In vitro Antimicrobial Susceptibility of Urinary Tract Infection Pathogens in Children

Aim:Urinary tract infection (UTI) is one of the most common bacterial infections in children. Empirical treatment is commenced according to the patient’s characteristics and the antimicrobial susceptibility patterns in the region. Therefore, a determination of antimicrobial resistance patterns has a great importance in effective treatment. The aim of this study was to determine the pathogens which cause UTIs in patients admitted to a university hospital in Izmir and to determine their antimicrobial susceptibility pattern.Materials and Methods:The files of patients aged between 0-18 years, followed up with a diagnosis of UTI, vesicoureteral reflux and neurogenic bladder in Ege University Faculty of Medicine Paediatric Nephrology Unit between February, 2013 and November, 2018 were retrospectively reviewed.Results:A total of 1,126 positive urine cultures from 729 patients (65% female) were included in this study. Gram-negative pathogens constituted 88.2% of the cultures. Escherichia coli (E. coli) was the most commonly isolated bacteria with a prevalence of 59.1%, followed by Klebsiella pneumonia with 17.9%, and Enterococcus faecalis with 8.3% (n=93). Ampicillin, cefuroxime and trimethoprim-sulfamethoxazole with susceptibility rates of 18.6%, 39.6%, 49.0% respectively, constituted the highest resistant antimicrobials to Enterobacteriaceae. Enterococcus spp. showed the highest resistance to gentamycin with 50% resistance in tested cases. Pseudomonas spp. with 64.3% susceptibility showed the highest resistance to piperacillin-tazobactam.Conclusion:This study revealed that bacterial resistance to commonly used antimicrobials in UTI is an important and challenging problem which requires planning

Kan kültüründe bakterilerin hızlı tanısı ve duyarlılıklarının saptanması

Amaç: Kan dolaşımı enfeksiyonu olan hastalarda; etkenin kısa sürede tanımlanması ve uygun antimikrobiyal tedavi uygulanması, morbidite ve mortalitenin azaltılması bakımından oldukça önemlidir. Bu çalışmada, kan kültüründen doğrudan tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması için geliştirilen yeni bir yöntemin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: BacT/Alert 3D sisteminde pozitif sinyal veren kan kültürü örneklerinden yıkama ve santrifüj işlemleri ile bakteriyel çökelti elde edildi. Bu çökeltiden Vitek MS kullanılarak tanımlama yapıldı, ardından VITEK 2 otomatize sisteminde doğrudan antibiyotik duyarlılık testi çalışıldı. Sonuçlar standart yöntem ile karşılaştırıldı. Bulgular: Tanımlama işlemi 80 kan kültürü örneğinde gerçekleştirildi. Doğrudan tanımlama işleminde 73 örnek tanımlandı ve bunlardan 72’si (%90) standart yöntemle uyumlu olarak sonuçlandı. Doğrudan antibiyotik duyarlılık testlerinin %97,9 oranında uyumlu olduğu saptandı. Değerlendirilen 635 antibiyotik duyarlılık sonucu içinde; 10’unda büyük hata, 3’ünde küçük hata olduğu görüldü. Sonuç: Kan kültürü örneklerinden çalışmada uygulanan prosedürler kullanılarak 24 saat içinde, maliyetli reaktifler ya da uzun işlem süresine gereksinim olmadan, standart uygulama sonuçlarına benzer bir şekilde tanımlama ve antibiyotik duyarlılık sonucu elde edilebileceği görülmüştür

Bakteriyemi Etkeni Gram Negatif Bakterilerin Hızlı Tanımlanmasında Mikroarray ve Lizis Fitrasyon Sonrası MALDI TOF MS Yöntemlerinin Değerlendirilmesi

