The NER-related gene GTF2H5 predicts survival in high-grade serous ovarian cancer patients

We aimed to evaluate the prognostic and predictive value of the nucleotide excision repair-related gene GTF2H5, which is localized at the 6q24.2-26 deletion previously reported by our group to predict longer survival of high-grade serous ovarian cancer patients. In order to test if protein levels of GTF2H5 are associated with patients' outcome, we performed GTF2H5 immunohistochemical staining in 139 high-grade serous ovarian carcinomas included in tissue microarrays. Upon stratification of cases into high- and low-GTF2H5 staining categories (> and ≤ median staining, respectively) Kaplan-Meier and log-rank test were used to estimate patients' survival and assess statistical differences. We also evaluated the association of GTF2H5 with survival at the transcriptional level by using the on-line Kaplan-Meier plotter tool, which includes gene expression and survival data of 855 high-grade serous ovarian cancer patients from 13 different datasets. Finally, we determined whether stable short hairpin RNA-mediated GTF2H5 downregulation modulates cisplatin sensitivity in the SKOV3 and COV504 cell lines by using cytotoxicity assays. Low expression of GTF2H5 was associated with longer 5-year survival of patients at the protein (hazard ratio [HR], 0.52; 95% CI, 0.29 to 0.93; p=0.024) and transcriptional level (HR, 0.80; 95% CI, 0.65 to 0.97; p=0.023) in high-grade serous ovarian cancer patients. We confirmed the association with 5-year overall survival (HR, 0.55; 95% CI, 0.38 to 0.78; p=0.0007) and also found an association with progression-free survival (HR, 0.72; 95% CI, 0.54 to 0.96; p=0.026) in a homogenous group of 388 high-stage (stages III-IV using the International Federation of Gynecology and Obstetrics staging system), optimally debulked high-grade serous ovarian cancer patients. GTF2H5- silencing induced a decrease of the half maximal inhibitory concentration upon cisplatin treatment in GTF2H5 -silenced ovarian cancer cells. Low levels of GTF2H5 are associated with enhanced prognosis in high-grade serous ovarian cancer patients and may contribute to cisplatin sensitization

Virulence of Spanish "Phytophthora nicotianae" isolates towards "Capsicum annuum" germplasm and pathogenicity towards "Lycopersicum esculentum"

La virulencia de seis aislados de Phytophthora nicotianae Breda de Haan recopilados en España sobre los cultivares de Capsicum annuum L. habitualmente empleados para la determinación de patotipos de P. capsici Leonian -SCM 334, PI201234 y Yolo Wonder- ha resultado ser muy similar a la registrada por este último oomiceto pero diferente de la registrada por el aislado de referencia 411.87 de P. nicotianae, recopilado en Alemania. Las virulencias de sendos aislados de estos dos oomicetos fueron diferentes cuando se inocularon sobre cultivares locales de Capsicum. Aunque el nivel de resistencia del germoplasma local a P. nicotianae no es completo e inferior al registrado por las líneas SCM 334 y PI201234, los niveles registrados por ciertos genotipos locales -como Co 12B y Co3.25- fueron elevados. Ninguno de los seis aislados de P. nicotianae recopilados en Galicia resultó ser patogénico sobre Lycopersicum esculentum cv. S. Pedro, en contraste con lo registrado por el aislado de P. capsici inoculado, que produjo podredumbres netas de cuello y raíz en este hospedador.The virulence of six northwestern Spanish Phytophthora nicotianae Breda de Haan isolates towards the pepper (Capsicum annuum) cultivars commonly used for the determination of P. capsici Leonian pathotype (SCM 334, PI201234 and Yolo Wonder), was similar to that of the latter oomycete but different to that of the German reference isolate P. nicotianae 411.87. When nine local C. annuum cultivars were inoculated with a P. nicotianae isolate of well known pathogenicity, the virulence recorded was significantly different to that recorded for P. capsici. Though the average level of resistance of the northwestern Spanish Capsicum germplasm to P. nicotianae was incomplete and weaker than that recorded for the SCM 334 and PI201234 cultivars, genotypes Co 12B and Co 3.25 showed high resistance to this oomycete. None of the six northwestern Spanish P. nicotianae isolates tested were pathogenic towards Lycopersicum esculentum cv. S. Pedro, unlike P. capsici, which produced clear collar and root rot in this host

Short communication. Telluric pathogens isolated from bean plants with collar and root rots in northwest Spain

