Study of musical gesture in Villa-Lobos’ String Quartet No. 1

Este trabalho tem como objetivo analisar aspectos do gesto musical no Quarteto de cordas n.° 1 de Villa-Lobos. Esse quarteto tem característica de suíte, em que Villa-Lobos indica com títulos sugestivos, além das indicações de andamento, cada um de seus seis movimentos. O principal referencial teórico utilizado foi extraído do livro Interpreting musical gestures, topics and tropes de Robert Hatten (2004). São utilizados conceitos como os de gestos espontâneos, temáticos, dialógicos, rítmicos a partir de exemplos extraídos dos diversos movimentos do referido quarteto.This paper aims to analyze aspects of musical gesture in Villa-Lobos’ String quartet n.º 1. This quartet has the characteristic of a suite, in which Villa-Lobos indicates suggestive titles, in addition to the tempo indications, each one of its six movements. The main theoretical reference used was extracted from the book Interpreting musical gestures, topics and tropes by Robert Hatten (2004). Concepts such as spontaneous, thematic, dialogic, rhythmic gestures are used from examples extracted from various movements of the quartet in focus

AdapterRemoval v2:rapid adapter trimming, identification, and read merging

BACKGROUND: As high-throughput sequencing platforms produce longer and longer reads, sequences generated from short inserts, such as those obtained from fossil and degraded material, are increasingly expected to contain adapter sequences. Efficient adapter trimming algorithms are also needed to process the growing amount of data generated per sequencing run. FINDINGS: We introduce AdapterRemoval v2, a major revision of AdapterRemoval v1, which introduces (i) striking improvements in throughput, through the use of single instruction, multiple data (SIMD; SSE1 and SSE2) instructions and multi-threading support, (ii) the ability to handle datasets containing reads or read-pairs with different adapters or adapter pairs, (iii) simultaneous demultiplexing and adapter trimming, (iv) the ability to reconstruct adapter sequences from paired-end reads for poorly documented data sets, and (v) native gzip and bzip2 support. CONCLUSIONS: We show that AdapterRemoval v2 compares favorably with existing tools, while offering superior throughput to most alternatives examined here, both for single and multi-threaded operations. ELECTRONIC SUPPLEMENTARY MATERIAL: The online version of this article (doi:10.1186/s13104-016-1900-2) contains supplementary material, which is available to authorized users

Considerações sobre o processo composicional do Quarteto nº 2 a partir de relações intertextuais com Villa-Lobos

No presente artigo apresentamos o processo composicional do Quarteto nº 2, de minha autoria, tendo em vista suas relações intertextuais com os quartetos de cordas 1, 6 e 14 de Heitor Villa-Lobos, que são objetos de minha pesquisa de doutorado em andamento. Discutimos as possibilidades do uso da textura musical como elemento referencial para a estruturação de uma nova obra a partir desses mesmos quartetos. Inicialmente, fizemos uma breve revisão da literatura sobre intertextualidade musical, apresentando conceitos desenvolvidos por Hatten, Barbosa e Barrenechea, Lima e Pitombeira e Dudeque, e sobre textura musical, apresentando conceitos de Berry e a contribuição de Levy sobre textura e forma, tendo em vista sua utilização no processo criativo da composição do Quarteto nº 2. Discutimos, em seguida, os diversos elementos provenientes da obra de Villa-Lobos para quarteto de cordas que foram utilizados na composição da nova obra, apresentando exemplos musicais e relacionando-os com os diversos tipos de intertextualidade. Assim, a estrutura formal em multimovimentos, o uso da forma livre, rapsódica, o uso de gesto formado por linhas em movimento contrário, a citação direta de motivo, o uso de texturas polifônicas imitativas com densidades diferentes, o uso do timbre específico da surdina e do violoncelo como condutor melódico e o uso de elementos relacionados com aspectos quantitativos e qualitativos texturais em um nível profundo, provenientes dos quartetos de cordas de Villa-Lobos foram importantes referências na concepção e realização da composição do Quarteto nº 2. Finalizamos apresentando possíveis desdobramentos do trabalho, sejam eles referentes à composição de novas obras para formações diferentes, a partir do uso de material proveniente da obra de Villa-Lobos, ou à composição de novos quartetos de cordas, utilizando outros compositores como referência

