Patrones de comportamiento y alimentación del mono aullador Alouatta belzebul en zonas de selva talada y sin talar del este de la Amazonia

This work compared the activity patterns and diet of a group of Alouatta belzebul in areas of logged and unlogged forest in eastern Amazonia. An instantaneous scan sampling procedure was used for the behavioral study (9.3 ± 1.9 complete observation days/month) from February to November 2000. Fruit availability was estimated monthly. Activity budgets were not significantly different between sites. Rest was the predominant activity in both sites (53.6 % and 48.7 %, respectively). Average daily path length was 683.5 ± 215.1 m (n = 93), and the home range was 17.8 ha, including 7 ha in unlogged forest and 10.8 ha in the logged forest. Neither fruit availability nor diet varied significantly between sites. The diet was predominantly folivorous (43.4 % and 46.6 % in unlogged and logged forest, respectively) and frugivorous (43.9 % and 42.8 %). The spatial use by the group was positively related to fruit sources. This study documented the ability of a ranging group of A. belzebul to survive in a habitat influenced by reduced impact logging without dramatically influencing its activity patterns and diet.En este trabajo se comparan los patrones de comportamiento y alimentación de un grupo de Alouatta belzebul en zonas de selva deforestada y sin deforestar del este de la Amazonia. Para el estudio del comportamiento se utilizó un muestreo de barrido temporal instantáneo (observación completa durante 9,3 ± 1,9 meses/días) entre los meses de febrero y noviembre de 2000. La disponibilidad de fruta se calculó mensualmente. Las actividades realizadas no fueron significativamente diferentes en ninguna de las dos ubicaciones. El descanso fue la actividad predominante en ambas, 53,6 % y 48.7 % respectivamente. La media de la longitud de los recorridos diarios era de 683,5 ± 215,1 m (n = 93) y el área de acción era de de 17,8 hectáreas, incluyendo 7 hectáreas de selva sin talar y 10,8 hectáreas de bosques talados. Ni la disponibilidad de fruta ni la dieta variaron significativamente entre las zonas. La dieta era eminentemente folívora (43,4 % y 46,6 % en las zonas de selva sin talar y deforestada, respectivamente) y frugívora (43,9 % y 42,8 %). El uso que el grupo hacía del espacio estaba relacionado de manera positiva con las fuentes de suministro de frutas. En este estudio se ha documentado la habilidad de un grupo de A. belzebul en libertad para sobrevivir en un hábitat afectado por una tala de impacto reducido sin que ello afectase dramáticamente a sus patrones de comportamiento y alimentación

Hitac: a hierarchical taxonomic classifier for fungal ITS sequences compatible with QIIME2

Background Fungi play a key role in several important ecological functions, ranging from organic matter decomposition to symbiotic associations with plants. Moreover, fungi naturally inhabit the human body and can be beneficial when administered as probiotics. In mycology, the internal transcribed spacer (ITS) region was adopted as the universal marker for classifying fungi. Hence, an accurate and robust method for ITS classification is not only desired for the purpose of better diversity estimation, but it can also help us gain a deeper insight into the dynamics of environmental communities and ultimately comprehend whether the abundance of certain species correlate with health and disease. Although many methods have been proposed for taxonomic classification, to the best of our knowledge, none of them fully explore the taxonomic tree hierarchy when building their models. This in turn, leads to lower generalization power and higher risk of committing classification errors. Results Here we introduce HiTaC, a robust hierarchical machine learning model for accurate ITS classification, which requires a small amount of data for training and can handle imbalanced datasets. HiTaC was thoroughly evaluated with the established TAXXI benchmark and could correctly classify fungal ITS sequences of varying lengths and a range of identity differences between the training and test data. HiTaC outperforms state-of-the-art methods when trained over noisy data, consistently achieving higher F1-score and sensitivity across different taxonomic ranks, improving sensitivity by 6.9 percentage points over top methods in the most noisy dataset available on TAXXI. Conclusions HiTaC is publicly available at the Python package index, BIOCONDA and Docker Hub. It is released under the new BSD license, allowing free use in academia and industry. Source code and documentation, which includes installation and usage instructions, are available at https://gitlab.com/dacs-hpi/hitac

