클렙시엘라 뉴모니애를 저해하는 박테리오파지 KPP2018과 KPP2020의 분리 및 특성 분석과 칵테일을 이용한 식품에서의 생물학적 제어

학위논문(석사) -- 서울대학교대학원 : 농업생명과학대학 농생명공학부, 2023. 2. 이주훈.Klebsiella pneumoniae is a well-known opportunistic human pathogen causing chronic pulmonary obstruction and primarily infects the immunocompromised individuals in nosocomial environment. This pathogen can produce extended-spectrum beta-lactamases (ESBL), which are resistant to almost all beta-lactam antibiotics, and nowadays carbapenem-resistant strains are increasing. Recently, Klebsiella pneumoniae is detected in food samples, especially in poultry products or in raw vegetables. Therefore, the development of new agent is urgently needed and to control this pathogen, 12 Klebsiella-infecting phages were isolated from sewage samples. The analysis of host range revealed that the isolated phage KPP2020 has high host specificity among them, inhibiting only K. pneumoniae. The phage KPP2018 infects K. pneumoniae mainly, also infects Shigella spp., and Salmonella serovars. Morphological observation using TEM showed that both phages belong to the family Siphoviridae. The stability of KPP2020 and KPP2018 was maintained for 12 h under stress conditions (-20~60℃ and pH 3~11 for KPP2020 and -20~65℃ and pH 3~12 for KPP2018). Bacterial challenge assay of KPP2020 showed 3.51 log reduction of K. pneumoniae KCTC 2242 within 2 h. The complete genomes of KPP2020 and KPP2018 were analyzed and revealed that KPP2020 consists of 49,044 bp containing 95 ORFs with a GC content 51.33%, while KPP2018 consists of 137,988 bp DNA with 228 ORFs. Subsequent bioinformatics analysis revealed no toxin genes or virulence factor, suggesting the safety for human applications. Comparative genome analysis about tail gene cluster was conducted and there was no identity between KPP2020 and KPP2018 tail-related genes, indicating that differences in host range results may related to this. Application of KPP2020 using cutting board showed about 4 log reduction for at least 7 h, indicating that KPP2020 has potential to control K. pneumoniae effectively. Food application of the phage cocktail consisting of KPP2020 and KPP2018 in a 1:1 ratio using chicken meat showed higher lytic activity (4.35 log reduction within 2 h) and phage resistance of indicator strain developed slower than that of single phages. KPP2020 can lower the secretion of pro-inflammatory cytokines of K. pneumoniae infected RAW 264.7 cells, suggesting that KPP2020 has therapeutic effect against bacterial infection. KPP2020 does not induced inflammatory response of RAW 264.7 cells and not involved in the response induced by LPS, suggesting that KPP2020 can be an effective therapeutic agent against bacterial infection. Therefore, these two novel bacteriophages KPP2020 and KPP2018 can be used as natural food preservatives for food safety, and KPP2020 can be a therapeutic agent against K. pneumoniae infection.