NSeq: a multithreaded Java application for finding positioned nucleosomes from sequencing data

We introduce NSeq, a fast and efficient Java application for finding positioned nucleosomes from the high-throughput sequencing of MNase-digested mononucleosomal DNA. NSeq includes a user-friendly graphical interface, computes false discovery rates (FDRs) for candidate nucleosomes from Monte Carlo simulations, plots nucleosome coverage and centers, and exploits the availability of multiple processor cores by parallelizing its computations. Java binaries and source code are freely available at https://github.com/songlab/NSeq. The software is supported on all major platforms equipped with Java Runtime Environment 6 or later

Management of the Energy Business in the Countries with Developing Economies in the Conditions of the Integration Processes

The present article describes the problems, which are connected with consequences of the ever-increasing influence of the world integration processes upon the national economies in the sphere of energy business. At the global level, this influence is evident as the dependency of governmental budgets of the oil and gas sector from commercial interests of the international corporations, which are owners of the production enterprises in the countries with developing economies. Moreover, it creates new vectors and trends of development both for entire industry and for power markets particularly. Goal of this article is to test this hypothesis on the basis of the corporate structured approach with the help of statistical and financial methods and instruments. Another goal of this article is to determine degree of influence of corporations upon national economies of developing countries in the power-generating sector. As the result, we have succeeded in improvement of the LRD (Limited Risk Distributor), which is the model of the corporate business management. This model is topical one and it is applicable for any energy companies within corporate entities (holdings and groups of companies) in the countries with developing economies. Keywords: energy business; emerging markets; corporations; LRD management business model. JEL Classifications: F23; F36; G34; O13 DOI: https://doi.org/10.32479/ijeep.778

Развитие организационной структуры предприятий розничной торговли (на примере Чешской республики)

