Novel Approaches for Fungal Transcriptomics from Host Samples.

Candida albicans adaptation to the host requires a profound reprogramming of the fungal transcriptome as compared to in vitro laboratory conditions. A detailed knowledge of the C. albicans transcriptome during the infection process is necessary in order to understand which of the fungal genes are important for host adaptation. Such genes could be thought of as potential targets for antifungal therapy. The acquisition of the C. albicans transcriptome is, however, technically challenging due to the low proportion of fungal RNA in host tissues. Two emerging technologies were used recently to circumvent this problem. One consists of the detection of low abundance fungal RNA using capture and reporter gene probes which is followed by emission and quantification of resulting fluorescent signals (nanoString). The other is based first on the capture of fungal RNA by short biotinylated oligonucleotide baits covering the C. albicans ORFome permitting fungal RNA purification. Next, the enriched fungal RNA is amplified and subjected to RNA sequencing (RNA-seq). Here we detail these two transcriptome approaches and discuss their advantages and limitations and future perspectives in microbial transcriptomics from host material

Resultados preliminares do projeto zoneamento do déficit hídrico do TSA utilizando técnicas de teledetecção espacial.

Definição do problema; Apresentação do organograma de trabalho a ser realizado; Dados tratados; Constituição do arquivo bruto.bitstream/item/143278/1/ID-31857.pdfNão publicado

Variabilidade entre diploides (AA) de bananeira do banco ativo de germoplasma da Embrapa Mandioca e Fruticultura.

Dentre as frutíferas, a banana ocupa a segunda posição na produção mundial, sendo superada apenas pela melancia, com 100,7 milhões de toneladas. A produção brasileira de banana está distribuída por todo o território nacional, sendo a região Nordeste a maior produtora (34%), seguida das Regiões Norte (FAO, junho de 2011). Destacando-se os Estados da Bahia, Ceará, Pernambuco e Rio Grande do Norte. Nestes Estados, a produção de banana acontece principalmente nos polos de fruticultura irrigada. (SENA et al.,2011).1 CD-ROM

Análise de trilha para número de frutos em diploides melhorados de bananeira.

De acordo com a FAO (2012), em 2010, a banana foi produzida em mais de 130 países, com uma produção mundial de aproximadamente 100 milhões de toneladas. A produtividade em bananeira é um caráter complexo, que resulta da associação de diferentes fatores, influenciados pelo ambiente, principalmente se a seleção em um deles apresenta dificuldades (CRUZ et al., 2004). Assim, para que a seleção seja realizada de maneira eficiente, faz-se necessário o conhecimento das associações entre caracteres de grande importância para a cultura (AMORIM et al., 2008)

Correlação fenotípica em acessos diploides (AA) melhorados de bananeira.

A bananicultura destaca-se como uma atividade de grande importância econômica e social. No Brasil, verifica-se o cultivo da bananeira em todas as regiões geográficas, da faixa litorânea aos planaltos do interior. Os problemas enfrentados pela cultura são vários, abrangendo desde produtividade e qualidade dos frutos inadequadas, a questões mais específicas, como resistência a pragas (SILVA et al., 2005; CORDEIRO et al., 2005)

Hibridações em bananeiras com potencial ornamental.

O interesse por plantas ornamentais tropicais tem crescido nos últimos anos, gerando uma demanda constante por novas espécies e variedades para alimentar o mercado, exigente de novidades. O programa de melhoramento genético de bananeira conduzido na Embrapa Mandioca e Fruticultura tem gerado híbridos que apresentam potencial para uso ornamental, como mini-frutos, flor de corte, plantas de vaso e paisagismo. Este trabalho teve como objetivo realizar hibridações utilizando 19 diferentes acessos com características interessantes potencial para uso como ornamental, como parentais masculinos ou femininos. A maioria dos cruzamentos realizados gerou sementes, com exceção do BGB3 x BGB10 e RM09 x RM09, entretanto a percentagem de germinação, em geral, foi baixa (inferior a 50%). Dos 49 cruzamentos realizados, apenas seis apresentaram germinação acima de 50%, destacando-se o RM21 x BGB10 com uma taxa de germinação de 93%

Examining the virulence of Candida albicans transcription factor mutants using Galleria mellonella and mouse infection models.

The aim of the present study was to identify Candida albicans transcription factors (TFs) involved in virulence. Although mice are considered the gold-standard model to study fungal virulence, mini-host infection models have been increasingly used. Here, barcoded TF mutants were first screened in mice by pools of strains and fungal burdens (FBs) quantified in kidneys. Mutants of unannotated genes which generated a kidney FB significantly different from that of wild-type were selected and individually examined in Galleria mellonella. In addition, mutants that could not be detected in mice were also tested in G. mellonella. Only 25% of these mutants displayed matching phenotypes in both hosts, highlighting a significant discrepancy between the two models. To address the basis of this difference (pool or host effects), a set of 19 mutants tested in G. mellonella were also injected individually into mice. Matching FB phenotypes were observed in 50% of the cases, highlighting the bias due to host effects. In contrast, 33.4% concordance was observed between pool and single strain infections in mice, thereby highlighting the bias introduced by the "pool effect." After filtering the results obtained from the two infection models, mutants for MBF1 and ZCF6 were selected. Independent marker-free mutants were subsequently tested in both hosts to validate previous results. The MBF1 mutant showed impaired infection in both models, while the ZCF6 mutant was only significant in mice infections. The two mutants showed no obvious in vitro phenotypes compared with the wild-type, indicating that these genes might be specifically involved in in vivo adapt

Regularization of a three-body problem with zero-range potentials

We propose a coordinate-space regularization of the three-body problem with zero-range potentials. We include the effective range and the shape parameter in the boundary condition of the zero-range potential. The proposed extended zero-range model is tested against atomic helium trimers and is shown to provide an adequate quantitative description of these systems