클렙시엘라 뉴모니애는 만성 폐 장애를 일으키는 균주로, 선택적으로 병원성을 가지는데 주로 병원 환경에서 면역이 약화된 개인을 감염한다. 이 병원균은 대부분의 베타-락탐 항생제에 내성이 있는 ESBL을 생성할 수 있고, 최근에는 식품, 특히 가금류나 야채에서 클렙시엘라 뉴모니애가 검출되는 사례가 증가하고 있어서 이를 제어하기 위한 새로운 제제의 개발이 시급하다. 이를 제어하기 위해서 클렙시엘라를 감염하는 파지를 하수 처리장에서 분리했다. 각 파지의 감염 범위를 분석한 결과, KPP2020은 클렙시엘라 뉴모니애만을 억제하는 아주 높은 숙주 특이성을 보이는 것을 확인했고, KPP2018은 주로 클렙시엘라 뉴모니애를 감염하며, 시겔라 속, 살모넬라도 감염하는 것을 확인하였다. 투과 전자 현미경을 사용한 형태학적 관찰을 통해, 두 파지 모두 Siphoviridae 과에 속한다는 것을 알 수 있었다. 다양한 스트레스 조건에서 KPP2020과 KPP2018의 안정성을 확인해본 결과, KPP2020의 경우, -20℃에서 60℃ 그리고 pH 3에서 11까지, KPP2018의 경우, -20℃에서 65℃ 그리고 pH 3에서 12까지 범위 안에서 12시간 동안 안정적이었다. KPP2020의 숙주 제어 능력을 확인한 결과, 클렙시엘라 뉴모니애를 2시간 이내에 3.51 로그 감소시키는 것을 확인하였다. KPP2020 및 KPP2018의 유전체를 분석하였고, 파지 꼬리 부분에 해당하는 유전자군을 비교 분석한 결과, KPP2020과 KPP2018 사이에는 상동성이 없었으며, 이는 두 파지의 감염 범위의 차이와 연관이 있음을 확인하였다. 클렙시엘라 뉴모니애가 오염된 도마에 KPP2020을 적용하여 균주 저해 효과를 확인한 결과, 최소 7시간 동안 지속적으로 4 로그 이상의 균을 감소시키는 것을 확인하였다. 식품에서 파지를 더 효과적으로 적용하기 위해 KPP2020과 KPP2018을 1:1 비율로 혼합하여 파지 칵테일을 제작하였고, 이를 닭고기에 적용해 보았을 때, 단일 파지보다 더 높은 용균 활성을 보였고 (2시간 내 4.35 로그 감소), 파지에 대한 균주의 저항성이 더 느리게 생성되었다. KPP2020은 클렙시엘라 뉴모니애가 감염된 RAW 264.7 세포에서 전 염증성 사이토카인의 분비를 낮출 수 있어 KPP2020이 세균 감염에 대한 치료 효과가 있음을 시사한다. KPP2020을 RAW 264.7 세포에 처리하였을 때 전 염증성 사이토카인이 발현되지 않았고, LPS로 인해 염증 반응이 활성화된 RAW 264.7 세포에 파지를 처리하였을 때 사이토카인의 발현에 관여하지 않기 때문에 KPP2020은 더 효과적인 치료제로서 사용될 수 있다. 본 연구를 통해 새로운 박테리오파지 KPP2018과 KPP2020은 식품 안전을 위한 천연 식품 첨가제로 사용될 수 있으며, KPP2020은 세균 감염에 대한 치료제가 될 수 있음을 확인하였다.1. Introduction 1 2. Materials and methods 5 2.1. Bacterial strains and growth conditions 5 2.2. Bacteriophage isolation, purification, and propagation 7 2.3. Transmission Electron Microscopy 8 2.4. Host range test 8 2.5. Stability test under various stress conditions 8 2.6. Bacterial challenge assay 9 2.7. Genome sequencing and bioinformatics analysis 9 2.8. Cutting board application 10 2.9. Food application 11 2.10. Secretion of cytokines with RAW 264.7 cell 12 2.11. Nucleotide sequence accession number 15 3. Results 16 3.1. Host range and morphological observation 16 3.2. Phage stability under various stress conditions 19 3.3. Bacterial challenge assay 22 3.4. Phage genome characterization 24 3.5. Comparative genome analysis 27 3.6. Cutting board application 33 3.7. Food application with phage cocktail 35 3.8. Inflammatory alleviation of RAW 264.7 cells 37 4. Discussion 44 5. References 48 국문초록 54석