The goal of the research is to prove repetitiveness of changes in the organization structure of commercial enterprises. With regard to the goals of the research, such scientifically well-known paired notions as vertical and horizontal; high and flat; mechanical and organic can be considered as two basic types of organizational structures. The authors’ hypothesis is that these two types of structures – consequent and parallel – replace each other dialectically, and change qualitatively in the process of enterprises growth, but, at the same time, they maintain their constitutive properties at each level of organizations development.The retail sector was chosen as the object of analysis, since the generalized organizational structure in it is characterized by separate sales outlets, which makes it possible to conduct statistical processing of data. In this context, enterprises of similar size (in terms of number of employees and sales volume) and having similar (consequent or parallel) organizational structures can make groups that form the aggregate of commercial organizations. Cluster analysis is a generally accepted method of defining groups joining objects that are homogeneous with respect to certain criteria. Cluster analysis is the means of exploratory analysis, meant for natural clustering of the initial data set into groups. The IBM SPSS Statistics software was used for defining clusters.The analysis was conducted according to the data of the Czech Republic retail enterprises. The economy of this Central-European country was chosen, because, on the one hand, it is a part of the common market of the United Europe, and, on the other hand, it preserves its national currency. The research data were obtained from the database of Albertina Gold Edition of Bisnode Česká republika, a.s., including enterprises of all the sectors. 1695 retail organizations of all sizes were chosen from the total trade organizations for the research.As a result of the conducted analysis, six clusters were distinguished. When analyzing the average values of the variables in these clusters, they can be classified into four groups. The first group includes 1 105 small trade organizations with the fewest employees (in average, 5.4 people) and representing mainly retail traders or separate small shops. The second group (491 organizations) includes retail chains of small shops. The third group (70 organizations) includes quite large separate stores (supermarkets). In addition, the fourth group (29 organizations) includes large retail store chains (the average number of employees – more than 200, the average number of outlets – more than 23).Overall, the results of the conducted cluster analysis prove the suggested hypothesis. But, of course, the given research should be considered only as the first step, and a more convincing confirmation of alternating consequent and parallel organizational structures requires a more detailed study, including the analysis of certain organizations’ structure. Nevertheless, the obtained results allow suggesting, that the common scheme of retail organizations evolution can be represented as a universal one, since the underlying approaches can be used taking into account the necessary peculiarities for retail organizations of any country with a market economy or a separate region.Цель исследования заключается в доказательстве повторяемости изменений организационной структуры коммерческих организаций.С точки зрения целей исследования, такие известные в науке парные понятия, как вертикальные и горизонтальные; высокие и плоские; механические и органические могут рассматриваться как два базовых типа организационных структур. Гипотеза авторов статьи заключается в том, что эти два типа структур – последовательные и параллельные – диалектически сменяют друг друга, качественно изменяясь в процессе роста предприятий, но при этом на каждом новом уровне развития организаций сохраняют свои определяющие свойства.В качестве объекта анализа был выбран сектор розничной торговли, поскольку в нем обобщенная структура организации характеризуется отдельными торговыми точками, что позволяет проводить статистическую обработку данных. В этом контексте предприятия сходных размеров (по численности работников и объему продаж), а также обладающие сходными (последовательными или параллельными) организационными структурами, на наш взгляд могут образовывать группы, которые формируют всю совокупность коммерческих организаций.Общепринятым методом определения групп, объединяющих однородные по определенным критериям объекты, является кластерный анализ, который представляет собой средство разведочного анализа, предназначенный для естественного разбиения исходного набора данных на группы. Для выявления кластеров использовалась компьютерная программа IBM SPSS Statistics.Анализ проводился по данным предприятий розничной торговли Чешской Республики. Экономика этой центрально-европейской страны была выбрана, поскольку, с одной стороны, она является частью общего рынка объединенной Европы, а, с другой стороны, сохраняет национальную валюту.Данные для исследования были получены из базы данных Albertina Gold Edition of Bisnode Česká republika, a.s., включающей в себя предприятия всех отраслей. Для исследования из совокупности торговых организаций было отобрано 1 695 организаций розничной торговли всех размеров.В результате проведенного анализа было выделено 6 кластеров.Анализируя средние значения переменных в этих кластерах, их можно сгруппировать в 4 группы. Первая группа включает в себя 1 105 небольших торговых организаций с наименьшей численностью (в среднем 5,4 чел.) и, в большинстве своем, представляющие розничных торговцев или отдельные небольшие магазины. Во вторую группу (491 организация) вошли розничные сети небольших магазинов. В третью группу (70 организаций) вошли достаточно крупные отдельные магазины (супермаркеты). И, наконец, в четвертую группу (29 организаций) вошли крупные торговые сети (средняя численность работников – более 200, среднее количество торговых точек – свыше 23).Результаты проведенного кластерного анализа в целом подтверждают выдвинутую гипотезу. Но конечно, данное исследование должно рассматриваться лишь в качестве первого шага и более убедительное доказательство чередования последовательных и параллельных организационных структур требует также более глубокого изучения, включающего анализ структуры конкретных организаций. Тем не менее, полученные результаты позволяют предположить, что общая схема эволюции организации розничной торговли может быть представлена как универсальная, поскольку подходы, лежащие в ее основе, можно использовать с учетом необходимых особенностей для организаций розничной торговли любой страны с рыночной экономикой или отдельного региона

Исследование организационной структуры предприятий ритейла и образования методами статистического анализа