Amaç: Sepsis olgularında yanlış antimikrobiyal tedavi alan veya tedavi almayan olgularda ölüm oranları kaybedilen her saat başına artış göstermektedir. Bu çalışmada, etkenin konvansiyonel kültür yöntemine oranla daha hızlı tanımlanabilmesi amacıyla konvansiyonel kan kültürü/MALDI TOF yöntemi ile lizis filtrasyon sonrası MALDI TOF MS (LFM) ve mikroarray yönteminin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Kasım 2015-Şubat 2016 tarihleri arasında Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi Hastanesi, Erişkin Yoğun Bakım ünitelerinde izlenen hastalardan alınan kan kültürü örneklerindeki 39 Gram negatif etkene mikroarray ve LFM işlemi uygulanıp, ardından MALDI TOF sistemi ile çalışıldı. Bakteri kolonisinden yapılan MALDI TOF tür düzeyinde tanımlama ile lizis filtrasyon sonrası uygulanan MALDI TOF ve mikroarray test yöntemlerinin sonuçları karşılaştırıldı. Bulgular: Kan kültürü cihazındaki pozitif sinyal süreleri en kısa yedi saat 55 dakika, en uzun 31 saat 22 dakika, ortalama pozitiflik süresi 12 saat 55 dakika olarak belirlendi. Kültür sonrası MALDI TOF identifikasyonu ile LFM identifikasyonun duyarlılığı %82 (32/39), mikroarray yönteminin ise duyarlılığı %87.1 olarak hesaplandı. Lizis filtrasyon sonrası uygulanan MALDI TOF ile mikroarray yöntemlerinin birbirleri ile benzerliği %79.4 (31/39), her üç yöntemin birlikte tutarlı sonuç verdiği örneklerin oranı ise %76.9 (30/39) olarak hesaplandı. En sık saptanan üç etken Klebsiella spp, Acinetobacter spp. ve Escherichia spp. kültür sonrası MALDI TOF ve LFM yöntemi ile uyumu Cohen’in kappa katsayısı sırası ile 0.715, 0.843, 0.938; mikroarray yöntemi ile uyumu 0.935, 0.753, 0.938 olarak hesaplandı ve her üç bakteri için de yüksek uyumluluk elde edildi. Sonuç: Elde edilen verilere dayanılarak, hem lizis filtrasyon hem de mikroarray platformunun sepsis tanısını kısaltmaları açısından yararlı olduğu düşünülmüştür. Lizis filtrasyon yöntemi maliyet etkinlik açısından önde bulunmuştur

Investigation of enteropathogenic Escherichia coli and Shiga toxin-producing Escherichia coli associated with hemolytic uremic syndrome in İzmir Province, Turkey

Background/aim: The purpose of this study was to investigate Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains originating from diarrheagenic patients. Materials and methods: A total of 102 patients with diarrhea between October 2012 and January 2013 were enrolled in this study. Multiplex and standard polymerase chain reactions were performed to detect and distinguish STEC and EPEC strains. O serotyping of EPEC was carried out by monovalent antisera. The O and H serotyping of STEC strains was performed at the Refik Saydam Institute, Ankara. Results: A total of 5 (3.42%) strains were identified as STEC, and 3 strains (2.05%) were atypical EPEC. One of the STEC serotypes was O157:H7 carrying VT1, Stx1A, and escv genes. The other STEC strain was identified as O174:H21, which is associated with hemolytic uremic syndrome and consists of VT2 and Stx2A genes. One of the EPEC and three of the STEC serotypes were nontypeable. The serotypes of the atypical EPEC strains were identified as O114 and O26. Conclusion: To the best of our knowledge, this is the first report of O174:H21 from the İzmir region that was shown to be a Shiga toxinproducing non-O157 serotype of STEC.Background/aim: The purpose of this study was to investigate Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains originating from diarrheagenic patients. Materials and methods: A total of 102 patients with diarrhea between October 2012 and January 2013 were enrolled in this study. Multiplex and standard polymerase chain reactions were performed to detect and distinguish STEC and EPEC strains. O serotyping of EPEC was carried out by monovalent antisera. The O and H serotyping of STEC strains was performed at the Refik Saydam Institute, Ankara. Results: A total of 5 (3.42%) strains were identified as STEC, and 3 strains (2.05%) were atypical EPEC. One of the STEC serotypes was O157:H7 carrying VT1, Stx1A, and escv genes. The other STEC strain was identified as O174:H21, which is associated with hemolytic uremic syndrome and consists of VT2 and Stx2A genes. One of the EPEC and three of the STEC serotypes were nontypeable. The serotypes of the atypical EPEC strains were identified as O114 and O26. Conclusion: To the best of our knowledge, this is the first report of O174:H21 from the İzmir region that was shown to be a Shiga toxinproducing non-O157 serotype of STEC