Durante los años 2004 y 2005 se llevó a cabo en Galicia la identificación de los patógenos que formaban parte del complejo parasitario responsable del mal de pie en el cultivo de la judía, así como la evaluación de su poder patógeno. Los hongos y oomicetos patógenos potenciales aislados sobre un total de 419 plantas de judía (Phaseolus vulgaris L.) con síntomas de mal de pie, muestreados durante dicho período en Galicia, fueron los siguientes: Fusarium solani f. sp. phaseoli (Burkh.) W.C. Snyder & Hansen, Rhizoctonia solani Kühn, Pythium ultimum Trow, Pythium Grupo G, Fusarium avenaceum (Fr.) Sacc., F. culmorum W. G. Sm. (Sacc.), Botrytis cinerea Pers., Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary y Sclerotium rolfsii Sacc. El patógeno más frecuentemente aislado fue F. solani f. sp. phaseoli, detectado en el 63,7% de las explotaciones muestreadas, así como en el 19,3% de las plantas analizadas, seguido de R. solani y de Pythium spp. Las pruebas de inoculación de 14 aislamientos de estos hongos y oomicetos sobre las variedades de judía Musica y Zondra indicaron que F. solani f. sp phaseoli posee el mayor poder patógeno, mientras que F. avenaceum y F. culmorum no resultaron ser patogénicos sobre ninguna de las dos variedades inoculadas. Los resultados de este trabajo confirman que F. solani y R. solani son los principales patógenos responsables del mal de pie de la judía en Galicia, complejo parasitario que incluye también a P. ultimum y P. Grupo G en los primeros estadíos del cultivo

Resistance of pepper germplasm to "Phytophthora capsici" isolates collected in northwest Spain

Se inocularon ocho aislados de Phytophthora capsici Leonian sobre genotipos de Capsicum annuum con origen diverso, incluyendo la línea Serrano Criollo de Morelos 334, conocida por su elevada resistencia al patógeno, encontrándose un único patotipo (raza 0) en Galicia. La inoculación de tres aislados de P. capsici recopilados en Galicia sobre 23 líneas locales de Capsicum annuum, no permitió encontrar ninguna fuente de resistencia completa al patógeno. Sin embargo, el análisis de la varianza del factor gravedad de la enfermedad en el ensayo de inoculación de P. capsici sobre germoplasma local de pimiento mostró diferencias significativas en la interacción genotipo-aislado, así como diferencias de virulencia entre los aislados inoculados. Se discute también la metodología de evaluación de la virulencia de este patógeno sobre C. annuum, así como los métodos de mejora genética de la resistencia al mismo

Telluric pathogens isolated from blighted pepper ("Capsicum annuum" L.) plants in northwestern Spain

A survey of blighted pepper (Capsicum annuum L.) plants covering 120 farms in northwestern Spain was performed between 2001 and 2004 with the aim of identifying the main telluric pathogens associated with the disease in this part of the country. The following potential telluric pathogens were isolated from the 755 diseased plants inspected: Phytophthora capsici Leonian, P. nicotianae Breda de Haan, Verticillium dahliae Kleb., Rhizoctonia solani Kühn, Sclerotium rolfsii Sacc., Fusarium solani Mart. (Sacc.) and Botrytis cinerea Pers. R. solani was the most commonly isolated pathogen; this was detected on 38% of the farms and isolated from 16% of the plants analysed. Inoculation tests were performed with isolates of P. capsici, P. nicotianae and F. solani on C. annuum cv. Yolo Wonder. These confirmed P. nicotianae as a pepper pathogen, but with weaker pathogenic behaviour than P. capsici. F. solani was confirmed as a secondary pathogen.Entre los años 2001 y 2004 se llevó a cabo una prospección de plantas de pimiento (Capsicum annuum L.) con síntomas de marchitamientos y amarilleos en 120 explotaciones de Galicia, con la finalidad de identificar los patógenos telúricos asociados a estos síntomas. Se analizaron 755 plantas de las que se aislaron los siguientes hongos telúricos potencialmente patógenos: Phytophthora capsici Leonian, P. nicotianae Breda de Haan, Verticillium dahliae Kleb., Rhizoctonia solani Kühn, Sclerotium rolfsii Sacc., Fusarium solani Mart. (Sacc.) y Botrytis cinerea Pers. R. solani resultó ser el hongo más frecuente, ya que se detectó en el 38% de las explotaciones muestradas y en el 16% del total de plantas analizadas. Las pruebas de inoculación realizadas con cepas de P. capsici, P. nicotianae y F. solani sobre la variedad Yolo Wonder confirmaron que P. nicotianae es un patógeno de pimiento, si bien resulta menos virulento que P. capsici, y que F. solani se comporta como un patógeno secundario