Variação do valor nutricional de caprinos Serranos ecótipo Jarmelista com diferentes graus de maturidade

O teor de gordura da carne dos caprinos é inferior em 47 e 54% relativamente à da carne dos bovinos e dos ovinos, respectivamente. A maior parte da gordura daqueles animais situa-se na cavidade abdominal, sendo retirada aquando da obtenção da carcaça, reduzindo desta forma o teor de gordura subcutânea o que, sob o ponto de vista de saúde, pode ter efeitos benéficos em relação à carne de bovinos e de suínos. Este estudo teve como objectivo caracterizar a carne de carcaças de caprinos machos e fêmeas desde os 10% até aos 40% de maturidade. Utilizaram-se 21 machos e 21 fêmeas, da raça caprina serrana ecótipo jarmelista, alimentados em prado de sequeiro natural. Quando os animais atingiram o grau de maturidade para abate, este foi efectuado após um jejum de 24 horas. As amostras de cada carcaça foram obtidas por dissecação, sendo o músculo e a gordura triturados e homogeneizados por forma a obter uma amostra de músculo e de gordura (gordura subcutânea com a gordura intermuscular). As amostras foram armazenadas a -18ºC até as análises serem efectuadas. A determinação da Humidade foi realizada pelo método II da NP– 1614 (1979). A determinação da proteína bruta foi efectuada pelo método de Kjeldhal, segundo a NP– 1612 . Para a determinação da gordura utilizou-se método de Soxhlet, segundo a NP– 1224 (1982). Com os resultados obtidos verifica-se que os caprinos são animais com baixo teor de tecido adiposo, apresentando os machos ligeiramente mais músculo, mais osso e menos gordura do que as fêmeas. Os teores de gordura na carcaça de caprino foram de 12,5% e 14,5% para os machos e as fêmeas respectivamente. Nas fêmeas, contrariamente aos machos, a distribuição da gordura, faz-se tanto no músculo como no tecido adiposo. Constatou-se também que as fêmeas apresentavam teores de proteína ligeiramente mais elevados (21,7%) do que os machos (20,9%) sem contudo haver diferença significativa entre os grupos. Quanto ao conteúdo mineral também não se observaram diferenças estatisticamente significativas Verifica-se assim que a carne dos caprinos é uma fonte de carne magra e quando consumida como parte integrante de uma dieta variada, equilibrada e em associação com o exercício físico, esta carne é saudável e benéfica, podendo contribuir para a prevenção de algumas patologias, nomeadamente as doenças cardiovasculares

A sustentabilidade na cadeia produtiva de óleo de palma no Brasil: o caso da Agropalma (Paper 464)

A tendência global de buscar produções mais sustentáveis chegou à cadeia de palma de óleo (ou dendê), apontada como um dos motores de desmatamento nos trópicos.  A “Round Table on Sustainable Palm Oil” - RSPO tem proposto padrões de sustentabilidade, seguindo uma tendência de mercado. Outros selos de qualidade também emprestam credibilidade às empresas. O grupo Agropalma é um relevante player do óleo de palma no Brasil e, portanto, de grande visibilidade. O presente estudo revisou os compromissos de sustentabilidade declarados pela Agropalma, sua inserção no sistema de certificações e como estudos recentes avaliam sua performance socioambiental. A Agropalma tem demostrado interesse na melhoria de sua performance comprovado pela conquista de 12 selos de qualidade e certificação de acordo com os padrões RSPO. No entanto, a sustentabilidade socioambiental de sua atividade produtiva tem sido criticada por diversos estudos, em especial quanto a sua relação com pequenos agricultores (e.g., assimetria nos contratos, concentração de terras e endividamento do agricultor). A sustentabilidade da cadeia do dendê interessa a diferentes stakeholders. Dessa forma, a melhoria dos padrões de sustentabilidade na produção do dendê dependerá de críticas construtivas por parte dos pesquisadores, ações efetivas por parte da empresa e um aperfeiçoamento dos processos de monitoramento pelos órgãos certificadores para que haja um fortalecimento dos processos de certificação da cadeia da palma.Palavras-chave: Agropalma. Certificação. Palma. Sustentabilidad