A Study on Application of Neural Network using Genetic Algorithm in Container Traffic Prediction

본 연구에서는 비선형예측기법으로서 많은 관심을 받고 있는 인공신경망을 사용하여 컨테이너물동량 예측을 수행했으며, 이를 전통적인 예측기법 중 하나인 ARIMA모형과 비교하였다. 인공신경망을 적용할 때 문제점이 되는 것 중 하나인 네트워크 구조설계에 있어 기존의 선행연구들은 이론적으로 정립된 방법이 아닌 경험이나 실험에 바탕을 둔 방법론을 사용하는데, 본 연구에서 그 대안으로 인공신경망의 구조설계 문제에 있어 방대하며 복잡한 탐색공간에 효과적으로 알려진 유전알고리즘(GA)을 사용하였다. 그리고 인공신경망의 대표적인 모형인 다층퍼셉트론(MLP)의 대안으로 시간지연네트워크(TDNN)를 사용하였고, 최종적으로 선형기법인 ARIMA모형과 인공신경망모형의 장점들을 결합한 Hybrid ARIMA-ANN을 사용해 인공신경망의 예측력을 높였다.On this study, the artificial neural network(ANN), one of the most popular nonlinear forecasting methods, is compared with autoregressive integrated moving average(ARIMA) model through performing a prediction of container traffic. The existing studies have been used the rule of thumb in topology design for network which had a great effect on forecasting performance of the artificial neural network. However, this study applies the genetic algorithm, known as the effectively optimal algorithm in the huge and complex sample space, as the alternative. And we use the time delayed neural network(TDNN) instead of multi-layer perceptron(MLP) which is the most popular neural network model. Finally, we use the hybrid methodology that combines both the linear ARIAM and the nonlinear ANN models, and compare the methodology with other models in performance for prediction.ABSTRACT 제 1 장 서 론 1 1.1 연구의 배경 및 목적 1 1.2 선행 연구 3 1.3 연구의 방법 및 구성 7 제 2 장 방 법 론 8 2.1 자기회귀이동평균모형(ARIMA) 8 2.2 인공신경망(ANN) 13 2.2.1 개요 14 2.2.2 시간지연네트워크(TDNN) 21 2.3 유전알고리즘(GA) 26 2.4 Hybrid ARIMA-ANN 30 제 3 장 실증분석 33 3.1 컨테이너물동량 자료 36 3.2 ARIMA 분석 결과 39 3.3 인공신경망 분석 결과 41 3.4 Hybrid ARIMA-ANN 분석 결과 49 제 4 장 결 론 및 향후 연구방향 51 참고문헌 5

우리의 언론

이 글은 마누엘 곤살레스 프라다의 『투쟁의 시간』에 수록된 「우리 언론」(Nuestro periodismo)를 옮긴 것이다.국제형사기구는 한 나라의 쿠데타를 통제하고 위기에 놓인 제국의 독재체제를 종식시키는 데 필요합니다. 이러한 국제기구의 설립을 추진하지 않는 이유는 우리의 무분별하고 악한 타성에 길들여진 오만함 때문일 것입니다. 이때 우리가 할 수 있는 일이란, 저자들, 특히, 기자들이 위생기구를 결성하도록 도와주는 것이며, 이들로 하여금 정치적 독가스로 오염되어 있는 대기를 정화하도록 유도하는 것입니다. 그러나 과연, 우리나라의 기자들이 이와 같은 위업을 수행하는데 필요한 충분한 성품을 소유하고 있는가가 문제입니다. 확고한 신념도 없는 글쟁이며, 정신적 혼돈 가운데 진실을 망각한 사람들이니까 말입니다. 새로운 위생기구에 필요한 지식을 습득하기 위해서라도 충실한 인품이 요구됩니다. 이때의 충실함이란, 하나의 원칙을 고수하는 것, 혹은 적어도 자기가 속한 정당인에 대한 충성심을 지키는 것을 의미합니다

Teachers` perception of teacher evaluation and school organization

학위논문(박사)--서울대학교 대학원 :교육학과 교육행정전공,2000.Docto

The Socioeconomic Status Model and Voter Turnout in Korean Local Elections

기존의 대부분의 연구들은 사회경제적 지위모델이 한국 선거의 투표율을 설명하지 못한다고 주장한다. 사회경제적 지위모델의 기본 가정과는 달리 높은 소득수준이나 교육수준이 유권자의 투표가능성을 높여주지 못한다는 것이다. 본 논문은 이 같은 주장이 1990년대 이후 많은 정치적 경제적 변화를 겪은 2000년대의 한국 사회에서 여전히 유효한지 알기 위해서 2006년도와 2010년도 전국동시지방선거에서의 투표율의 결정요인들을 시도군 집합자료를 이용해서 분석하였다. 그 결과 부분적으로나마 선거구민의 투표여부를 사회경제적 지위모델로 설명할 수 있다는 사실을 발견하였다. 다른 변수들의 영향력이 통제되었을 때, 선거구민의 대졸비율이 높으면 높을수록 선거구의 투표율이 증가한 것이다. 이를 바탕으로 개인의 교육수준이 높을수록 투표를 할 가능성이 높다는 것을 유추해볼 수 있었다. 하지만 선행연구들과 마찬가지로 선거구민의 소득수준이 높아질수록 투표율이 상승한다는 증거는 발견하지 못했다. Since the 1990s, many political scientists have argued that the Socioeconomic Status (SES) Model cannot explain voter turnout in Korea. According to their studies, there is no evidence supporting that more educated and/or wealthier people are more likely to go to the polls than less educated and/or poorer ones. This paper attempts to reexamine the impact of the socioeconomic status on voter turnout by analyzing the aggregated data for the 4th and 5th Local Elections. Unlike previous studies, my findings provide partial evidence for the association between socioeconomic status and voter turnout. Holding other variables constant, as the proportion of college graduates in the electoral district increases, voter turnout grows. It indicates that higher education leads to higher voter turnout. However, any positive evidence for the impact of income on voter turnout is not found