Incidencia de la Fusariosis vascular en los cultivos de clavel de Galicia

Con la finalidad de realizar una aproximación fitopatológica del cultivo del clavel en Galicia y tratar de determinar si la fusariosis vascular producida por Fusarium oxysporum f. sp. dianthi es la enfermedad de mayor importancia en este cultivo al igual de lo que ocurre en otras zonas de cultivo en España y el Mundo, se plantearon 2 prospecciones fitosanitarias en 8 comarcas de Galicia en las que este cultivo tiene importancia. Paralelamente se analiza el estado sanitario de una muestra de los esquejes de plantación que llegan a esta Comunidad Autónoma contrastando dichos resultados analíticos con los de plantas de clavel adultas analizadas en el Laboratorio Agrario y Fitopatológico de Galicia entre los años 1989 y 1993, años en los que este cultivo tuvo una mayor expansión en Galicia. Por último se determina el poder patógeno de 36 aislados de Fusarium oxysporum recopilados en 5 de las 8 zonas prospectadas. Los resultados de las prospecciones fueron significativos: Fusarium oxysporum aislado del sistema vascular de plantas de clavel con marchitamientos ó amarilleos fue el patógeno de suelo con mayor presencia en los análisis, detectándose en 7 de las 8 zonas de clavel prospectadas en Galicia, Østos resultados coincidían plenamente con los obtenidos de las plantas enfermas de clavel enviadas y analizadas en el Laboratorio. La detección de la enfermedad en un 24% de las explotaciones que cultivaban el clavel por primera vez indujo a pensar en la existencia de fuentes externas de introducción del inóculo del patógeno, hipótesis confirmada tras el análisis de los esquejes de plantación. El poder patógeno de 33 de los 36 aislamientos recopilados e inoculados confirmó la existencia de Fusarium oxysporum f. sp. dianthi en las explotaciones de clavel de Galicia

Variación genética y patogénica de Fusarium oxysporum f. sp. dianthi en España

Con el fín de profundizar en el conocimiento de la variabilidad de Fusarium oxysporum f. sp. dianthi en España, se realizó un estudio de un total de 53 aislados de este hongo, colectados en Galicia y el Sureste, junto con un grupo de ocho cepas de referencia. Se caracterizó la raza de cada aislado mediante la reacción de patogeneicidad en hospedantes diferenciales, y se determinaron sus grupos de compatibilidad vegetativa y sus pautas de amplificación mediante RAPD-PCR. De los 53 aislados, 49 fueron patogénicos, perteneciendo 46 a la raza 2, dos a la raza 4 y uno a la raza 1. Este gran predominio de la raza 2 es similar al observado en otros países. Todos los aislados de la misma raza, pertenecieron al mismo VCG y presentaron una pauta RAPD-PCR muy similar. Tres aislados no patogénicos del Sureste, presentaron cada uno un VCG y una pauta RAPD-PCR específica. La gran consistencia de los datos de VCGs y RAPD-PCR con la reacción de patogeneicidad de F. o. dianthi, pone de manifiesto el interés de estos métodos para una determinación rápida de determinadas razas de este hongo

Evaluación de la resistencia de variedades comerciales de clavel de patotipos de Fusarium oxysporum f. Sp. Dianthi detectados en Galicia

Tras inocular, bajo condiciones de invernadero de vidrio, un total de 36 cultivares de clavel con aislamientos de Fusarium oxysporum f. sp. dianthi pertenecientes a los patotipos 2, 4 y 5 -aislamientos que fueron en parte recopilados en las explotaciones de clavel de Galicia y otra parte enviados por el profesor GARIBALDI como patotipos de referencia- se observa una gran similitud de comportamiento patogénico entre los patotipos 2 y 5 que se diferencia significativamente de la registrada por el patotipo 4. Entre los 36 cultivares inoculados, 6 de ellos - TIA MARIA, SCARLETT, BLUE, IVORY y CONFETTI- tuvieron una elevada tolerancia que se mantiene, para dichas variedades, en unas determinadas condiciones de invernadero comercial infectado de forma natural por el patotipo 2 del ho

Corrigendum to“Challenges and opportunities of cfDNA analysisimplementation in clinical practice: Perspective of the International Societyof Liquid Biopsy (ISLB)”[Crit. Rev. Oncol. Hematol. 151 (July) (2020)102978]

Precision medicine was born with the development of new diagnostic techniques and targeted drugs, yielding better outcomes in cancer care. With the evolution and increasing sensitivity for detecting oncogenic drivers, liquid biopsies (LBs), specifically cell-free DNA (cfDNA) analysis, have been proposed as a minimally-invasive technique for genomic profiling. Ranging from sequencing techniques to PCR-based methods and other more complex strategies, this approach, currently applicable in some solid tumors with robust evidence, is showing promising opportunities in other cancers. However, difficulties in validating their clinical utility exist within limitation at different levels among several techniques, reporting of the results, lack of appropriate clinical trial designs, and unknown economic impact. One of the aims of the ISLB is to create recommendations to develop reliable and sustainable diagnostic, prognostic and predictive tools using LBs. This paper is addressing these objectives, helping the healthcare providers and scientific community to understand the potential of LB