Klinik Salmonella İzolatlarında Antimikrobiyal Duyarlılık Profilinin, Virülans Genlerinin ve Klonal İlişkinin Araştırılması

Objectives: The objectives of this study were to investigate the epidemiologic relationship, prevalence of the beta-lactamase and virulence genes of clinical ampicillin-resistant Salmonella enterica. Materials and Methods: In vitro ampicillin susceptibilities of 117 Salmonella enterica isolates obtained between 2011-2012 from Ege University Hospital, Bacteriology Laboratory of Medical Microbiology Department were examined using disc diffusion assays in accordance with the CLSI guidelines. The MIC levels in the ampicillin-resistant bacteria were determined using the broth microdilution method. The resistant strains were serotyped by the Public Health Institution. Epidemiologic relations of resistant strains were evaluated using ERIC-PCR. The presence of betalactamase genes and virulence factors were detected using PCR. Results: The 117 S. enterica strains had ten isolates that were resistant to ampicillin, and the MIC range of ampicillin was found as 512-128 ?g/mL. Ampicillin-resistant strains were susceptible to nalidixic acid, ciprofloxacin, cefotaxime, sulfamethoxazole/trimethoprim. Four different serotypes were identified and isolates were grouped into seven clusters. Five isolates carried blaTEM, and two carried the blaCTX-M gene. However, it was determined that blaSHV and blaPER genes did not exist in these strains. Virulence genes invA, pipD, and sopB were found in all isolates. sifA, pefA, and sopE genes were found in seven, four, and three isolates, respectively. Conclusion: Our data suggest that the rate of ampicillin resistance in S. enterica isolates was 8.5% in the two year period, but this ratio was generally lower than rates abroad. blaCTX-M and blaTEM genes could be responsible for ampicillin resistance. The blaSHV gene, which is highly prevalent in our country, was not found in any strains. sopB and pipD genes, which might be associated with beta-lactam resistance, were found in all strains. It is also noteworthy that the three isolates containing the sopE gene, which is associated with epidemic cases, were of the same serotypes and epidemiologic clusters.Amaç: Bu çalışmanın amacı ampisilin dirençli klinik Salmonella enterica izolatlarında epidemiyolojik ilişkinin, beta-laktamaz ve virülans genlerinin araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntemler: Ege Üniversitesi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Bakteriyoloji Laboratuvarı’nda 2011-2012 yıllarında izole edilen S. enterica kökenlerinin ampisilin duyarlılıkları CLSI önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemiyle değerlendirildi. Ampisilin dirençli izolatlardaki ampisilin MİK değerleri yine CLSI kriterlerine göre sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Dirençli kökenler Türkiye Halk Sağlığı Kurumu tarafından serotiplendirildi. Kökenlerin epidemiyolojik ilişkisi ERIC-PZR ile incelendi. Beta-laktamaz ve virülans genlerinin prevalansı PZR ile tespit edildi. Bulgular: İzole edilen 117 S. enterica kökeninde 10 izolat ampisilin dirençli olarak saptandı ve bu izolatların ampisilin MİK aralığı 512-128 ?g/mL olarak belirlendi. İzolatlar nalidiksik asit, siprofloksasin, sefotaksim ve sulfametoksazol/trimethoprim antibiyotiklerine duyarlı bulundu. Dört farklı serotip belirlenirken, izolatlar ERIC-PZR’ye göre 7 farklı epidemiyolojik grupta yer aldı. Kökenlerin 5 tanesinde blaTEM, iki tanesinde blaCTX-M geni saptandı. blaSHV ve blaPER genleri hiçbir izolatta saptanmadı. invA, pipD, sopB virülans genleri tüm kökenlerde belirlenirken, sifA, pefA and sopE genleri sırasıyla üç, dört ve yedi kökende belirlendi. Sonuç: Verilerimiz, S. enterica izolatlarında iki yıllık dönemde ampisilin direnç oranının %8.5 olduğunu ortaya koymakla birlikte bu oranın genel olarak yurtdışındaki oranlardan düşük olduğu göze çarpmaktadır. blaCTX-M ve blaTEM genleri ampisilin direncinden sorumlu olabilir. Ancak ülkemizde oldukça yüksek oranda saptanan blaSHV genine hiçbir izolatta rastlanmamıştır. Beta-laktam direnci ile ilişkili olabileceği düşünülen sopB ve pipD genleri tüm suşlarda bulunmuştur. Ayrıca epidemik olgularla ilişkilendirilen sopE genini içeren üç izolatın aynı serotipe ve epidemiyolojik sınıfa ait kökenler olması dikkat çekicidir