Fast, accurate and automatic ancient nucleosome and methylation maps with epiPALEOMIX

The first epigenomes from archaic hominins (AH) and ancient anatomically modern humans (AMH) have recently been characterized, based, however, on a limited number of samples. The extent to which ancient genome-wide epigenetic landscapes can be reconstructed thus remains contentious. Here, we present epiPALEOMIX, an open-source and user-friendly pipeline that exploits post-mortem DNA degradation patterns to reconstruct ancient methylomes and nucleosome maps from shotgun and/or capture-enrichment data. Applying epiPALEOMIX to the sequence data underlying 35 ancient genomes including AMH, AH, equids and aurochs, we investigate the temporal, geographical and preservation range of ancient epigenetic signatures. We first assess the quality of inferred ancient epigenetic signatures within well-characterized genomic regions. We find that tissue-specific methylation signatures can be obtained across a wider range of DNA preparation types than previously thought, including when no particular experimental procedures have been used to remove deaminated cytosines prior to sequencing. We identify a large subset of samples for which DNA associated with nucleosomes is protected from post-mortem degradation, and nucleosome positioning patterns can be reconstructed. Finally, we describe parameters and conditions such as DNA damage levels and sequencing depth that limit the preservation of epigenetic signatures in ancient samples. When such conditions are met, we propose that epigenetic profiles of CTCF binding regions can be used to help data authentication. Our work, including epiPALEOMIX, opens for further investigations of ancient epigenomes through time especially aimed at tracking possible epigenetic changes during major evolutionary, environmental, socioeconomic, and cultural shifts

Poéticas composicionais em peças estreadas na 21a temporada do Grupo Prelúdio 21

Este artigo apresenta aspectos das diferentes poéticas composicionais adotadas em peças estreadas durante a temporada 2019 do Grupo Prelúdio 21. O objetivo é demonstrar a pluralidade de procedimentos, técnicas e recursos utilizados nas composições de quatro dentre seus seis membros, além de descrever, em linhas gerais, aspectos da sua criação e da 21ª temporada de concertos realizada em 2019. Para alcançar o objetivo proposto, os quatro compositores selecionaram uma das peças estreadas em 2019 para comentar e retratar características relevantes da poética composicional, a partir de uma metodologia descritiva específica para cada composição. Dentre os diferenciados procedimentos presentes nas peças comentadas, podemos citar o dodecafonismo, a melodia de timbres, a textura pontilhística, o modalismo, aspectos do teatro musical (music theatre), a utilização de intervalos característicos, a auto-intertextualidade, o uso de recursos eletrônicos e de remissão a culturas tradicionais de povos originários. Concluímos que, além da ampla produção composicional e da participação de intérpretes renomados durante seus 21 anos de existência, o trabalho em conjunto dos compositores membros atuando também como produtores musicais foi decisivo para a existência e manutenção das temporadas de concertos do grupo. Assim, esperamos que a experiência coletiva de 21 anos de trabalho composicional em conjunto, talvez inédita no panorama mundial da música contemporânea de concerto contemporânea, irá encorajar o surgimento de novos grupos

Effectiveness of low-dose iron treatment in non-anaemic iron-deficient women: a prospective open-label single-arm trial

BACKGROUND: Iron deficiency without anaemia is highly prevalent and is particularly associated with fatigue, cognitive impairment, or poor physical endurance. Standard oral iron therapy often results in intestinal irritation with associated side effects and premature discontinuation of therapy, therefore, optimal oral iron therapy with sufficient iron absorption and minimal side effects is desirable. METHODS: Thirty-six iron-deficient non-anaemic premenopausal women (serum ferritin ≤30 ng/ml, haemoglobin ≥117 g/l) with normal body mass index (BMI) and no hypermenorrhea received 6 mg of elemental oral iron (corresponding to 18.6 mg ferrous sulphate) twice daily for 8 weeks. RESULTS: Participants treated with low-dose iron had an average age of 28 years and a BMI of 21 kg/m2. Their serum ferritin and haemoglobin increased significantly from 18 ng/ml to 33 ng/ml (p <0.001) and from 135 g/l to 138 g/l (p = 0.014), respectively. Systolic blood pressure increased from 114 mmHg to 120 mmHg (p = 0.003). Self-reported health status improved after 8 weeks (p <0.001) and only one woman reported gastrointestinal side effects (3%). CONCLUSION: This prospective open-label single-arm trial shows that oral iron treatment of 6 mg of elemental iron twice daily over 8 weeks is effective in iron-deficient non-anaemic women. Due to the negligible side effects, low-dose iron treatment is a valuable therapeutic option for iron-deficient non-anaemic women with normal BMI and menstruation. Further placebo-controlled studies with a larger number of participants are needed to confirm these results. ClinicalTrials.gov NCT0463606