Divergência genética em populações de coqueiro-anão e gigante (Cocos nucifera L.) via marcadores SSR.

O objetivo deste trabalho foi estudar a divergência genética de 17 populações de coqueiro (Cocos nucifera L.) a fim de determinar possíveis cruzamentos para obtenção de híbridos com base em suas distâncias genéticas. Foram utilizadas populações provenientes de diferentes regiões produtoras no Brasil, incluindo os estados do Pará (BGD-OLD-PA e BGD-PA), Ceará (TALL-PF-CE, YD-GRAM-CE, RD-GRAM-CE, BGDxCRD-CE, CRD-CE e BGD-PA-CE), Paraíba (BGD-FS-PB e BGD-SOUZA-PB), Sergipe (MYD-SE e MRD-SE), Piauí (BGD-PI), Bahia (BGD-BA) e Rio Grande do Norte (Gigante de Touros e BGD-JIQUI), além de uma população oriunda do México (MEXICAN). Através dos locos microssatélites analisados foram calculadas as distâncias genéticas entre as populações para a obtenção do agrupamento via método hierárquico UPGMA, além da AMOVA para a obtenção das variâncias entre e dentre dessas populações. Observou-se uma clara distância genética entre os anões em relação ao grupo dos gigantes, além de uma diferença considerável na amplitude da variabilidade no que diz respeito a esses dois grupos. Foi observada a formação de cinco grupos englobando as populações de coqueiro anão e a alocação de tais populações segue uma lógica no que se refere a localização geográfica do local de coleta com exceção do MEXICAN e o BGD-JIQUI. A AMOVA mostrou que existe variabilidade tanto dentro (59%) como entre populações (41%) evidenciando a possibilidade na obtenção de híbridos não apenas entre ecótipos gigante versus anão, mas também, entre ecótipos anão e até mesmo entre populações BGD – populações de anão-verde do Brasil

SIMBA: a web tool for managing bacterial genome assembly generated by Ion PGM sequencing technology

Background The evolution of Next-Generation Sequencing (NGS) has considerably reduced the cost per sequenced-base, allowing a significant rise of sequencing projects, mainly in prokaryotes. However, the range of available NGS platforms requires different strategies and software to correctly assemble genomes. Different strategies are necessary to properly complete an assembly project, in addition to the installation or modification of various software. This requires users to have significant expertise in these software and command line scripting experience on Unix platforms, besides possessing the basic expertise on methodologies and techniques for genome assembly. These difficulties often delay the complete genome assembly projects. Results In order to overcome this, we developed SIMBA (SImple Manager for Bacterial Assemblies), a freely available web tool that integrates several component tools for assembling and finishing bacterial genomes. SIMBA provides a friendly and intuitive user interface so bioinformaticians, even with low computational expertise, can work under a centralized administrative control system of assemblies managed by the assembly center head. SIMBA guides the users to execute assembly process through simple and interactive pages. SIMBA workflow was divided in three modules: (i) projects: allows a general vision of genome sequencing projects, in addition to data quality analysis and data format conversions; (ii) assemblies: allows de novo assemblies with the software Mira, Minia, Newbler and SPAdes, also assembly quality validations using QUAST software; and (iii) curation: presents methods to finishing assemblies through tools for scaffolding contigs and close gaps. We also presented a case study that validated the efficacy of SIMBA to manage bacterial assemblies projects sequenced using Ion Torrent PGM. Conclusion Besides to be a web tool for genome assembly, SIMBA is a complete genome assemblies project management system, which can be useful for managing of several projects in laboratories. SIMBA source code is available to download and install in local webservers at http://ufmg-simba.sourceforge.net

Segurança alimentar de famílias extrativistas de açaí na Amazônia Oriental brasileira: o caso da Ilha das Cinzas.