Klinik Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Üretiminin Saptanmasında Polimeraz Zincir Reaksiyonu ve Fenotipik Yöntemlerin Karşılaştırılması

Being a member of the Enterobacteriaceae family, Klebsiella pneumoniae is an opportunistic pathogen that inhabits normal human microbiota and causes predominantly hospital-acquired infections. The emergence of K.pneumoniae isolates which are resistant particularly to the carbapenem group of antibiotics has led to an increase in hospitalization period, mortality and morbidity. Although different rates of resistance are observed between countries, regions and even healthcare facilities, there has been a rapid increase in the prevalence of carbapenem-resistant strains in the last 10 years. Fast and correct identification of carbapenem-resistant strains is important for the successful treatment of infections caused by these resistant bacteria. The objective of this study was to investigate the presence and the types of carbapenemases in carbapenem-resistant K.pneumoniae strains using “MASTDISCS™ ID carbapenemase detection disc set”, a commercial product that can be used for this purpose, and “Carbapenem Inactivation Method (CIM)”, a relatively new method, and compare the results of these methods by polymerase chain reaction (PCR). For this purpose, we used 54 K.pneumoniae strains isolated in 2015-2016, that were resistant to any of the ertapenem, meropenem or imipenem antibiotics. The identification of the strains was performed using VITEK MS and their antibiotic susceptibility tests were carried out using the VITEK 2 Compact® automated system. For the strains that were found resistant to carbapenems in the automated system, the minimum inhibitor concentration (MIC) values were determined by the gradient testing method according to the recommendations of “The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)”. The blaOXA-48, blaIMP, blaNDM, blaVIM, and blaSIM genes were investigated with PCR among these isolates. Phenotypic enzyme typing was performed in the carbapenem-resistant strains using the “MASTDISCS™ ID carbapenemase detection disc set” and “Carbapenem Inactivation Method (CIM)”. REP-PCR was used to reveal clonal relationship of the isolates. The 54 K.pneumoniae isolates were found as resistant to carbapenem and the MIC50 and MIC90 values of imipenem, meropenem and ertapenem were 32 µg/ml. Only 33 of the strains had blaOXA-48 and two of them had only blaNDM, the remaining 19 strains had both of these two genes. The blaIMP, blaVIM and blaSIM genes were not encountered in any of the isolates. When the isolates were assessed by the REPPCR method, six main clones were detected. The “MASTDISCS™ ID carbapenemase detection disc set” was able to detect all the carbapenemase producing strains and it remained incapable of distinguishing OXA-48 in the strains which had both OXA-48 and metallo beta lactamase (MBL) enzymes. The CIM method showed a low rate of positivity (46.15%) in the strains containing blaOXA-48, but was found much more successful in the strains containing blaNDM with a detection rate of 85.71%. In this study, it was concluded that the Mastdiscs-ID method could be successfully used to detect the