ESTUDO EPIDEMIOLÓGICO E PERFIL DA SUSCETIBILIDADE DE AMOSTRAS DE CANDIDA ISOLADAS DE MULHERES COM CANDIDIASE VULVOVAGINAL EM FREDERICO WESTPHALEN – RS

As infecções causadas por Candida são micoses oportunistas reconhecidas desde o século V a.C.O gênero Candida é caracterizado como fungo leveduriforme, saprófita e oportunista, que sob determinadas condições multiplica-se, tornando-se patogênico. Células de Candida são encontradas navagina em 20% de mulheres sadias e assintomáticas. A candidíase vaginal ocorre, principalmente,nas mulheres que estão entre a puberdade e a menopausa, sugerindo dependência hormonal nainfecção. No período de agosto de 2004 a junho de 2005 foram realizadas coletas de amostras desecreções vaginais de mulheres com sintomatologia de infecção vulvovaginal atendidas em trêsestabelecimentos de saúde de Frederico Westphalen – RS. As amostras positivas foram identificadase a sensibilidade frente os antifúngicos fluconazol e anfotericina B foi avaliada. Os resultados obtidos demonstram que Candida spp. ocupou o quarto lugar dentre todas as espécies isoladas causando infecções vulvovaginais, sendo que a identificação apontou Candida albicans como espéciemais prevalentemente isolada. Os testes de suscetibilidade revelaram que Candida glabrata foimais sensível do que Candida albicans e Candida tropicalis a anfotericina B. Frente ao fluconazolCandida albicans e Candida tropicalis foram consideradas sensíveis. De acordo com as normas doNCCLS os isolados foram considerados sensíveis a anfotericina B e fluconazol

Structural shifts of aldehyde dehydrogenase enzymes were instrumental for the early evolution of retinoiddependent axial patterning in metazoans

Aldehyde dehydrogenases (ALDHs) catabolize toxic aldehydes and process the vitamin A-derived retinaldehyde into retinoic acid (RA), a small diffusible molecule and a pivotal chordate morphogen. In this study, we combine phylogenetic, structural, genomic, and developmental gene expression analyses to examine the evolutionary origins of ALDH substrate preference. Structural modeling reveals that processing of small aldehydes, such as acetaldehyde, by ALDH2, versus large aldehydes, including retinaldehyde, by ALDH1A is associated with small versus large substrate entry channels (SECs), respectively. Moreover, we show that metazoan ALDH1s and ALDH2s are members of a single ALDH1/2 clade and that during evolution, eukaryote ALDH1/2s often switched between large and small SECs after gene duplication, transforming constricted channels into wide opened ones and vice versa. Ancestral sequence reconstructions suggest that during the evolutionary emergence of RA signaling, the ancestral, narrow-channeled metazoan ALDH1/2 gave rise to large ALDH1 channels capable of accommodating bulky aldehydes, such as retinaldehyde, supporting the view that retinoid-dependent signaling arose from ancestral cellular detoxification mechanisms. Our analyses also indicate that, on a more restricted evolutionary scale, ALDH1 duplicates from invertebrate chordates (amphioxus and ascidian tunicates) underwent switches to smaller and narrower SECs. When combined with alterations in gene expression, these switches led to neofunctionalization from ALDH1-like roles in embryonic patterning to systemic, ALDH2-like roles, suggesting functional shifts from signaling to detoxification