A vulnerabilidade de povos extrativistas da Amazônia à insegurança alimentar (IA) ainda é invisível nas estatísticas oficiais. Este estudo determinou o nível de IA e suas causas em famílias extrativistas de açaí da Ilha das Cinzas, Gurupá, Pará, Brasil. A IA foi avaliada na entressafra do fruto açaí (dezembro a fevereiro de 2019), usando a Escala Brasileira de Insegurança Alimentar. De 31 famílias amostradas, cerca de 65% possuíram segurança alimentar e cerca de 35% das famílias apresentaram insegurança leve a severa. A variável "produção/consumo agrícola familiar local" foi negativamente relacionada com a IA. O açaí continua prevalente na dieta e na geração de renda das famílias. A presença de alimentos industrializados e ultraprocessados (ricos em gordura, em conservantes artificiais, em açúcar e em sal) na dieta de populações extrativistas espelha as mudanças nos hábitos alimentares, também observadas, de forma geral, na população brasileira. Populações extrativistas amazônicas devem ser mais bem acompanhadas, quanto à incidência de IA

Critérios de seleção (GND E D160) para velocidade de crescimento em bubalinos de corte.

O objetivo deste trabalho foi comparar dois critérios de seleção para velocidade de crescimento em bubalinos de corte. Para essa finalidade foram comparadas as características, o ganho médio diário de peso do nascimento ao desmame (GND) e dias para ganhar 160 kg do nascimento ao desmame (D160). Para a comparação dos dois critérios estudados, utilizaram-se as correlações de Pearson e Spearman dos valores genéticos preditos dos animais. As estimativas dos coeficientes de herdabilidades (efeito direto) para as duas características foram semelhantes e iguais a 0,42. Já as herdabilidades maternas foram de baixa magnitude e iguais 0,05 e 0,03, para GND e D160, respectivamente. Constatou-se alto grau de correlação, de Pearson e Spearman, entre os dois critérios de seleção, quando analisados todos os animais. Entretanto, a classificação dos vinte melhores touros foi modificada pelo critério de seleção adotado

Caracterização fenotípica e genética da produção de leite e do intervalo entre partos em bubalinos da raça Murrah.

O objetivo deste trabalho foi estimar as correlações, herdabilidades, repetibilidades, tendências genéticas e fenotípicas, e avaliar as distribuições univariada e bivariada da produção de leite e do intervalo entre partos, em fêmeas bubalinas da raça Murrah, paridas no período de 1982 a 2003. As tendências genéticas e fenotípicas foram estimadas pelas regressões das variáveis dependentes sobre o ano de parto, pelos métodos: regressão linear e regressão não paramétrica, utilizando-se a função de alisamento Spline. As herdabilidades estimadas foram 0,21 e 0,02, e as repetibilidades, 0,32 e 0,06, para a produção de leite e intervalo entre partos, respectivamente. As correlações genética, fenotípica e ambiental foram -0,22, 0,01 e 0,03, respectivamente. As tendências genéticas (regressão linear) foram significativas e iguais a 1,57 kg por ano e 0,085 dia por ano, e as tendências fenotípicas foram 27,74 kg por ano e 0,647 dia por ano, para a produção de leite e intervalo entre partos, respectivamente, tendo sido significativa apenas para a produção de leite. A correlação negativa sugere a existência de antagonismo favorável entre produção de leite e intervalo entre partos; assim é possível selecionar animais com altos valores genéticos para a produção de leite e com menores valores para o intervalo entre partos