presence of blaOXA-48 which has a high prevalence in our country.Klebsiella pneumoniae insan normal mikrobiyotasında yer alan, fırsatçı patojen olarak özellikle hastane enfeksiyonu yapan Enterobacteriaceae familyası üyesidir. Özellikle karbapenem grubu antibiyotiklere dirençli K.pneumoniae izolatlarının ortaya çıkması nedeniyle hastanede yatış süreleri, mortalite ve morbidite artışları gözlenmektedir. Ülkeler, bölgeler hatta sağlık kuruluşları arasında bile farklı direnç oranları gözlenmekle birlikte, son 10 yıllık dönemde karbapenem dirençli suşların oranlarında hızlı bir artış görülmektedir. Karbapenem dirençli suşların hızlı ve doğru tespiti, etken oldukları enfeksiyonların tedavisinde, uygun antibiyotik ve kombinasyonların belirlenebilmesi, başarı oranının artırılması açısından oldukça önem taşımaktadır. Bu çalışmanın amacı, karbapenem dirençli K.pneumoniae izolatlarındaki karbapenemaz varlığı ve tiplerini araştırarak, bu amaçla kullanılabilecek ticari bir ürün olan "MASTDISCS(TM) ID carbapenemase detection disc set'' ve görece yeni bir yöntem olan "Carbapenem Inactivation Method (CIM)" yöntemlerinden elde edilecek sonuçların polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle karşılaştırmasının yapılmasıdır. Bu amaçla, ertapenem, meropenem ve imipenem antibiyotiklerinden herhangi birine dirençli olduğu saptanan 2015-2016 yılları arasında izole edilen 54 K.pneumoniae izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatların tür düzeyinde tanımlanması VITEK MS ile yapılırken, antibiyotik duyarlılık testleri ise VITEK 2 Compact® otomatize sistemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Otomatize sistemde karbapenem dirençli olduğu saptanan izolatlarda gradiyent test yöntemiyle "The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)" önerileri doğrultusunda minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değerleri belirlenmiştir. Bu izolatlarda blabla "MASTDISCS(TM) ID carbapenemase detection disc set" ve "Carbapenem Inactivation Method (CIM)" yöntemleriyle araştırılmış ve izolatların klonal ilişkisini saptamak için REP-PCR uygulanmıştır. Elli dört K.pneumoniae izolatı karbapenem dirençli olarak belirlenirken, imipenem, meropenem ve ertapenem MİK ve MİK değerleri 32 µg/ml olarak belirlenmiştir. İzolatların 33'ünde yalnız blayalnız blabla klon gözlenmiştir. "MASTDISCS(TM) ID carbapenemase detection disc set" karbapenemaz üreten izolatların tamamını saptayabilirken, metallo beta-laktamaz (MBL) ve OXA-48 enzim birlikteliği olan izolatlarda OXA-48 ayrımını yapmada yetersiz kaldığı gözlenmiştir. CIM yöntemi OXA-48 içeren izolatlarda oldukça düşük oranda (%46.15) pozitif sonuç verirken, blabaşarılı olarak bulunmuştur. Çalışmamız kapsamında, Mastdiscs-ID yönteminin, ülkemizde prevalansı yüksek olan bla, bla , bla , bla genleri PCR ile araştırılmıştır. Karbapenem dirençli izolatlarda fenotipik olarak enzim tiplendirilmesi belirlenirken, 19 izolatta her iki genin birlikte bulunduğu saptanmıştır. İzolatların hiçbirinde, , bla , bla , ikisinde genlerine rastlanmamıştır. İzolatlar REP-PCR yöntemiyle değerlendirildiğinde, altı ana içeren izolatlarda saptama oranı (%85.71) daha varlığını saptamada başarıyla kullanılabileceği sonucuna varılmıştı