The purpose of the study. The purpose of the research is to define a previously developed theoretical evolution model of an organizational structure, that is based on the hypothesis that the two types of organizational structures, consecutive and parallel, succeed each other, undergoing quality changes with the growth and development of organisations, though pertaining properties which determine the structure characteristics and provide a sufficient growth of organizations’ efficiency. Following the results of the authors’ previous research, it was hypothesized that the growth of an organization during a transition from one to the other type of organization structure follows either intensive or extensive pattern and is defined by the type of the transformation.Materials and methods. The study analyzed the retail trade sector, with isolated branches that distinguish this type of organizational structures, and educational institutions. The authors believe that organizations of similar types possess similar (consecutive and parallel) organizational structures. Groups of similar objects were identified by the cluster analysis used for grouping basic data. Following this, the results of cluster analysis were defined and key factors for patterns of organizational development were selected by the principal component analysis. Also, the Objectives Tree method was applied to gauge the effect of the types of educational services on the performance of private educational organizations and their structure. The research analyzed the data obtained from the database of commercial organizations of Czech Republic.Results. In general, the proposed model of the evolution of an organizational structure in retail business was redefined, and the outcomes of the conducted analysis allow defining the following:– when transitioning from the parallel to the consecutive organizational structure, the growth can be described as intensive, and while the consecutive model transitions to the parallel organizational structure the growth follows the extensive pattern;– development of retail business is defined by the three key factors: size of an organization, its performance efficiency and lifetime. The cluster analysis of educational organisations revealed seven clusters. After analysis of average values of variables, these clusters can be grouped in five. These outcomes led to the additional research with Objectives Tree, which showed that both small and large educational organisations employ their certain typical features of educational services. A similar pattern describes certain types of educational services in the organisations of different lifetime.Conclusion. The outcomes of the cluster analysis of commercial organisations of two sectors of Czech Republic and their further analysis confirmed the suggested hypothesis and matched corresponding theoretical evolution models of organizational structures, the results also showed intensive growth when transitioning from the parallel to the consecutive organizational structure and extensive growth when the transition changes from the consecutive to the parallel organizational structure. The alternating patterns of consecutive and parallel structures, as well as suggested gauging of the transition effectiveness will allow owners and management staff to efficiently maintain sustainable development of commercial organisations.Цель исследования. Цель исследования состоит в уточнении разработанной авторами теоретической модели эволюции организационной структуры, которая базируется на гипотезе о том, что два типа организационных структур – последовательная и параллельная – сменяют друг друга, качественно изменяясь в процессе роста и развития организаций, но сохраняют свойства, определяющие характеристики структуры и обеспечивают существенный рост эффективности их деятельности. По результатам ранее проведенных авторами исследований была выдвинута гипотеза, что рост организаций при переходе от одного к другому типу организационной структуры имеет разный характер – интенсивный или экстенсивный и определяется способом трансформации организации.Материалы и методы. В качестве объектов анализа были выбраны сектора розничной торговли, на предприятиях которого организационная структура во многом определяется обособленными подразделениями и образовательные организации. Организации сходных размеров, по мнению авторов, обладают сходными (последовательными или параллельными) организационными структурами. Для определения групп, объединяющих однородные объекты, применялся кластерный анализ, предназначенный для разбиения исходного набора данных на группы. С целью уточнения результатов кластерного анализа и выделения ключевых факторов, определяющих закономерности организационного развития, использовался метод главных компонент. Была проведена оценка влияния видов оказываемых образовательных услуг на эффективность деятельности частных образовательных организаций и их структуру с использованием метода построения дерева целей Исследования проводились по показателям организаций, полученным из базы данных коммерческих организаций Чешской РеспубликиРезультаты. Предложенная авторами модель эволюции организационной структуры организаций розничной торговли в целом подтвердилась. При этом, результаты проведенного анализа позволили внести следующие уточнения:- при переходе от параллельной организационной структуры к последовательной рост организации носит интенсивный характер, а при переходе от последовательной организационной структуры к параллельной рост имеет экстенсивный характер;- закономерности развития организаций розничной торговли определяются тремя ключевыми факторами: размером организации, эффективностью ее деятельности и возрастом организации.В результате проведенного кластерного анализа образовательных организаций было выявлено 7 кластеров. Анализируя средние значения переменных в этих кластерах, их можно объединить в 5 групп. На основании полученных результатов авторами было проведено дополнительное исследование с использованием дерева целей. Результаты построения дерева целей показали, что осуществление одних видов образовательных услуг более характерно для небольших образовательных организаций, других видов образовательных услуг – для более крупных образовательных организаций. Схожая картина сохраняется по отдельным видам образовательных услуг в зависимости от возраста организации.Заключение. Результаты проведенного кластерного анализа коммерческих организаций двух секторов экономики Чешской Республики и их последующий анализ в целом подтвердили выдвинутые гипотезы и показали совпадение с соответствующими теоретическими моделями эволюции организационной структуры, а также продемонстрировали интенсивный характер роста организаций при переходе от параллельной организационной структуры к последовательной и экстенсивный характер роста при переходе от последовательной организационной структуры к параллельной. Использование закономерностей чередования последовательных и параллельных структур, а также предполагаемая оценка эффективности переходов позволит собственникам и менеджменту рациональнее осуществлять развитие коммерческих организаций

