusmn;5 in our study population. The mortality rates in patients with APACHE II score more or less than 16 were found as 71.4% and 37.0%, respectively (c2=5.60, p=0.018) and in patients whose length of total hospital stay was less or more than 10 days were found as %78.9 and %34.5, respectively (c2=9.09, p=0.003). In patients who required mechanical ventilatory support the mortality rate was %87.5, whereas in patients who did not it was %34.8 (c2=12.06, p=0.001). No other significant differences were found between the outcome of pneumonia and all other investigated parameters.Yoğun bakım tedavisi gerektiren ciddi toplum kökenli pnömoni (TKP) olgularında, %70' lere ulaşan mortalite oranları bildirilmektedir. Bu çalışmanın amacı, klinik ve laboratuvar parametrelerin, TKP prognozundaki etkilerini araştırmaktı. Çalışmaya, ciddi TKP tanısı ile yoğun bakım ünitemize (YBÜ) yatırılan 48 hasta (24 erkek, 24 kadın, yaş ortalaması 64±18) alındı. Mortalite oranı %52.1 bulundu. Yirmi üç hasta (%47.3) YBÜ'ye yatmadan önce antibiyotik kullanmaktaydı ve 48 hastanın 38' inde (%79.2) eşlik eden hastalık mevcuttu. Akciğer radyografisinde, 17 hastada (%35.4) plevral effüzyon saptandı ve 48 hastanın 39'unda (%81.2) multilober tutulum vardı. Etken mikroorganizma, 17 hastada (%35.4) izole edildi ve önde gelen patojenler Streptococcus pneumoniae ile Staphylococcus aureus'tu. Çalışma grubunun ortalama APACHE II skoru 16.06±5 idi. Mortalite oranları; APACHE II skoru 16'nın üstünde ve altında olanlarda sırası ile %71.4 ve %37.0 (c2=5.60, p=0.018), hastanede kalış süresi 10 günden kısa ve uzun olanlarda sırası ile %78.9 ve %34.5 (c2=9.09, p=0.003) ve mekanik ventilatör desteğine alınanlarda ve alınmayanlarda sırası ile %87.5 ve %34.8 (c2=12.06, p=0.001) idi. Araştırılan diğer parametreler ve prognoz arasında anlamlı ilişkiler saptanamadı