Enzyme classification with peptide programs: a comparative study

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Efficient and accurate prediction of protein function from sequence is one of the standing problems in Biology. The generalised use of sequence alignments for inferring function promotes the propagation of errors, and there are limits to its applicability. Several machine learning methods have been applied to predict protein function, but they lose much of the information encoded by protein sequences because they need to transform them to obtain data of fixed length.</p> <p>Results</p> <p>We have developed a machine learning methodology, called peptide programs (PPs), to deal directly with protein sequences and compared its performance with that of Support Vector Machines (SVMs) and BLAST in detailed enzyme classification tasks. Overall, the PPs and SVMs had a similar performance in terms of Matthews Correlation Coefficient, but the PPs had generally a higher precision. BLAST performed globally better than both methodologies, but the PPs had better results than BLAST and SVMs for the smaller datasets.</p> <p>Conclusion</p> <p>The higher precision of the PPs in comparison to the SVMs suggests that dealing with sequences is advantageous for detailed protein classification, as precision is essential to avoid annotation errors. The fact that the PPs performed better than BLAST for the smaller datasets demonstrates the potential of the methodology, but the drop in performance observed for the larger datasets indicates that further development is required.</p> <p>Possible strategies to address this issue include partitioning the datasets into smaller subsets and training individual PPs for each subset, or training several PPs for each dataset and combining them using a bagging strategy.</p

Avaliação da qualidade de vida em pacientes com disfagia neurogênica

RESUMO: Objetivo: avaliar a qualidade de vida de pacientes com Acidente Vascular Encefálico e disfagia neurogênica. Métodos: estudo quantitativo, do tipo transversal, descritivo, realizado no Setor de Neurologia de um Hospital de Ensino, em Curitiba- Paraná. A amostra foi constituída de 35 indivíduos com Acidente Vascular Encefálico e queixa de disfagia. Os dados foram coletados por meio de questionário para avaliação da qualidade de vida em disfagia. Resultados: nas variáveis sociodemográficas houve predomínio de homens, idosos, brancos, casados e primeiro grau incompleto. A avaliação de qualidade de vida demonstrou que os domínios que apresentaram alterações foram os que investigam como a alteração da deglutição tem afetado o aspecto social dos participantes. A correlação de Mann-Whitney evidenciou significância estatística (p < 5) quando relacionou a deglutição como um fardo com o tempo de se alimentar (p 0,002), frequência dos sintomas (p <0,001), saúde mental (p <0,001) e fadiga (p <0,001). Conclusão: o levantamento estatístico comprovou o impacto causado pela disfagia neurogênica na qualidade de vida dos pacientes acometidos por Acidente Vascular Encefálico, representado pelas alterações encontradas nos resultados de avalição da qualidade de vida. Na correlação de Mann-Whitney, ao se realizar os cruzamentos entre os domínios do instrumento, os dados evidenciaram significância estatística quanto ao tempo de alimentação, medo de se alimentar, saúde mental, social e fadiga, que causam prejuízo na qualidade de vida dos pacientes com disfagia neurogênica