Research of organizational structure of retail business and educational institution by methods of statistical analysis

The purpose of the study. The purpose of the research is to define a previously developed theoretical evolution model of an organizational structure, that is based on the hypothesis that the two types of organizational structures, consecutive and parallel, succeed each other, undergoing quality changes with the growth and development of organisations, though pertaining properties which determine the structure characteristics and provide a sufficient growth of organizations’ efficiency. Following the results of the authors’ previous research, it was hypothesized that the growth of an organization during a transition from one to the other type of organization structure follows either intensive or extensive pattern and is defined by the type of the transformation.Materials and methods. The study analyzed the retail trade sector, with isolated branches that distinguish this type of organizational structures, and educational institutions. The authors believe that organizations of similar types possess similar (consecutive and parallel) organizational structures. Groups of similar objects were identified by the cluster analysis used for grouping basic data. Following this, the results of cluster analysis were defined and key factors for patterns of organizational development were selected by the principal component analysis. Also, the Objectives Tree method was applied to gauge the effect of the types of educational services on the performance of private educational organizations and their structure. The research analyzed the data obtained from the database of commercial organizations of Czech Republic.Results. In general, the proposed model of the evolution of an organizational structure in retail business was redefined, and the outcomes of the conducted analysis allow defining the following:– when transitioning from the parallel to the consecutive organizational structure, the growth can be described as intensive, and while the consecutive model transitions to the parallel organizational structure the growth follows the extensive pattern;– development of retail business is defined by the three key factors: size of an organization, its performance efficiency and lifetime. The cluster analysis of educational organisations revealed seven clusters. After analysis of average values of variables, these clusters can be grouped in five. These outcomes led to the additional research with Objectives Tree, which showed that both small and large educational organisations employ their certain typical features of educational services. A similar pattern describes certain types of educational services in the organisations of different lifetime.Conclusion. The outcomes of the cluster analysis of commercial organisations of two sectors of Czech Republic and their further analysis confirmed the suggested hypothesis and matched corresponding theoretical evolution models of organizational structures, the results also showed intensive growth when transitioning from the parallel to the consecutive organizational structure and extensive growth when the transition changes from the consecutive to the parallel organizational structure. The alternating patterns of consecutive and parallel structures, as well as suggested gauging of the transition effectiveness will allow owners and management staff to efficiently maintain sustainable development of commercial organisations

Specificities of the estimation of efficiency of investment and construction projects at various stages of their life cycle

The paper addresses the issues related to the specificities of the estimation of efficiency of investment and construction projects (further ICP) at various stages of their life cycle. The structure of the ICP was analyzed; the necessity of detailed decomposition of the life cycle in order to improve the efficiency of block-process management was justified. The sequence of key organizational events in the implementation of the ICP is presented. The comparative analysis of methods for determining the discount rate was carried out. The methodology of the integrated approach to the organization of analysis of investment and construction projects is offered, which is characterized by close connection with the concept of the investment project’s life cycle. It promotes fuller compliance with the goals and objectives of investment and construction entities at all stages of investment, management and financial decision-making

Specificities of the estimation of efficiency of investment and construction projects at various stages of their life cycle

The paper addresses the issues related to the specificities of the estimation of efficiency of investment and construction projects (further ICP) at various stages of their life cycle. The structure of the ICP was analyzed; the necessity of detailed decomposition of the life cycle in order to improve the efficiency of block-process management was justified. The sequence of key organizational events in the implementation of the ICP is presented. The comparative analysis of methods for determining the discount rate was carried out. The methodology of the integrated approach to the organization of analysis of investment and construction projects is offered, which is characterized by close connection with the concept of the investment project’s life cycle. It promotes fuller compliance with the goals and objectives of investment and construction entities at all stages of investment, management and financial decision-making