대두단백질과 소디움제한이 streptozotocin으로 유도된 당뇨흰쥐의 지질대사 및 신장에 미치는 영향

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :식품영양학과,1999.Maste

Issues and Tasks m Teacher Evaluation

이 연구에서는 교사평가를 둘러싼 다양한 쟁점들을 논의하고，그러한 논의를 바탕으로 교사평가의 과제를 제시하고자 하였다. 교사평가의 목적，대상，내용，참여자，방법 및 절차，결과 활용 등을 둘러싸고 다양한 쟁점들이 제기되고 있는 것으로 나타났다. 그러한 쟁점들을 고려하여 교사평가의 주요 과제들을 교사평가 체제의 기본 철학 및 신념 확립，교사평가 체제의 목적 및 구조 재정립，교사평가 대상의 분화 및 차별화，교사평가 내용의 재구성，다면평가의 합리적 정착，교사평가 과정에서의 교사 권한 및 자기주도성 강화，평가 방법의 개선，평가 결과의 공개 및 적절한 활용，교사평가에 대한 주기적 자료 수집，교사평가와 관련한 행·재정 지원제체 구축，교사평가와 학교평가，장학，컨설팅 등 여타 질 관리 기제와의 관계 정립，교사평가에 임하는 학교구성원들의 능동적 자세 확립 등으로 제시하였다. 그러한 과제들이 지향하는 교사평가의 방향을 종합하면 학교구성원 간의 반성적 대화로서의 교사평가라고 할 수 있다

낭종 제거를 위한 글리세롤-로즈벵갈-폴리도카놀(GRP) 경화요법 폼의 개발

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :융합과학기술대학원 나노융합학과,2020. 2. 이강원.Polycystic kidney disease (PKD) is a common genetic disorder that comes with a proliferating and enlarging cyst that ultimately leads to loss of kidney function. Since an enlarged cyst is the primary factor for limited kidney function, the vast cyst is surgically removed by laparoscopic deroofing or by sclerosant, which is a relatively nascent treatment method that entails complications and sometimes failure due to cyst fluid refilling and infection. In this study, we suggest a more stable and effective polidocanol foam with glycerol and Rose Bengal (GRP form) to prevent cyst regeneration and irritation that is caused by required body movement during treatment. GRP form inhibits cellular proliferation and disrupts cellular junction, e-cadherin, and cyst formation. This advanced form also elongates foam retention time and retards foam degeneration in comparison to polidocanol foam only. The GRP foam shows to be a safe and effective treatment as a commercial grade polidocanol foam form from an in vivo study. Thus, this study provides an advanced polidocanol form by adding glycerol and rose-Bengal to help existing sclerotherapy.다낭성 신장 질환 (PKD) 은 궁극적으로 신장 기능 상실을 초래하는 가장 흔하게 발생하는 유전적 장애로, 낭종이 증식하고 확대한다. 확대 및 증식한 낭종은 신장의 기능을 저해하는 주요 요인이기 때문에 경화제로 광대한 낭종을 외과적으로 제거한다. 이 연구에서 글리세롤과 로즈벵갈을 폴리도카놀 폼에 첨가하여 안정적이고 효과적인, 글리세롤-로즈벵갈-폴리도카놀 폼을 갭라하였다(GRP v폼). GRP 폼은 세포 증식을 억제하고 세포 접합에 쓰이는 E-cadherin의 발현을 억제한다. 이 GRP폼은 폼의 유지 시간을 연장하고, 기존의 폼보다 세포독성이 뛰어남을 증명했다. GRP폼은 또한 기존의 상업적 등급의 폴리도카놀 폼보다 효과적이고 이와 동등하게 안전함을 실험적으로 밝혀냈다.Thesis and Dissertation Deposit Agreement 3 Abstract 4 Introduction 7 Result and Discussion 9 Conclusion 17 Material and Methods 18 Figures and Supplementary Materials 20 Reference 29 Abstract (Korean) 32Maste

Maurice Ravel의 「Le tombeau de couperin」에 대한 연구

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :음악과 피아노전공,1996.Maste